Nucleotide Global Alignment

Description

• Query: ccsbBroadEn_07670
• Subject: NM_001282718.2
• Aligned Length: 3675
• Identities: 3498
• Gaps: 174

Alignment

Query    1  ATGTCTTCCCCGTTGCAAAGAGCTGTGGGAGATACCAAGAGGGCCTTTTCTGCATCTTCTAGTTCCTCTGCCAG  74
            |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||.||||||||||||||||||||||||||
Sbjct    1  ATGTCTTCCCCGTTGCAAAGAGCTGTGGGAGATACCAAGAGGGCCTTGTCTGCATCTTCTAGTTCCTCTGCCAG  74

Query   75  TCTACCCTTTGATGACAGGGACTCAAACCATCCCTCAGAGGGGAATGGCGACTCTTTGTTAGCTGATGAAGACA  148
            |||||||||||||||||||||||||||||||.||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct   75  TCTACCCTTTGATGACAGGGACTCAAACCATACCTCAGAGGGGAATGGCGACTCTTTGTTAGCTGATGAAGACA  148

Query  149  CTGACTTTGAAGACAGCTTGAATCGCAATGTGAAGAAGAGAGCAGCAAAACGACCACCGAAAACAACACCGGTG  222
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  149  CTGACTTTGAAGACAGCTTGAATCGCAATGTGAAGAAGAGAGCAGCAAAACGACCACCGAAAACAACACCGGTG  222

Query  223  GCAAAACATCCAAAGAAAGGGTCCCGAGTGGTACATCGTCATAGCCGGAAACAGTCAGAGCCACCAGCCAATGA  296
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  223  GCAAAACATCCAAAGAAAGGGTCCCGAGTGGTACATCGTCATAGCCGGAAACAGTCAGAGCCACCAGCCAATGA  296

Query  297  TCTTTTCAATGCTGTGAAAGCCGCCAAAAGTGACATGCAGTCTTTGGTAGATGAGTGGCTGGATAGCTACAAGC  370
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||                                    
Sbjct  297  TCTTTTCAATGCTGTGAAAGCCGCCAAAAGTGACATGC------------------------------------  334

Query  371  AAGACCAGGATGCAGGATTTCTGGAGCTTGTTAACTTTTTCATCCAATCTTGCGGATGTAAAGGCATTGTGACC  444
                                                                                      
Sbjct  335  --------------------------------------------------------------------------  334

Query  445  CCTGAGATGTTCAAGAAGATGTCCAACTCAGAGATCATCCAGCACCTAACAGAGCAGTTTAATGAGGACTCGGG  518
                                                                            ||||||||||
Sbjct  335  ----------------------------------------------------------------AGGACTCGGG  344

Query  519  GGACTACCCTCTCATAGCTCCAGGTCCATCCTGGAAGAAGTTCCAGGGCAGCTTCTGTGAATTTGTGAGGACAT  592
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  345  GGACTACCCTCTCATAGCTCCAGGTCCATCCTGGAAGAAGTTCCAGGGCAGCTTCTGTGAATTTGTGAGGACAT  418

Query  593  TGGTCTGTCAGTGCCAGTACAGCCTCCTCTATGATGGCTTCCCTATGGACGACCTCATCTCCCTGCTCACTGGC  666
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  419  TGGTCTGTCAGTGCCAGTACAGCCTCCTCTATGATGGCTTCCCTATGGACGACCTCATCTCCCTGCTCACTGGC  492

Query  667  CTCTCAGACTCACAAGTCCGCGCCTTCCGTCACACTAGCACCCTGGCTGCTATGAAACTGATGACCTCCCTGGT  740
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  493  CTCTCAGACTCACAAGTCCGCGCCTTCCGTCACACTAGCACCCTGGCTGCTATGAAACTGATGACCTCCCTGGT  566

Query  741  AAAAGTTGCCCTCCAACTGAGTGTGCACCAAGATAACAATCAGCGTCAGTATGAGGCTGAAAGAAACAAGGGGC  814
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  567  AAAAGTTGCCCTCCAACTGAGTGTGCACCAAGATAACAATCAGCGTCAGTATGAGGCTGAAAGAAACAAGGGGC  640

Query  815  CAGGGCAGAGGGCACCTGAGCGGCTGGAGAGCCTGTTGGAGAAACGCAAAGAGCTCCAAGAGCATCAAGAGGAG  888
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  641  CAGGGCAGAGGGCACCTGAGCGGCTGGAGAGCCTGTTGGAGAAACGCAAAGAGCTCCAAGAGCATCAAGAGGAG  714

Query  889  ATTGAGGGGATGATGAATGCCCTCTTCAGGGGTGTCTTTGTTCATCGGTACAGGGATGTCCTTCCTGAGATCCG  962
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  715  ATTGAGGGGATGATGAATGCCCTCTTCAGGGGTGTCTTTGTTCATCGGTACAGGGATGTCCTTCCTGAGATCCG  788

