Nucleotide Global Alignment
Description
- Query:
- ccsbBroadEn_08479
- Subject:
- NM_001328124.1
- Aligned Length:
- 3747
- Identities:
- 3119
- Gaps:
- 603
Alignment
Query 1 ATGGCTTCCTCCAACCCTCCTCCACAGCCTGCCATAGGAGATCAGCTGGTTCCAGGAGTCCCAGGCCCCTCCTC 74
Sbjct 1 -------------------------------------------------------------------------- 0
Query 75 TGAGGCAGAGGACGACCCAGGAGAGGCGTTTGAGTTTGATGACAGTGATGATGAAGAGGACACCAGCGCAGCCC 148
Sbjct 1 -------------------------------------------------------------------------- 0
Query 149 TGGGCGTCCCCAGCCTTGCTCCTGAGAGGGACACAGACCCCCCACTGATCCACTTGGACTCCATCCCTGTCACT 222
Sbjct 1 -------------------------------------------------------------------------- 0
Query 223 GACCCAGACCCAGCAGCTGCTCCACCCGGCACAGGGGTGCCAGCCTGGGTGAGCAATGGGGATGCAGCGGACGC 296
Sbjct 1 -------------------------------------------------------------------------- 0
Query 297 AGCCTTCTCCGGGGCCCGGCACTCCAGCTGGAAGCGGAAGAGTTCCCGTCGCATTGACCGGTTCACTTTCCCCG 370
Sbjct 1 -------------------------------------------------------------------------- 0
Query 371 CCCTGGAAGAGGATGTGATTTATGACGACGTCCCCTGCGAGAGCCCAGATG---CGCATCAGCCC--GGGGCAG 439
||| |.||.||||.| ||||.|
Sbjct 1 ------------------------------------------------ATGTTACCCAGCAGCTCGTGGGGGA- 25
Query 440 AGAGGAACCTGCTCTACGAGGATGCGCACCGGGCTGGGGCCCCTCGGCAGGCGGAG----GACCTAGGCTGGAG 509
|||||||.||| ||||| |.|||||||| |.|| .|||||| |.||..|||
Sbjct 26 AGAGGAAGCTG-----CGAGG--------CAGGCTGGGG----TGGG--TGCGGAGTGATGCCCGGGGC----- 75
Query 510 CTCCAGTGA-GTTCGAGAGCTACAGCGAGGACTCGGGGGAGGAGGCCAAGCCGGAGGTCGAGGTCGAGCCCGCC 582
|||| || .||||..||.|||| ||||
Sbjct 76 -----GTGATGT------------------------------GGGCCCGGCAGGAG-----GGTC--------- 100
Query 583 AAGCACCGAGTGTCCTTCCAGCCCAAGATGACCCAGCTCATGAAGGCCGCCAAGAGCGGGACCAAGGATGGGCT 656
.||||| |||| ||.|| ||
Sbjct 101 -TGCACC-----------------------ACCC------------CCACC----------CC----------- 117
Query 657 GGAGAAGACACGGATGGCCGTGATGCGCAAAGT--CTCCT--TCCTGCACAGGAAGGACGTCCTC--------- 717
||| |||||.||.||| .|| ||||| |||| |.|||||
Sbjct 118 --------CAC-----GCCGTCATCCGC--TGTCCCTCCTCCTCCT------------CCTCCTCTGTCTCCTG 164
Query 718 ----GGTGACTCGGAGGAGGAGGACATGGGGCTCCTGGAGGTCAGCGTTTCGGACATCAAGCCCCCAGCCCCAG 787
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 165 CTCAGGTGACTCGGAGGAGGAGGACATGGGGCTCCTGGAGGTCAGCGTTTCGGACATCAAGCCCCCAGCCCCAG 238
Query 788 AGCTGGGCCCCATGCCAGAGGGCCTGAGCCCTCAGCAGGTGGTCCGGAGGCATATCCTGGGCTCCATCGTGCAG 861
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 239 AGCTGGGCCCCATGCCAGAGGGCCTGAGCCCTCAGCAGGTGGTCCGGAGGCATATCCTGGGCTCCATCGTGCAG 312
Query 862 AGCGAAGGCAGCTACGTGGAGTCTCTGAAGCGGATACTCCAGGACTACCGCAACCCCCTGATGGAGATGGAGCC 935
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 313 AGCGAAGGCAGCTACGTGGAGTCTCTGAAGCGGATACTCCAGGACTACCGCAACCCCCTGATGGAGATGGAGCC 386
Query 936 CAAGGCGCTGAGCGCCCGCAAGTGCCAGGTGGTGTTCTTCCGCGTGAAGGAGATCCTGCACTGCCACTCCATGT 1009
