Nucleotide Global Alignment

Description

• Query: ccsbBroadEn_06702
• Subject: NM_001363570.1
• Aligned Length: 3570
• Identities: 3332
• Gaps: 234

Alignment

Query    1  ATGAGGAGGGACGAGCGAGACGCCAAAGCCATGCGGTCCCTGCAGCCGCCGGATGGGGCCGGCTCGCCCCCCGA  74
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct    1  ATGAGGAGGGACGAGCGAGACGCCAAAGCCATGCGGTCCCTGCAGCCGCCGGATGGGGCCGGCTCGCCCCCCGA  74

Query   75  GAGTCTGAGGAACGGCTACGTGAAGAGCTGCGTGAGCCCCTTGCGGCAGGACCCTCCGCGCGGCTTCTTCTTCC  148
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct   75  GAGTCTGAGGAACGGCTACGTGAAGAGCTGCGTGAGCCCCTTGCGGCAGGACCCTCCGCGCGGCTTCTTCTTCC  148

Query  149  ACCTCTGCCACTTCTGCAACGTGGAGCTGCGGCCGCCGCCGGCCTCTCCCCAGCAGCCGCGGCGCTGCTCCCCC  222
            |||||||||.||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  149  ACCTCTGCCGCTTCTGCAACGTGGAGCTGCGGCCGCCGCCGGCCTCTCCCCAGCAGCCGCGGCGCTGCTCCCCC  222

Query  223  TTCTGCCGGGCGCGCCTCTCGCTGGGCGCCCTGGCTGCCTTTGTCCTCGCCCTGCTGCTGGGCGCGGAACCCGA  296
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  223  TTCTGCCGGGCGCGCCTCTCGCTGGGCGCCCTGGCTGCCTTTGTCCTCGCCCTGCTGCTGGGCGCGGAACCCGA  296

Query  297  GAGCTGGGCTGCCGGGGCCGCCTGGCTGCGGACGCTGCTGAGCGTGTGTTCGCACAGCTTGAGCCCCCTCTTCA  370
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  297  GAGCTGGGCTGCCGGGGCCGCCTGGCTGCGGACGCTGCTGAGCGTGTGTTCGCACAGCTTGAGCCCCCTCTTCA  370

Query  371  GCATCGCCTGTGCCTTCTTCTTCCTCACCTGCTTCCTCACCCGGACCAAGCGGGGACCCGGCCCGGGCCGGAGC  444
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  371  GCATCGCCTGTGCCTTCTTCTTCCTCACCTGCTTCCTCACCCGGACCAAGCGGGGACCCGGCCCGGGCCGGAGC  444

Query  445  TGCGGCTCCTGGTGGCTGCTGGCGCTGCCCGCCTGCTGTTACCTGGGGGACTTCTTGGTGTGGCAGTGGTGGTC  518
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  445  TGCGGCTCCTGGTGGCTGCTGGCGCTGCCCGCCTGCTGTTACCTGGGGGACTTCTTGGTGTGGCAGTGGTGGTC  518

Query  519  TTGGCCTTGGGGGGATGGCGACGCAGGGTCCGCGGCCCCGCACACGCCCCCGGAGGCGGCAGCGGGCAGGTTGC  592
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  519  TTGGCCTTGGGGGGATGGCGACGCAGGGTCCGCGGCCCCGCACACGCCCCCGGAGGCGGCAGCGGGCAGGTTGC  592

Query  593  TGCTGGTGCTGAGCTGCGTAGGGCTGCTGCTGACGCTCGCGCACCCGCTGCGGCTGCGGCACTGCGTTCTGGTG  666
            |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||.||||||||||||||||||
Sbjct  593  TGCTGGTGCTGAGCTGCGTAGGGCTGCTGCTGACGCTCGCGCACCCGCTGCGGCTCCGGCACTGCGTTCTGGTG  666

Query  667  CTGCTCCTGGCCAGCTTCGTCTGGTGGGTCTCCTTCACCAGCCTCGGGTCGCTGCCCTCCGCCCTCAGGCCGCT  740
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  667  CTGCTCCTGGCCAGCTTCGTCTGGTGGGTCTCCTTCACCAGCCTCGGGTCGCTGCCCTCCGCCCTCAGGCCGCT  740

Query  741  GCTCTCCGGCCTGGTGGGGGGCGCTGGCTGCCTGCTGGCCCTGGGGTTGGATCACTTCTTTCAAATCAGGGAAG  814
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  741  GCTCTCCGGCCTGGTGGGGGGCGCTGGCTGCCTGCTGGCCCTGGGGTTGGATCACTTCTTTCAAATCAGGGAAG  814

