Nucleotide Global Alignment

Description

• Query: ccsbBroadEn_07162
• Subject: NM_013398.4
• Aligned Length: 2197
• Identities: 1574
• Gaps: 422

Alignment

Query    1  ATGATTTCACCTTCACTTGAACTGCTTCATTCAGGACTCTGCAAATTCCCTGAAGTAGAAGGAAAAATGACCAC  74
                                                                              ||||||||
Sbjct    1  ------------------------------------------------------------------ATGACCAC  8

Query   75  ATTCAAAGAGGCAGTGACATTCAAGGATGTGGCTGTGGTCTTCACTGAGGAGGAGCTGGGGCTGCTGGACCCTG  148
            .|||||.||||||.||||.||||||||.|||||||||||||||||||||||.|||||||||||||||||||.||
Sbjct    9  GTTCAAGGAGGCAATGACCTTCAAGGACGTGGCTGTGGTCTTCACTGAGGAAGAGCTGGGGCTGCTGGACCTTG  82

Query  149  CCCAGAGGAAGCTGTACCGAGATGTGATGCTAGAGAACTTCAGGAACCTGCTCTCAGTAGGGA-ATCAACCATT  221
            |.||||||||||||||.||||||||||||||.|||||||||||||||||||||||||| |||| |||||.||||
Sbjct   83  CTCAGAGGAAGCTGTATCGAGATGTGATGCTGGAGAACTTCAGGAACCTGCTCTCAGT-GGGACATCAAGCATT  155

Query  222  CCACCAAGATACTTTCCACTT-CTTAGGGAAGGAAAAGTTTTGGAAGATGAAGACAACAAGCCAAAGAGAAGGG  294
            ||||...|||||||||||||| ||.|||||| ||||||.||||||.||||||||||.|||.||||||.||||||
Sbjct  156  CCACAGGGATACTTTCCACTTCCTAAGGGAA-GAAAAGATTTGGATGATGAAGACAGCAATCCAAAGGGAAGGG  228

Query  295  AATTCAGGAGGCAAGATCCAAATTGAGATGGAGACTGTTCCAGAAGCAGGACCACATGAAGAGTGGTCCTGTCA  368
            ||||||||||.|||||||||||.||||||||||||||||.|||||||||||.|||||.||||||||||||..||
Sbjct  229  AATTCAGGAGACAAGATCCAAACTGAGATGGAGACTGTTTCAGAAGCAGGAACACATCAAGAGTGGTCCTTCCA  302

Query  369  GCAAATATGGGAACAAATTGCAAGTGACCTAACCAGGTCTCAAAACTCCATAAGGAACAGCTCTCAGTTCTTCA  442
            ||||||.||||||.|||||||||||||..||||||||||||||.|||..||.|..||.|||||||||||||.||
Sbjct  303  GCAAATCTGGGAAAAAATTGCAAGTGATTTAACCAGGTCTCAAGACTTGATGATAAATAGCTCTCAGTTCTCCA  376

Query  443  AAGAAGGTGATGTCCCCTGCCAGATTGAGGCAAGACTATCTATAAGTCACGTGCA--ACAGAAACCTTACCGTT  514
            |||||||||||.||||||||||||.|||||||.||||||||.|||.||||  .||  |||||||.|||.||...
Sbjct  377  AAGAAGGTGATTTCCCCTGCCAGACTGAGGCAGGACTATCTGTAATTCAC--ACAAGACAGAAATCTTCCCAGG  448

Query  515  GTAATGAATGTAAACAGTCCATCAGTGATGTTTCTGTCTTTGATCTTCATCAACAATCACACTCAGGAGAGAAA  588
            |.||||.||.|||||..|||.||||||||||.||...|||||||.||||||||||||.||||||||||||||||
Sbjct  449  GCAATGGATATAAACCATCCTTCAGTGATGTCTCCCACTTTGATTTTCATCAACAATTACACTCAGGAGAGAAA  522

Query  589  TCTCATACATGTGGTGAGTGTGGAAAAAGCTTCTGTTACAGCCCAGCCCTTCATATTCATCAGAGAGTCCATAT  662
            ||||||||.||||.||||||||||||.|.|||.|||||||.|.|||||||||.||||||||||||||||||.||
Sbjct  523  TCTCATACGTGTGATGAGTGTGGAAAGAACTTTTGTTACATCTCAGCCCTTCGTATTCATCAGAGAGTCCACAT  596

