Nucleotide Global Alignment

Description

• Query: ccsbBroadEn_07509
• Subject: NM_001311107.1
• Aligned Length: 2133
• Identities: 1670
• Gaps: 255

Alignment

Query    1  ATGAAGAGGTGCAGATCGGACGAGCTGCAGCAACAACAGGGCGAGGAGGATGGAGCTGGGCTGGAAGATGCCGC  74
                                                                                      
Sbjct    1  --------------------------------------------------------------------------  0

Query   75  TTCCCACCTGCCGGGCGCGGACCTCCGGCCTGGGGAGACCACGGGTGCTAACTCTGCTGGCGGGCCAACTTCAG  148
                                                                                      
Sbjct    1  --------------------------------------------------------------------------  0

Query  149  ACGCCGGCGCTGCCGCGGCGCCCAACCCAGGTCCCCGAAGCAAGCCTCCTGATTTAAAGAAAATCCAGCAGCTG  222
                                                                                      
Sbjct    1  --------------------------------------------------------------------------  0

Query  223  TCAGAGGGCTCCATGTTTGGCCACGGTCTGAAGCACCTGTTCCACAGCCGCCGTCGGTCTCGGGAAAGGGAGCA  296
                        ||||||||||||||.||||||||||||||.|||||||||||..||||.|||||.||||||||
Sbjct    1  ------------ATGTTTGGCCACGGCCTGAAGCACCTGTTTCACAGCCGCCGCAGGTCACGGGAGAGGGAGCA  62

Query  297  CCAGACGTCTCAGGATTCCCAGCAGCATCAGCAGCAGCAGGGTATGTCCGACCATGACTCCCCAGATGAGAAGG  370
            ||||.||||||||||..||||||||||.|||||.||||||||..|.|||||.||.|||||||||||||||||||
Sbjct   63  CCAGGCGTCTCAGGAGGCCCAGCAGCAGCAGCAACAGCAGGGCCTATCCGATCAGGACTCCCCAGATGAGAAGG  136

Query  371  AGCGCTCTCCGGAGATGCATCGCGTCTCCTACGCCATGTCCCTGCACGACCTGCCCGCCCGGCCCACCGCCTTC  444
            |.|||||.|||||||||||.|||||||||||.||..|||||||||||||||||||.|||||.||.||.||.|||
Sbjct  137  AACGCTCCCCGGAGATGCACCGCGTCTCCTATGCTGTGTCCCTGCACGACCTGCCTGCCCGACCTACTGCTTTC  210

Query  445  AACCGCGTGCTGCAGCAGATCCGCTCCCGGCCCTCCATCAAGCGGGGCGCCAGCCTGCACAGCAGCAGTGGGGG  518
            |||||.|||.|.|||||.|||||||||.|||||||||||||||||||||||||||||||   ||||||||    
Sbjct  211  AACCGGGTGTTACAGCAAATCCGCTCCAGGCCCTCCATCAAGCGGGGCGCCAGCCTGCA---CAGCAGTG----  277

Query  519  CGGCAGCAGCGGGAGCAGCAGCCGGCGCACCAAGAGTAGCTCCCTGGAGCCCCAGCGTGGCAGCCCTCACCTGC  592
                    ||||||||.|..|.||.||..|||||||.||||||||||||||.|||||||||||.||||||||||
Sbjct  278  --------GCGGGAGCGGTGGTCGCCGTGCCAAGAGCAGCTCCCTGGAGCCACAGCGTGGCAGTCCTCACCTGC  343

Query  593  TGCGCAAGGCCCCCCAGGACAGCAGCCTGGCCGCCATCCTGCACCAGCACCAGTGCCGTCCCCGCTCTTCCTCC  666
            |.||.||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||.||||.|||||.||.|||||.
Sbjct  344  TTCGTAAGGCCCCCCAGGACAGCAGCCTGGCCGCCATCCTGCACCAGCACCAGGGCCGACCCCGTTCCTCCTCT  417

Query  667  ACCACCGACACTGCTCTGCTGCTGGCCGACGGCAGCAACGTGTACCTCCTGGCTGAGGAGGCCGAAGGCATCGG  740
            |||||||||||.||..||||.||||||||.|||||||..|.||||||||||||||||||.||.||..|||||||
Sbjct  418  ACCACCGACACCGCCTTGCTCCTGGCCGATGGCAGCAGTGCGTACCTCCTGGCTGAGGAAGCAGAGAGCATCGG  491

