Nucleotide Global Alignment

Description

• Query: ccsbBroadEn_07140
• Subject: NM_001354729.1
• Aligned Length: 2820
• Identities: 2800
• Gaps: 18

Alignment

Query    1  ATGGCTCGGAAACGCGCGGCCGGCGGGGAGCCGCGGGGACGCGAACTGCGCAGCCAGAAATCCAAGGCCAAGAG  74
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct    1  ATGGCTCGGAAACGCGCGGCCGGCGGGGAGCCGCGGGGACGCGAACTGCGCAGCCAGAAATCCAAGGCCAAGAG  74

Query   75  CAAGGCCCGGCGTGAGGAGGAGGAGGAGGATGCCTTTGAAGATGAGAAACCCCCAAAGAAGAGCCTTCTCTCCA  148
            |||||||||||                  |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct   75  CAAGGCCCGGC------------------ATGCCTTTGAAGATGAGAAACCCCCAAAGAAGAGCCTTCTCTCCA  130

Query  149  AAGTTTCACAAGGAAAGAGGAAAAGAGGCTGCAGTCATCCTGGGGGTTCAGCAGATGGTCCAGCAAAAAAGAAA  222
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  131  AAGTTTCACAAGGAAAGAGGAAAAGAGGCTGCAGTCATCCTGGGGGTTCAGCAGATGGTCCAGCAAAAAAGAAA  204

Query  223  GTGGCCAAGGTGACTGTTAAATCTGAAAACCTCAAGGTTATAAAGGATGAAGCCCTCAGCGATGGGGATGACCT  296
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  205  GTGGCCAAGGTGACTGTTAAATCTGAAAACCTCAAGGTTATAAAGGATGAAGCCCTCAGCGATGGGGATGACCT  278

Query  297  CAGGGACTTTCCAAGTGACCTCAAGAAGGCACACCATCTGAAGAGAGGGGCTACCATGAATGAAGACAGCAATG  370
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  279  CAGGGACTTTCCAAGTGACCTCAAGAAGGCACACCATCTGAAGAGAGGGGCTACCATGAATGAAGACAGCAATG  352

Query  371  AAGAAGAGGAAGAAAGTGAAAATGATTGGGAAGAGGTTGAAGAACTTAGTGAGCCTGTGCTGGGTGACGTGAGA  444
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  353  AAGAAGAGGAAGAAAGTGAAAATGATTGGGAAGAGGTTGAAGAACTTAGTGAGCCTGTGCTGGGTGACGTGAGA  426

Query  445  GAAAGTACAGCCTTCTCTCGATCTCTTCTGCCTGTGAAGCCAGTGGAGATAGAGATTGAAACGCCAGAGCAGGC  518
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  427  GAAAGTACAGCCTTCTCTCGATCTCTTCTGCCTGTGAAGCCAGTGGAGATAGAGATTGAAACGCCAGAGCAGGC  500

Query  519  GAAGACAAGAGAAAGAAGTGAAAAGATAAAACTGGAGTTTGAGACATATCTTCGGAGGGCGATGAAACGTTTCA  592
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  501  GAAGACAAGAGAAAGAAGTGAAAAGATAAAACTGGAGTTTGAGACATATCTTCGGAGGGCGATGAAACGTTTCA  574

Query  593  ATAAAGGGGTCCATGAGGACACACACAAGGTTCACCTTCTCTGCCTGCTAGCAAATGGCTTCTATCGAAATAAC  666
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  575  ATAAAGGGGTCCATGAGGACACACACAAGGTTCACCTTCTCTGCCTGCTAGCAAATGGCTTCTATCGAAATAAC  648

Query  667  ATCTGCAGCCAGCCAGATCTGCATGCTATTGGCCTGTCCATCATCCCAGCCCGCTTTACCAGAGTGCTGCCTCG  740
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  649  ATCTGCAGCCAGCCAGATCTGCATGCTATTGGCCTGTCCATCATCCCAGCCCGCTTTACCAGAGTGCTGCCTCG  722

Query  741  AGATGTGGACACCTACTACCTCTCAAACCTGGTGAAGTGGTTCATTGGAACATTTACAGTTAATGCAGAACTTT  814
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  723  AGATGTGGACACCTACTACCTCTCAAACCTGGTGAAGTGGTTCATTGGAACATTTACAGTTAATGCAGAACTTT  796

Query  815  CAGCCAGTGAACAAGATAACCTGCAGACTACATTGGAAAGGAGATTTGCTATTTACTCTGCTCGAGATGATGAG  888
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  797  CAGCCAGTGAACAAGATAACCTGCAGACTACATTGGAAAGGAGATTTGCTATTTACTCTGCTCGAGATGATGAG  870

Query  889  GAATTGGTCCATATATTCTTACTGATTCTCCGGGCTCTGCAGCTCTTGACCCGGCTGGTATTGTCTCTACAGCC  962
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  871  GAATTGGTCCATATATTCTTACTGATTCTCCGGGCTCTGCAGCTCTTGACCCGGCTGGTATTGTCTCTACAGCC  944

