Nucleotide Global Alignment

Description

• Query: ccsbBroadEn_06931
• Subject: NM_011349.3
• Aligned Length: 2357
• Identities: 2018
• Gaps: 97

Alignment

Query    1  ATGCTTGTCGCCGGTCTTC-TTCTCTGGGCTTCCCTACTGACCGGGGCCTGGCCATCCTTCCCC-ACCCAGGAC  72
            ||||||||| .|.|.|||| |.||||||||||||||.||||||||||||||||| |.||.|||| |.|||||||
Sbjct    1  ATGCTTGTC-ACTGCCTTCATCCTCTGGGCTTCCCTGCTGACCGGGGCCTGGCC-TGCTACCCCTATCCAGGAC  72

Query   73  CACCTCCCGGCCACGCCCCGGGTCCGGCTCTCATTCAAAGAGCTGAAGGCCACAGGCACCGCCCACTTCTTCAA  146
            ||.||.||.|||||.||..|.|||||.||.|||||||||||.||.||||||||.||.|||||||||||||||||
Sbjct   73  CAGCTTCCAGCCACACCTAGAGTCCGACTGTCATTCAAAGAACTTAAGGCCACCGGTACCGCCCACTTCTTCAA  146

Query  147  CTTCCTGCTCAACACAACCGACTACCGAATCTTGCTCAAGGACGAGGACCACGACCGCATGTACGTGGGCAGCA  220
            |||.|||||||||||.||.||||||.|||||.||||||||||.||||||||.|||||||||||.||||||||||
Sbjct  147  CTTTCTGCTCAACACTACAGACTACAGAATCCTGCTCAAGGATGAGGACCATGACCGCATGTATGTGGGCAGCA  220

Query  221  AGGACTACGTGCTGTCCCTGGACCTGCACGACATCAACCGCGAGCCCCTCATTATACACTGGGCAGCCTCCCCA  294
            ||||||||||||||||||||||||||||.|||||||||||.||||||||.|||||.||.||||||||||||||.
Sbjct  221  AGGACTACGTGCTGTCCCTGGACCTGCATGACATCAACCGAGAGCCCCTTATTATCCATTGGGCAGCCTCCCCG  294

Query  295  CAGCGCATCGAGGAATGCGTGCTCTCAGGCAAGGATGTCAACGGCGAGTGTGGGAACTTCGTCAGGCTCATCCA  368
            ||||||||.|||||.|||.|.||.|||||||||||||.|||.||.||||||||.|||||||||.||||||||||
Sbjct  295  CAGCGCATTGAGGAGTGCATACTGTCAGGCAAGGATGGCAATGGAGAGTGTGGTAACTTCGTCCGGCTCATCCA  368

Query  369  GCCCTGGAACCGAACACACCTGTATGTGTGCGGGACAGGTGCCTACAACCCCATGTGCACCTATGTGAACCGCG  442
            |||.||||||||||||||||||||||||||.|||||.|||||||||||||||||||||||||||||||||||.|
Sbjct  369  GCCTTGGAACCGAACACACCTGTATGTGTGTGGGACCGGTGCCTACAACCCCATGTGCACCTATGTGAACCGTG  442

Query  443  GACGCCGCGCCCAGGCCACACCATGGACCCAGACTCAGGCGGTCAGAGGCCGCGGCAGCAGAGCCACGGATGGT  516
            |.||.|||||                                                                
Sbjct  443  GCCGTCGCGC----------------------------------------------------------------  452

Query  517  GCCCTCCGCCCGATGCCCACAGCCCCACGCCAGGATTACATCTTCTACCTGGAGCCTGAGCGACTCGAGTCAGG  590
                                         .||||||||||||||||||||||||||||||..|||.||||||||
Sbjct  453  -----------------------------ACAGGATTACATCTTCTACCTGGAGCCTGAGAAACTGGAGTCAGG  497

