Nucleotide Global Alignment

Description

• Query: ccsbBroadEn_08454
• Subject: NM_001127507.2
• Aligned Length: 2276
• Identities: 1925
• Gaps: 331

Alignment

Query    1  ATGATATATGAAGAAGATGCTGAGGAATGGGCTCTGTACTTGACAGAAGTATTTTTACATGTTGTGAAAAGGGA  74
                                                                                      
Sbjct    1  --------------------------------------------------------------------------  0

Query   75  AGCCATCCTGTTATATCGCTTGGAGAATTTCTCTTTTCGGCATTTGGAGTTGCTGAACTTAACGTCTTACAAAT  148
                                                                                      
Sbjct    1  --------------------------------------------------------------------------  0

Query  149  GTAAACTTTTGATATTATCAAATAGCCTGCTTAGAGACCTAACTCCAAAGAAATGTCAGTTTCTGGAAAAGATA  222
                                                                                      
Sbjct    1  --------------------------------------------------------------------------  0

Query  223  CTTCATTCACCAAAAAGTGTAGTTACTTTGCTTTGTGGAGTGAAGAGTTCAGATCAGCTCTATGAATTACTAAA  296
                                                                                      
Sbjct    1  --------------------------------------------------------------------------  0

Query  297  TAT-CTCTCAAAGCAG---------ATGGGAGATCTCAACTGAACAGGAACCTGAAGACTAC-ATCTCTGTAAT  359
             || ||..|  |||||         |.|||    ||    ||    |||.||.|  |||..| ..|.|||....
Sbjct    1  -ATGCTGCC--AGCAGCGCCAGGCAAGGGG----CT----TG----GGAGCCCG--GACCCCGCCCCCTGCGGC  57

Query  360  CCAGAGTATCATATTCAAAGATTCTGAAGACTACTTTGAGGTCAACATTCCAACAGACCTACGAGCAAAACATT  433
            ||||.|       ..|..||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct   58  CCAGCG-------CCCCCAGATTCTGAAGACTACTTTGAGGTCAACATTCCAACAGACCTACGAGCAAAACATT  124

Query  434  CTGGGGAAATAAGTGAGAGAAAGGAAATTGAAGAACTATCAGAAGCTTCAAGAAACACCATACCACTAGCAGTG  507
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  125  CTGGGGAAATAAGTGAGAGAAAGGAAATTGAAGAACTATCAGAAGCTTCAAGAAACACCATACCACTAGCAGTG  198

Query  508  GTGCTTCCCACTGAAATTCCATGTGAGAATCCTGGTGAAATATTCATAATTTTGAGAGATGAAGTAATTGGTGA  581
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  199  GTGCTTCCCACTGAAATTCCATGTGAGAATCCTGGTGAAATATTCATAATTTTGAGAGATGAAGTAATTGGTGA  272

Query  582  TACTGTAGAGGTTGAATTTACATCAAGTAATAAGCGCATTAGAACACGGCCAGCCCTTTGGAATAAGAAAGTCT  655
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  273  TACTGTAGAGGTTGAATTTACATCAAGTAATAAGCGCATTAGAACACGGCCAGCCCTTTGGAATAAGAAAGTCT  346

Query  656  GGTGCATGAAAGCTTTAGAGTTTCCTGCTGGTTCAGTCCATGTCAATGTCTACTGTGATGGAATCGTTAAAGCT  729
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  347  GGTGCATGAAAGCTTTAGAGTTTCCTGCTGGTTCAGTCCATGTCAATGTCTACTGTGATGGAATCGTTAAAGCT  420

Query  730  ACAACCAAAATTAAGTACTACCCAACAGCAAAGGCAAAGGAATGCCTATTCAGAATGGCAGATTCAGGAGAGAG  803
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  421  ACAACCAAAATTAAGTACTACCCAACAGCAAAGGCAAAGGAATGCCTATTCAGAATGGCAGATTCAGGAGAGAG  494

Query  804  TTTGTGCCAGAATAGCATTGAAGAACTTGATGGTGTCCTTACATCCATATTCAAACATGAGATACCATATTATG  877
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  495  TTTGTGCCAGAATAGCATTGAAGAACTTGATGGTGTCCTTACATCCATATTCAAACATGAGATACCATATTATG  568

Query  878  AGTTCCAGTCTCTTCAAACTGAAATTTGTTCTCAAAACAAATATACTCATTTCAAAGAACTTCCAACTCTTCTC  951
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  569  AGTTCCAGTCTCTTCAAACTGAAATTTGTTCTCAAAACAAATATACTCATTTCAAAGAACTTCCAACTCTTCTC  642

Query  952  CACTGTGCAGCAAAATTTGGCTTAAAGAACCTGGCTATTCATTTGCTTCAATGTTCAGGAGCAACCTGGGCATC  1025
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  643  CACTGTGCAGCAAAATTTGGCTTAAAGAACCTGGCTATTCATTTGCTTCAATGTTCAGGAGCAACCTGGGCATC  716

Query 1026  TAAGATGAAAAATATGGAGGGTTCAGACCCCGCACATATTGCTGAAAGGCATGGTCACAAAGAACTCAAGAAAA  1099
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  717  TAAGATGAAAAATATGGAGGGTTCAGACCCCGCACATATTGCTGAAAGGCATGGTCACAAAGAACTCAAGAAAA  790

Query 1100  TCTTCGAAGACTTTTCAATCCAAGAAATTGACATAAATAATGAGCAAGAAAATGATTATGAAGAGGATATTGCC  1173
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  791  TCTTCGAAGACTTTTCAATCCAAGAAATTGACATAAATAATGAGCAAGAAAATGATTATGAAGAGGATATTGCC  864