Query  963  AATTCCTCTGAAGTCAGCAACAGCAAAGGGAAAGAAACCTTCCAAGGAAAGATTGACTGCGGATCCAGGAGGCT  1036
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  945  AATTCCTCTGAAGTCAGCAACAGCAAAGGGAAAGAAACCTTCCAAGGAAAGATTGACTGCGGATCCAGGAGGCT  1018

Query 1037  CCTCAGAAACTTCCAGCCAAGTTCTAGAAAACCACACCAAACCAAAGACCAGCAAAGGAACCAAACAAGAGGAA  1110
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1019  CCTCAGAAACTTCCAGCCAAGTTCTAGAAAACCACACCAAACCAAAGACCAGCAAAGGAACCAAACAAGAGGAA  1092

Query 1111  ACCTTTGCTAAGGGCACCTGCAGGCCAAGTGCCAAAGGGAAGAGGAACAAGGGAGGCAGAAAGAAACGGAGCAA  1184
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1093  ACCTTTGCTAAGGGCACCTGCAGGCCAAGTGCCAAAGGGAAGAGGAACAAGGGAGGCAGAAAGAAACGGAGCAA  1166

Query 1185  GCCCTCCTCCAGCGAGGAAGATGAGGGCCCAGGAGACAAGCAGGAGAAGGCAACCCAGCGACGTCCGCATGGCC  1258
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1167  GCCCTCCTCCAGCGAGGAAGATGAGGGCCCAGGAGACAAGCAGGAGAAGGCAACCCAGCGACGTCCGCATGGCC  1240

Query 1259  GGGAGCGGCGGGTGGCCTCCAGGGTGTCTTATAAAGAGGAGAGTGGGAGTGATGAGGCTGGCAGCGGCTCTGAT  1332
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1241  GGGAGCGGCGGGTGGCCTCCAGGGTGTCTTATAAAGAGGAGAGTGGGAGTGATGAGGCTGGCAGCGGCTCTGAT  1314

Query 1333  TTTGAGCTCTCCAGTGGAGAAGCCTCTGATCCCTCTGATGAGGATTCCGAACCTGGCCCTCCAAAGCAGAGGAA  1406
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1315  TTTGAGCTCTCCAGTGGAGAAGCCTCTGATCCCTCTGATGAGGATTCCGAACCTGGCCCTCCAAAGCAGAGGAA  1388

Query 1407  AGCCCCCGCTCCTCAGAGGACAAAGGCTGGGTCCAAGAGTGCCTCCAGGACCCATCGTGGGAGCCATCGTAAGG  1480
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1389  AGCCCCCGCTCCTCAGAGGACAAAGGCTGGGTCCAAGAGTGCCTCCAGGACCCATCGTGGGAGCCATCGTAAGG  1462

Query 1481  ACCCAAGCTTGCCAGCGGCATCCTCAAGCTCTTCAAGCAGTAAAAGAGGCAAGAAAATGTGCAGCGATGGTGAG  1554
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1463  ACCCAAGCTTGCCAGCGGCATCCTCAAGCTCTTCAAGCAGTAAAAGAGGCAAGAAAATGTGCAGCGATGGTGAG  1536

Query 1555  AAGGCAGAAAAAAGAAGCATAGCTGGTATAGACCAGTGGCTAGAGGTGTTCTGTGAGCAGGAGGAAAAGTGGGT  1628
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1537  AAGGCAGAAAAAAGAAGCATAGCTGGTATAGACCAGTGGCTAGAGGTGTTCTGTGAGCAGGAGGAAAAGTGGGT  1610

Query 1629  ATGTGTAGACTGTGTGCACGGTGTGGTGGGCCAGCCTCTGACCTGTTACAAGTACGCCACCAAGCCCATGACCT  1702
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1611  ATGTGTAGACTGTGTGCACGGTGTGGTGGGCCAGCCTCTGACCTGTTACAAGTACGCCACCAAGCCCATGACCT  1684

Query 1703  ATGTGGTGGGCATTGACAGTGACGGCTGGGTCCGAGATGTCACACAGAGGTACGACCCAGTCTGGATGACAGTG  1776
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1685  ATGTGGTGGGCATTGACAGTGACGGCTGGGTCCGAGATGTCACACAGAGGTACGACCCAGTCTGGATGACAGTG  1758

Query 1777  ACCCGCAAGTGCCGGGTTGATGCTGAGTGGTGGGCCGAGACCTTGAGACCATACCAGAGCCCATTTATGGACAG  1850
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1759  ACCCGCAAGTGCCGGGTTGATGCTGAGTGGTGGGCCGAGACCTTGAGACCATACCAGAGCCCATTTATGGACAG  1832

Query 1851  GGAGAAGAAAGAAGACTTGGAGTTTCAGGCAAAACACATGGACCAGCCTTTGCCCACTGCCATTGGCTTATATA  1924
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1833  GGAGAAGAAAGAAGACTTGGAGTTTCAGGCAAAACACATGGACCAGCCTTTGCCCACTGCCATTGGCTTATATA  1906