Query  591  GAAGGGCAAGTGTCCGTACGATCCCAAGCTGGACACAGCATCGGCCCTCATCAATGAGGAGCTCTATGCTGGTG  664
            .||.|||||.|||||.||.||.|||||||||||||||||.||.|||||||||||||||||.||||||||.||.|
Sbjct  498  AAAAGGCAAATGTCCCTATGACCCCAAGCTGGACACAGCCTCAGCCCTCATCAATGAGGAACTCTATGCAGGAG  571

Query  665  TGTACATCGATTTTATGGGCACTGATGCAGCCATCTTCCGCACACTTGGAAAGCAGACAGCCATGCGCACGGAT  738
            |||||||||||||||||||.||.|||||||||||.||||||||.||.||.||||||||||||||||||||.|||
Sbjct  572  TGTACATCGATTTTATGGGTACCGATGCAGCCATTTTCCGCACGCTGGGGAAGCAGACAGCCATGCGCACAGAT  645

Query  739  CAGTACAACTCCCGGTGGCTGAACGACCCGTCGTTCATCCATGCTGAGCTCATTCCTGACAGTGCGGAGCGCAA  812
            ||||||||||||||||||||.||.||.||.||.|||||.||||||||||||||.|||||||||||.||||||||
Sbjct  646  CAGTACAACTCCCGGTGGCTCAATGATCCTTCCTTCATACATGCTGAGCTCATCCCTGACAGTGCAGAGCGCAA  719

Query  813  TGATGATAAGCTTTACTTCTTCTTCCGTGAGCGGTCGGCAGAGGCGCCGCAGAGCCCCGCGGTGTACGCCCGCA  886
            |||.|||||.||.||||||||||||||.|||||.||||||||||||||.||||.|||.||.|||||.|||||||
Sbjct  720  TGACGATAAACTCTACTTCTTCTTCCGAGAGCGCTCGGCAGAGGCGCCACAGAACCCTGCTGTGTATGCCCGCA  793

Query  887  TCGGGCGCATTTGCCTGAACGATGACGGTGGTCACTGTTGCCTGGTCAACAAGTGGAGCACATTCCTGAAGGCG  960
            ||||||||||.|||||.||||||||||||||.||.||.|||||||||||||||||||||||||||||||||||.
Sbjct  794  TCGGGCGCATCTGCCTCAACGATGACGGTGGCCATTGCTGCCTGGTCAACAAGTGGAGCACATTCCTGAAGGCT  867

Query  961  CGGCTCGTCTGCTCTGTCCCGGGCGAGGATGGCATTGAGACTCACTTTGATGAGCTCCAGGACGTGTTTGTCCA  1034
            ||||||||||||||.||.||.|||||||||||.||||||||.|||||.||.||.||||||||.|||||||||||
Sbjct  868  CGGCTCGTCTGCTCCGTGCCAGGCGAGGATGGTATTGAGACCCACTTCGACGAACTCCAGGATGTGTTTGTCCA  941

Query 1035  GCAGACCCAGGACGTGAGGAACCCTGTCATTTACGCTGTCTTTACCTCCTCTGGCTCCGTGTTCCGAGGCTCTG  1108
            |||||||||||||||.||||||||.||||||||.||||||||||||||.||.|||||.|||||||||||.||||
Sbjct  942  GCAGACCCAGGACGTCAGGAACCCAGTCATTTATGCTGTCTTTACCTCTTCAGGCTCTGTGTTCCGAGGGTCTG  1015

Query 1109  CCGTGTGTGTCTACTCCATGGCTGATATTCGCATGGTCTTCAACGGGCCCTTTGCCCACAAAGAGGGGCCCAAC  1182
            |.||||||||||||||||||||||||||.||||||||||||||.|||||.|||||.|||||.|||||.||||||
Sbjct 1016  CAGTGTGTGTCTACTCCATGGCTGATATCCGCATGGTCTTCAATGGGCCTTTTGCTCACAAGGAGGGCCCCAAC  1089

