Nucleotide Global Alignment
Description
- Query:
- ccsbBroadEn_08016
- Subject:
- NM_001252566.1
- Aligned Length:
- 2769
- Identities:
- 2112
- Gaps:
- 381
Alignment
Query 1 ATGGGGACTCCCAGGGCCCAGCACCCGCCGCCTCCCCAGCTGCTGTTCCTAATTCTGCTGAGCTGTCCCTGGAT 74
|||||||||||||.|||||||||||||||||||.|||||||||||.||||||||||||||||||||.|||||||
Sbjct 1 ATGGGGACTCCCAAGGCCCAGCACCCGCCGCCTTCCCAGCTGCTGCTCCTAATTCTGCTGAGCTGTGCCTGGAT 74
Query 75 CCAGGGTCTGCCCCTGAAGGAGGAGGAGATATTGCCAGAGCCTGGAAGTGAGACCCCCACGGTGGCCTCTGAGG 148
..||||||||||||||||||||||.|||||..||||||||||||||||||||||.|||||.|||||||||||||
Sbjct 75 TGAGGGTCTGCCCCTGAAGGAGGATGAGATGATGCCAGAGCCTGGAAGTGAGACTCCCACAGTGGCCTCTGAGG 148
Query 149 CCCTGGCTGAACTGCTTCATGGGGCCCTGCTGAGGAGGGGCCCAGAGATGGGCTACCTGCCAGGATCTGATCCG 222
.|||||||||.|||||.||||||||..|||||.|||.||||||||||||.||||.|.||||.||||||||.||.
Sbjct 149 ACCTGGCTGAGCTGCTCCATGGGGCTTTGCTGCGGAAGGGCCCAGAGATCGGCTTCTTGCCGGGATCTGACCCA 222
Query 223 GACCCCACGCTAGCCACCCCTCCGGCCGGCCAGACTCTCGCAGTGCCCTCCCTGCCACGGGCCACTGAGCCGGG 296
||||||||.||||||||||||||.||||||||||||||.||||..||.|||||||||||.|||||||||||.||
Sbjct 223 GACCCCACACTAGCCACCCCTCCAGCCGGCCAGACTCTTGCAGCACCTTCCCTGCCACGTGCCACTGAGCCAGG 296
Query 297 GACAGGGCCTCTGACAACAGCCGTCACCCCTAACGGGGTCAGGGGGGCAGGCCCCACTGCGCCAGAACTGCTGA 370
|||||||||||||||.|||||.||||||||.||.||.||||||||||||||||||||.||||||||.|||||||
Sbjct 297 GACAGGGCCTCTGACGACAGCTGTCACCCCCAAGGGAGTCAGGGGGGCAGGCCCCACCGCGCCAGAGCTGCTGA 370
Query 371 CCCCGCCCCCAGGAACCACAGCCCCACCCCCACCCAGCCCTGCCTCCCCAGGGCCTCCCCTTGGGCCTGAGGGA 444
||||.|||||.|||||.||||||||.|||||.||..||||.||||||||||..||.|||||..|||||||||||
Sbjct 371 CCCCACCCCCTGGAACTACAGCCCCGCCCCCGCCTGGCCCCGCCTCCCCAGTCCCACCCCTCAGGCCTGAGGGA 444
Query 445 GGAGAGGAGGAGACGACGACCACCATCATCACCACGACAACTGTTACCACTACGGTGACCAGCCCA-------- 510
|||||||||||.||.||.|||||||||||||||||.||||||||.|||||.||.||.|||||||||
Sbjct 445 GGAGAGGAGGAAACCACCACCACCATCATCACCACAACAACTGTCACCACCACTGTCACCAGCCCAGTTCTGTG 518
Query 511 -------------------------------------------------------------------------- 510
Sbjct 519 CAATAACAACATCTCGGAGGGCGAAGGGTTTGTGGAGTCTCCGGACTTGGGGAGCACTGCCAGCCGCTCCGTGG 592
Query 511 -------------------------------------------------------------------------- 510
Sbjct 593 AGCTCCTAGATTGCACCTACAGCATCCATGTCTACCCTGGTTATGGCATTGAGATTCAGGTGCAGACACTCAAC 666
Query 511 -------------------------------------------------------------------------- 510
Sbjct 667 CTGTCTCAGGAGGAAGAACTTCTGGTGTTGGCCGGTGGGGGTTCTCCAGGCCTGGCCCCCAGACTCCTGGCCAA 740
Query 511 -------------------------------------------------------------------------- 510
Sbjct 741 TTCCTCCATGCTGGGAGAAGGACAAGTGCTGCGGAGCCCAACAAACCGGCTGCTCCTGCATTTCCAGAGTCCTC 814
Query 511 --------------------------------------GCCTACCTCCTGAGCTGTGGCTTCCCTCCCCGGCCG 546
||.|||||.||||||||.||||||||.||||||||.
