Nucleotide Global Alignment
Description
- Query:
- ccsbBroadEn_07167
- Subject:
- NM_001321685.2
- Aligned Length:
- 2118
- Identities:
- 1404
- Gaps:
- 504
Alignment
Query 1 ATGACCACATTCAAGGAGGCAGTGACCTTCAAGGATGTGGCTGTGGTCTTCACTGAGGAGGAGCTGGGGCTGCT 74
||||||||.||.|||||||||||||||||||||||.|||||||||||||||||||||||.||||||.|||||||
Sbjct 1 ATGACCACGTTGAAGGAGGCAGTGACCTTCAAGGACGTGGCTGTGGTCTTCACTGAGGAAGAGCTGAGGCTGCT 74
Query 75 GGACCCTGCCCAGAGGAAGCTGTACCGAGATGTGATGCTGGAGAACTTCAGGAACCTGCTCTCAGTGGGGCATC 148
|||||.||||||||||||.|||||||||||.|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 75 GGACCTTGCCCAGAGGAAACTGTACCGAGAAGTGATGCTGGAGAACTTCAGGAACCTGCTCTCAGTGGGGCATC 148
Query 149 AACCGTTCCACCAAGATACTTGCCACTTCCTAAGGGAAGAAAAGTTTTGGATGATGGGGACAGCAACCCAAAGA 222
||.|..|||||..||||||||.|||||||||||.|||||||||||||||||||||||.||||||||||||||||
Sbjct 149 AATCACTCCACAGAGATACTTTCCACTTCCTAAAGGAAGAAAAGTTTTGGATGATGGAGACAGCAACCCAAAGA 222
Query 223 GAAGGGAATTCAGGAGGCAAGATCCAAACTGAGTTGGAGTCTGTTCCAGAAGCAGGAGCACATGAAGAGTGGTC 296
||||||||||.|||||||||||||||||..|||.|||||.|||||.|||||.|||||.|||||||||..|.||.
Sbjct 223 GAAGGGAATTTAGGAGGCAAGATCCAAATGGAGATGGAGACTGTTTCAGAATCAGGAACACATGAAGGCTTGTT 296
Query 297 CTGCCAGCAAATCTGGGAACAAATTGCAAAAGACTTAACCAGGTCTCAGGACTCTATCATAAATAACTCTCAGT 370
|.|.||.||||.|||||||||||||.|||..|||||||||||||.|||.|||||.||..||||.|.||.|||||
Sbjct 297 CAGTCATCAAACCTGGGAACAAATTTCAAGTGACTTAACCAGGTTTCAAGACTCCATGGTAAACAGCTTTCAGT 370
Query 371 TCTTTGAAAATGGTGATGTCCCCTCCCAGGTTGAAGCAGGACTACCCACAATTCATACAGGACAGAAACCTTCC 444
|||...||.|.|.||||.|.||||.|||||||||.|||||||||.|.|.||||||...|.|||||||||||||.