Query  815  CGCCTCTTCATCCTCGACTGTCCAGTGCCGCCGAAGAAAAAGTGCCTGTGATCCGACCCCGGAGGAGGTCCAGC  888
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  815  CGCCTCTTCATCCTCGACTGTCCAGTGCCGCCGAAGAAAAAGTGCCTGTGATCCGACCCCGGAGGAGGTCCAGC  888

Query  889  TGCGTGTCGTTAGGAGAAACTGCAGCCAGTTACTATGGCAGTTGCAAAATATTCAGGAGACCGTCGTTGCCTTG  962
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  889  TGCGTGTCGTTAGGAGAAACTGCAGCCAGTTACTATGGCAGTTGCAAAATATTCAGGAGACCGTCGTTGCCTTG  962

Query  963  TATTTCCAGAGAACAGATGATTCTTTGGGATTGGGACTTAAAACAATGGTATAAGCCTCATTATCAA-------  1029
            |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||       
Sbjct  963  TATTTCCAGAGAACAGATGATTCTTTGGGATTGGGACTTAAAACAATGGTATAAGCCTCATTATCAAGCTGGAG  1036

Query 1030  --------------------------------------------------------------------------  1029
                                                                                      
Sbjct 1037  TGCAGTGGCATGATCTCGGCTCACCGCAACCTCCAGCTCCCTGGTTCAAGCGATTCTCCTGCCTCAGCCTCCGG  1110

Query 1030  --------------------------------------------------------------------------  1029
                                                                                      
Sbjct 1111  AGTAGCTGGGATTACAGGCATGTGCCACCACACCTGGCTAATTTTGTATTTTTAGTAGAGATGGGATTTCTCCA  1184

Query 1030  --------------------------------------------------------------------------  1029
                                                                                      
Sbjct 1185  TGTTGGTCAGGCTGGTCTTGAACTCCCGACCTCAGGTGATCTGCCCACCTCGGCCTCCCAAAGTGCTGGGATTA  1258

Query 1030  -----AATTCTGGAGGTGGAAATGGAGTTGATCTTTCAGTGCTAAATGAGGCTCGCAATATGGTGTCAGATCTT  1098
                 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1259  CAGGGAATTCTGGAGGTGGAAATGGAGTTGATCTTTCAGTGCTAAATGAGGCTCGCAATATGGTGTCAGATCTT  1332

Query 1099  CTGACTGATCCAAGCCTTCCACCACAAGTCATTTCCTCTCTACGGAGTATTAGTAGCTTAATGGGTGCTTTCTC  1172
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1333  CTGACTGATCCAAGCCTTCCACCACAAGTCATTTCCTCTCTACGGAGTATTAGTAGCTTAATGGGTGCTTTCTC  1406

Query 1173  AGGTTCCTGTAGGCCAAAGATTAATCCTCTCACACCATTTCCTGGATTTTACCCCTGTTCTGAAATAGAGGACC  1246
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1407  AGGTTCCTGTAGGCCAAAGATTAATCCTCTCACACCATTTCCTGGATTTTACCCCTGTTCTGAAATAGAGGACC  1480

Query 1247  CAGCTGAGAAAGGGGATAGAAAACTTAACAAGGGACTAAATAGGAATAGTTTGCCAACTCCACAGCTGAGGAGA  1320
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1481  CAGCTGAGAAAGGGGATAGAAAACTTAACAAGGGACTAAATAGGAATAGTTTGCCAACTCCACAGCTGAGGAGA  1554

Query 1321  AGCTCGGGAACTTCAGGATTGCTACCTGTTGAACAGTCTTCAAGGTGGGATCGTAATAATGGCAAAAGGCCTCA  1394
            |||||.||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||.|||||
Sbjct 1555  AGCTCAGGAACTTCAGGATTGCTACCTGTTGAACAGTCTTCAAGGTGGGATCGTAATAATGGCAAAAGACCTCA  1628

Query 1395  CCAAGAATTTGGCATTTCAAGTCAAGGATGCTATCTAAATGGGCCTTTTAATTCAAATCTACTGACTATCCCGA  1468
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1629  CCAAGAATTTGGCATTTCAAGTCAAGGATGCTATCTAAATGGGCCTTTTAATTCAAATCTACTGACTATCCCGA  1702

Query 1469  AGCAAAGGTCATCTTCTGTATCACTGACTCACCATGTAGGTCTCAGAAGAGCTGGTGTTTTGTCCAGTCTGAGT  1542
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1703  AGCAAAGGTCATCTTCTGTATCACTGACTCACCATGTAGGTCTCAGAAGAGCTGGTGTTTTGTCCAGTCTGAGT  1776