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 387 CAAGGCGCTGAGCGCCCGCAAGTGCCAGGTGGTGTTCTTCCGCGTGAAGGAGATCCTGCACTGCCACTCCATGT 460
Query 1010 TCCAGATCGCCCTGTCCTCCCGCGTGGCTGAGTGGGATTCCACCGAGAAGATCGGGGACCTCTTCGTGGCCTCG 1083
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 461 TCCAGATCGCCCTGTCCTCCCGCGTGGCTGAGTGGGATTCCACCGAGAAGATCGGGGACCTCTTCGTGGCCTCG 534
Query 1084 TTTTCCAAGTCCATGGTGCTAGATGTGTACAGTGACTACGTGAACAACTTCACCAGTGCCATGTCCATCATCAA 1157
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 535 TTTTCCAAGTCCATGGTGCTAGATGTGTACAGTGACTACGTGAACAACTTCACCAGTGCCATGTCCATCATCAA 608
Query 1158 GAAGGCCTGCCTCACCAAGCCTGCCTTCCTCGAGTTCCTCAAGCGACGGCAGGTGTGCAGCCCAGACCGTGTCA 1231
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 609 GAAGGCCTGCCTCACCAAGCCTGCCTTCCTCGAGTTCCTCAAGCGACGGCAGGTGTGCAGCCCAGACCGTGTCA 682
Query 1232 CCCTCTACGGGCTGATGGTCAAGCCCATCCAGAGGTTCCCACAGTTCATACTCCTGCTTCAGGACATGCTGAAG 1305
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 683 CCCTCTACGGGCTGATGGTCAAGCCCATCCAGAGGTTCCCACAGTTCATACTCCTGCTTCAGGACATGCTGAAG 756
Query 1306 AACACCCCCAGGGGCCATCCGGACAGGCTGTCGCTGCAGCTGGCCCTCACAGAGCTGGAGACGCTGGCTGAGAA 1379
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 757 AACACCCCCAGGGGCCATCCGGACAGGCTGTCGCTGCAGCTGGCCCTCACAGAGCTGGAGACGCTGGCTGAGAA 830
Query 1380 GCTGAACGAGCAGAAGCGGCTGGCTGACCAGGTGGCTGAGATCCAGCAGCTGACCAAGAGCGTCAGTGACCGCA 1453
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 831 GCTGAACGAGCAGAAGCGGCTGGCTGACCAGGTGGCTGAGATCCAGCAGCTGACCAAGAGCGTCAGTGACCGCA 904
Query 1454 GCAGCCTCAACAAGCTGTTGACCTCAGGCCAGCGGCAGCTGCTCCTGTGTGAGACGTTGACGGAGACCGTGTAC 1527
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 905 GCAGCCTCAACAAGCTGTTGACCTCAGGCCAGCGGCAGCTGCTCCTGTGTGAGACGTTGACGGAGACCGTGTAC 978
Query 1528 GGTGACCGCGGGCAGCTAATTAAGTCCAAGGAGCGTCGGGTCTTCCTGCTCAACGACATGCTTGTCTGTGCCAA 1601
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 979 GGTGACCGCGGGCAGCTAATTAAGTCCAAGGAGCGTCGGGTCTTCCTGCTCAACGACATGCTTGTCTGTGCCAA 1052
Query 1602 CATCAACTTCAAGCCTGCCAACCACAGGGGCCAGCTGGAGATCAGCAGCCTGGTGCCCCTGGGGCCCAAGTATG 1675
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1053 CATCAACTTCAAGCCTGCCAACCACAGGGGCCAGCTGGAGATCAGCAGCCTGGTGCCCCTGGGGCCCAAGTATG 1126
Query 1676 TGGTGAAGTGGAACACGGCGCTGCCCCAGGTGCAGGTGGTGGAGGTGGGCCAGGACGGTGGCACCTATGACAAG 1749
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1127 TGGTGAAGTGGAACACGGCGCTGCCCCAGGTGCAGGTGGTGGAGGTGGGCCAGGACGGTGGCACCTATGACAAG 1200
Query 1750 GACAATGTGCTCATCCAGCACTCAGGCGCCAAGAAGGCCTCTGCCTCAGGGCAGGCTCAGAATAAGGTGTACCT 1823
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1201 GACAATGTGCTCATCCAGCACTCAGGCGCCAAGAAGGCCTCTGCCTCAGGGCAGGCTCAGAATAAGGTGTACCT 1274
Query 1824 CGGCCCCCCACGCCTCTTCCAGGAGCTGCAGGACCTGCAGAAGGACCTGGCCGTGGTGGAGCAGATCACGCTTC 1897
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1275 CGGCCCCCCACGCCTCTTCCAGGAGCTGCAGGACCTGCAGAAGGACCTGGCCGTGGTGGAGCAGATCACGCTTC 1348