Sbjct 371 TCTCCAAACAAGATGATATGCCCTGCCAGGTTGATGCAGGACTATCTATAATTCACGTAAGACAGAAACCTTCT 444
Query 445 CAGGGTGGGAAGTGTAAACAGTCCTTCAGTGATGTTCCCATCTTTGATCTTCCTCAGCAGTTATACTCAGAAGA 518
.|||||.|||.|||||||.|||||||.||||||||..||.||.|||||||||.|||.||..||.|.|||..|||
Sbjct 445 GAGGGTAGGACGTGTAAAAAGTCCTTTAGTGATGTCTCCGTCCTTGATCTTCATCAACAACTACAGTCAAGAGA 518
Query 519 GAAGTCTTATACATGTGATGAGTGTGGAAAAAGCATCTGTTACATCTCAGCTCTTCATGTTCATCAGAGAGTCC 592
|||||||.|||||||||||||.||||||||.||..|||||||.|.|||||||||||.|.|||||||||||||.|
Sbjct 519 GAAGTCTCATACATGTGATGAATGTGGAAAGAGTTTCTGTTATAGCTCAGCTCTTCGTATTCATCAGAGAGTTC 592
Query 593 ACGTGGGAGAGAAACTCTTTATGTGTGATGTGTGTGGCAAGGAATTTAGTCAAAGCTCACATCTGCAAACTCAT 666
||.||||.||||||||||.||..||||||||||||||.||||||||.|.|||.||||||||||||||||.||||
Sbjct 593 ACATGGGGGAGAAACTCTATAATTGTGATGTGTGTGGTAAGGAATTCAATCAGAGCTCACATCTGCAAATTCAT 666
Query 667 CAGAGAGTCCACACTGGAGAGAAACCATTCAAATGTGAGCAATGTGGGAAAGGTTTCAGTCGTAGATCAGCACT 740
||||||.||||||||||||||||||||||||||||||||||.|||||||||||.||.|||||||||||||.|||
Sbjct 667 CAGAGAATCCACACTGGAGAGAAACCATTCAAATGTGAGCAGTGTGGGAAAGGCTTTAGTCGTAGATCAGGACT 740
Query 741 TAATGTTCATCATAAATTACACACAGGAGAGAAACCTTACATTTGTGAGGCATGTGGGAAGGCCTTCATTCATG 814
|.|||||||||.|||||||||||||||||.|||||||.|.|||||||||..|||||||||||||||||||||||
Sbjct 741 TTATGTTCATCGTAAATTACACACAGGAGTGAAACCTCATATTTGTGAGAAATGTGGGAAGGCCTTCATTCATG 814
Query 815 ATTCCCAGCTTAAGGAACATAAGAGAATCCATACTGGGGAGAAACCATTCAAATGTGATATATGTGGTAAGACC 888
|||||||||||.||||||||.|.||||||||||||||||||||.|||||||||||||||||||||.||||||.|
Sbjct 815 ATTCCCAGCTTCAGGAACATCAAAGAATCCATACTGGGGAGAAGCCATTCAAATGTGATATATGTTGTAAGAGC 888
Query 889 TTCTATTTTAGGTCAAGACTTAAGAGCCATTCCATGGTTCACACAGGAGAAAAACCATTTAGGTGTGATACATG 962
|||..|..|||..|||..|||||.||.||||||||||||||||...||||.||||||||.||.|||||||||||
Sbjct 889 TTCCGTAGTAGAGCAAATCTTAATAGGCATTCCATGGTTCACATGCGAGAGAAACCATTCAGATGTGATACATG 962
Query 963 TGATAAGAGCTTTCATCAGAGATCAGCACTTAATAGGCATTGCATGGTCCACACAGGAGAGAAACCGTACAGAT 1036
||.||||||||||..||.||.|||||||||||||||.|||.||||||||||||||||||||||||.|||||.||
Sbjct 963 TGGTAAGAGCTTTGGTCTGAAATCAGCACTTAATAGTCATCGCATGGTCCACACAGGAGAGAAACGGTACAAAT 1036
Query 1037 GTGAGCAGTGTGGAAAAGGCTTTATTGGTAGGCTAGATTTTTATAAGCATCAGGTGGTCCACACAGGAGAGAAA 1110
|||||.|.|||||||||.||||.|||..|||||.||||.||||||||||||||.|.|.|||||||||.|||||.