Query 1543  CCTGTGAATTCTTCCAACCATGGACCAGTGTCTACTGGCTCTCTAACTAATCGATCACCCATAGAATTTCCTGA  1616
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1777  CCTGTGAATTCTTCCAACCATGGACCAGTGTCTACTGGCTCTCTAACTAATCGATCACCCATAGAATTTCCTGA  1850

Query 1617  TACTGCTGATTTTCTTAATAAGCCAAGCGTTATCTTGCAGAGATCTCTGGGCAATGCACCTAATACTCCAGATT  1690
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1851  TACTGCTGATTTTCTTAATAAGCCAAGCGTTATCTTGCAGAGATCTCTGGGCAATGCACCTAATACTCCAGATT  1924

Query 1691  TTTATCAGCAACTTAGAAATTCTGATAGCAATCTGTGTAACAGCTGTGGACATCAAATGCTGAAATATGTTTCA  1764
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1925  TTTATCAGCAACTTAGAAATTCTGATAGCAATCTGTGTAACAGCTGTGGACATCAAATGCTGAAATATGTTTCA  1998

Query 1765  ACATCTGAATCAGATGGTACAGATTGCTGCAGTGGAAAATCAGGTGAAGAAGAAAACATTTTCTCGAAAGAATC  1838
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1999  ACATCTGAATCAGATGGTACAGATTGCTGCAGTGGAAAATCAGGTGAAGAAGAAAACATTTTCTCGAAAGAATC  2072

Query 1839  ATTCAAACTTATGGAAACTCAACAAGAAGAGGAAACAGAGAAGAAAGACAGCAGAAAATTATTTCAGGAAGGTG  1912
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2073  ATTCAAACTTATGGAAACTCAACAAGAAGAGGAAACAGAGAAGAAAGACAGCAGAAAATTATTTCAGGAAGGTG  2146

Query 1913  ATAAGTGGCTAACAGAAGAGGCACAGAGTGAACAGCAAACAAATATTGAACAGGAAGTATCACTGGACCTGATT  1986
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2147  ATAAGTGGCTAACAGAAGAGGCACAGAGTGAACAGCAAACAAATATTGAACAGGAAGTATCACTGGACCTGATT  2220

Query 1987  TTAGTAGAAGAGTATGACTCATTAATAGAAAAGATGAGCAACTGGAATTTTCCAATTTTTGAACTTGTAGAAAA  2060
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2221  TTAGTAGAAGAGTATGACTCATTAATAGAAAAGATGAGCAACTGGAATTTTCCAATTTTTGAACTTGTAGAAAA  2294

Query 2061  GATGGGAGAGAAATCAGGAAGGATTCTCAGTCAGGTTATGTATACCTTATTTCAAGACACTGGTTTATTGGAAA  2134
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2295  GATGGGAGAGAAATCAGGAAGGATTCTCAGTCAGGTTATGTATACCTTATTTCAAGACACTGGTTTATTGGAAA  2368

Query 2135  TATTTAAAATTCCCACTCAACAATTTATGAACTATTTTCGTGCATTAGAAAATGGCTATCGAGACATTCCTTAT  2208
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2369  TATTTAAAATTCCCACTCAACAATTTATGAACTATTTTCGTGCATTAGAAAATGGCTATCGAGACATTCCTTAT  2442

Query 2209  CACAATCGTATACATGCCACAGATGTGCTACATGCAGTTTGGTATCTGACAACACGGCCAGTTCCTGGCTTACA  2282
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2443  CACAATCGTATACATGCCACAGATGTGCTACATGCAGTTTGGTATCTGACAACACGGCCAGTTCCTGGCTTACA  2516

Query 2283  GCAGATCCACAATGGTTGTGGAACAGGAAATGAAACAGATTCTGATGGTAGAATTAACCATGGGCGAATTGCTT  2356
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2517  GCAGATCCACAATGGTTGTGGAACAGGAAATGAAACAGATTCTGATGGTAGAATTAACCATGGGCGAATTGCTT  2590

Query 2357  ATATTTCTTCGAAGAGCTGCTCTAATCCTGATGAGAGTTATGGCTGCCTGTCTTCAAACATTCCTGCATTAGAA  2430
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2591  ATATTTCTTCGAAGAGCTGCTCTAATCCTGATGAGAGTTATGGCTGCCTGTCTTCAAACATTCCTGCATTAGAA  2664