Query 1898 TCATCAGCACGCTGCACGGCACCTACCAGAACCTGAACATGACTGTGGCTCAAGACTGGTGCCTGGCCCTGCAG 1971
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1349 TCATCAGCACGCTGCACGGCACCTACCAGAACCTGAACATGACTGTGGCTCAAGACTGGTGCCTGGCCCTGCAG 1422
Query 1972 AGGCTGATGCGGGTGAAGGAGGAAGAGATCCACTCGGCCAACAAGTGCCGTCTCAGGCTCCTGCTTCCTGGGAA 2045
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1423 AGGCTGATGCGGGTGAAGGAGGAAGAGATCCACTCGGCCAACAAGTGCCGTCTCAGGCTCCTGCTTCCTGGGAA 1496
Query 2046 ACCCGACAAGTCCGGCCGCCCCATTAGCTTCATGGTGGTTTTCATCACCCCCAACCCCCTGAGCAAGATTTCCT 2119
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1497 ACCCGACAAGTCCGGCCGCCCCATTAGCTTCATGGTGGTTTTCATCACCCCCAACCCCCTGAGCAAGATTTCCT 1570
Query 2120 GGGTCAACAGGTTACATTTGGCCAAAATCGGACTCCGGGAGGAGAACCAGCCAGGCTGGCTATGCCCGGATGAG 2193
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1571 GGGTCAACAGGTTACATTTGGCCAAAATCGGACTCCGGGAGGAGAACCAGCCAGGCTGGCTATGCCCGGATGAG 1644
Query 2194 GACAAGAAGAGCAAAGCCCCATTCTGGTGCCCGATCCTGGCCTGCTGCATCCCTGCCTTCTCCTCCCGGGCACT 2267
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1645 GACAAGAAGAGCAAAGCCCCATTCTGGTGCCCGATCCTGGCCTGCTGCATCCCTGCCTTCTCCTCCCGGGCACT 1718
Query 2268 CAGCCTGCAGCTTGGGGCCCTGGTCCACAGTCCTGTCAACTGTCCCCTGCTGGGTTTCTCAGCCGTCAGCACCT 2341
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||.||||||||||
Sbjct 1719 CAGCCTGCAGCTTGGGGCCCTGGTCCACAGTCCTGTCAACTGTCCCCTGCTGGGTTTCTCAGCAGTCAGCACCT 1792
Query 2342 CCCTTCCACAGGGCTACCTCTGGGTCGGGGGCGGACAGGAAGGCGCAGGGGGCCAGGTGGAAATCTTTTCCTTG 2415
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1793 CCCTTCCACAGGGCTACCTCTGGGTCGGGGGCGGACAGGAAGGCGCAGGGGGCCAGGTGGAAATCTTTTCCTTG 1866
Query 2416 AACCGGCCCTCGCCCCGCACCGTCAAGTCCTTCCCACTGGCAGCCCCTGTGCTCTGCATGGAGTATATCCCGGA 2489
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1867 AACCGGCCCTCGCCCCGCACCGTCAAGTCCTTCCCACTGGCAGCCCCTGTGCTCTGCATGGAGTATATCCCGGA 1940
Query 2490 GCTGGAGGAGGAGGCGGAGAGCAGAGACGAGAGCCCGACAGTTGCTGACCCCTCGGCCACGGTGCATCCAACCA 2563
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1941 GCTGGAGGAGGAGGCGGAGAGCAGAGACGAGAGCCCGACAGTTGCTGACCCCTCGGCCACGGTGCATCCAACCA 2014
Query 2564 TCTGCCTCGGGCTCCAGGATGGCAGCATCCTCCTCTACAGCAGTGTGGACACTGGCACCCAGTGCCTGGTGAGC 2637
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2015 TCTGCCTCGGGCTCCAGGATGGCAGCATCCTCCTCTACAGCAGTGTGGACACTGGCACCCAGTGCCTGGTGAGC 2088
Query 2638 TGCAGGAGCCCAGGTCTGCAGCCTGTGCTCTGCCTGCGACACAGCCCCTTCCACCTGCTCGCTGGCCTGCAGGA 2711
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2089 TGCAGGAGCCCAGGTCTGCAGCCTGTGCTCTGCCTGCGACACAGCCCCTTCCACCTGCTCGCTGGCCTGCAGGA 2162
Query 2712 TGGGACCCTTGCTGCTTACCCTCGGACCAGCGGAGGTGTCCTGTGGGACCTGGAGAGCCCTCCCGTGTGCCTGA 2785
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2163 TGGGACCCTTGCTGCTTACCCTCGGACCAGCGGAGGTGTCCTGTGGGACCTGGAGAGCCCTCCCGTGTGCCTGA 2236
Query 2786 CTGTGGGGCCCGGGCCTGTCCGCACCCTGTTGAGCCTGGAGGATGCCGTGTGGGCCAGCTGTGGGCCCCGGGTC 2859