Query 1174  TCATTTTCCACATATATTCCTTCCACACAGAACCCAGCATTTCATCATGAAAGCAGAAAGACATACGGGCAGAG  1247
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||.|||||||||||||||||
Sbjct  865  TCATTTTCCACATATATTCCTTCCACACAGAACCCAGCATTTCATCATGAAAGCAGGAAGACATACGGGCAGAG  938

Query 1248  TGCAGATGGAGCTGAGGCAAATGAAATGGAAGGGGAAGGAAAACAGAATGGATCAGGCATGGAGACCAAACACA  1321
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  939  TGCAGATGGAGCTGAGGCAAATGAAATGGAAGGGGAAGGAAAACAGAATGGATCAGGCATGGAGACCAAACACA  1012

Query 1322  GCCCACTAGAGGTTGGCAGTGAGAGTTCTGAAGACCAGTATGATGACTTGTATGTGTTCATTCCTGGTGCTGAT  1395
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1013  GCCCACTAGAGGTTGGCAGTGAGAGTTCTGAAGACCAGTATGATGACTTGTATGTGTTCATTCCTGGTGCTGAT  1086

Query 1396  CCAGAAAATAATTCACAAGAGCCACTCATGAGCAGCAGACCTCCTCTCCCCCCGCCGCGACCTGTAGCTAATGC  1469
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1087  CCAGAAAATAATTCACAAGAGCCACTCATGAGCAGCAGACCTCCTCTCCCCCCGCCGCGACCTGTAGCTAATGC  1160

Query 1470  CTTCCAACTGGAAAGACCTCACTTCACCTTACCAGGGACAATGGTGGAAGGCCAAATGGAAAGAAGTCAAAACT  1543
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1161  CTTCCAACTGGAAAGACCTCACTTCACCTTACCAGGGACAATGGTGGAAGGCCAAATGGAAAGAAGTCAAAACT  1234

Query 1544  GGGGTCATCCTGGTGTTAGACAAGAAACAGGAGATGAACCCAAAGGAGAAAAAGAGAAGAAAGAAGAGGAAAAA  1617
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1235  GGGGTCATCCTGGTGTTAGACAAGAAACAGGAGATGAACCCAAAGGAGAAAAAGAGAAGAAAGAAGAGGAAAAA  1308

Query 1618  GAGCAGGAGGAGGAAGAAGACCCATATACTTTTGCTGAGATTGATGACAGTGAATATGACATGATATTGGCCAA  1691
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1309  GAGCAGGAGGAGGAAGAAGACCCATATACTTTTGCTGAGATTGATGACAGTGAATATGACATGATATTGGCCAA  1382

Query 1692  TCTGAGTATAAAGAAAAAAACTGGGAGTCGGTCTTTCATTATAAATAGACCTCCTGCCCCCACACCCCGACCCA  1765
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1383  TCTGAGTATAAAGAAAAAAACTGGGAGTCGGTCTTTCATTATAAATAGACCTCCTGCCCCCACACCCCGACCCA  1456

Query 1766  CAAGTATACCTCCAAAAGAGGAAACTACACCTTACATAGCTCAAGTGTTTCAACAAAAGACAGCCAGAAGACAA  1839
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1457  CAAGTATACCTCCAAAAGAGGAAACTACACCTTACATAGCTCAAGTGTTTCAACAAAAGACAGCCAGAAGACAA  1530

Query 1840  TCTGATGATGACAAGTTCCGTGGTCTTCCTAAGAAACAAGACAGAGCTCGGATAGAGAGTCCAGCCTTTTCTAC  1913
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1531  TCTGATGATGACAAGTTCCGTGGTCTTCCTAAGAAACAAGACAGAGCTCGGATAGAGAGTCCAGCCTTTTCTAC  1604

Query 1914  TCTCAGGGGCTGTCTAACTGATGGTCAGGAAGAACTCATCCTCCTGCAGGAGAAAGTAAAGAATGGGAAAATGT  1987
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1605  TCTCAGGGGCTGTCTAACTGATGGTCAGGAAGAACTCATCCTCCTGCAGGAGAAAGTAAAGAATGGGAAAATGT  1678

Query 1988  CTATGGATGAAGCTCTGGAGAAATTTAAACACTGGCAGATGGGAAAAAGTGGCCTGGAAATGATTCAGCAGGAG  2061
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1679  CTATGGATGAAGCTCTGGAGAAATTTAAACACTGGCAGATGGGAAAAAGTGGCCTGGAAATGATTCAGCAGGAG  1752

Query 2062  AAATTACGACAACTACGAGACTGCATTATTGGGAAAAGGCCAGAAGAAGAAAATGTCTATAATAAACTCACCAT  2135
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1753  AAATTACGACAACTACGAGACTGCATTATTGGGAAAAGGCCAGAAGAAGAAAATGTCTATAATAAACTCACCAT  1826

Query 2136  TGTGCACCATCCAGGTGGTAAGGAAACTGCCCACAATGAAAATAAGTTTTATAATGTACACTTCAGCAATAAGC  2209
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1827  TGTGCACCATCCAGGTGGTAAGGAAACTGCCCACAATGAAAATAAGTTTTATAATGTACACTTCAGCAATAAGC  1900

Query 2210  TTCCTGCTCGACCCCAAGTTGAAAAGGAATTTGGTTTCTGTTGCAAGAAAGATCAT  2265
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1901  TTCCTGCTCGACCCCAAGTTGAAAAGGAATTTGGTTTCTGTTGCAAGAAAGATCAT  1956