Nucleotide Global Alignment

Description

• Query: ccsbBroadEn_07469
• Subject: NM_001159605.1
• Aligned Length: 3564
• Identities: 3056
• Gaps: 294

Alignment

Query    1  ATGAGCGTTGCATGTGTCTTGAAGAGAAAAGCAGTGCTTTGGCAGGACTCTTTCAGCCCCCACCTGAAACATCA  74
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct    1  ATGAGCGTTGCATGTGTCTTGAAGAGAAAAGCAGTGCTTTGGCAGGACTCTTTCAGCCCCCACCTGAAACATCA  74

Query   75  CCCTCAAGAACCAGCTAATCCCAACATGCCTGTTGTTTTGACATCTGGAACAGGGTCGCAAGCGCAGCCACAAC  148
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||.|
Sbjct   75  CCCTCAAGAACCAGCTAATCCCAACATGCCTGTTGTTTTGACATCTGGAACAGGGTCGCAAGCGCAGCCACAGC  148

Query  149  CAGCTGCAAATCAGGCTCTTGCAGCTGGGACTCACTCCAGCCCTGTCCCAGGATCTATAGGAGTTGCAGGCCGT  222
            ||||||||||||||||||||||||||||.||.|||||||||||||||||||||||.||||||||||||||||||
Sbjct  149  CAGCTGCAAATCAGGCTCTTGCAGCTGGAACACACTCCAGCCCTGTCCCAGGATCCATAGGAGTTGCAGGCCGT  222

Query  223  TCCCAGGACGACGCTATGGTGGACTACTTCTTTCAGAGGCAGCATGGTGAGCAGCTTGGGGGAGGAGGAAGTGG  296
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  223  TCCCAGGACGACGCTATGGTGGACTACTTCTTTCAGAGGCAGCATGGTGAGCAGCTTGGGGGAGGAGGAAGTGG  296

Query  297  AGGAGGCGGCTATAATAATAGCAAACATCGATGGCCTACTGGGGATAACATTCATGCAGAACATCAGGTGCGTT  370
            .||||||||||||||||.|||||||||||||||||||||.|||||||||||||||||||||||.|||||.||.|
Sbjct  297  TGGAGGCGGCTATAATACTAGCAAACATCGATGGCCTACAGGGGATAACATTCATGCAGAACACCAGGTACGCT  370

Query  371  CCATGGATGAACTGAATCATGATTTTCAAGCACTTGCTCTGGAGGGAAGAGCGATGGGAGAGCAGCTCTTGCCA  444
            |.|||||||||.|||||||||||||||||||||||||||||||.||.|||||.|||||.|||            
Sbjct  371  CTATGGATGAATTGAATCATGATTTTCAAGCACTTGCTCTGGAAGGGAGAGCTATGGGCGAG------------  432

Query  445  GGTAAAAAGTTTTGGGAAACAGATGAATCCAGCAAAGATGGACCAAAAGGAATATTCCTGGGTGATCAATGGCG  518
                                                                                      
Sbjct  433  --------------------------------------------------------------------------  432

Query  519  AGACAGTGCCTGGGGAACATCAGATCATTCAGTTTCCCAGCCAATCATGGTGCAGAGAAGACCTGGTCAGAGTT  592
                                                                                      
Sbjct  433  --------------------------------------------------------------------------  432

Query  593  TCCATGTGAACAGTGAGGTCAATTCTGTACTGTCCCCACGATCGGAGAGTGGGGGACTAGGCGTTAGCATGGTG  666
                                                                                      
Sbjct  433  --------------------------------------------------------------------------  432

Query  667  GAGTATGTGTTGAGCTCATCCCCGGGCGATTCCTGTCTAAGAAAAGGAGGATTTGGCCCAAGGGATGCAGACAG  740
                                                                  ||||||||||||||||||||
Sbjct  433  ------------------------------------------------------GGCCCAAGGGATGCAGACAG  452

Query  741  TGATGAAAACGACAAAGGTGAAAAGAAGAACAAGGGTACGTTTGATGGAGATAAGCTAGGAGATTTGAAGGAGG  814
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  453  TGATGAAAACGACAAAGGTGAAAAGAAGAACAAGGGTACGTTTGATGGAGATAAGCTAGGAGATTTGAAGGAGG  526

