Nucleotide Global Alignment
Description
- Query:
- ccsbBroadEn_08016
- Subject:
- NM_001252567.1
- Aligned Length:
- 2646
- Identities:
- 2081
- Gaps:
- 276
Alignment
Query 1 ATGGGGACTCCCAGGGCCCAGCACCCGCCGCCTCCCCAGCTGCTGTTCCTAATTCTGCTGAGCTGTCCCTGGAT 74
|||||||||||||.|||||||||||||||||||.|||||||||||.||||||||||||||||||||.|||||||
Sbjct 1 ATGGGGACTCCCAAGGCCCAGCACCCGCCGCCTTCCCAGCTGCTGCTCCTAATTCTGCTGAGCTGTGCCTGGAT 74
Query 75 CCAGGGTCTGCCCCTGAAGGAGGAGGAGATATTGCCAGAGCCTGGAAGTGAGACCCCCACGGTGGCCTCTGAGG 148
..||||||||||||||||||||||.|||||..||||||||||||||||||||||.|||||.|||||||||||||
Sbjct 75 TGAGGGTCTGCCCCTGAAGGAGGATGAGATGATGCCAGAGCCTGGAAGTGAGACTCCCACAGTGGCCTCTGAGG 148
Query 149 CCCTGGCTGAACTGCTTCATGGGGCCCTGCTGAGGAGGGGCCCAGAGATGGGCTACCTGCCAGGATCTGATCCG 222
.|||||||||.|||||.||||||||..|||||.|||.||||||||||||.||||.|.||||
Sbjct 149 ACCTGGCTGAGCTGCTCCATGGGGCTTTGCTGCGGAAGGGCCCAGAGATCGGCTTCTTGCC------------- 209
Query 223 GACCCCACGCTAGCCACCCCTCC-GGCCGGCCAGACTCTCGCAGTGCCCTCCCTGCCACGGGCCACTGAGCCGG 295
|.||||.| ||||.|| ||| ||.|.||| |.||||.||..|||| |.||| ||||| ||
Sbjct 210 GGCCCCGC--------CCCCGCCTGGC---CCCGCCTC-CCCAGTCCCACCCCT----CAGGC--CTGAG--GG 263
Query 296 -GGACAGG-----------------------GCCTCTGACAACAGCCGTCACCCC------------------- 326
|||.||| .|| ||||||.|.||||||.|
Sbjct 264 AGGAGAGGAGGAAACCACCACCACCATCATCACC----ACAACAACTGTCACCACCACTGTCACCAGCCCAGTT 333
Query 327 --------TAAC-----------GGGGTCAGGG---GGGCAGGCCCC--ACTGCGCCAGAACTGCTGACC--CC 374
|||| |||...|||| |.|.||.|.|| |||..|..||.|||| || ||
Sbjct 334 CTGTGCAATAACAACATCTCGGAGGGCGAAGGGTTTGTGGAGTCTCCGGACTTGGGGAGCACTG----CCAGCC 403
Query 375 GCCCCCAGGA-------------ACC-ACAGC-----------CCC---------------------------- 395
||.||..||| ||| ||||| |||
Sbjct 404 GCTCCGTGGAGCTCCTAGATTGCACCTACAGCATCCATGTCTACCCTGGTTATGGCATTGAGATTCAGGTGCAG 477
Query 396 ACCCCCA----------------------------------------------CCCAGCCCTGCCTCCCCAG-- 421
||.|.|| .||||.||||.| ||||||
Sbjct 478 ACACTCAACCTGTCTCAGGAGGAAGAACTTCTGGTGTTGGCCGGTGGGGGTTCTCCAGGCCTGGC-CCCCAGAC 550
Query 422 ----GGCC---TCC-CCTTGGGCCTGAGGGAGGAG----AG----GAGGAGACGA------CGAC--CACCATC 471
|||| ||| ||.|| || |||||.|| || |.||||.|.| ||.| |.||..|
Sbjct 551 TCCTGGCCAATTCCTCCATG---CT--GGGAGAAGGACAAGTGCTGCGGAGCCCAACAAACCGGCTGCTCCTGC 619
Query 472 ATCACCA-------CGA-----------CAACTGTTAC------CACTACGGTGACCAGCCCAGCCTACCTCCT 521