Sbjct 815 GAGTCCCAAGGGGCAATGGCTTCAGGATTCACTATCAGGCATACCTTCTGAGCTGCGGCTTCCCACCCCGGCCA 888
Query 547 GCCCATGGGGACGTGAGTGTGACGGACCTGCACCCTGGGGGCACTGCCACCTTTCACTGTGATTCGGGCTACCA 620
|||||.|||||.|||||.|||||.|||.||||.||||||||||||||||||||.||||||||.||.||.|||||
Sbjct 889 GCCCACGGGGATGTGAGCGTGACAGACTTGCATCCTGGGGGCACTGCCACCTTCCACTGTGACTCAGGATACCA 962
Query 621 GCTGCAGGGAGAGGAGACCCTCATCTGCCTCAATGGCACCCGGCCATCCTGGAACGGTGAAACCCCCAGCTGCA 694
|||.|||||.||||||||||||||.|||||||||||.|||||||||.||||||..||||||.||||.|||||.|
Sbjct 963 GCTACAGGGTGAGGAGACCCTCATTTGCCTCAATGGTACCCGGCCAGCCTGGACTGGTGAACCCCCTAGCTGTA 1036
Query 695 TGGCATCCTGTGGTGGCACCATCCACAATGCCACCCTGGGCCGCATCGTGTCCCCAGAGCCTGGGGGAGCCGTA 768
..|||||.||||||||||||||||||||||||||.|||||.|||||.||.|||||.||||||||||||||.|.|
Sbjct 1037 CAGCATCTTGTGGTGGCACCATCCACAATGCCACACTGGGTCGCATTGTATCCCCTGAGCCTGGGGGAGCTGCA 1110
Query 769 GGGCCCAACCTCACCTGCCGTTGGGTCATTGAAGCAGCTGAGGGGCGCCGGCTGCACCTGCACTTTGAAAGGGT 842
||||||||||||||||||||.||||||||||||||.||.|||||.||||||||.|||||.||||||||.||.||
Sbjct 1111 GGGCCCAACCTCACCTGCCGCTGGGTCATTGAAGCGGCCGAGGGACGCCGGCTTCACCTACACTTTGAGAGAGT 1184
Query 843 CTCGCTGGATGAGGACAATGACCGGCTGATGGTGCGCTCAGGGGGCAGCCCCCTATCCCCCGTGATCTATGATT 916
|||.|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||.||||||||.|||||.|||||.||.||.|
Sbjct 1185 CTCACTGGATGAGGACAATGACCGGCTGATGGTGCGCTCAGGGGGAAGCCCCCTGTCCCCTGTGATTTACGACT 1258
Query 917 CGGACATGGACGATGTCCCCGAGCGGGGTCTCATCAGTGACGCCCAGTCCCTCTACGTGGAGCTGCTGTCAGAG 990
|.||||||||.||||||||.||.||.||||||||||||||.|||||||||||||||||.||.|||||.||||||
Sbjct 1259 CTGACATGGATGATGTCCCTGAACGCGGTCTCATCAGTGATGCCCAGTCCCTCTACGTAGAACTGCTTTCAGAG 1332
Query 991 ACACCTGCCAATCCCCTGCTGTTAAGCCTTCGATTTGAAGCCTTTGAGGAGGATCGCTGCTTCGCCCCCTTCCT 1064
|||||.|||||.|||||||||.|.|||||.|||||||||||||||||||||||.|||||||||.||||.|||||
Sbjct 1333 ACACCAGCCAACCCCCTGCTGCTCAGCCTCCGATTTGAAGCCTTTGAGGAGGACCGCTGCTTCCCCCCGTTCCT 1406
Query 1065 GGCACATGGAAATGTCACTACCACGGACCCTGAGTATCGCCCAGGGGCACTGGCAACCTTCTCGTGCCTCCCAG 1138
|||.||.||.|||||.||.||.||.||.|||||||..|.||||||.||||||||.||||||||.||||||||||
Sbjct 1407 GGCTCACGGCAATGTGACCACTACAGATCCTGAGTTCCACCCAGGAGCACTGGCCACCTTCTCATGCCTCCCAG 1480
Query 1139 GATATGCCCTGGAGCCCCCTGGGCCCCCCAATGCCATCGAATGTGTGGATCCCACAGAACCCCACTGGAACGAC 1212
|||||||.||||||||.||.||.|||||||||||.||||||||||||||||||||.||||||||||||||||||
