Nucleotide Global Alignment

Description

• Query: ccsbBroadEn_07628
• Subject: XM_006497557.3
• Aligned Length: 3046
• Identities: 2258
• Gaps: 437

Alignment

Query    1  ATGAGGGTCCCTGTATTTGAGGATATAAAAGATGAAACTGAAGAAGAAAAGATAGGGGAAGAAGAAAATGAAGA  74
            ||||.|||.|||||||..|.||||.|||||||.||||||||.||.|||||..|.|.|.|.||||||||..|.||
Sbjct    1  ATGAAGGTACCTGTATCCGGGGATGTAAAAGAGGAAACTGAGGAGGAAAATGTGGAGCAGGAAGAAAACCAGGA  74

Query   75  AGACCAGGTCT-TCTATAAGCCTGTTATTGAAGACTTAAGCATGGAATTGGCCAGAAAATGCACGGAACTCATT  147
            ||.|.||||.| ||| .||.|||||||||||||||.|.|||||||||.||||||||||.|||||.||.||||||
Sbjct   75  AGCCAAGGTGTCTCT-GAAACCTGTTATTGAAGACCTCAGCATGGAACTGGCCAGAAAGTGCACCGAGCTCATT  147

Query  148  AGCGATATCCGTTATAAAGAAGAGTTTAAAAAGTCCAAGGATAAGTGTACATTTGTGACTGACAGTCCTATGCT  221
            ||.||.||||.||||||||||||||..||||||||.|||||.||||||||.|||||||||||.|..||||||||
Sbjct  148  AGTGACATCCATTATAAAGAAGAGTACAAAAAGTCTAAGGACAAGTGTACGTTTGTGACTGATACCCCTATGCT  221

Query  222  AAACCATGTAAAAAATATCGGTGCTTTTATTTCTGAGGCAAAATACAAAGGCACCATTAAAGCTGACCTTTCTA  295
            ||||||||||||||||||.||||||||||||||||||||||||||||||||.||||||||.|||||.|||||.|
Sbjct  222  AAACCATGTAAAAAATATTGGTGCTTTTATTTCTGAGGCAAAATACAAAGGTACCATTAAGGCTGATCTTTCCA  295

Query  296  ATTCTCTTTATAAGCGGATGCCAGCCACAATTGACAGTGTTTTTGCAGGAGAAGTTACACAGCTCCAGAGTGAG  369
            |||.|||.||||||...|||||.|||||.||.||||||||.||||||.|||||||..|.|||||.|||||||||
Sbjct  296  ATTGTCTGTATAAGGACATGCCTGCCACCATCGACAGTGTCTTTGCAAGAGAAGTATCCCAGCTTCAGAGTGAG  369

Query  370  GTGGCCTACAAGCAGAAACATGATGCTGCCAAAGGATTCTCAGATTATGCCCACATGAAGGAGCCCCCTGAGGT  443
            ||.||||||||||||||.||.||.||||..|||||.|||||.|||||..|||||||||||||.||.||.|||||
Sbjct  370  GTTGCCTACAAGCAGAAGCACGAGGCTGAGAAAGGCTTCTCCGATTACACCCACATGAAGGAACCACCGGAGGT  443

Query  444  TAAACATGCCATGGAGGTCAATAAACACCAGAGTAATATTTCTTATAGGAAAGACGTGCAGGACACCCACACGT  517
            .|.||.|||||||||||||||.|.|||||||||||||||||||||.||.|||||..||||.|.|||||||||||
Sbjct  444  CAGACGTGCCATGGAGGTCAACAGACACCAGAGTAATATTTCTTACAGAAAAGATATGCAAGGCACCCACACGT  517