Query  663  GGGAGAAAAATGCTATAAGTGTGATGTGTGTGGTAAGGAATTTAATCAGAGCTCACATCTGCAAACTCATCAGA  736
            ||||||.|||||||||||||||||.|||||||||||||||||.|.||||||.||||||||||||||||||||||
Sbjct  597  GGGAGAGAAATGCTATAAGTGTGACGTGTGTGGTAAGGAATTCAGTCAGAGTTCACATCTGCAAACTCATCAGA  670

Query  737  GAGTCCATACTGGAGAGAAACCATTCAAACGTGGGCAATGTGGGAAAGGCTTCCATAGTAGATCAGCACTTAAT  810
            |||||||.||||||||||||||.||||||.|||.|.|||||||||||||||||..|.|||||||||||||||||
Sbjct  671  GAGTCCACACTGGAGAGAAACCGTTCAAATGTGTGGAATGTGGGAAAGGCTTCAGTCGTAGATCAGCACTTAAT  744

Query  811  GTTCATTGCAAATTGCACACAGGAGAGAAACCTTATAATTGTGAGGAATGTGGGAAAGCCTTCATTCATGATTC  884
            ||||||...|||||.|||||||||||||||||||||||||||||||||||.|||||.|||||||||||.|||||
Sbjct  745  GTTCATCATAAATTACACACAGGAGAGAAACCTTATAATTGTGAGGAATGCGGGAAGGCCTTCATTCACGATTC  818

Query  885  ACAGCTTCAGGAACATCAGAGAATCCATACTGGGGAGAAGCCATTCAAATGTGATATATGTGGTAAGAGCTTCC  958
            .||||||||.||||||||||||||||||||.||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||.
Sbjct  819  CCAGCTTCAAGAACATCAGAGAATCCATACGGGGGAGAAGCCATTCAAATGTGATATATGTGGTAAGAGCTTCT  892

Query  959  GTGTTAGATCAAGACTTAATAGGCATTCCATGGTTCACACAGGAGAAAAACCATTCAGATGTGATACATGTGGC  1032
            |||.||||||||||||||||||||||||||||||||||||.|.|||.|||||||||.||||||||||.||||..
Sbjct  893  GTGGTAGATCAAGACTTAATAGGCATTCCATGGTTCACACGGCAGAGAAACCATTCCGATGTGATACGTGTGAT  966

Query 1033  AAGAACTTTCGTCAGAGATCAGCACTTAATAGTCATTCCATGGTCCACATAGAAGAGAAGCCATACAAATGTGA  1106
            ||||.|||||||||||||||||||||||||||||||..||||.||||||.||.||||||.||||||||||||||
Sbjct  967  AAGAGCTTTCGTCAGAGATCAGCACTTAATAGTCATCGCATGATCCACACAGGAGAGAAACCATACAAATGTGA  1040

Query 1107  GCAATGTGGAAAAGGCTTCATTTGTAGGCGAGATTTTTGTAAGCATCAGATGGTCCACACAGGAGAGAAACCAT  1180
            |.|.||||||||||||||.|||||||||||||||.|||.||.||||||.|||||||||||.|||||.||.||||
Sbjct 1041  GGAGTGTGGAAAAGGCTTTATTTGTAGGCGAGATCTTTATACGCATCATATGGTCCACACGGGAGAAAAGCCAT  1114

Query 1181  ATAATTGTAAAGAATGTGGGAAGACCTTCAGATGGTCCTCATGTCTTTTGAACCATCAGCAAGTCCACAGTGGA  1254
            |||||||||||||.||||||||||.||||||||||.||||.|||||||||||.|||||||.|||||||||||||
Sbjct 1115  ATAATTGTAAAGAGTGTGGGAAGAGCTTCAGATGGGCCTCGTGTCTTTTGAAACATCAGCGAGTCCACAGTGGA  1188

Query 1255  CAAAAATCCTTCAAATGTGAAGAATGTGGGAAGGGATTTTATACAAATTCACGACGATCTTCCCATCAGAGATC  1328
            .|||||.|.|||||||||||||||||||||||.||||||||.||||||||||.|.|.|.||||||.||||||||
Sbjct 1189  GAAAAACCATTCAAATGTGAAGAATGTGGGAAAGGATTTTACACAAATTCACAATGCTATTCCCACCAGAGATC  1262

Query 1329  CCACAATGGAGAAAAGCCATATAACTGTGAGGAGTGTGGTAAGGACTATAAAAGGAGGTTGGATCTTGAGTTTC  1402
            |||.|.|||||||||.|||||.||.||||.|||||||||.||||.|||.||||||||||||||||||||.||||
Sbjct 1263  CCATAGTGGAGAAAAACCATACAAATGTGTGGAGTGTGGGAAGGGCTACAAAAGGAGGTTGGATCTTGACTTTC  1336