Query  815  AGGGTGATGTGATGGACAAGACCAATGGTTTACCAGTGCAGAATGGGATTGATGCAGACGTCAAAGATTTTAGC  888
            ||||.||||||||||||||||||||||||||.||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  527  AGGGAGATGTGATGGACAAGACCAATGGTTTGCCAGTGCAGAATGGGATTGATGCAGACGTCAAAGATTTTAGC  600

Query  889  CGTACCCCTGGTAATTGCCAGAACTCTGCTAATGAAGTGGATCTTCTGGGTCCAAACCAGAATGGTTCTGAGGG  962
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  601  CGTACCCCTGGTAATTGCCAGAACTCTGCTAATGAAGTGGATCTTCTGGGTCCAAACCAGAATGGTTCTGAGGG  674

Query  963  CTTAGCCCAGCTGACCAGCACCAATGGTGCCAAGCCTGTGGAGGATTTCTCCAACATGGAGTCCCAGAGTGTCC  1036
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  675  CTTAGCCCAGCTGACCAGCACCAATGGTGCCAAGCCTGTGGAGGATTTCTCCAACATGGAGTCCCAGAGTGTCC  748

Query 1037  CCTTGGACCCCATGGAACATGTGGGCATGGAGCCTCTTCAGTTTGATTATTCAGGCACGCAGGTACCTGTGGAC  1110
            |||||||||||||||||||||||||||||||||||||.||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  749  CCTTGGACCCCATGGAACATGTGGGCATGGAGCCTCTGCAGTTTGATTATTCAGGCACGCAGGTACCTGTGGAC  822

Query 1111  TCAGCAGCAGCAACTGTGGGACTTTTTGACTACAATTCTCAACAACAGCTGTTCCAAAGACCTAATGCGCTTGC  1184
            ||.|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||.|||||||||||.|||||.|||||
Sbjct  823  TCTGCAGCAGCAACTGTGGGACTTTTTGACTACAATTCTCAACAACAGCTATTCCAAAGACCCAATGCACTTGC  896

Query 1185  TGTCCAGCAGTTGACAGCTGCTCAGCAGCAGCAGTATGCACTGGCAGCTGCTCATCAGCCGCACATCGGTTTAG  1258
            |||.|||||||||||||||||.||||||||||||||||||||.|||||.||.||.|||||.|||||||||||||
Sbjct  897  TGTTCAGCAGTTGACAGCTGCCCAGCAGCAGCAGTATGCACTTGCAGCAGCCCACCAGCCTCACATCGGTTTAG  970

Query 1259  CTCCCGCTGCGTTTGTCCCCAATCCATACATCATCAGCGCTGCTCCCCCAGGGACGGACCCCTACACAGCTGGA  1332
            ||||||||||||||||||||||.|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  971  CTCCCGCTGCGTTTGTCCCCAACCCATACATCATCAGCGCTGCTCCCCCAGGGACGGACCCCTACACAGCTGGA  1044

Query 1333  TTGGCTGCAGCAGCGACACTAGGCCCAGCTGTGGTCCCTCACCAGTATTATGGAGTTACTCCCTGGGGAGTCTA  1406
            ||||||||||||||||||||.|||||||||||||||||||||||.|||||||||||.||.||.|||||.|||||
Sbjct 1045  TTGGCTGCAGCAGCGACACTCGGCCCAGCTGTGGTCCCTCACCAATATTATGGAGTCACGCCATGGGGTGTCTA  1118

Query 1407  CCCTGCCAGTCTTTTCCAGCAGCAAGCTGCCGCTGCCGCTGCAGCAACTAATTCAGCTAATCAACAGACCACCC  1480
            ||||||||||||.|||||||||||.||.||.||.||.||.|||||.||.||.||.||||.|||.||||.|.|.|
Sbjct 1119  CCCTGCCAGTCTCTTCCAGCAGCAGGCAGCTGCAGCTGCAGCAGCTACAAACTCTGCTACTCAGCAGAGCGCTC  1192

Query 1481  CACAGGCTCAGCAAGGACAGCAGCAGGTTCTCCGTGGAGGAGCCAGCCAACGTCCTTTGACCCCAAACCAGAAC  1554
            |.|||||.|||||.|||||||||||||||||.|||||||||||.|||||||||||||||||||||||.||||||
Sbjct 1193  CGCAGGCCCAGCAGGGACAGCAGCAGGTTCTTCGTGGAGGAGCTAGCCAACGTCCTTTGACCCCAAATCAGAAC  1266