Query  741  GGACAAGGTCGATAAGGGAGACCTGGTGGCCCTGAGCCTCCCC----GCC--GGCCATGGTGACACCGACGGCC  808
            ||||||||..||.||||||||.||.||||||||||||||||||    |||  ||||||||||||.|.||.||.|
Sbjct  492  GGACAAGGGTGACAAGGGAGATCTTGTGGCCCTGAGCCTCCCCTCTGGCCCTGGCCATGGTGACTCTGATGGAC  565

Query  809  CCATCAGCCTGGACGTGCCCGATGGGGCACCGGACCCCCAGCGGACCAAGGCCGCCATTGACCACCTGCACCAG  882
            |||||||||||||.|||||.|||||.|||||||||||||||||.||.|||||.|||||.||.|||||||||||.
Sbjct  566  CCATCAGCCTGGATGTGCCAGATGGAGCACCGGACCCCCAGCGAACTAAGGCTGCCATCGAACACCTGCACCAA  639

Query  883  AAGATCCTGAAGATCACCGAGCAGATCAAGATTGAGCAGGAGGCTCGCGACGACAATGTGGCGGAGTATCTGAA  956
            ||||||.||||||||||.||||||||||||||.|||||||||||.||.||.||.||.|||||.|||||.|||||
Sbjct  640  AAGATCTTGAAGATCACTGAGCAGATCAAGATCGAGCAGGAGGCGCGGGATGATAACGTGGCAGAGTACCTGAA  713

Query  957  ACTGGCCAACAACGCGGACAAGCAGCAGGTGTCACGCATCAAGCAAGTGTTCGAGAAGAAGAACCAGAAGTCAG  1030
            .|||||||||||.||||||||||||||||||||.|||||||||||.|||||.||.|||||||||||||||||.|
Sbjct  714  GCTGGCCAACAATGCGGACAAGCAGCAGGTGTCGCGCATCAAGCAGGTGTTTGAAAAGAAGAACCAGAAGTCCG  787

Query 1031  CCCAGACCATCGCCCAGCTGCACAAGAAGCTGGAGCACTACCGCCGGCGCCTGAAGGAGATTGAGCAGAACGGG  1104
            |||||||||||||||||||||||||.||.||||||||||||||.||||||||||||||.||.||||||||.|||
Sbjct  788  CCCAGACCATCGCCCAGCTGCACAAAAAACTGGAGCACTACCGTCGGCGCCTGAAGGAAATCGAGCAGAATGGG  861

Query 1105  CCCTCGCGGCAGCCCAAGGACGTGCTGCGGGACATGCAGCAGGGGCTGAAGGACGTGGGCGCCAACGTGCGCGC  1178
            ||||||||||||||||||||.|||||.||.||.||||||||.|||||||||||.||||||||||||.||||.||
Sbjct  862  CCCTCGCGGCAGCCCAAGGATGTGCTACGCGATATGCAGCAAGGGCTGAAGGATGTGGGCGCCAACATGCGTGC  935

Query 1179  AGGCATCAGCGGCTTTGGGGGTGGCGTGGTGGAGGGCGTCAAGGGCAGCCTCTCTGGCCTCTCACAGGCCACCC  1252
            .|||||.||.|||||.||||||||.|||||||||||.|||||||||||.||.||.||||||||.||.||.||||
Sbjct  936  CGGCATTAGTGGCTTCGGGGGTGGTGTGGTGGAGGGTGTCAAGGGCAGTCTTTCCGGCCTCTCGCAAGCTACCC  1009

Query 1253  ACACCGCCGTGGTGTCCAAGCCCCGGGAGTTTGCCAGCCTCATCCGCAACAAGTTTGGCAGTGCTGACAACATC  1326
            ||||.||.|||||||||||||||||||||||.|||||||||||.|||||||||||.||||||||.|||||||||
Sbjct 1010  ACACTGCGGTGGTGTCCAAGCCCCGGGAGTTCGCCAGCCTCATTCGCAACAAGTTCGGCAGTGCCGACAACATC  1083

Query 1327  GCCCACCTGAAGGACCCCCTGGAAGATGGGCCCCCTGAGGAGGCAGCCCGGGCACTGAGCGGCAGTGCCACACT  1400
            ||||||||||||||||||.||||||||||.||||||||.||||||||||||||.|||||.||||||||||||||
Sbjct 1084  GCCCACCTGAAGGACCCCATGGAAGATGGACCCCCTGAAGAGGCAGCCCGGGCGCTGAGTGGCAGTGCCACACT  1157

Query 1401  CGTCTCCAGCCCCAAGTATGGCAGCGATGATGAGTGCTCCAGCGCCAGCGCCAGCTCAGCCGGGGCAGGCAGCA  1474
            .||.||||||||||||||.|||||.||.|||||.|||||.||.|||||.|||||||||||.|||||||||||||
Sbjct 1158  GGTGTCCAGCCCCAAGTACGGCAGTGACGATGAATGCTCGAGTGCCAGTGCCAGCTCAGCTGGGGCAGGCAGCA  1231