Query  518  ACAGTGCAGAACTTGACCGACCAGACATCAAGATGGCAACCCAGATCTCTAAGATCATAAGCAATGCAGAATAC  591
            |.|..||.||.||.|||.||||.||.|||||||.||||||.||||||||.||||||||||||.|||||||||||
Sbjct  518  ATACAGCGGAGCTGGACAGACCGGATATCAAGAAGGCAACTCAGATCTCCAAGATCATAAGCGATGCAGAATAC  591

Query  592  AAGAAAGGACAAGGAATAATGAATAAAGAGCCCGCTGTAATTGGAAGACCAGATTTTGAACATGCCGTGGAAGC  665
            ||||||||.|||||.|||.||||||||||.||..|||||||||||||||||||||||||||||||.||||.|||
Sbjct  592  AAGAAAGGGCAAGGCATAGTGAATAAAGAACCTTCTGTAATTGGAAGACCAGATTTTGAACATGCTGTGGGAGC  665

Query  666  TTCTAAACTTTCTAGTCAAATTAAATACAAAGAAAAATTTGATAATGAAATGAAGGATAAGAAACATCATTACA  739
            ||||||||||||||||||..|||||||.|||||||||||||||||||||||||||||.||.|..||.|||||||
Sbjct  666  TTCTAAACTTTCTAGTCAGGTTAAATATAAAGAAAAATTTGATAATGAAATGAAGGAAAAAAGCCACCATTACA  739

Query  740  ATCCTCTTGAAAGTGCTTCTTTTAGGCAGAATCAGCTTGCTGCTACACTGGCGAGCAATGTGAAGTACAAGAAA  813
            |.|||||.|.||||||.|.|||||||||..|.|||.|.||||||...|||||.||..|||||||||||||||||
Sbjct  740  ACCCTCTGGGAAGTGCGTTTTTTAGGCAACACCAGTTCGCTGCTGTCCTGGCCAGTGATGTGAAGTACAAGAAA  813

Query  814  GACATTCAAAATATGCATGATCCAGTTTCAGATCTCCCAAATTTGTTGTTTTTAGACCATGTTTTGAAAGCCAG  887
            ||..|||||...|||||..|.||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||.|.||||||||||
Sbjct  814  GATGTTCAAGCCATGCACAAGCCAGTTTCAGATCTCCCAAATTTGTTGTTTTTAGACCATGCTCTGAAAGCCAG  887

Query  888  CAAAATGCTCAGCGGCCGAGAATATAAAAAGCTCTTTGAGGAAAACAAAGGAATGTATCATTTTGATGCAGATG  961
            ||||||||||||.||..|.||||||||||.|...|||||.||||||||||||.|||||||.||||||||.||.|
Sbjct  888  CAAAATGCTCAGTGGATGGGAATATAAAAGGGATTTTGAAGAAAACAAAGGATTGTATCACTTTGATGCGGAGG  961

Query  962  CTGTGGAACATCTGCACCATAAAGGCAATGCCGTCCTCCAAAGTCAGGTGAAATATAAAGAAGAATATGAGAAA  1035
            |....|||||.||||||||||||||.||.|||..||||||.||||||||.|||||.|.||||||||||||||||
Sbjct  962  CCCCTGAACACCTGCACCATAAAGGAAACGCCACCCTCCAGAGTCAGGTAAAATACAGAGAAGAATATGAGAAA  1035

Query 1036  AATAAGGGAAAGCCAATGCTTGAATTTGTTGAGACACCATCATATCAAGCTTCAAAGGAGGCTCAAAAGATGCA  1109
            ||||||||||||.|.||||||||.|||||||||||||||||||||||..||||||||||.|||||.||||||||
Sbjct 1036  AATAAGGGAAAGTCCATGCTTGAGTTTGTTGAGACACCATCATATCAGTCTTCAAAGGAAGCTCAGAAGATGCA  1109