Query 1555  CAGCAGGGACAGCAAACGGATCCCCTTGTGGCAGCTGCAGCAGTGAATTCTGCCCTTGCATTTGGACAAGGTCT  1628
            |||||||||||.|||||.|||||||||||.|||||||||||||||||||||||.|||||.|||||||||||..|
Sbjct 1267  CAGCAGGGACAACAAACAGATCCCCTTGTAGCAGCTGCAGCAGTGAATTCTGCTCTTGCCTTTGGACAAGGATT  1340

Query 1629  GGCAGCAGGCATGCCAGGTTATCCGGTGTTGGCTCCTGCTGCTTACTATGACCAAACTGGTGCCCTTGTAGTGA  1702
            |||.|||||.||||||||||||||.||.|||||.|||||||||||||||||||||||||||||||||||.||||
Sbjct 1341  GGCTGCAGGTATGCCAGGTTATCCAGTCTTGGCACCTGCTGCTTACTATGACCAAACTGGTGCCCTTGTGGTGA  1414

Query 1703  ATGCAGGCGCGAGAAATGGTCTTGGAGCTCCTGTTCGACTTGTAGCTCCTGCCCCAGTCATCATTAGTTCCTCA  1776
            |||||||.||.||||||||.||.||||||||.||.||.|||||.|||||.|||||||||||||||||.||||||
Sbjct 1415  ATGCAGGGGCAAGAAATGGCCTCGGAGCTCCAGTCCGGCTTGTTGCTCCAGCCCCAGTCATCATTAGCTCCTCA  1488

Query 1777  GCTGCACAAGCAGCTGTTGCAGCAGCCGCAGCTTCAGCAAATGGAGCAGCTGGTGGTCTTGCTGGAACAACAAA  1850
            |||||||||||||||||||||||.||.|||||.||||||||.||||||||||||||||||||.|||||.|||||
Sbjct 1489  GCTGCACAAGCAGCTGTTGCAGCGGCTGCAGCGTCAGCAAACGGAGCAGCTGGTGGTCTTGCCGGAACTACAAA  1562

Query 1851  TGGACCATTTCGCCCTTTAGGAACACAGCAGCCTCAGCCCCAGCCCCAGCAGCAGCCCAATAACAACCTGGCAT  1924
            ||||||||||||.||||||||.||.||||||||.|||||||||||.|||||||||||||.||||||.|||||.|
Sbjct 1563  TGGACCATTTCGACCTTTAGGCACCCAGCAGCCCCAGCCCCAGCCTCAGCAGCAGCCCAGTAACAATCTGGCTT  1636

Query 1925  CCAGTTCTTTCTACGGCAACAACTCTCTGAACAGCAATTCACAGAGCAGCTCCCTCTTCTCCCAGGGCTCTGCC  1998
            ||||.||||||||.||||||||||||||||.|||.||.||.||||||||||||||||||||.|||||||||||.
Sbjct 1637  CCAGCTCTTTCTATGGCAACAACTCTCTGAGCAGTAACTCCCAGAGCAGCTCCCTCTTCTCTCAGGGCTCTGCA  1710

Query 1999  CAGCCTGCCAACACATCCTTGGGATTCGGAAGTAGCAGTTCTCTCGGCGCCACCCTGGGATCCGCCCTTGGAGG  2072
            ||||||||||||||.|||||||||||||||||.||||||||.||.||.||||||||||||||.|||||||||||
Sbjct 1711  CAGCCTGCCAACACGTCCTTGGGATTCGGAAGCAGCAGTTCCCTTGGTGCCACCCTGGGATCGGCCCTTGGAGG  1784

Query 2073  GTTTGGAACAGCAGTTGCAAACTCCAACACTGGCAGTGGCTCCCGCCGTGACTCCCTGACTGGCAGCAGTGACC  2146
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1785  GTTTGGAACAGCAGTTGCAAACTCCAACACTGGCAGTGGCTCCCGCCGTGACTCCCTGACTGGCAGCAGTGACC  1858

Query 2147  TTTATAAGAGGACATCGAGCAGCTTGACCCCCATTGGACACAGTTTTTATAACGGCCTTAGCTTTTCCTCCTCT  2220
            ||||||||||||||||||||||||||.||||||||||||||||||||||||.|.|||||||||.||||||||||
Sbjct 1859  TTTATAAGAGGACATCGAGCAGCTTGGCCCCCATTGGACACAGTTTTTATAGCAGCCTTAGCTATTCCTCCTCT  1932