Query 1475  ACTCTGGGGCTGGGCCTGGTGGGGCGCTGGGGAGCCCTAAGTCCAATGCACTGTATGGTGCTCCTGGAAACCTG  1548
            ||||||||||||||||.||.||.||.|||||.|||||.|..|||||..|.||.||||||||.||||||||.|||
Sbjct 1232  ACTCTGGGGCTGGGCCAGGAGGTGCACTGGGAAGCCCGAGATCCAACACTCTTTATGGTGCCCCTGGAAATCTG  1305

Query 1549  GATGCTCTGCTGGAAGAGCTACGGGAGATCAAGGAGGGACAGTCTCACCTGGAGGACTCCATGGAAGACCTGAA  1622
            ||..||||||||||.||.||.||||||||.||||||||.|||||.||||||||||||||||||||.|||.||||
Sbjct 1306  GACACTCTGCTGGAGGAACTGCGGGAGATAAAGGAGGGCCAGTCACACCTGGAGGACTCCATGGAGGACTTGAA  1379

Query 1623  GACTCAGCTGCAGAGGGACTACACCTACATGACCCAGTGCCTGCAGGAGGAGCGCTACAGGTACGAGCGGCTGG  1696
            |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||.||.||||||||||||||.|||.||||||
Sbjct 1380  GACTCAGCTGCAGAGGGACTACACCTACATGACCCAGTGCCTGCAAGAAGAGCGCTACAGGTATGAGAGGCTGG  1453

Query 1697  AGGAGCAGCTCAACGACCTGACTGAGCTTCATCAGAACGAGATGACGAACCTGAAGCAGGAGCTGGCCAGCATG  1770
            ||||.|||||.||||||||||||||||||||.|||||.||.|||||.|||||.|||||||||||||||||||||
Sbjct 1454  AGGAACAGCTGAACGACCTGACTGAGCTTCACCAGAATGAAATGACCAACCTAAAGCAGGAGCTGGCCAGCATG  1527

Query 1771  GAGGAGAAGGTGGCCTACCAGTCCTATGAGAGGGCACGGGACATCCAGGAGGCCGTGGAGTCCTGCCTGACCCG  1844
            ||||||||||||||||||||||||||.||||||||.|||||.||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1528  GAGGAGAAGGTGGCCTACCAGTCCTACGAGAGGGCCCGGGATATCCAGGAGGCCGTGGAGTCCTGCCTGACCCG  1601

Query 1845  GGTCACCAAGCTGGAGCTGCAGCAGCAACAGCAGCAGGTGGTACAGCTGGAGGGCGTGGAGAATGCCAACGCGC  1918
            .||||||||||||||.|||||||||||.||||||||.|||||.|||.|.||.||.||||||||.||||||||||
Sbjct 1602  AGTCACCAAGCTGGAACTGCAGCAGCAGCAGCAGCAAGTGGTGCAGTTAGAAGGTGTGGAGAACGCCAACGCGC  1675

Query 1919  GGGCGCTGCTGGGCAAGTTCATCAACGTGATCCTGGCGCTCATGGCCGTGCTGCTGGTGTTCGTGTCCACCATC  1992
            |.||.||||||||||||||||||||||||||||||||.|||||||||||||||||||||||.|||||||||||.
Sbjct 1676  GCGCCCTGCTGGGCAAGTTCATCAACGTGATCCTGGCACTCATGGCCGTGCTGCTGGTGTTTGTGTCCACCATT  1749

Query 1993  GCCAACTTCATCACGCCCCTCATGAAGACACGCCTGCGCATCACCAGCACCACCCTCCTGGTCCTCGTCCTGTT  2066
            ||||||||||||||.||||||||||||||.|||||.||.||||||||||||.||||||||.||||||||||.||
Sbjct 1750  GCCAACTTCATCACCCCCCTCATGAAGACGCGCCTCCGGATCACCAGCACCGCCCTCCTGCTCCTCGTCCTCTT  1823

Query 2067  CCTCCTCTGGAAGCACTGGGACTCCCTCACCTACCTCCTGGAGCACGTGTTGCTGCCCAGC  2127
            |||.||.|||||||||||||.||||||||||||||||||||||||.|||.|||||||||||
Sbjct 1824  CCTACTGTGGAAGCACTGGGCCTCCCTCACCTACCTCCTGGAGCATGTGCTGCTGCCCAGC  1884