Query 1110  AAGTGAAAAAGTTTACAAAGAGGATTTTGAGAAGGAGATTAAAGGAAGGTCATCACTGGATTTAGACAAGACTC  1183
            .|||||.||||||||||||||.||||||||||||||.||||||||||||||.||||||||||||||||||||.|
Sbjct 1110  GAGTGAGAAAGTTTACAAAGAAGATTTTGAGAAGGAAATTAAAGGAAGGTCCTCACTGGATTTAGACAAGACAC  1183

Query 1184  CAGAATTTTTACATGTAAAGTACATCACCAACCTTCTGAGGGAGAAAGAATATAAAAAAGATTTGGAAAATGAG  1257
            |.|.||||.|||||||.|||.|.|||||||||||..||||||||||||||||||||||||||.||||||||||.
Sbjct 1184  CTGCATTTCTACATGTGAAGCATATCACCAACCTGATGAGGGAGAAAGAATATAAAAAAGATCTGGAAAATGAA  1257

Query 1258  ATAAAAGGGAAAGGAATGGAACTTAATTCAGAAGTTCTTGATATCCAAAGAGCAAAGCGAGCCTCTGAAATGGC  1331
            ||.|||||||||||||||||.||.|.||||||||||||||||||.||.||||||||||||||.|||||||||||
Sbjct 1258  ATCAAAGGGAAAGGAATGGAGCTCAGTTCAGAAGTTCTTGATATTCAGAGAGCAAAGCGAGCATCTGAAATGGC  1331

Query 1332  AAGTGAGAAAGAATACAAGAAAGACCTGGAGTCAATAATTAAAGGGAAAGGAATGCAAGCTGGCACTGACACCC  1405
            .||.||||||||||||||.||.||.|||||||....|||||||||.||.|||||||||..||.|||.||.||||
Sbjct 1332  CAGCGAGAAAGAATACAAAAAGGATCTGGAGTTGGAAATTAAAGGCAAGGGAATGCAAATTGACACCGATACCC  1405

Query 1406  TTGAAATGCAGCATGCCAAGAAG-GCTGCAGAGATAGCGAGTGAGAAAGACTATAAAAGAGATCTGGAGACTGA  1478
            |||||||.||.|.|||||| ||| |||||..|||||||.||.|.|||||||||.|||||||||||||||||.||
Sbjct 1406  TTGAAATACAACGTGCCAA-AAGAGCTGCCAAGATAGCCAGCGCGAAAGACTACAAAAGAGATCTGGAGACAGA  1478

Query 1479  AATTAAAGGGAAAGGGATGCAGGTGAGCACAGACACTCTTGATGTCCAGAGAGCTAAGAAAGCATCCGAGATGG  1552
            |||||||||.|||||||||||.||.||||||||||||||.|||||||||||||||||||..|||||||||||||
Sbjct 1479  AATTAAAGGAAAAGGGATGCAAGTCAGCACAGACACTCTGGATGTCCAGAGAGCTAAGAGGGCATCCGAGATGG  1552

Query 1553  CCAGCCAGAAACAATACAAGAAGGACTTAGAAAATGAAATTAAAGGGAAAGGAATGCAAGTGAGCATGGATATC  1626
            ||||||||||.|||||.|||||.|||||.||.|||||||||||.||||.||||||||||||||.||||||||||
Sbjct 1553  CCAGCCAGAAGCAATATAAGAAAGACTTGGAGAATGAAATTAAGGGGAGAGGAATGCAAGTGAACATGGATATC  1626

Query 1627  CCAGATATCCTTCGAGCCAAGAGGACATCTGAAATCTATAGCCAGAGAAAGTATAAAGATGAAGCAGAGAAGAT  1700
            ||||||||.|||||||||||||||.|||||||||||||.||||||||||||||||||||||||||.|||||.||
Sbjct 1627  CCAGATATGCTTCGAGCCAAGAGGGCATCTGAAATCTACAGCCAGAGAAAGTATAAAGATGAAGCTGAGAAAAT  1700