Query  963  TGCTATCTGCATTGAGGAAATTGGGTGTTGGATGCAAAGCTACAGCACGTCTTTCCTCACCGACAGCTATTTAA  1036
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  789  TGCTATCTGCATTGAGGAAATTGGGTGTTGGATGCAAAGCTACAGCACGTCTTTCCTCACCGACAGCTATTTAA  862

Query 1037  AATATATTGGTTGGACTCTGCATGATAAGCACCGAGAAGTCCGCCTGAAGTGTGTGAAGGCCCTGAAAGGGCTG  1110
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  863  AATATATTGGTTGGACTCTGCATGATAAGCACCGAGAAGTCCGCCTGAAGTGTGTGAAGGCCCTGAAAGGGCTG  936

Query 1111  TACGGTAACCGGGACCTGACCACACGCCTGGAGCTCTTCACCAGCCGCTTCAAGGACCGGATGGTTTCCATGGT  1184
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  937  TACGGTAACCGGGACCTGACCACACGCCTGGAGCTCTTCACCAGCCGCTTCAAGGACCGGATGGTTTCCATGGT  1010

Query 1185  CATGGACAGAGAGTATGATGTGGCAGTGGAGGCTGTCAGATTACTGATACTTATCCTTAAGAACATGGAAGGGG  1258
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1011  CATGGACAGAGAGTATGATGTGGCAGTGGAGGCTGTCAGATTACTGATACTTATCCTTAAGAACATGGAAGGGG  1084

Query 1259  TGCTGACGGACGCGGATTGTGAGAGCGTCTACCCCGTTGTGTATGCCTCTCATCGAGGCCTGGCCTCTGCCGCA  1332
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||.|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1085  TGCTGACGGACGCGGATTGTGAGAGCGTCTACCCAGTTGTGTATGCCTCTCATCGAGGCCTGGCCTCTGCCGCA  1158

Query 1333  GGCGAATTTCTGTACTGGAAACTCTTCTACCCTGAGTGCGAGATAAGAATGATGGGTGGAAGAGAGCAACGCCA  1406
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1159  GGCGAATTTCTGTACTGGAAACTCTTCTACCCTGAGTGCGAGATAAGAATGATGGGTGGAAGAGAGCAACGCCA  1232

Query 1407  GAGCCCAGGCGCCCAGAGGACTTTCTTCCAGCTTCTGCTGTCCTTCTTTGTGGAGAGCGAGCTCCATGACCACG  1480
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1233  GAGCCCAGGCGCCCAGAGGACTTTCTTCCAGCTTCTGCTGTCCTTCTTTGTGGAGAGCGAGCTCCATGACCACG  1306

Query 1481  CTGCTTACTTAGTAGACAGTCTGTGGGACTGTGCAGGGGCTCGGCTGAAGGACTGGGAGGGTCTGACAAGCCTG  1554
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1307  CTGCTTACTTAGTAGACAGTCTGTGGGACTGTGCAGGGGCTCGGCTGAAGGACTGGGAGGGTCTGACAAGCCTG  1380

Query 1555  CTGCTGGAGAAGGACCAGAACCTGGGTGATGTGCAGGAGAGCACACTGATAGAAATCCTTGTGTCCAGTGCCCG  1628
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1381  CTGCTGGAGAAGGACCAGAACCTGGGTGATGTGCAGGAGAGCACACTGATAGAAATCCTTGTGTCCAGTGCCCG  1454

Query 1629  GCAAGCTTCAGAGGGGCACCCGCCTGTGGGCCGGGTCACTGGGAGGAAGGGCTTAACCTCTAAGGAGCGCAAGA  1702
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1455  GCAAGCTTCAGAGGGGCACCCGCCTGTGGGCCGGGTCACTGGGAGGAAGGGCTTAACCTCTAAGGAGCGCAAGA  1528

Query 1703  CCCAAGCCGATGACAGGGTGAAGTTGACTGAGCACCTCATCCCCCTGCTGCCCCAGCTCCTGGCCAAGTTCTCA  1776
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1529  CCCAAGCCGATGACAGGGTGAAGTTGACTGAGCACCTCATCCCCCTGCTGCCCCAGCTCCTGGCCAAGTTCTCA  1602

Query 1777  GCTGATGCAGAGAAGGTCACTCCCCTGCTCCAGCTTCTCAGCTGCTTTGACCTCCACATCTACTGCACTGGGCG  1850
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1603  GCTGATGCAGAGAAGGTCACTCCCCTGCTCCAGCTTCTCAGCTGCTTTGACCTCCACATCTACTGCACTGGGCG  1676