||..||| ||| |||..|.|.| |||| |.||| ||.|||||.||
Sbjct 620 ATTTCCAGAGTCCTCGAGTCCCAAGGGGCAATGGCTTCAGGATTCACT------ATCAG----GCATACCTTCT 683
Query 522 GAGCTGTGGCTTCCCTCCCCGGCCGGCCCATGGGGACGTGAGTGTGACGGACCTGCACCCTGGGGGCACTGCCA 595
||||||.||||||||.||||||||.|||||.|||||.|||||.|||||.|||.||||.||||||||||||||||
Sbjct 684 GAGCTGCGGCTTCCCACCCCGGCCAGCCCACGGGGATGTGAGCGTGACAGACTTGCATCCTGGGGGCACTGCCA 757
Query 596 CCTTTCACTGTGATTCGGGCTACCAGCTGCAGGGAGAGGAGACCCTCATCTGCCTCAATGGCACCCGGCCATCC 669
||||.||||||||.||.||.||||||||.|||||.||||||||||||||.|||||||||||.|||||||||.||
Sbjct 758 CCTTCCACTGTGACTCAGGATACCAGCTACAGGGTGAGGAGACCCTCATTTGCCTCAATGGTACCCGGCCAGCC 831
Query 670 TGGAACGGTGAAACCCCCAGCTGCATGGCATCCTGTGGTGGCACCATCCACAATGCCACCCTGGGCCGCATCGT 743
||||..||||||.||||.|||||.|..|||||.||||||||||||||||||||||||||.|||||.|||||.||
Sbjct 832 TGGACTGGTGAACCCCCTAGCTGTACAGCATCTTGTGGTGGCACCATCCACAATGCCACACTGGGTCGCATTGT 905
Query 744 GTCCCCAGAGCCTGGGGGAGCCGTAGGGCCCAACCTCACCTGCCGTTGGGTCATTGAAGCAGCTGAGGGGCGCC 817
.|||||.||||||||||||||.|.|||||||||||||||||||||.||||||||||||||.||.|||||.||||
Sbjct 906 ATCCCCTGAGCCTGGGGGAGCTGCAGGGCCCAACCTCACCTGCCGCTGGGTCATTGAAGCGGCCGAGGGACGCC 979
Query 818 GGCTGCACCTGCACTTTGAAAGGGTCTCGCTGGATGAGGACAATGACCGGCTGATGGTGCGCTCAGGGGGCAGC 891
||||.|||||.||||||||.||.|||||.|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||.|||
Sbjct 980 GGCTTCACCTACACTTTGAGAGAGTCTCACTGGATGAGGACAATGACCGGCTGATGGTGCGCTCAGGGGGAAGC 1053
Query 892 CCCCTATCCCCCGTGATCTATGATTCGGACATGGACGATGTCCCCGAGCGGGGTCTCATCAGTGACGCCCAGTC 965
|||||.|||||.|||||.||.||.||.||||||||.||||||||.||.||.||||||||||||||.||||||||
Sbjct 1054 CCCCTGTCCCCTGTGATTTACGACTCTGACATGGATGATGTCCCTGAACGCGGTCTCATCAGTGATGCCCAGTC 1127
Query 966 CCTCTACGTGGAGCTGCTGTCAGAGACACCTGCCAATCCCCTGCTGTTAAGCCTTCGATTTGAAGCCTTTGAGG 1039
|||||||||.||.|||||.|||||||||||.|||||.|||||||||.|.|||||.|||||||||||||||||||
Sbjct 1128 CCTCTACGTAGAACTGCTTTCAGAGACACCAGCCAACCCCCTGCTGCTCAGCCTCCGATTTGAAGCCTTTGAGG 1201
Query 1040 AGGATCGCTGCTTCGCCCCCTTCCTGGCACATGGAAATGTCACTACCACGGACCCTGAGTATCGCCCAGGGGCA 1113
||||.|||||||||.||||.||||||||.||.||.|||||.||.||.||.||.|||||||..|.||||||.|||
Sbjct 1202 AGGACCGCTGCTTCCCCCCGTTCCTGGCTCACGGCAATGTGACCACTACAGATCCTGAGTTCCACCCAGGAGCA 1275
Query 1114 CTGGCAACCTTCTCGTGCCTCCCAGGATATGCCCTGGAGCCCCCTGGGCCCCCCAATGCCATCGAATGTGTGGA 1187