Sbjct 1481 GATATGCTCTGGAGCCACCAGGACCCCCCAATGCTATCGAATGTGTGGATCCCACCGAACCCCACTGGAACGAC 1554
Query 1213 ACAGAGCCGGCCTGCAAAGCCATGTGTGGAGGGGAGCTGTCGGAACCAGCTGGCGTGGTCCTCTCTCCCGACTG 1286
||||||||.||||||||.||||||||||||||.||||||||.||.||||||||.|||||.||||||||||||||
Sbjct 1555 ACAGAGCCAGCCTGCAAGGCCATGTGTGGAGGAGAGCTGTCTGAGCCAGCTGGTGTGGTACTCTCTCCCGACTG 1628
Query 1287 GCCCCAGAGCTATAGCCCGGGCCAAGACTGCGTGTGGGGCGTGCACGTCCAGGAAGAGAAGCGCATCTTGCTCC 1360
|||||||||.||.|||||.|||||||||||||||||||||.|||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1629 GCCCCAGAGTTACAGCCCTGGCCAAGACTGCGTGTGGGGCCTGCACGTCCAGGAAGAGAAGCGCATCTTGCTCC 1702
Query 1361 AAGTTGAGATATTGAATGTGCGGGAAGGGGACATGCTGACGCTGTTCGACGGGGACGGTCCCAGCGCCCGAGTC 1434
|||||||.||.||||||||.||.||||||||.|||||.||.||||||||||||||||||||.|||||.||||||
Sbjct 1703 AAGTTGAAATCTTGAATGTTCGCGAAGGGGATATGCTAACACTGTTCGACGGGGACGGTCCGAGCGCTCGAGTC 1776
Query 1435 TTGGCCCAGCTGCGGGGACCTCAGCCGCGCCGCCGCCTTCTCTCCTCTGGGCCCGACCTCACACTGCAGTTTCA 1508
.|||||||||||||.|||||||||||||||||||||||.|||||||||||.||.||.|||||.|||||||||||
Sbjct 1777 CTGGCCCAGCTGCGAGGACCTCAGCCGCGCCGCCGCCTCCTCTCCTCTGGACCTGATCTCACTCTGCAGTTTCA 1850
Query 1509 GGCACCGCCCGGGCCCCCAAATCCAGGCCTGGGCCAGGGCTTCGTATTGCACTTCAAAGAGGTCCCGAGGAACG 1582
||||||.||.||.|||||||||||.|||||.||||||||.|||||.||.||.|||||||||||||||||.||||
Sbjct 1851 GGCACCCCCTGGTCCCCCAAATCCGGGCCTAGGCCAGGGTTTCGTGTTACATTTCAAAGAGGTCCCGAGAAACG 1924
Query 1583 ACACGTGCCCCGAGCTGCCACCTCCGGAGTGGGGCTGGAGAACGGCATCCCACGGGGACCTGATCCGGGGCACG 1656
|.||||||||.|||||.|||||.||.||||||||||||||.||.|||||||||||||||||.||||||||.||.
Sbjct 1925 ATACGTGCCCGGAGCTACCACCACCTGAGTGGGGCTGGAGGACAGCATCCCACGGGGACCTTATCCGGGGTACA 1998
Query 1657 GTGCTCACCTACCAGTGCGAGCCTGGCTACGAGCTGCTAGGCTCCGACATTCTCACTTGCCAGTGGGACCTGTC 1730
|||||||||||.||.||||||||||||||.||.||.||.||.||.|||||.|||||||||||.|||||||||||
Sbjct 1999 GTGCTCACCTATCAATGCGAGCCTGGCTATGAACTACTGGGATCAGACATCCTCACTTGCCAATGGGACCTGTC 2072
Query 1731 TTGGAGCGCCGCGCCGCCCGCCTGCCAAAAGATCATGACTTGTGCTGACCCTGGCGAGATTGCCAACGGGCACC 1804
.||||||||.|||||.||.|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||..||||.||.||.|
Sbjct 2073 CTGGAGCGCGGCGCCACCTGCCTGCCAAAAGATCATGACTTGTGCTGACCCTGGCGAGATCACCAATGGCCATC 2146
Query 1805 GCACCGCCTCGGACGCCGGCTTCCCCGTTGGCTCCCACGTCCAGTACCGCTGCCTGCCAGGGTACAGCCTCGAG 1878
|.||.|||||.||.||.||.|||||.||.|||||||||||||||||.|||||.|||||||||||||||||.||.
