Nucleotide Global Alignment
Description
- Query:
- ccsbBroadEn_07648
- Subject:
- NM_001190855.1
- Aligned Length:
- 1922
- Identities:
- 1245
- Gaps:
- 478
Alignment
Query 1 ATGAGCAACTACAGTGTGTCACTGGTTGGCCCAGCTCCTTGGGGTTTCCGGCTGCAGGGCGGTAAGGATTTCAA 74
|||||||||||||||||||||.||||.||||||||||||||||||||||||||.||.||.||.|||||||||||
Sbjct 1 ATGAGCAACTACAGTGTGTCATTGGTCGGCCCAGCTCCTTGGGGTTTCCGGCTCCAAGGTGGCAAGGATTTCAA 74
Query 75 CATGCCTCTGACAATCTCTAGTCTAAAAGATGGCGGCAAGGCAGCCCAGGCAAATGTAAGAATAGGCGATGTGG 148
||||||||||||||||||||||||.||.|||||.|||||||||.|.||||||.||||.||||||||.||.||||
Sbjct 75 CATGCCTCTGACAATCTCTAGTCTGAAGGATGGTGGCAAGGCATCTCAGGCACATGTCAGAATAGGGGACGTGG 148
Query 149 TTCTCAGCATTGATGGAATAAATGCACAAGGAATGACTCATCTTGAAGCCCAGAATAAGATTAAGGGTTGTACA 222
||||||||||.|||||.||.|.||||||.||||||||.|||||||||||||||||.||||||||||.||||||.
Sbjct 149 TTCTCAGCATCGATGGGATCAGTGCACAGGGAATGACGCATCTTGAAGCCCAGAACAAGATTAAGGCTTGTACG 222
Query 223 GGCTCTTTGAATATGACTCTGCAAAGAGCATCTGCTGCACCCAAGCCTGAGCCGGTTCCTGTTCAAAAGGGAGA 296
|||||.||||||||||||||.||||||||.||.||||||.|||||..||||||||||
Sbjct 223 GGCTCCTTGAATATGACTCTACAAAGAGCTTCAGCTGCAGCCAAGAGTGAGCCGGTT----------------- 279
Query 297 ACCTAAAGAAGTAGTTAAACCTGTGCCCATTACATCTCCTGCTGTGTCCAAAGTCACTTCCACAAACAACATGG 370
||| |||||
Sbjct 280 ------------------------------------TCC------GTCCA------------------------ 287
Query 371 CCTACAATAAGGCACCACGGCCTTTTGGTTCTGTGTCTTCACCAAAAGTCACATCCATCCCATCACCATCGTCT 444
Sbjct 288 -------------------------------------------------------------------------- 287
Query 445 GCCTTCACCCCAGCCCATGCGACCACCTCATCACATGCTTCCCCTTCACCCGTGGCTGCCGTCACTCCTCCCCT 518
Sbjct 288 -------------------------------------------------------------------------- 287
Query 519 GTTCGCTGCATCTGGACTGCATGCTAATGCCAATCTTAGTGCTGACCAGTCTCCATCTGCACTGAGCGCTGGTA 592
Sbjct 288 -------------------------------------------------------------------------- 287
Query 593 AAACTGCAGTTAATGTCCCACGGCAGCCCACAGTCACCAGCGTGTGTTCCGAGACTTCTCAGGAGCTAGCAGAG 666
|.|||||||||||||||||||||||||||||.||.|||||||||||||||||
Sbjct 288 ----------------------GAAGCCCACAGTCACCAGCGTGTGTTCCGAGTCTGCTCAGGAGCTAGCAGAG 339
Query 667 GGACAGAGAAGAGGATCCCAGGGTGACAGTAAACAGCAAAATGGCCCACCAAGAAAACACATTGTGGAGCGCTA 740
||||||||||||||||||||||||||||.|||.|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||.|
Sbjct 340 GGACAGAGAAGAGGATCCCAGGGTGACATTAAGCAGCAAAATGGCCCACCAAGAAAACACATTGTGGAGCGCAA 413
Query 741 TACAGAGTTTTATCATGTACCCACTCACAGTGATGCCAGCAAGAAGAGACTGATTGAGGATACTGAAGACTGGC 814
.||.|||||||||||..||||||||||||||||||||||||||||..|.|||||||||||.|||||.|||||||
Sbjct 414 CACGGAGTTTTATCACATACCCACTCACAGTGATGCCAGCAAGAAACGGCTGATTGAGGACACTGAGGACTGGC 487
Query 815 GTCCAAGGACTGGAACAACTCAGTCTCGCTCTTTCCGAATCCTTGCCCAGATCACTGGGACTGAACATTTGAAA 888
|.||..||||||||||.|||||||||||.||||||||.||||||||||||||||||||||||||.|||.|||.|
Sbjct 488 GCCCCCGGACTGGAACGACTCAGTCTCGTTCTTTCCGGATCCTTGCCCAGATCACTGGGACTGAGCATCTGACA 561
Query 889 GAATCTGAAGCCGATAATACAAAGAAGGCAAA------------------------------------------ 920
|||||||||...||.|||||.|||||||||||
Sbjct 562 GAATCTGAAAATGACAATACGAAGAAGGCAAAGCTCTTCGGCCCTGAAAACTCCCAGTCTCTTCTGGATGCACT 635
Query 921 --------------------------TAACTCT----------------------------------------- 927