Sbjct 1037 GTGAGGAATGTGGAAAACGCTTCATTTATAGGCAAGATCTTTATAAGCATCAGATAGACCACACAGGGGAGAAG 1110
Query 1111 CCATATAATTGTAAAGAATGTGGGAAGAGCTTCAGATGGTCCTCATGCCTTTTGAACCATCAGCGAGTCCACAG 1184
|||||||||||||||||||||||.|||||||||||||||.|||||.|.||||..|..|||..||||||||||||
Sbjct 1111 CCATATAATTGTAAAGAATGTGGAAAGAGCTTCAGATGGGCCTCAGGTCTTTCAAGACATGTGCGAGTCCACAG 1184
Query 1185 TGGAGAAAAAAGCTTCAAATGTGAAGAATGTGGGAAGGGATTTTATACAAATTCACAACTGTCTTCCCATCAGA 1258
||||||.|.||..||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||..|.|||.||.||||
Sbjct 1185 TGGAGAGACAACATTCAAATGTGAAGAATGTGGGAAGGGATTTTATACAAATTCACAACGTTATTCTCACCAGA 1258
Query 1259 GATCCCACAGTGGTGAAAAGCCATATAAATGTGAGGAGTGTGGGAAGGGCTA-----------TG--------- 1312
||.|.||||||||.|||||||||||||.|||||||||||||||||||||||| ||
Sbjct 1259 GAGCGCACAGTGGAGAAAAGCCATATAGATGTGAGGAGTGTGGGAAGGGCTACAAAAGGAGGTTGGATCTTGAC 1332
Query 1313 -------------------------------------------------------------------------- 1312
Sbjct 1333 TTTCATCAGAGGGTCCACAGAGGAGAGAAACCCTATAATTGTAAGGAATGTGGGAAGAGCTTTGGCTGGGCCTC 1406
Query 1313 -----------------------------------------------------------------------TTA 1315
|||
Sbjct 1407 GTGTCTTTTGAATCATCAGAGAATCCACAGTGGAGAAAAACCATTTAAATGTGAAGAATGTGGGAAAAGATTTA 1480
Query 1316 C------------------------------------------------------------------------- 1316
|
Sbjct 1481 CTCAGAATTCACAACTTTATACCCATCGTAGAGTCCACAGTGGAGAAAAACCATTCAAATGTGAAGAGTGTGGG 1554
Query 1317 -------------------------------------------------------------------------- 1316
Sbjct 1555 AAAAGATTTACTCAGAATTCACAACTTTATTCTCATCGCAGAGTCCACACTGGAGTAAAGCCATACAAATGTGA 1628
Query 1317 ------------------------TAAGTTTAATCTTGACTTGCACCAGAGGGTCCACACGGGAGAGAGACCTT 1366
||||||||||||||||.|||||||||||||||||||.|||||||||||||
Sbjct 1629 AGAGTGTGGGAAGGGCTTCAACAGTAAGTTTAATCTTGACATGCACCAGAGGGTCCACACCGGAGAGAGACCTT 1702
Query 1367 ATAATTGTAAGGAATGTGGGAAGAACTTTAGCCGGGCCTCAAGTATTTTGAATCATAAGAGACTCC-------- 1432
||||||||||.|||||||||||||.|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1703 ATAATTGTAAAGAATGTGGGAAGAGCTTTAGCCGGGCCTCAAGTATTTTGAATCATAAGAGACTCCATGGTGAT 1776
Query 1433 ---------------------------------------ACTG-------------------CCA--------- 1439
|||| |||
Sbjct 1777 GAAAAGCCATTCAAATGTGAAGAGTGTGGGAAGAGATTTACTGAGAATTCACAGCTTCATTCCCATCAGAGGGT 1850
Query 1440 ---------GAAAAAACCATTCA--------------------------------------------------- 1453
|.||||.||||.||
Sbjct 1851 TCACACTGGGGAAAAGCCATACAAATGTGAGAAGTGTGGAAAGAGCTTCAGATGGGCCTCAACTCATCTAACCC 1924
Query 1454 ---------------------------------AATGTGAGGACTGTGGAAAGAGGCTTGTACACAGGACATAC 1494
||||||||||||||||.|||||..||||.|||||..|||.|
Sbjct 1925 ATCAGAGACTCCACAGTAGAGAAAAACTACTTCAATGTGAGGACTGTGGGAAGAGCATTGTGCACAGTTCATGC 1998
Query 1495 CGTAAAGACCAGCCGAGAGACTATAGTGGGGAAAACCCATCCAAATGTGAGGATTGTGGGAGACGCTACAAGAG 1568
|.|||||||||.|..||||||.|.|||||.||.||..||||.|||||||||||.|||||||..|||||||||||
Sbjct 1999 CTTAAAGACCAACAAAGAGACCAAAGTGGAGAGAAAACATCTAAATGTGAGGACTGTGGGAAGCGCTACAAGAG 2072
Query 1569 GCGCTTGAATCTGGATATACTTTTATCATTATTTCTAAATGACACA 1614
||||||||||||.||||..|||||.|||||||||.|||||||||||
Sbjct 2073 GCGCTTGAATCTTGATACGCTTTTGTCATTATTTTTAAATGACACA 2118