Query 1183  TACCAGTGGATGCCCTTCTCAGGGAAGATGCCCTACCCACGGCCGGGCACGTGCCCTGGTGGAACCTTCACGCC  1256
            ||.||.|||||||||||||||||.|||||||||||.||.|||||.|||||.|||||||||||||||||||||||
Sbjct 1090  TATCAATGGATGCCCTTCTCAGGAAAGATGCCCTATCCTCGGCCTGGCACATGCCCTGGTGGAACCTTCACGCC  1163

Query 1257  ATCTATGAAGTCCACCAAGGATTATCCTGATGAGGTGATCAACTTCATGCGCAGCCACCCACTCATGTACCAGG  1330
            .||.|||||||||||.|||||.||.||||||||.|||||||||||||||||||..||.||.|||||||||||||
Sbjct 1164  CTCGATGAAGTCCACTAAGGACTACCCTGATGAAGTGATCAACTTCATGCGCACTCATCCGCTCATGTACCAGG  1237

Query 1331  CCGTGTACCCTCTGCAGCGGCGGCCCCTGGTAGTCCGCACAGGTGCTCCCTACCGCCTTACCACTATTGCCGTG  1404
            ||||.|||||.||.||||||||.||||||||.|||||.|||||.||||||||||||||.||||||.|.||.|||
Sbjct 1238  CCGTCTACCCGCTCCAGCGGCGACCCCTGGTGGTCCGTACAGGCGCTCCCTACCGCCTCACCACTGTCGCTGTG  1311

Query 1405  GACCAGGTGGATGCAGCCGACGGGCGCTATGAGGTGCTTTTCCTGGGCACAGACCGCGGGACAGTGCAGAAGGT  1478
            |||||||||||||||||.||.||.||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1312  GACCAGGTGGATGCAGCTGATGGACGCTATGAGGTGCTTTTCCTGGGCACAGACCGCGGGACAGTGCAGAAGGT  1385

Query 1479  CATTGTGCTGCCCAAGGATGACCAGGAGATGGAGGAGCTCATGCTGGAGGAGGTGGAGGTCTTCAAGGATCCAG  1552
            |||.||||||||||||||.|||||||||.||||.|||||.|||||.|||||.|||||||||||||||||.||||
Sbjct 1386  CATCGTGCTGCCCAAGGACGACCAGGAGGTGGAAGAGCTGATGCTAGAGGAAGTGGAGGTCTTCAAGGAACCAG  1459

Query 1553  CACCCGTCAAGACCATGACCATCTCTTCTAAGAGGCAACAACTCTACGTGGCGTCAGCCGTGGGTGTCACACAC  1626
            ||||.||.||||||||||||||||||||.||||||||||||||.||.|||||.|||||||||||||||||||||
Sbjct 1460  CACCTGTTAAGACCATGACCATCTCTTCCAAGAGGCAACAACTGTATGTGGCCTCAGCCGTGGGTGTCACACAC  1533

Query 1627  CTGAGCCTGCACCGCTGCCAGGCGTATGGGGCTGCCTGTGCTGACTGCTGCCTTGCCCGGGACCCTTACTGTGC  1700
            |||||||||||||||||||||||.|||||.|||||||||||.|||||||||||||||||.||.||.||||||||
Sbjct 1534  CTGAGCCTGCACCGCTGCCAGGCCTATGGAGCTGCCTGTGCCGACTGCTGCCTTGCCCGCGATCCCTACTGTGC  1607

Query 1701  CTGGGATGGCCAGGCCTGCTCCCGCTATACAGCATCCTCCAAGAGGCGGAGCCGCCGGCAGGACGTCCGGCACG  1774
            |||||||||||||||||||||.|||||.|||||||||||||||||||||||.||||||||.||.|||||.||||
Sbjct 1608  CTGGGATGGCCAGGCCTGCTCTCGCTACACAGCATCCTCCAAGAGGCGGAGTCGCCGGCAAGATGTCCGCCACG  1681