Query 1851  CTTGGAGAAGCACCTGGAGCTGTTCCTGCAGCAACTCCAGGAGGTGGTGGTGAAGCATGCAGAGCCAGCGGTGC  1924
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1677  CTTGGAGAAGCACCTGGAGCTGTTCCTGCAGCAACTCCAGGAGGTGGTGGTGAAGCATGCAGAGCCAGCGGTGC  1750

Query 1925  TTGAGGCTGGGGCGCATGCCCTCTACCTGCTCTGTAATCCCGAATTCACTTTCTTCAGCCGGGCGGACTTTGCC  1998
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1751  TTGAGGCTGGGGCGCATGCCCTCTACCTGCTCTGTAATCCCGAATTCACTTTCTTCAGCCGGGCGGACTTTGCC  1824

Query 1999  CGCAGCCAGCTAGTAGATTTGCTGACTGACCGCTTCCAGCAGGAGCTTGAAGAGCTGTTACAGTCGTCCTTCCT  2072
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1825  CGCAGCCAGCTAGTAGATTTGCTGACTGACCGCTTCCAGCAGGAGCTTGAAGAGCTGTTACAGTCGTCCTTCCT  1898

Query 2073  AGATGAGGATGAGGTATATAATCTGGCAGCCACTCTGAAACGCCTCTCTGCCTTCTACAACACTCATGACCTGA  2146
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1899  AGATGAGGATGAGGTATATAATCTGGCAGCCACTCTGAAACGCCTCTCTGCCTTCTACAACACTCATGACCTGA  1972

Query 2147  CTCGCTGGGAGCTCTATGAGCCATGTTGCCAACTCCTGCAGAAGGCTGTGGACACAGGAGAGGTTCCTCACCAG  2220
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1973  CTCGCTGGGAGCTCTATGAGCCATGTTGCCAACTCCTGCAGAAGGCTGTGGACACAGGAGAGGTTCCTCACCAG  2046

Query 2221  GTTATCCTGCCAGCCTTGACTCTTGTCTATTTTTCCATTCTCTGGACACTAACCCACATTTCTAAATCAGATGC  2294
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2047  GTTATCCTGCCAGCCTTGACTCTTGTCTATTTTTCCATTCTCTGGACACTAACCCACATTTCTAAATCAGATGC  2120

Query 2295  TTCCCAGAAGCAGCTGTCGAGTTTGAGGGACAGAATGGTGGCCTTCTGTGAACTCTGCCAGAGTTGCCTCTCAG  2368
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2121  TTCCCAGAAGCAGCTGTCGAGTTTGAGGGACAGAATGGTGGCCTTCTGTGAACTCTGCCAGAGTTGCCTCTCAG  2194

Query 2369  ATGTGGATACTGAGATCCAGGAGCAGGCTTTTGTCTTATTAAGTGATCTACTTCTCATCTTTAGCCCTCAGATG  2442
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2195  ATGTGGATACTGAGATCCAGGAGCAGGCTTTTGTCTTATTAAGTGATCTACTTCTCATCTTTAGCCCTCAGATG  2268

Query 2443  ATTGTTGGGGGCCGTGATTTCCTTAGGCCACTTGTCTTTTTTCCTGAAGCTACTCTCCAGTCTGAGCTAGCCAG  2516
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2269  ATTGTTGGGGGCCGTGATTTCCTTAGGCCACTTGTCTTTTTTCCTGAAGCTACTCTCCAGTCTGAGCTAGCCAG  2342

Query 2517  CTTCCTCATGGACCACGTCTTCATCCAGCCGGGAGACCTGGGCAGTGGTGATTCCCAGGAGGATCATTTACAGA  2590
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2343  CTTCCTCATGGACCACGTCTTCATCCAGCCGGGAGACCTGGGCAGTGGTGATTCCCAGGAGGATCATTTACAGA  2416

Query 2591  TAGAGCGGCTACACCAGCGGCGCCGCCTCCTAGCCGGGTTCTGCAAGCTGTTGCTTTATGGGGTGCTGGAGATG  2664
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2417  TAGAGCGGCTACACCAGCGGCGCCGCCTCCTAGCCGGGTTCTGCAAGCTGTTGCTTTATGGGGTGCTGGAGATG  2490

Query 2665  GATGCAGCCTCAGATGTTTTCAAACACTACAACAAGTTCTACAATGACTATGGTGACATTATCAAGGAAACATT  2738
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2491  GATGCAGCCTCAGATGTTTTCAAACACTACAACAAGTTCTACAATGACTATGGTGACATTATCAAGGAAACATT  2564