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2237 CTGTGGGGCCCGGGCCTGTCCGCACCCTGTTGAGCCTGGAGGATGCCGTGTGGGCCAGCTGTGGGCCCCGGGTC 2310
Query 2860 ACTGTCCTGGAAGCCACCACCCTGCAGCCTCAGCAAAGCTTCGAGGCGCACCAGGACGAGGCAGTGAGCGTGAC 2933
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2311 ACTGTCCTGGAAGCCACCACCCTGCAGCCTCAGCAAAGCTTCGAGGCGCACCAGGACGAGGCAGTGAGCGTGAC 2384
Query 2934 ACACATGGTGAAGGCGGGCAGCGGCGTCTGGATGGCCTTCTCCTCCGGCACCTCCATCCGCCTCTTCCACACTG 3007
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2385 ACACATGGTGAAGGCGGGCAGCGGCGTCTGGATGGCCTTCTCCTCCGGCACCTCCATCCGCCTCTTCCACACTG 2458
Query 3008 AGACCCTGGAGCATCTGCAAGAGATCAACATCGCCACCAGGACCACCTTCCTCCTGCCAGGCCAGAAGCACTTG 3081
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2459 AGACCCTGGAGCATCTGCAAGAGATCAACATCGCCACCAGGACCACCTTCCTCCTGCCAGGCCAGAAGCACTTG 2532
Query 3082 TGTGTCACCAGCCTCCTGATCTGCCAGGGTCTGCTCTGGGTGGGCACTGACCAGGGTGTCATCGTCCTGCTGCC 3155
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2533 TGTGTCACCAGCCTCCTGATCTGCCAGGGTCTGCTCTGGGTGGGCACTGACCAGGGTGTCATCGTCCTGCTGCC 2606
Query 3156 CGTGCCTCGGCTGGAAGGCATCCCCAAGATCACAGGGAAAGGCATGGTCTCACTCAATGGGCACTGTGGGCCTG 3229
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||.||||||||||||||||
Sbjct 2607 CGTGCCTCGGCTGGAAGGCATCCCCAAGATCACAGGGAAAGGCATGGTCTCACTCAACGGGCACTGTGGGCCTG 2680
Query 3230 TGGCCTTCCTGGCTGTGGCTACCAGCATCCTGGCCCCTGACATCCTGCGGAGTGACCAGGAGGAGGCTGAGGGG 3303
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2681 TGGCCTTCCTGGCTGTGGCTACCAGCATCCTGGCCCCTGACATCCTGCGGAGTGACCAGGAGGAGGCTGAGGGG 2754
Query 3304 CCCCGGGCTGAGGAGGACAAGCCAGACGGGCAGGCACACGAGCCCATGCCCGACAGCCACGTGGGCCGAGAGCT 3377
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||.||||||||||||||||||||
Sbjct 2755 CCCCGGGCTGAGGAGGACAAGCCAGACGGGCAGGCACACGAGCCCATGCCCGATAGCCACGTGGGCCGAGAGCT 2828
Query 3378 GACCCGCAAGAAGGGCATCCTCTTGCAGTACCGCCTGCGCTCCACCGCACACCTCCCGGGCCCGCTGCTCTCCA 3451
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2829 GACCCGCAAGAAGGGCATCCTCTTGCAGTACCGCCTGCGCTCCACCGCACACCTCCCGGGCCCGCTGCTCTCCA 2902
Query 3452 TGCGGGAGCCGGCGCCTGCTGATGGCGCAGCTTTGGAGCACAGCGAGGAGGACGGCTCCATTTACGAGATGGCC 3525
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2903 TGCGGGAGCCGGCGCCTGCTGATGGCGCAGCTTTGGAGCACAGCGAGGAGGACGGCTCCATTTACGAGATGGCC 2976
Query 3526 GACGACCCCGACGTCTGGGTGCGCAGCCGGCCCTGCGCCCGCGACGCCCACCGCAAGGAGATTTGCTCTGTGGC 3599
||||||||||||.|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2977 GACGACCCCGACATCTGGGTGCGCAGCCGGCCCTGCGCCCGCGACGCCCACCGCAAGGAGATTTGCTCTGTGGC 3050
Query 3600 CATCATCTCCGGCGGGCAGGGCTACCGCAACTTTGGCAGCGCTCTGGGCAGCAGTGGGAGGCAGGCCCCGTGTG 3673
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 3051 CATCATCTCCGGCGGGCAGGGCTACCGCAACTTTGGCAGCGCTCTGGGCAGCAGTGGGAGGCAGGCCCCGTGTG 3124
Query 3674 GGGAGACGGACAGCACCCTCCTCATCTGGCAGGTGCCCTTGATGCTA 3720
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 3125 GGGAGACGGACAGCACCCTCCTCATCTGGCAGGTGCCCTTGATGCTA 3171