Query 2221  CCTGGACCCGTGGGCATGCCTCTCCCTAGTCAGGGACCAGGACATTCACAGACACCACCTCCTTCCCTCTCTTC  2294
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1933  CCTGGACCCGTGGGCATGCCTCTCCCTAGTCAGGGACCAGGACATTCACAGACACCACCTCCTTCCCTCTCTTC  2006

Query 2295  ACATGGATCCTCTTCAAGCTTAAACCTGGGAGGACTCACGAACGGCAGTGGAAGATACATCTCTGCTGCTCCAG  2368
            |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||.||||||||||||||||||||||||||||||||.|
Sbjct 2007  ACATGGATCCTCTTCAAGCTTAAACCTGGGAGGACTCACAAACGGCAGTGGAAGATACATCTCTGCTGCTCCCG  2080

Query 2369  GCGCTGAAGCCAAGTACCGCAGTGCAAGCAGCGCCTCCAGCCTCTTCAGCCCGAGCAGCACTCTTTTCTCTTCC  2442
            |.||.||||||||||||||||||||||||||.|||||||||||.||||||||.||||||||.|||||.||||||
Sbjct 2081  GTGCCGAAGCCAAGTACCGCAGTGCAAGCAGTGCCTCCAGCCTTTTCAGCCCCAGCAGCACCCTTTTTTCTTCC  2154

Query 2443  TCTCGTTTGCGATATGGAATGTCTGATGTCATGCCTTCTGGCAGGAGCAGGCTTTTGGAAGATTTTCGAAACAA  2516
            |||||||||||||||||||||||||||||.|||||.||||||||||||||.|||.|||||||||||||||||||
Sbjct 2155  TCTCGTTTGCGATATGGAATGTCTGATGTTATGCCCTCTGGCAGGAGCAGACTTCTGGAAGATTTTCGAAACAA  2228

Query 2517  CCGGTACCCCAATTTACAACTGCGGGAGATTGCTGGACATATAATGGAATTTTCCCAAGACCAGCATGGGTCCA  2590
            |||||||||.||||||||||||||||||||||||||.|||||||||||||||||.||||||||||||||.||.|
Sbjct 2229  CCGGTACCCTAATTTACAACTGCGGGAGATTGCTGGGCATATAATGGAATTTTCTCAAGACCAGCATGGCTCTA  2302

Query 2591  GATTCATTCAGCTGAAACTGGAGCGTGCCACACCAGCTGAGCGCCAGCTTGTCTTCAATGAAATCCTCCAGGCT  2664
            |||||||||||||||||||.||||||||||||.|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2303  GATTCATTCAGCTGAAACTAGAGCGTGCCACAGCAGCTGAGCGCCAGCTTGTCTTCAATGAAATCCTCCAGGCT  2376

Query 2665  GCCTACCAACTCATGGTGGATGTGTTTGGTAATTACGTCATTCAGAAGTTCTTTGAATTTGGCAGTCTTGAACA  2738
            ||.||||||||.|||||||||||||||||.||||||||||||||||||||.||||||||||||||||.||||||
Sbjct 2377  GCGTACCAACTTATGGTGGATGTGTTTGGAAATTACGTCATTCAGAAGTTTTTTGAATTTGGCAGTCATGAACA  2450

Query 2739  GAAGCTGGCTTTGGCAGAACGGATTCGAGGCCACGTCCTGTCATTGGCACTACAGATGTATGGCTGCCGTGTTA  2812
            ||||||||||.||||.|||||||||||||||||.|||||.|||||||||||.||||||||.||||||||.||.|
Sbjct 2451  GAAGCTGGCTCTGGCTGAACGGATTCGAGGCCATGTCCTATCATTGGCACTGCAGATGTACGGCTGCCGAGTCA  2524

Query 2813  TCCAGAAAGCTCTTGAGTTTATTCCTTCAGACCAGCAG------AATGAGATGGTTCGGGAACTAGATGGCCAT  2880
            |||||||||||.|.|||||||||||.||||||||||||      ||.||||||||.|||||.||||||||||||
Sbjct 2525  TCCAGAAAGCTTTGGAGTTTATTCCCTCAGACCAGCAGGTAATTAACGAGATGGTGCGGGAGCTAGATGGCCAT  2598