||.||||
Sbjct 636 GTGCATCAGCACTGTCCCCAAGCCTCTAGCTCTTTCCTGTCTTCAGTCCTCTGAGGAGTCGAGTGGCTCTGTCC 709
Query 928 -----------------------CAGGAGCCTTCTCCGCAGTTGGCTTCCTCGGTAGCTTCCACACGGAGCATG 978
|||||||||||||.|||...|||.||.||.|.||||||..|.|.||||..|
Sbjct 710 ACGTTAAGAAGAGCAGTAGCACCCAGGAGCCTTCTCAGCAACCGGCGTCATCTGGAGCTTCACCTCTGAGCGCG 783
Query 979 CCCGAGAGCCTGGACAGCCCAACCTCTGGCAGACCAGGGGTTACCAGCCTCACAACTGCAGCTGCCTTCAAGCC 1052
.|.|||.|||..||.||||||...||..||||.||...|||..|..|||||....|.||.|||||.||||||||
Sbjct 784 TCTGAGGGCCCCGAGAGCCCAGGTTCCAGCAGGCCCTCGGTGGCTGGCCTCCGCTCCGCTGCTGCTTTCAAGCC 857
Query 1053 TGTAGGATCCACTGGCGTCATCAAGTCACCAAGCTGGCAACGGCCAAACCAAGGAGTACCTTCCACTGGAAGAA 1126
||||||||||||..||| ||||||||||.||||||||.||.||||||||||.||.||||||.|||||.||||
Sbjct 858 TGTAGGATCCACCAGCG---TCAAGTCACCTAGCTGGCAGCGTCCAAACCAAGCAGCACCTTCTACTGGGAGAA 928
Query 1127 TCTCAAACAGCGCTGCTTACTCAGGATCAGTGGCACCAGCCAACTCAG-CTTTGGGACAAACCCAGCCAAGTGA 1199
|.|||||||..||...||..|||||..|||.||| | ||.||||.|...|||||||||||||
Sbjct 929 TTTCAAACAATGCACGTTCTTCAGGTACAGGGGC-------------GTCTGTGGGGCCTCCCCAGCCAAGTGA 989
Query 1200 CCAGGACACTTTAGTGCAAAGAGCTGAGCACATTCCAGCAGGGAAACGAACTCCGATGTGCGCCCATTGTAACC 1273
|||.|||||..|.|||||.|||||.||.|||||||||||.||.||.||.||.||.|||||.|||||.||.||||
Sbjct 990 CCAAGACACACTTGTGCAGAGAGCGGAACACATTCCAGCGGGCAAGCGGACCCCCATGTGTGCCCACTGCAACC 1063
Query 1274 AGGTCATCAGAGGACC-ATTCTTAGTGGCACTGGGGAAATCTTGGCACCCAGAAGAATTCAACTGCGCTCACTG 1346
|.||.|||||.||||| .||||| |||||.||||||||.||.|||||.|||||||||||.|||||.|||||.||
Sbjct 1064 AAGTTATCAGGGGACCTTTTCTT-GTGGCTCTGGGGAAGTCCTGGCATCCAGAAGAATTTAACTGTGCTCATTG 1136
Query 1347 CAAAAATACAATGGCCTACATTGGATTTGTAGAGGAGAAAGGAGCCCTGTATTGTGAGCTGTGCTATGAGAAAT 1420
||||||.||||||||||||||.||.||||||||||||||.|||||.|||||.||||||||.|||||||||||.|
Sbjct 1137 CAAAAACACAATGGCCTACATAGGCTTTGTAGAGGAGAAGGGAGCACTGTACTGTGAGCTATGCTATGAGAAGT 1210
Query 1421 TCTTTGCCCCTGAATGTGGTCGATGCCAAAGGAAGATCCTTGGAGAAGTCATCAATGCGTTGAAACAAACTTGG 1494
|||||||.|||||||||||.||.|||||||||||||||||||||||||||||||||||.|||||.||.||.|||
Sbjct 1211 TCTTTGCTCCTGAATGTGGCCGGTGCCAAAGGAAGATCCTTGGAGAAGTCATCAATGCTTTGAAGCAGACCTGG 1284
Query 1495 CATGTTTCCTGTTTTGTGTGTGTAGCCTGTGGAAAGCCCATTCGGAACAATGTTTTTCACTTGGAGGATGGTGA 1568
|||||.|||||||||||||||||.|||||||||||.||||||||.||.||||||||.||||||||.|||||.||
Sbjct 1285 CATGTGTCCTGTTTTGTGTGTGTGGCCTGTGGAAAACCCATTCGTAATAATGTTTTCCACTTGGAAGATGGCGA 1358
Query 1569 ACCCTACTGTGAGACTGATTATTATGCCCTCTTTGGTACTATATGCCATGGATGTGAATTTCCCATAGAAGCTG 1642
.||||||||||||||.||.||.||.|||||.|||||.||.|||||.|.||||||||||||.||||||||.||||
Sbjct 1359 GCCCTACTGTGAGACAGACTACTACGCCCTTTTTGGAACAATATGTCGTGGATGTGAATTCCCCATAGAGGCTG 1432
Query 1643 GTGACATGTTCCTGGAAGCTCTGGGCTACACCTGGCATGACACTTGCTTTGTATGCTCAGTGTGTTGTGAAAGT 1716
|||||||||||||||||||||||||.|||||.||||||||.|||||||||||.|||||.|||||||||||||||
Sbjct 1433 GTGACATGTTCCTGGAAGCTCTGGGATACACTTGGCATGATACTTGCTTTGTGTGCTCTGTGTGTTGTGAAAGT 1506
Query 1717 TTGGAAGGTCAGACCTTTTTCTCCAAGAAGGACAAGCCCCTGTGTAAGAAACATGCTCATTCTGTGAATTTT 1788
||||||||.|||||.|||||||||||||||||||||||.||.||.||.||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1507 TTGGAAGGGCAGACATTTTTCTCCAAGAAGGACAAGCCACTTTGCAAAAAACATGCTCATTCTGTGAATTTT 1578