Sbjct 2147 GGACTGCCTCAGATGCTGGTTTCCCTGTGGGCTCCCACGTCCAGTATCGCTGTCTGCCAGGGTACAGCCTGGAA 2220
Query 1879 GGGGCAGCCATGCTCACCTGCTACAGCCGGGACACAGGCACACCCAAGTGGAGCGATAGGGTCCCCAAATGCGC 1952
||.|||||..|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||.|||.||||||||||||||||
Sbjct 2221 GGAGCAGCTGTGCTCACCTGCTACAGCCGGGACACAGGCACACCCAAGTGGAGTGATCGGGTCCCCAAATGCGC 2294
Query 1953 CTTGAAGTACGAGCCGTGCCTGAACCCGGGGGTTCCCGAGAATGGCTACCAGACGCTGTACAAGCACCACTACC 2026
|||.|||||||||||||||||||||||.||.|||||.||||||||.|||||.||.|||||||||||.|||||||
Sbjct 2295 CTTAAAGTACGAGCCGTGCCTGAACCCCGGTGTTCCTGAGAATGGTTACCAAACTCTGTACAAGCATCACTACC 2368
Query 2027 AGGCGGGCGAGTCTCTGCGCTTCTTCTGCTATGAGGGCTTTGAGCTTATCGGCGAGGTCACCATCACCTGTGTG 2100
|.|||||||||||.||.||||||||||||||.||||||||||||||.||||||||||||||||||||.|||||.
Sbjct 2369 AAGCGGGCGAGTCGCTACGCTTCTTCTGCTACGAGGGCTTTGAGCTCATCGGCGAGGTCACCATCACATGTGTA 2442
Query 2101 CCCGGCCACCCCTCCCAGTGGACCAGCCAGCCCCCACTCTGCAAAGTTGCCTATGAGGAGCTCCTGGACAACCG 2174
|||||.|||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2443 CCCGGTCACCCCTCCCAGTGGACCAGCCAGCCCCCACTCTGCA------------------------------- 2485
Query 2175 AAAACTGGAAGTGACCCAGACCACAGATCCATCACGGCAGCTGGAAGGGGGGAACCTGGCCCTGGCCATCCTGC 2248
|||||||||||||.|||||.|||||||||||||||||.||.||.||.||.||..|||||||||||.
Sbjct 2486 --------AAGTGACCCAGACTACAGACCCATCACGGCAGCTGGAGGGTGGTAATCTCGCTTTGGCCATCCTGT 2551
Query 2249 TGCCTCTAGGCTTGGTCATTGTCCTCGGCAGTGGCGTTTACATCTACTACACCAAGCTTCAGGGAAAGTCCCTT 2322
||||.||.|||||||||||||||||.||||.||||||||||||.||||||||.|||||.||.|||||.|||||.
Sbjct 2552 TGCCCCTGGGCTTGGTCATTGTCCTTGGCATTGGCGTTTACATATACTACACTAAGCTACAAGGAAAATCCCTC 2625
Query 2323 TTCGGCTTCTCGGGCTCCCACTCCTACAGCCCCATCACCGTGGAGTCGGACTTCAGCAACCCGCTGTATGAAGC 2396
||.|||||||||||.||.|||||.|||||.|||||.||.||||||||.||||||||||||||.|||||||||||
Sbjct 2626 TTTGGCTTCTCGGGTTCTCACTCTTACAGTCCCATTACGGTGGAGTCAGACTTCAGCAACCCACTGTATGAAGC 2699
Query 2397 TGGGGATACGCGGGAGTATGAAGTTTCCATC 2427
||||||||||.||||||||||||||||||||
Sbjct 2700 TGGGGATACGAGGGAGTATGAAGTTTCCATC 2730