Nucleotide Global Alignment

Description

• Query: ccsbBroadEn_07170
• Subject: NM_001318893.2
• Aligned Length: 2282
• Identities: 1996
• Gaps: 286

Alignment

Query    1  ATGGAAGATCTGTCCTCTCCAGACTCCACCCTTCTCCAAGGGGGACATAATCTACTCTCATCAGCCAGTTTTCA  74
                                                                                      
Sbjct    1  --------------------------------------------------------------------------  0

Query   75  GGAATCGGTGACTTTCAAGGATGTGATAGTGGACTTTACCCAGGAAGAATGGAAACAGCTGGACCCTGGCCAGA  148
                                                                                      
Sbjct    1  --------------------------------------------------------------------------  0

Query  149  GAGATTTGTTCAGGGATGTGACATTGGAAAATTATACACACCTGGTCTCTATAGGACTCCAAGTTTCTAAACCT  222
                                                                                      
Sbjct    1  --------------------------------------------------------------------------  0

Query  223  GATGTGATTTCCCAGTTAGAGCAAGGGACAGAGCCATGGATCATGGAGCCAAGCATTCCAGTAGGTACCTGTGC  296
                                               |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct    1  -----------------------------------ATGGATCATGGAGCCAAGCATTCCAGTAGGTACCTGTGC  39

Query  297  -----------------------------AGACTGGGAGACAAGACTTGAAAATAGTGTGTCAGCCCCAGAGCC  341
                                         |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct   40  AGAGAACACTGGAATTTTCTTTTTCTTTTAGACTGGGAGACAAGACTTGAAAATAGTGTGTCAGCCCCAGAGCC  113

Query  342  TGACATTTCTGAAGAAGAGCTATCTCCAGAGGTAATAGTGGAAAAACACAAAAGAGATGATTCTTGGAGTTCCA  415
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  114  TGACATTTCTGAAGAAGAGCTATCTCCAGAGGTAATAGTGGAAAAACACAAAAGAGATGATTCTTGGAGTTCCA  187

Query  416  ACTTGCTAGAAAGTTGGGAATATGAAGGCAGTTTAGAGAGACAGCAGGCAAACCAACAGACACTGCCAAAGGAA  489
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  188  ACTTGCTAGAAAGTTGGGAATATGAAGGCAGTTTAGAGAGACAGCAGGCAAACCAACAGACACTGCCAAAGGAA  261

Query  490  ATAAAGGTAACCGAAAAGACAATACCCAGTTGGGAAAAAGGCCCTGTAAATAATGAATTTGGGAAAAGTGTCAA  563
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  262  ATAAAGGTAACCGAAAAGACAATACCCAGTTGGGAAAAAGGCCCTGTAAATAATGAATTTGGGAAAAGTGTCAA  335

Query  564  TGTGAGTTCAAACCTTGTAACACAAGAACCATCTCCAGAAGAGACCTCTACTAAAAGAAGCATCAAACAGAATT  637
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  336  TGTGAGTTCAAACCTTGTAACACAAGAACCATCTCCAGAAGAGACCTCTACTAAAAGAAGCATCAAACAGAATT  409

Query  638  CAAACCCAGTTAAAAAAGAGAAATCTTGTAAGTGCAATGAATGTGGGAAAGCCTTTAGTTATTGTTCAGCTCTT  711
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  410  CAAACCCAGTTAAAAAAGAGAAATCTTGTAAGTGCAATGAATGTGGGAAAGCCTTTAGTTATTGTTCAGCTCTT  483

Query  712  ATTCGCCATCAGAGAACACATACTGGAGAAAAACCCTACAAATGTAATGAATGTGAAAAAGCCTTCAGCCGGAG  785
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  484  ATTCGCCATCAGAGAACACATACTGGAGAAAAACCCTACAAATGTAATGAATGTGAAAAAGCCTTCAGCCGGAG  557

Query  786  TGAAAACCTTATAAACCATCAAAGAATTCATACTGGAGATAAACCATATAAATGTGATCAGTGTGGAAAAGGCT  859
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  558  TGAAAACCTTATAAACCATCAAAGAATTCATACTGGAGATAAACCATATAAATGTGATCAGTGTGGAAAAGGCT  631

Query  860  TCATTGAGGGTCCATCTCTTACTCAACATCAAAGAATTCATACTGGAGAAAAACCATATAAATGTGATGAATGT  933
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  632  TCATTGAGGGTCCATCTCTTACTCAACATCAAAGAATTCATACTGGAGAAAAACCATATAAATGTGATGAATGT  705

Query  934  GGGAAAGCCTTTAGTCAGAGGACCCATCTTGTTCAGCATCAGAGAATTCATACTGGCGAGAAGCCATACACTTG  1007
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  706  GGGAAAGCCTTTAGTCAGAGGACCCATCTTGTTCAGCATCAGAGAATTCATACTGGCGAGAAGCCATACACTTG  779

Query 1008  TAATGAGTGTGGAAAAGCCTTTAGCCAGAGAGGCCACTTTATGGAACATCAGAAAATTCATACGGGAGAAAAAC  1081
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  780  TAATGAGTGTGGAAAAGCCTTTAGCCAGAGAGGCCACTTTATGGAACATCAGAAAATTCATACGGGAGAAAAAC  853

Query 1082  CTTTTAAATGTGATGAATGTGATAAAACCTTCACCAGGAGCACACACCTTACTCAACATCAAAAAATTCATACT  1155
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  854  CTTTTAAATGTGATGAATGTGATAAAACCTTCACCAGGAGCACACACCTTACTCAACATCAAAAAATTCATACT  927