Query 2739  AACTAGAGCAAGGCAGATTGACCGAAGTCATTGTTCCCGAATCCTGCTGCTGAGCCTCAAGCAGCTGTACACAG  2812
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2565  AACTAGAGCAAGGCAGATTGACCGAAGTCATTGTTCCCGAATCCTGCTGCTGAGCCTCAAGCAGCTGTACACAG  2638

Query 2813  AACTGCTGCAGGAGCATGGGCCCCAGGGCCTGAATGAGCTTCCTGCCTTCATCGAGATGAGGGACCTGGCCCGG  2886
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2639  AACTGCTGCAGGAGCATGGGCCCCAGGGCCTGAATGAGCTTCCTGCCTTCATCGAGATGAGGGACCTGGCCCGG  2712

Query 2887  AGGTTTGCCTTGAGTTTTGGACCCCAGCAGCTGCAGAACCGTGACCTCGTGGTCATGCTACACAAGGAAGGCAT  2960
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2713  AGGTTTGCCTTGAGTTTTGGACCCCAGCAGCTGCAGAACCGTGACCTCGTGGTCATGCTACACAAGGAAGGCAT  2786

Query 2961  CCAGTTCTCCTTGTCTGAGCTTCCTCCAGCTGGCTCCTCCAATCAGCCTCCAAATCTGGCATTCCTGGAGCTCC  3034
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2787  CCAGTTCTCCTTGTCTGAGCTTCCTCCAGCTGGCTCCTCCAATCAGCCTCCAAATCTGGCATTCCTGGAGCTCC  2860

Query 3035  TTTCAGAGTTTTCCCCCCGACTCTTCCATCAGGACAAGCAGCTTTTACTGTCCTATCTAGAAAAGTGCCTGCAG  3108
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2861  TTTCAGAGTTTTCCCCCCGACTCTTCCATCAGGACAAGCAGCTTTTACTGTCCTATCTAGAAAAGTGCCTGCAG  2934

Query 3109  CATGTCTCCCAGGCACCTGGCCATCCCTGGGGCCCAGTCACCACCTACTGCCACTCCCTCAGCCCTGTGGAGAA  3182
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2935  CATGTCTCCCAGGCACCTGGCCATCCCTGGGGCCCAGTCACCACCTACTGCCACTCCCTCAGCCCTGTGGAGAA  3008

Query 3183  CACAGCAGAGACCAGCCCTCAGGTCCTCCCCAGCTCCAAGAGGAGGCGCGTTGAAGGGCCTGCCAAGCCTAACA  3256
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 3009  CACAGCAGAGACCAGCCCTCAGGTCCTCCCCAGCTCCAAGAGGAGGCGCGTTGAAGGGCCTGCCAAGCCTAACA  3082

Query 3257  GAGAGGACGTCTCCTCGTCCCAGGAAGAAAGTCTGCAGCTGAACAGCATCCCGCCCACGCCCACCCTCACCTCC  3330
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 3083  GAGAGGACGTCTCCTCGTCCCAGGAAGAAAGTCTGCAGCTGAACAGCATCCCGCCCACGCCCACCCTCACCTCC  3156

Query 3331  ACAGCTGTGAAGAGCAGGCAGCCCCTGTGGGGGTTGAAAGAGATGGAGGAAGAAGATGGCTCAGAGTTGGATTT  3404
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 3157  ACAGCTGTGAAGAGCAGGCAGCCCCTGTGGGGGTTGAAAGAGATGGAGGAAGAAGATGGCTCAGAGTTGGATTT  3230

Query 3405  TGCCCAGGGTCAGCCCGTCGCAGGCACCGAGAGGTCAAGGTTCTTGGGTCCACAATATTTCCAGACTCCACACA  3478
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 3231  TGCCCAGGGTCAGCCCGTCGCAGGCACCGAGAGGTCAAGGTTCTTGGGTCCACAATATTTCCAGACTCCACACA  3304

Query 3479  ACCCTTCAGGTCCTGGCCTGGGCAACCAGCTGATGCGACTCAGCCTTATGGAAGAGGACGAGGAAGAAGAGTTA  3552
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 3305  ACCCTTCAGGTCCTGGCCTGGGCAACCAGCTGATGCGACTCAGCCTTATGGAAGAGGACGAGGAAGAAGAGTTA  3378

Query 3553  GAAATCCAGGATGAGTCAAATGAAGAACGGCAGGATACAGACATGCAAGCAAGTAGCTACTCTTCCACCAGTGA  3626
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 3379  GAAATCCAGGATGAGTCAAATGAAGAACGGCAGGATACAGACATGCAAGCAAGTAGCTACTCTTCCACCAGTGA  3452

Query 3627  GCGCGGGCTGGACCTCTTAGATTCTACAGAGCTGGATATTGAGGATTTC  3675
            |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 3453  GCGCGGGCTGGACCTCTTAGATTCTACAGAGCTGGATATTGAGGATTTC  3501