|||||.||||||||.|||||||||||||||||.||||||||.||.||.|||||||||||.||||||||||||||
Sbjct 1276 CTGGCCACCTTCTCATGCCTCCCAGGATATGCTCTGGAGCCACCAGGACCCCCCAATGCTATCGAATGTGTGGA 1349
Query 1188 TCCCACAGAACCCCACTGGAACGACACAGAGCCGGCCTGCAAAGCCATGTGTGGAGGGGAGCTGTCGGAACCAG 1261
||||||.||||||||||||||||||||||||||.||||||||.||||||||||||||.||||||||.||.||||
Sbjct 1350 TCCCACCGAACCCCACTGGAACGACACAGAGCCAGCCTGCAAGGCCATGTGTGGAGGAGAGCTGTCTGAGCCAG 1423
Query 1262 CTGGCGTGGTCCTCTCTCCCGACTGGCCCCAGAGCTATAGCCCGGGCCAAGACTGCGTGTGGGGCGTGCACGTC 1335
||||.|||||.|||||||||||||||||||||||.||.|||||.|||||||||||||||||||||.||||||||
Sbjct 1424 CTGGTGTGGTACTCTCTCCCGACTGGCCCCAGAGTTACAGCCCTGGCCAAGACTGCGTGTGGGGCCTGCACGTC 1497
Query 1336 CAGGAAGAGAAGCGCATCTTGCTCCAAGTTGAGATATTGAATGTGCGGGAAGGGGACATGCTGACGCTGTTCGA 1409
||||||||||||||||||||||||||||||||.||.||||||||.||.||||||||.|||||.||.||||||||
Sbjct 1498 CAGGAAGAGAAGCGCATCTTGCTCCAAGTTGAAATCTTGAATGTTCGCGAAGGGGATATGCTAACACTGTTCGA 1571
Query 1410 CGGGGACGGTCCCAGCGCCCGAGTCTTGGCCCAGCTGCGGGGACCTCAGCCGCGCCGCCGCCTTCTCTCCTCTG 1483
||||||||||||.|||||.||||||.|||||||||||||.|||||||||||||||||||||||.||||||||||
Sbjct 1572 CGGGGACGGTCCGAGCGCTCGAGTCCTGGCCCAGCTGCGAGGACCTCAGCCGCGCCGCCGCCTCCTCTCCTCTG 1645
Query 1484 GGCCCGACCTCACACTGCAGTTTCAGGCACCGCCCGGGCCCCCAAATCCAGGCCTGGGCCAGGGCTTCGTATTG 1557
|.||.||.|||||.|||||||||||||||||.||.||.|||||||||||.|||||.||||||||.|||||.||.
Sbjct 1646 GACCTGATCTCACTCTGCAGTTTCAGGCACCCCCTGGTCCCCCAAATCCGGGCCTAGGCCAGGGTTTCGTGTTA 1719
Query 1558 CACTTCAAAGAGGTCCCGAGGAACGACACGTGCCCCGAGCTGCCACCTCCGGAGTGGGGCTGGAGAACGGCATC 1631
||.|||||||||||||||||.|||||.||||||||.|||||.|||||.||.||||||||||||||.||.|||||
Sbjct 1720 CATTTCAAAGAGGTCCCGAGAAACGATACGTGCCCGGAGCTACCACCACCTGAGTGGGGCTGGAGGACAGCATC 1793
Query 1632 CCACGGGGACCTGATCCGGGGCACGGTGCTCACCTACCAGTGCGAGCCTGGCTACGAGCTGCTAGGCTCCGACA 1705
||||||||||||.||||||||.||.|||||||||||.||.||||||||||||||.||.||.||.||.||.||||
Sbjct 1794 CCACGGGGACCTTATCCGGGGTACAGTGCTCACCTATCAATGCGAGCCTGGCTATGAACTACTGGGATCAGACA 1867
Query 1706 TTCTCACTTGCCAGTGGGACCTGTCTTGGAGCGCCGCGCCGCCCGCCTGCCAAAAGATCATGACTTGTGCTGAC 1779
|.|||||||||||.|||||||||||.||||||||.|||||.||.||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1868 TCCTCACTTGCCAATGGGACCTGTCCTGGAGCGCGGCGCCACCTGCCTGCCAAAAGATCATGACTTGTGCTGAC 1941