Query 1156  GGAGAAAAAACCTATAAATGTAATGAATGTGGAAAGGCCTTCAACGGGCCCTCAACTTTTATCCGTCATCATAT  1229
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  928  GGAGAAAAAACCTATAAATGTAATGAATGTGGAAAGGCCTTCAACGGGCCCTCAACTTTTATCCGTCATCATAT  1001

Query 1230  GATTCATACTGGTGAAAAACCGTACGAATGCAATGAATGTGGGAAAGCCTTCAGCCAGCACTCAAACCTCACTC  1303
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1002  GATTCATACTGGTGAAAAACCGTACGAATGCAATGAATGTGGGAAAGCCTTCAGCCAGCACTCAAACCTCACTC  1075

Query 1304  AGCATCAAAAAACTCATACTGGGGAGAAACCCTATGATTGTGCAGAATGTGGAAAATCTTTTAGTTACTGGTCA  1377
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1076  AGCATCAAAAAACTCATACTGGGGAGAAACCCTATGATTGTGCAGAATGTGGAAAATCTTTTAGTTACTGGTCA  1149

Query 1378  TCCCTTGCTCAACACCTGAAAATTCATACTGGAGAAAAACCTTACAAATGCAATGAATGTGGAAAGGCCTTCAG  1451
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1150  TCCCTTGCTCAACACCTGAAAATTCATACTGGAGAAAAACCTTACAAATGCAATGAATGTGGAAAGGCCTTCAG  1223

Query 1452  TTACTGCTCATCCCTTACTCAACATCGGAGAATTCACACGAGAGAAAAGCCCTTTGAATGCAGTGAATGTGGAA  1525
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1224  TTACTGCTCATCCCTTACTCAACATCGGAGAATTCACACGAGAGAAAAGCCCTTTGAATGCAGTGAATGTGGAA  1297

Query 1526  AGGCTTTCAGTTATCTCTCAAACCTTAATCAGCATCAGAAAACTCATACTCAAGAGAAAGCTTATGAATGTAAA  1599
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1298  AGGCTTTCAGTTATCTCTCAAACCTTAATCAGCATCAGAAAACTCATACTCAAGAGAAAGCTTATGAATGTAAA  1371

Query 1600  GAATGTGGGAAAGCTTTTATTCGGAGTTCATCTCTTGCTAAGCATGAAAGAATTCATACTGGAGAGAAACCCTA  1673
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1372  GAATGTGGGAAAGCTTTTATTCGGAGTTCATCTCTTGCTAAGCATGAAAGAATTCATACTGGAGAGAAACCCTA  1445

Query 1674  TCAGTGTCATGAATGTGGGAAAACCTTCAGTTATGGTTCATCCCTTATTCAGCATAGGAAGATCCATACTGGAG  1747
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1446  TCAGTGTCATGAATGTGGGAAAACCTTCAGTTATGGTTCATCCCTTATTCAGCATAGGAAGATCCATACTGGAG  1519

Query 1748  AACGACCTTACAAGTGTAATGAGTGTGGGAGAGCATTCAACCAGAACATACACCTTACACAGCATAAGAGAATT  1821
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1520  AACGACCTTACAAGTGTAATGAGTGTGGGAGAGCATTCAACCAGAACATACACCTTACACAGCATAAGAGAATT  1593

Query 1822  CATACAGGAGCCAAGCCTTATGAGTGTGCTGAGTGTGGTAAAGCCTTTCGACATTGTTCATCTCTTGCTCAACA  1895
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1594  CATACAGGAGCCAAGCCTTATGAGTGTGCTGAGTGTGGTAAAGCCTTTCGACATTGTTCATCTCTTGCTCAACA  1667

Query 1896  TCAAAAAACTCACACAGAAGAAAAACCCTACCAGTGTAATAAATGTGAAAAGACCTTTAGCCAGAGCTCCCATC  1969
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1668  TCAAAAAACTCACACAGAAGAAAAACCCTACCAGTGTAATAAATGTGAAAAGACCTTTAGCCAGAGCTCCCATC  1741

Query 1970  TAACTCAGCATCAACGAATTCACACTGGGGAGAAGCCCTATAAGTGCAATGAATGTGACAAAGCCTTTAGCCGG  2043
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1742  TAACTCAGCATCAACGAATTCACACTGGGGAGAAGCCCTATAAGTGCAATGAATGTGACAAAGCCTTTAGCCGG  1815

Query 2044  AGCACTCATCTGACTGAACATCAGAATACTCATACTGGAGAGAAACCTTATAACTGTAATGAATGCAGAAAGAC  2117
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1816  AGCACTCATCTGACTGAACATCAGAATACTCATACTGGAGAGAAACCTTATAACTGTAATGAATGCAGAAAGAC  1889

Query 2118  TTTTAGCCAGAGCACATATCTCATTCAGCACCAGAGAATTCATTCAGGAGAGAAGCCTTTTGGATGTAATGATT  2191
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1890  TTTTAGCCAGAGCACATATCTCATTCAGCACCAGAGAATTCATTCAGGAGAGAAGCCTTTTGGATGTAATGATT  1963

Query 2192  GTGGAAAATCCTTCAGATATCGCTCTGCTCTCAACAAACATCAGAGACTGCATCCTGGCATA  2253
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1964  GTGGAAAATCCTTCAGATATCGCTCTGCTCTCAACAAACATCAGAGACTGCATCCTGGCATA  2025