Query 1701  GCTTTCTAACTATTCTACCATAGCAGATACTCCTGAAATTCAGAGAATTAAGACAACTCAACAAAACATTAGTG  1774
            ||||||.|||||.||.||..|.||||..|||||.||.|||||||||||.|||||.||.||.|||||.|||||..
Sbjct 1701  GCTTTCCAACTACTCCACTGTGGCAGTCACTCCCGAGATTCAGAGAATCAAGACGACACAGCAAAATATTAGCA  1774

Query 1775  CGGTATTTTATAAGAAAGAAGTGGGAGCTGGCACTGCAGTGAAAG--ATAGCCCAGAGATCGAACGAGTGAAGA  1846
            ..||||.|||||||.|||||||||||||||||||.||.||  |||  |||.|||||||||.|||||||||||||
Sbjct 1775  ATGTATCTTATAAGGAAGAAGTGGGAGCTGGCACAGCCGT--AAGGAATACCCCAGAGATTGAACGAGTGAAGA  1846

Query 1847  AAAATCAGCAGAATATTAGTTCAGTGAAATACAAAGAAGAGATTAAACATGCAACAGCCATTTCTGATCCTCCA  1920
            ||||.|||||.||||||||.|||                                                   
Sbjct 1847  AAAACCAGCACAATATTAGCTCA---------------------------------------------------  1869

Query 1921  GAACTAAAGAGAGTTAAAGAAAACCAGAAGAACATCAGCAATCTCCAGTATAAAGAGCAAAACTACAAGGCCAC  1994
                                                      .||||||||||||||||||.|||.||||||||
Sbjct 1870  ------------------------------------------TTCCAGTATAAAGAGCAAACCTATAAGGCCAC  1901

Query 1995  TCCGGTAAGCATGACCCCGGAGATAGAGAGAGTGAGGCGAAACCAGGAGCAGCTGAGTGCGGTAAAATATAAGG  2068
            |||.||||.|||||||||.||||||||||||||||.|.|.||||||||.||||||||||||             
Sbjct 1902  TCCTGTAACCATGACCCCAGAGATAGAGAGAGTGAAGAGGAACCAGGAACAGCTGAGTGCG-------------  1962

Query 2069  GAGAACTTCAACGGGGAACTGCAATTTCTGATCCACCAGAGCTGAAGAGGGCAAAAGAAAACCAGAAAAACATC  2142
                                                                                      
Sbjct 1963  --------------------------------------------------------------------------  1962

Query 2143  AGCAATGTTTATTACAGAGGTCAGCTGGGAAGAGCTACCACTTTAAGTGTAACTCCTGAAATGGAAAGAGTGAA  2216
                  ||||||||.|.||||||.||||||||.|||||..||||.||||||||||||||||||||||||||.||
Sbjct 1963  ------GTTTATTATAAAGGTCAACTGGGAAGGGCTACAGCTTTGAGTGTAACTCCTGAAATGGAAAGAGTAAA  2030

Query 2217  GAAGAATCAAGAAAATATTAGCTCGGTAAAATATACCCAGGACCATAAACAGATGAAAGGTAGACCAAGTCTGA  2290
            ||||||||||||||||||.||||||||.|||||.||.||||||||||||||.||||||||||||||..||||||
Sbjct 2031  GAAGAATCAAGAAAATATCAGCTCGGTGAAATACACTCAGGACCATAAACAAATGAAAGGTAGACCGTGTCTGA  2104

Query 2291  TTTTAGATACACCTGCTATGAGACATGTTAAAGAAGCACAAAATCATATTTCAATGGTAAAATACCATGAAGAT  2364
            |.|||||||||||.|||.||||||||||||||||||||||||||.||.||||.|||||.|||||||||||||||
Sbjct 2105  TCTTAGATACACCGGCTTTGAGACATGTTAAAGAAGCACAAAATAATGTTTCCATGGTCAAATACCATGAAGAT  2178

