Nucleotide Global Alignment

Description

• Query: ccsbBroadEn_06902
• Subject: NM_001330193.1
• Aligned Length: 2376
• Identities: 1707
• Gaps: 666

Alignment

Query    1  ATGCATGTGATCAAGCGAGATGGCCGCCAAGAACGAGTCATGTTTGACAAAATTACATCTCGAATCCAGAAGCT  74
                                                                                      
Sbjct    1  --------------------------------------------------------------------------  0

Query   75  TTGTTATGGACTCAATATGGATTTTGTTGATCCTGCTCAGATCACCATGAAAGTAATCCAAGGCTTGTACAGTG  148
                                                                                      
Sbjct    1  --------------------------------------------------------------------------  0

Query  149  GGGTCACCACAGTGGAACTAGATACTTTGGCTGCTGAAACAGCTGCAACCTTGACTACTAAGCACCCTGACTAT  222
                                                                                      
Sbjct    1  --------------------------------------------------------------------------  0

Query  223  GCTATCCTGGCAGCCAGGATCGCTGTCTCTAACTTGCACAAAGAAACAAAGAAAGTGTTCAGTGATGTGATGGA  296
                                                                                      
Sbjct    1  --------------------------------------------------------------------------  0

Query  297  AGACCTCTATAACTACATAAATCCACATAATGGCAAACACTCTCCCATGGTGGCCAAGTCAACATTGGATATTG  370
                                                                                      
Sbjct    1  --------------------------------------------------------------------------  0

Query  371  TTCTGGCCAATAAAGATCGCCTGAATTCTGCTATTATCTATGACCGAGATTTCTCTTACAATTACTTCGGCTTT  444
                                                                                      
Sbjct    1  --------------------------------------------------------------------------  0

Query  445  AAGACGCTAGAGCGGTCTTATTTGTTGAAGATCAATGGAAAAGTGGCTGAAAGACCACAACATATGTTGATGAG  518
                                                                                      
Sbjct    1  --------------------------------------------------------------------------  0

Query  519  AGTATCTGTTGGGATCCACAAAGAAGACATTGATGCAGCAATTGAAACATATAATCTTCTTTCTGAGAGGTGGT  592
                                                                                      
Sbjct    1  --------------------------------------------------------------------------  0

Query  593  TTACTCATGCTTCGCCCACTCTCTTCAATGCTGGTACCAACCGCCCACAACTTTCTAGCTGTTTTCTTCTGAGT  666
                                                                                      
Sbjct    1  --------------------------------------------------------------------------  0

Query  667  ATGAAAGATGACAGCATTGAAGGCATTTATGACACTCTAAAGCAATGTGCATTGATTTCTAAGTCTGCTGGAGG  740
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct    1  ATGAAAGATGACAGCATTGAAGGCATTTATGACACTCTAAAGCAATGTGCATTGATTTCTAAGTCTGCTGGAGG  74

Query  741  AATTGGTGTTGCTGTGAGTTGTATTCGGGCTACTGGCAGCTACATTGCTGGGACTAATGGCAATTCCAATGGCC  814
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct   75  AATTGGTGTTGCTGTGAGTTGTATTCGGGCTACTGGCAGCTACATTGCTGGGACTAATGGCAATTCCAATGGCC  148

Query  815  TTGTACCGATGCTGAGAGTATATAACAACACAGCTAGATATGTGGATCAAGGTGGGAACAAGCGTCCTGGGGCA  888
            |||||||||||||||||||||||||||||||||||.||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  149  TTGTACCGATGCTGAGAGTATATAACAACACAGCTCGATATGTGGATCAAGGTGGGAACAAGCGTCCTGGGGCA  222

Query  889  TTTGCTATTTACCTGGAGCCTTGGCATTTAGACATCTTTGAATTCCTTGATTTAAAGAAGAACACAGGAAAGGA  962
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  223  TTTGCTATTTACCTGGAGCCTTGGCATTTAGACATCTTTGAATTCCTTGATTTAAAGAAGAACACAGGAAAGGA  296

Query  963  AGAGCAGCGTGCCAGAGATCTTTTCTTTGCTCTTTGGATTCCGGATCTCTTCATGAAACGAGTGGAGACTAATC  1036
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  297  AGAGCAGCGTGCCAGAGATCTTTTCTTTGCTCTTTGGATTCCGGATCTCTTCATGAAACGAGTGGAGACTAATC  370

Query 1037  AGGACTGGTCTTTGATGTGTCCAAATGAGTGTCCTGGTCTGGATGAGGTTTGGGGAGAGGAATTTGAGAAACTA  1110
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  371  AGGACTGGTCTTTGATGTGTCCAAATGAGTGTCCTGGTCTGGATGAGGTTTGGGGAGAGGAATTTGAGAAACTA  444

Query 1111  TATGCAAGTTATGAGAAACAAGGTCGTGTCCGCAAAGTTGTAAAAGCTCAGCAGCTTTGGTATGCCATCATTGA  1184
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  445  TATGCAAGTTATGAGAAACAAGGTCGTGTCCGCAAAGTTGTAAAAGCTCAGCAGCTTTGGTATGCCATCATTGA  518

Query 1185  GTCTCAGACGGAAACAGGCACCCCGTATATGCTCTACAAAGATTCCTGTAATCGAAAGAGCAACCAGCAGAACC  1258
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  519  GTCTCAGACGGAAACAGGCACCCCGTATATGCTCTACAAAGATTCCTGTAATCGAAAGAGCAACCAGCAGAACC  592