Query 1925  AGAACCACCCTCTGTATGCCCTGAAGCGGCATCTCCTGAAATATGAGGCCATCTATCCCGAGACAGCTGCCATC  1998
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1907  AGAACCACCCTCTGTATGCCCTGAAGCGGCATCTCCTGAAATATGAGGCCATCTATCCCGAGACAGCTGCCATC  1980

Query 1999  CTTGGGTATTGTCGTGGAGAAGCGGTCTACTCCAGGGATTGTGTGCACACTCTGCATTCCAGAGACACGTGGCT  2072
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||.|||||||||||
Sbjct 1981  CTTGGGTATTGTCGTGGAGAAGCGGTCTACTCCAGGGATTGTGTGCACACTCTGCATTCCAGGGACACGTGGCT  2054

Query 2073  GAAGAAAGCAAGAGTGGTGAGGCTTGGAGAAGTACCCTACAAGATGGTGAAAGGCTTTTCTAACCGTGCTCGGA  2146
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2055  GAAGAAAGCAAGAGTGGTGAGGCTTGGAGAAGTACCCTACAAGATGGTGAAAGGCTTTTCTAACCGTGCTCGGA  2128

Query 2147  AAGCCCGACTTGCTGAGCCCCAGCTGCGGGAAGAAAATGACCTGGGCCTGTTTGGCTACTGGCAGACAGAGGAG  2220
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2129  AAGCCCGACTTGCTGAGCCCCAGCTGCGGGAAGAAAATGACCTGGGCCTGTTTGGCTACTGGCAGACAGAGGAG  2202

Query 2221  TATCAGCCCCCAGTGGCCGTGGACGGGAAGGTGCCCCGGAACGAGTTTGGGAATGTGTACCTCTTCCTGCCCAG  2294
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2203  TATCAGCCCCCAGTGGCCGTGGACGGGAAGGTGCCCCGGAACGAGTTTGGGAATGTGTACCTCTTCCTGCCCAG  2276

Query 2295  CATGATGCCTATTGGCTGTGTCCAGCTGAACCTGCCCAATCTACACCGCGTGGCCCGCAAGCTGGACATCGACT  2368
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2277  CATGATGCCTATTGGCTGTGTCCAGCTGAACCTGCCCAATCTACACCGCGTGGCCCGCAAGCTGGACATCGACT  2350

Query 2369  GTGTCCAGGCCATCACTGGCTTTGATTTCCATGGCGGCTACTCCCATCCCGTGACTGATGGATACATCGTCTGC  2442
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2351  GTGTCCAGGCCATCACTGGCTTTGATTTCCATGGCGGCTACTCCCATCCCGTGACTGATGGATACATCGTCTGC  2424

Query 2443  GAGGAATTCAAAGACGTGCTCCTGACTGCCTGGGAAAATGAGCAGGCAGTCATTGAAAGGAAGGAGAAGGAGAA  2516
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2425  GAGGAATTCAAAGACGTGCTCCTGACTGCCTGGGAAAATGAGCAGGCAGTCATTGAAAGGAAGGAGAAGGAGAA  2498

Query 2517  AAAGGAGAAGCGGGCTCTAGGGAACTGGAAGTTGCTGGCCAAAGGTCTGCTCATCAGGGAGAGGCTGAAGCGTC  2590
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2499  AAAGGAGAAGCGGGCTCTAGGGAACTGGAAGTTGCTGGCCAAAGGTCTGCTCATCAGGGAGAGGCTGAAGCGTC  2572

Query 2591  GCTACGGGCCCAAGAGTGAGGCAGCAGCTCCCCACACAGATGCAGGAGGTGGACTCTCTTCTGATGAAGAGGAG  2664
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2573  GCTACGGGCCCAAGAGTGAGGCAGCAGCTCCCCACACAGATGCAGGAGGTGGACTCTCTTCTGATGAAGAGGAG  2646

Query 2665  GGGACCAGCTCTCAAGCAGAAGCGGCCAGGATACTGGCTGCCTCCTGGCCTCAAAACCGAGAAGATGAAGAAAA  2738
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2647  GGGACCAGCTCTCAAGCAGAAGCGGCCAGGATACTGGCTGCCTCCTGGCCTCAAAACCGAGAAGATGAAGAAAA  2720

Query 2739  GCAGAAGCTGAAGGGTGGGCCCAAGAAGACCAAAAGGGAAAAGAAAGCAGCAGCTTCCCACCTGTTCCCATTTG  2812
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2721  GCAGAAGCTGAAGGGTGGGCCCAAGAAGACCAAAAGGGAAAAGAAAGCAGCAGCTTCCCACCTGTTCCCATTTG  2794

Query 2813  AGAAGCTG  2820
            ||.|||||
Sbjct 2795  AGCAGCTG  2802