Query 1403  ACCAGAGGGTCCACACGGGTGAGAGACCCTATAATTGTAAGGAATGTGGCAAGAGCTTTGGCTGGGCCTCCTGT  1476
            |||||.|.|||||.||.||.||||.||..||||||||||||||||||||.|||||||||.|..|||||.|.|||
Sbjct 1337  ACCAGCGCGTCCATACAGGAGAGAAACTGTATAATTGTAAGGAATGTGGGAAGAGCTTTAGTCGGGCCCCATGT  1410

Query 1477  CTTTTGAAACATCAGAGACTCCACAGTGGGGAAAAACCTTTCAAATGTGAAGAGTGTGGAAAGAGATTTACTCA  1550
            ||||||||||||.||||||||||||||||.||||||||.|||.||||||||||||||||.||||||||||||||
Sbjct 1411  CTTTTGAAACATGAGAGACTCCACAGTGGAGAAAAACCATTCCAATGTGAAGAGTGTGGGAAGAGATTTACTCA  1484

Query 1551  GAGTACACAACTTCATTCCCATCAGACATGCCATACTGGAGAAAAGCTATACAAATGTGAGCAGTGTGAGAAGG  1624
            .|.|.||||.||||||||||||||||.|...||.|||||||||||||.|||||||||||||.||||||..||||
Sbjct 1485  AAATTCACATCTTCATTCCCATCAGAGAGTTCACACTGGAGAAAAGCCATACAAATGTGAGAAGTGTGGAAAGG  1558

Query 1625  GGTACAACAGTAAATTTAATCTTGACATGCACCAGAGGGTCCACAGGGGAGAGCGACCCTATAATTGTAAGGAA  1698
            |.|||||.|||||.|||||||||||.||||||||||.||||||||..||||||.||||.||.||||||||||||
Sbjct 1559  GCTACAATAGTAAGTTTAATCTTGATATGCACCAGAAGGTCCACACAGGAGAGAGACCATACAATTGTAAGGAA  1632

Query 1699  TGTGGAAAGAGCTTTGGCTGGGCTTCATGTCTTTTGAAACATCAGAGACTCCACAGTGGAGAAAAGCCATTGAA  1772
            |||||.|||||.|||||||||||.||.|||||||||||||||||||||||.||||||||||||||.|||||.||
Sbjct 1633  TGTGGGAAGAGTTTTGGCTGGGCCTCGTGTCTTTTGAAACATCAGAGACTGCACAGTGGAGAAAAACCATTCAA  1706

Query 1773  ATCTG--GAGTGTGGGAAGAGATCTACTCAGAATTCACAGCTTCATTTACATCAGTAAGTCTATGTG------G  1838
            ||.||  |||||||||||.||||.|||||||||||||||||||||||..|||||  |||    .|||      |
Sbjct 1707  ATGTGAAGAGTGTGGGAAAAGATTTACTCAGAATTCACAGCTTCATTCTCATCA--AAG----AGTGCACACTG  1774

Query 1839  GAGAAAAGCCATA-------------------------------------------------------------  1851
            |||||||||||||                                                             
Sbjct 1775  GAGAAAAGCCATACAAATGTGATGAGTGTGGGAAGGGCTTCAGCTGGTCCTCAACTCGTCTGACCCATCAGAGA  1848

Query 1852  --------------------------------------------------------------------------  1851
                                                                                      
Sbjct 1849  CGCCACAGCAGAGAAACACCTCTCAAATGTGAGCAGCATGGGAAGAACATTGTACAGAATTCATTCTCTAAAGT  1922

Query 1852  --------------------------------------------------------------------------  1851
                                                                                      
Sbjct 1923  GCAAGAAAAAGTTCACAGTGTAGAAAAGCCATACAAATGTGAGGACTGTGGGAAGGGCTACAACAGGCGCTTGA  1996

Query 1852  --------------------------------------------------------------------------  1851
                                                                                      
Sbjct 1997  ATCTTGATATGCATCAGAGGGTCCACATGGGAGAGAAAACATGGAAGTGTAGGGAGTGTGATATGTGCTTTAGT  2070

Query 1852  ---------------------------------------------------  1851
                                                               
Sbjct 2071  CAGGCCTCAAGCCTTCGACTTCATCAGAATGTTCATGTTGGAGAAAAACCT  2121