Query 2881  GTCTTGAAGTGTGTGAAAGATCAGAATGGCAATCACGTGGTTCAGAAATGCATTGAATGTGTACAGCCCCAGTC  2954
            |||.||||||||||||||||.|||||.|||||.||.|||||||||||.||||||||.|||||||||||||||||
Sbjct 2599  GTCCTGAAGTGTGTGAAAGACCAGAACGGCAACCATGTGGTTCAGAAGTGCATTGAGTGTGTACAGCCCCAGTC  2672

Query 2955  TTTGCAATTTATCATCGATGCGTTTAAGGGACAGGTATTTGCCTTATCCACACATCCTTATGGCTGCCGAGTGA  3028
            ||||||.||||||||||||||.||.|||||.|||||.|||||.||.||.||.||.||.||.|||||..|.||||
Sbjct 2673  TTTGCAGTTTATCATCGATGCATTCAAGGGGCAGGTGTTTGCTTTGTCTACGCACCCGTACGGCTGTAGGGTGA  2746

Query 3029  TTCAGAGAATCCTGGAGCACTGTCTCCCTGACCAGACACTCCCTATTTTAGAGGAGCTTCACCAGCACACAGAG  3102
            |.|||||.|||||.|||||||||||||||||||||||.|||||.||..|.||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2747  TCCAGAGGATCCTAGAGCACTGTCTCCCTGACCAGACCCTCCCCATCCTGGAGGAGCTTCACCAGCACACAGAG  2820

Query 3103  CAGCTTGTACAGGATCAATATGGAAATTATGTAATCCAACATGTACTGGAGCACGGTCGTCCTGAGGATAAAAG  3176
            ||||||||.||||||||.|||||||||||||||||||||||||||||||||||.||||||||||||||||||||
Sbjct 2821  CAGCTTGTGCAGGATCAGTATGGAAATTATGTAATCCAACATGTACTGGAGCATGGTCGTCCTGAGGATAAAAG  2894

Query 3177  CAAAATTGTAGCAGAAATCCGAGGCAATGTACTTGTATTGAGTCAGCACAAATTTGCAAGCAATGTTGTGGAGA  3250
            |||||||||||||||.|||||||||||||||||||||||||||||||||||.||||||||||||||||||||||
Sbjct 2895  CAAAATTGTAGCAGAGATCCGAGGCAATGTACTTGTATTGAGTCAGCACAAGTTTGCAAGCAATGTTGTGGAGA  2968

Query 3251  AGTGTGTTACTCACGCCTCACGTACGGAGCGCGCTGTGCTCATCGATGAGGTGTGCACCATGAACGACGGTCCC  3324
            |||||||||||||||||||||||||.|||||.|||||||||||.||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2969  AGTGTGTTACTCACGCCTCACGTACAGAGCGTGCTGTGCTCATTGATGAGGTGTGCACCATGAACGACGGTCCC  3042

Query 3325  CACAGTGCCTTATACACCATGATGAAGGACCAGTATGCCAACTACGTGGTCCAGAAGATGATTGACGTGGCGGA  3398
            |||||||||||||||||||||||||||||.||||||||.|||||.|||||||||||||||||.||.|||||.||
Sbjct 3043  CACAGTGCCTTATACACCATGATGAAGGATCAGTATGCTAACTATGTGGTCCAGAAGATGATCGATGTGGCTGA  3116

Query 3399  GCCAGGCCAGCGGAAGATCGTCATGCATAAGATCCGGCCCCACATCGCAACTCTTCGTAAGTACACCTATGGCA  3472
            |||.||.|||||||||||.||||||||.|||||||||||.|||||.||.||.|||||.||||||||||||||||
Sbjct 3117  GCCGGGTCAGCGGAAGATTGTCATGCACAAGATCCGGCCACACATTGCGACGCTTCGAAAGTACACCTATGGCA  3190

Query 3473  AGCACATTCTGGCCAAGCTGGAGAAGTACTACATGAAGAACGGTGTTGACTTAGGGCCCATCTGTGGCCCCCCT  3546
            |||||||.|||||||||||.||||||||||||||||||||.||.||.|||||.||||||||.|||||.||||||
Sbjct 3191  AGCACATCCTGGCCAAGCTCGAGAAGTACTACATGAAGAATGGCGTGGACTTGGGGCCCATTTGTGGTCCCCCT  3264

Query 3547  AATGGTATCATC  3558
            ||||||||||||
Sbjct 3265  AATGGTATCATC  3276