Query 1259  TGGGAACCATCAAATGCAGCAACCTGTGCACAGAAATAGTGGAGTACACCAGCAAAGATGAGGTTGCTGTTTGT  1332
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  593  TGGGAACCATCAAATGCAGCAACCTGTGCACAGAAATAGTGGAGTACACCAGCAAAGATGAGGTTGCTGTTTGT  666

Query 1333  AATTTGGCTTCCCTGGCCCTGAATATGTATGTCACATCAGAACACACATACGACTTTAAGAAGTTGGCTGAAGT  1406
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  667  AATTTGGCTTCCCTGGCCCTGAATATGTATGTCACATCAGAACACACATACGACTTTAAGAAGTTGGCTGAAGT  740

Query 1407  CACTAAAGTCGTTGTCCGAAACTTGAATAAAATTATTGATATAAACTACTATCCTGTACCAGAGGCATGCCTAT  1480
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  741  CACTAAAGTCGTTGTCCGAAACTTGAATAAAATTATTGATATAAACTACTATCCTGTACCAGAGGCATGCCTAT  814

Query 1481  CAAATAAACGCCATCGCCCCATTGGAATTGGGGTACAAGGTCTGGCAGATGCTTTTATCCTGATGAGATACCCT  1554
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  815  CAAATAAACGCCATCGCCCCATTGGAATTGGGGTACAAGGTCTGGCAGATGCTTTTATCCTGATGAGATACCCT  888

Query 1555  TTTGAGAGTGCAGAAGCCCAGTTACTGAATAAGCAGATCTTTGAAACTATTTATTATGGTGCTCTGGAAGCCAG  1628
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  889  TTTGAGAGTGCAGAAGCCCAGTTACTGAATAAGCAGATCTTTGAAACTATTTATTATGGTGCTCTGGAAGCCAG  962

Query 1629  CTGTGACCTTGCCAAGGAGCAGGGCCCATACGAAACCTATGAGGGCTCTCCAGTTAGCAAAGGAATTCTTCAGT  1702
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  963  CTGTGACCTTGCCAAGGAGCAGGGCCCATACGAAACCTATGAGGGCTCTCCAGTTAGCAAAGGAATTCTTCAGT  1036

Query 1703  ATGATATGTGGAATGTTACTCCTACAGACCTATGGGACTGGAAGGTTCTCAAGGAGAAGATTGCAAAGTATGGT  1776
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1037  ATGATATGTGGAATGTTACTCCTACAGACCTATGGGACTGGAAGGTTCTCAAGGAGAAGATTGCAAAGTATGGT  1110

Query 1777  ATAAGAAACAGTTTACTTATTGCCCCGATGCCTACAGCTTCCACTGCTCAGATCCTGGGGAATAATGAGTCCAT  1850
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1111  ATAAGAAACAGTTTACTTATTGCCCCGATGCCTACAGCTTCCACTGCTCAGATCCTGGGGAATAATGAGTCCAT  1184

Query 1851  TGAACCTTACACCAGCAACATCTATACTCGCAGAGTCTTGTCAGGAGAATTTCAGATTGTAAATCCTCACTTAT  1924
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1185  TGAACCTTACACCAGCAACATCTATACTCGCAGAGTCTTGTCAGGAGAATTTCAGATTGTAAATCCTCACTTAT  1258

Query 1925  TGAAAGATCTTACCGAGCGGGGCCTATGGCATGAAGAGATGAAAAACCAGATTATTGCATGCAATGGCTCTATT  1998
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1259  TGAAAGATCTTACCGAGCGGGGCCTATGGCATGAAGAGATGAAAAACCAGATTATTGCATGCAATGGCTCTATT  1332

Query 1999  CAGAGCATACCAGAAATTCCTGATGACCTGAAGCAACTTTATAAAACTGTGTGGGAAATCTCTCAGAAAACTGT  2072
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1333  CAGAGCATACCAGAAATTCCTGATGACCTGAAGCAACTTTATAAAACTGTGTGGGAAATCTCTCAGAAAACTGT  1406

Query 2073  TCTCAAGATGGCAGCTGAGAGAGGTGCTTTCATTGATCAAAGCCAATCTTTGAACATCCACATTGCTGAGCCTA  2146
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1407  TCTCAAGATGGCAGCTGAGAGAGGTGCTTTCATTGATCAAAGCCAATCTTTGAACATCCACATTGCTGAGCCTA  1480

Query 2147  ACTATGGCAAACTCACTAGTATGCACTTCTACGGCTGGAAGCAGGGTTTGAAGACTGGGATGTATTATTTAAGG  2220
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1481  ACTATGGCAAACTCACTAGTATGCACTTCTACGGCTGGAAGCAGGGTTTGAAGACTGGGATGTATTATTTAAGG  1554

Query 2221  ACGAGACCAGCAGCTAATCCAATCCAGTTCACTCTAAATAAGGAGAAGCTAAAAGATAAAGAAAAGGTATCAAA  2294
            ||.||||||||.||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1555  ACAAGACCAGCGGCTAATCCAATCCAGTTCACTCTAAATAAGGAGAAGCTAAAAGATAAAGAAAAGGTATCAAA  1628

Query 2295  AGAGGAAGAAGAGAAGGAGAGGAACACAGCAGCCATGGTGTGCTCTTTGGAGAATAGAGATGAATGTCTGATGT  2368
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1629  AGAGGAAGAAGAGAAGGAGAGGAACACAGCAGCCATGGTGTGCTCTTTGGAGAATAGAGATGAATGTCTGATGT  1702

Query 2369  GTGGATCC  2376
            ||||||||
Sbjct 1703  GTGGATCC  1710