Query 2365  TTTGAAAAAACAAAGGGGAGAGGCTTTACTCCCGTCGTGGACGATCCTGTGACAGAGAGAGTGAGGAAGAACAC  2438
            |||||.||.||||||||.||||||||.||||||||.|||||.|||||||||||.||..|.||||||||||.|||
Sbjct 2179  TTTGAGAAGACAAAGGGAAGAGGCTTCACTCCCGTTGTGGATGATCCTGTGACTGAACGGGTGAGGAAGAGCAC  2252

Query 2439  CCAGGTGGTCAGCGATGCTGCCTATAAAGGGGTCCACCCTCACATCGTGGAGATGGACAGGAGACCTGGAATCA  2512
            ||||||.||.||||||||||||||||||||||||||.||.||..|.||||||||||||||.||||||||.||||
Sbjct 2253  CCAGGTTGTGAGCGATGCTGCCTATAAAGGGGTCCAGCCACATGTTGTGGAGATGGACAGAAGACCTGGGATCA  2326

Query 2513  TTGTTGACCTCAAAGTTTGGCGCACAGATCCTGGCTCCATCTTCGACCTTGATCCCCTGGAAGACAATATTCAG  2586
            |||||                                                                     
Sbjct 2327  TTGTT---------------------------------------------------------------------  2331

Query 2587  TCTAGAAGTCTCCATATGCTCTCTGAAAAGGCGAGTCACTATAGGCGACACTGGTCTCGATCCCATTCCAGCAG  2660
                                                                                      
Sbjct 2332  --------------------------------------------------------------------------  2331

Query 2661  TACTTTCGGTACAGGTCTCGGAGACGACAGGTCAGAAATCTCCGAGATTTACCCTAGCTTTTCATGCTGCAGTG  2734
                                                                                      
Sbjct 2332  --------------------------------------------------------------------------  2331

Query 2735  AGGTAACAAGACCGTCTGATGAAGGAGCACCTGTTCTTCCCGGAGCCTATCAGCAAAGCCATTCCCAAGGCTAT  2808
                                      ||||||||.|||||.|||||.||.|||||.||||||||||||||||||
Sbjct 2332  --------------------------GCACCTGTCCTTCCTGGAGCTTACCAGCAGAGCCATTCCCAAGGCTAT  2379

Query 2809  GGCTACATGCACCAGACCAGTGTGTCATCCATGAGATCAATGCAGCATTCACCAAATCTAAGGACCTACCGAGC  2882
            ||.||||||||.||||||||.|||||.||||||||.||||||||||.|.||.||.||||||||||||||||.||
Sbjct 2380  GGGTACATGCATCAGACCAGCGTGTCGTCCATGAGGTCAATGCAGCCTCCAGCACATCTAAGGACCTACCGCGC  2453

Query 2883  CATGTACGATTACAGTGCCCAGGATGAAGACGAGGTCTCCTTTAGAGACGGCGACTACATCGTCAACGTGCAGC  2956
            ||||||||||||.||.||||||||||||||.|||||||||||..||||.||.||||||||.|||||||||||||
Sbjct 2454  CATGTACGATTATAGCGCCCAGGATGAAGATGAGGTCTCCTTCCGAGATGGTGACTACATTGTCAACGTGCAGC  2527

Query 2957  CTATTGACGATGGCTGGATGTACGGCACAGTGCAGAGAACGGGGAGAACAGGAATGCTCCCAGCGAATTACATT  3030
            |.|||||.||||||||||||||.|||||.|||||||||||.||||||||.||.|||||||||||.|||||||||
Sbjct 2528  CCATTGATGATGGCTGGATGTATGGCACCGTGCAGAGAACCGGGAGAACGGGCATGCTCCCAGCAAATTACATT  2601

Query 3031  GAGTTTGTTAAT  3042
            ||||||||.|||
Sbjct 2602  GAGTTTGTGAAT  2613