Query 1775  GAAACCCCATCAGGCAGTGCCGTGGGTTCAACTCCAATGCCAACAAGAATGCCGTGGAGTCTGTGCAGTATGGC  1848
            |.|||||.|||||.|||||||||||.|||||.||||||||.||||||||||||||.||||||||||||||.||.
Sbjct 1682  GGAACCCTATCAGACAGTGCCGTGGTTTCAATTCCAATGCAAACAAGAATGCCGTAGAGTCTGTGCAGTACGGA  1755

Query 1849  GTGGCCGGCAGCGCAGCCTTCCTTGAGTGCCAGCCCCGCTCGCCCCAAGCCACTGTTAAGTGGCTGTTCCAGCG  1922
            |||||||||||||||||.|||||||||||.|||||||||||.||.|||||||||||.|||||||||||||||||
Sbjct 1756  GTGGCCGGCAGCGCAGCTTTCCTTGAGTGTCAGCCCCGCTCACCTCAAGCCACTGTCAAGTGGCTGTTCCAGCG  1829

Query 1923  AGATCCTGGTGACCGGCGCCGAGAGATTCGTGCAGAGGACCGCTTCCTGCGCACAGAGCAGGGCTTGTTGCTCC  1996
            ||||||..||||.||||||||.||||||||.||||||||||||||||||||.|||||||||||..|||||||.|
Sbjct 1830  AGATCCCAGTGATCGGCGCCGTGAGATTCGCGCAGAGGACCGCTTCCTGCGTACAGAGCAGGGGCTGTTGCTTC  1903

Query 1997  GTGCACTGCAGCTCAGCGATCGTGGCCTCTACTCCTGCACAGCCACTGAGAACAACTTTAAGCACGTCGTCACA  2070
            |.||.||||||||..|.||.||.|||||||||||||||||.|||||||||||||||||.||||||.|||||||.
Sbjct 1904  GCGCCCTGCAGCTTGGTGACCGCGGCCTCTACTCCTGCACGGCCACTGAGAACAACTTCAAGCACATCGTCACG  1977

Query 2071  CGAGTGCAGCTGCATGTACTGGGCCGGGACGCCGTCCATGCTGCCCTCTTCCCACCACTGTCCATGAGCGCCCC  2144
            ||.||||||||||||||||||||||||||.|||||||||||||||||||||||.||||||.|..||||||.|||
Sbjct 1978  CGGGTGCAGCTGCATGTACTGGGCCGGGATGCCGTCCATGCTGCCCTCTTCCCCCCACTGGCTGTGAGCGTCCC  2051

Query 2145  GCCACCCCCAGGCGCAGGCCCCCCAACGCCTCCTTACCAGGAGTTAGCCCAGCTGCTGGCCCAGCCAGAAGTGG  2218
            .|||||.||.|||.|||||||.|||||||||||||||||||||.|.||||||||.||.||||||||.|||||||
Sbjct 2052  TCCACCTCCTGGCACAGGCCCTCCAACGCCTCCTTACCAGGAGCTGGCCCAGCTCCTAGCCCAGCCGGAAGTGG  2125

Query 2219  GCCTCATCCACCAGTACTGCCAGGGTTACTGGCGCCATGTGCCCCCCAGCCCCAGGGAGGCTCCAGGGGCACCC  2292
            ||||||||||.||||||||||||||||||||||||||.|||||||||||.|||||||||||.|||||.||||..
Sbjct 2126  GCCTCATCCATCAGTACTGCCAGGGTTACTGGCGCCACGTGCCCCCCAGACCCAGGGAGGCGCCAGGAGCACTT  2199

Query 2293  CGGTCTCCTGAGCCCCAGGACCAGAAAAAGCCCCGGAACCGCCGGCACCACCCTCCGGACACA  2355
            .||.|||||||.|.||||||||||||||||||..||||||||||.||||||||||||||||||
Sbjct 2200  AGGCCTCCTGAACTCCAGGACCAGAAAAAGCCGAGGAACCGCCGCCACCACCCTCCGGACACA  2262