Query 1780 CCTGGCGAGATTGCCAACGGGCACCGCACCGCCTCGGACGCCGGCTTCCCCGTTGGCTCCCACGTCCAGTACCG 1853
|||||||||||..||||.||.||.||.||.|||||.||.||.||.|||||.||.|||||||||||||||||.||
Sbjct 1942 CCTGGCGAGATCACCAATGGCCATCGGACTGCCTCAGATGCTGGTTTCCCTGTGGGCTCCCACGTCCAGTATCG 2015
Query 1854 CTGCCTGCCAGGGTACAGCCTCGAGGGGGCAGCCATGCTCACCTGCTACAGCCGGGACACAGGCACACCCAAGT 1927
|||.|||||||||||||||||.||.||.|||||..|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2016 CTGTCTGCCAGGGTACAGCCTGGAAGGAGCAGCTGTGCTCACCTGCTACAGCCGGGACACAGGCACACCCAAGT 2089
Query 1928 GGAGCGATAGGGTCCCCAAATGCGCCTTGAAGTACGAGCCGTGCCTGAACCCGGGGGTTCCCGAGAATGGCTAC 2001
||||.|||.|||||||||||||||||||.|||||||||||||||||||||||.||.|||||.||||||||.|||
Sbjct 2090 GGAGTGATCGGGTCCCCAAATGCGCCTTAAAGTACGAGCCGTGCCTGAACCCCGGTGTTCCTGAGAATGGTTAC 2163
Query 2002 CAGACGCTGTACAAGCACCACTACCAGGCGGGCGAGTCTCTGCGCTTCTTCTGCTATGAGGGCTTTGAGCTTAT 2075
||.||.|||||||||||.||||||||.|||||||||||.||.||||||||||||||.||||||||||||||.||
Sbjct 2164 CAAACTCTGTACAAGCATCACTACCAAGCGGGCGAGTCGCTACGCTTCTTCTGCTACGAGGGCTTTGAGCTCAT 2237
Query 2076 CGGCGAGGTCACCATCACCTGTGTGCCCGGCCACCCCTCCCAGTGGACCAGCCAGCCCCCACTCTGCAAAGTTG 2149
||||||||||||||||||.|||||.|||||.|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||.|
Sbjct 2238 CGGCGAGGTCACCATCACATGTGTACCCGGTCACCCCTCCCAGTGGACCAGCCAGCCCCCACTCTGCAAAGTGG 2311
Query 2150 CCTATGAGGAGCTCCTGGACAACCGAAAACTGGAAGTGACCCAGACCACAGATCCATCACGGCAGCTGGAAGGG 2223
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||.|||||.|||||||||||||||||.||.
Sbjct 2312 CCTATGAGGAGCTCCTGGACAACCGAAAACTGGAAGTGACCCAGACTACAGACCCATCACGGCAGCTGGAGGGT 2385
Query 2224 GGGAACCTGGCCCTGGCCATCCTGCTGCCTCTAGGCTTGGTCATTGTCCTCGGCAGTGGCGTTTACATCTACTA 2297
||.||.||.||..|||||||||||.||||.||.|||||||||||||||||.||||.||||||||||||.|||||
Sbjct 2386 GGTAATCTCGCTTTGGCCATCCTGTTGCCCCTGGGCTTGGTCATTGTCCTTGGCATTGGCGTTTACATATACTA 2459
Query 2298 CACCAAGCTTCAGGGAAAGTCCCTTTTCGGCTTCTCGGGCTCCCACTCCTACAGCCCCATCACCGTGGAGTCGG 2371
|||.|||||.||.|||||.|||||.||.|||||||||||.||.|||||.|||||.|||||.||.||||||||.|
Sbjct 2460 CACTAAGCTACAAGGAAAATCCCTCTTTGGCTTCTCGGGTTCTCACTCTTACAGTCCCATTACGGTGGAGTCAG 2533
Query 2372 ACTTCAGCAACCCGCTGTATGAAGCTGGGGATACGCGGGAGTATGAAGTTTCCATC 2427
|||||||||||||.|||||||||||||||||||||.||||||||||||||||||||
Sbjct 2534 ACTTCAGCAACCCACTGTATGAAGCTGGGGATACGAGGGAGTATGAAGTTTCCATC 2589