Query 2431  TTGATGGCTCTATACGTGGCAGCTGCCATGCATGATTATGATCACCCAGGGAGGACAAATGCATTTCTAGTGGC  2504
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2665  TTGATGGCTCTATACGTGGCAGCTGCCATGCATGATTATGATCACCCAGGGAGGACAAATGCATTTCTAGTGGC  2738

Query 2505  TACAAATGCCCCTCAGGCAGTTTTATACAATGACAGATCTGTTCTGGAAAATCATCATGCTGCGTCAGCTTGGA  2578
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2739  TACAAATGCCCCTCAGGCAGTTTTATACAATGACAGATCTGTTCTGGAAAATCATCATGCTGCGTCAGCTTGGA  2812

Query 2579  ATCTATATCTTTCTCGCCCAGAATACAACTTCCTTCTTCATCTTGATCATGTGGAATTCAAGCGCTTTCGTTTT  2652
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2813  ATCTATATCTTTCTCGCCCAGAATACAACTTCCTTCTTCATCTTGATCATGTGGAATTCAAGCGCTTTCGTTTT  2886

Query 2653  TTAGTCATTGAAGCAATCCTTGCTACGGATCTTAAAAAGCATTTTGATTTTCTCGCAGAATTCAATGCCAAGGC  2726
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2887  TTAGTCATTGAAGCAATCCTTGCTACGGATCTTAAAAAGCATTTTGATTTTCTCGCAGAATTCAATGCCAAGGC  2960

Query 2727  AAATGATGTAAATAGTAATGGCATAGAATGGAGTAATGAAAATGATCGCCTCTTGGTATGCCAGGTGTGCATCA  2800
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2961  AAATGATGTAAATAGTAATGGCATAGAATGGAGTAATGAAAATGATCGCCTCTTGGTATGCCAGGTGTGCATCA  3034

Query 2801  AACTGGCAGATATAAATGGCCCAGCAAAAGTTCGAGACTTGCATTTGAAATGGACAGAAGGCATTGTCAATGAA  2874
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 3035  AACTGGCAGATATAAATGGCCCAGCAAAAGTTCGAGACTTGCATTTGAAATGGACAGAAGGCATTGTCAATGAA  3108

Query 2875  TTTTATGAGCAGGGAGATGAAGAAGCAAATCTTGGTCTGCCCATCAGTCCATTCATGGATCGTTCTTCTCCTCA  2948
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 3109  TTTTATGAGCAGGGAGATGAAGAAGCAAATCTTGGTCTGCCCATCAGTCCATTCATGGATCGTTCTTCTCCTCA  3182

Query 2949  ACTAGCAAAACTCCAAGAATCTTTTATCACCCACATAGTGGGTCCCCTGTGTAACTCCTATGATGCTGCTGGTT  3022
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 3183  ACTAGCAAAACTCCAAGAATCTTTTATCACCCACATAGTGGGTCCCCTGTGTAACTCCTATGATGCTGCTGGTT  3256

Query 3023  TGCTACCAGGTCAGTGGTTAGAAGCAGAAGAGGATAATGATACTGAAAGTGGTGATGATGAAGACGGTGAAGAA  3096
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 3257  TGCTACCAGGTCAGTGGTTAGAAGCAGAAGAGGATAATGATACTGAAAGTGGTGATGATGAAGACGGTGAAGAA  3330

Query 3097  TTAGATACAGAAGATGAAGAAATGGAAAACAATCTAAATCCAAAACCACCAAGAAGGAAAAGCAGACGGCGAAT  3170
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 3331  TTAGATACAGAAGATGAAGAAATGGAAAACAATCTAAATCCAAAACCACCAAGAAGGAAAAGCAGACGGCGAAT  3404

Query 3171  ATTTTGTCAGCTAATGCACCACCTCACTGAAAACCACAAGATATGGAAGGAAATCGTAGAGGAAGAAGAAAAAT  3244
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 3405  ATTTTGTCAGCTAATGCACCACCTCACTGAAAACCACAAGATATGGAAGGAAATCGTAGAGGAAGAAGAAAAAT  3478

Query 3245  GTAAAGCTGATGGGAATAAACTGCAGGTGGAGAATTCCTCCTTACCTCAAGCAGATGAGATTCAGGTAATTGAA  3318
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 3479  GTAAAGCTGATGGGAATAAACTGCAGGTGGAGAATTCCTCCTTACCTCAAGCAGATGAGATTCAGGTAATTGAA  3552

Query 3319  GAGGCAGATGAAGAGGAA  3336
            ||||||||||||||||||
Sbjct 3553  GAGGCAGATGAAGAGGAA  3570