Nucleotide Global Alignment

Description

• Query: ccsbBroadEn_08657
• Subject: NM_001363666.2
• Aligned Length: 2100
• Identities: 1637
• Gaps: 195

Alignment

Query    1  ATGATGCCGTTTCCGGTGACAACCCAGGGACCACCGCAGCCGGCGCCGCCGCCGAATCGCTACGGCGTCTCCTC  74
               |||||||||||.||.|||||.||||||.|||..||..|....|||||.|.|||.|.|||.|||.|..|.||
Sbjct    1  ---ATGCCGTTTCCAGTTACAACACAGGGATCACAACAAACACAACCGCCACAGAAGCACTATGGCATTACTTC  71

Query   75  GCCTATCAGTCTAGCGGTCCCCAAGGAGACGGACTGCCTCCTCACCCAGAGGCTAATAGAAACCCTCAGGCCCT  148
            .||||||||..||||.|.||||||||||||.||||||.|.||.||.||||..|||||.||.||..|.|..||||
Sbjct   72  TCCTATCAGCTTAGCAGCCCCCAAGGAGACTGACTGCGTACTTACACAGAAACTAATTGAGACATTGAAACCCT  145

Query  149  TCGGGGTCTTCGAAGAGGAAGAGGAACTGCAGCGCAGGATTTTAGTTTTGGACAAATTAAATAATCTGGTAAAG  222
            |.|||||.||.|||||||||||||||||||||||||||||||||.||||||..|||.|||||||.||||||||.
Sbjct  146  TTGGGGTTTTTGAAGAGGAAGAGGAACTGCAGCGCAGGATTTTAATTTTGGGAAAACTAAATAACCTGGTAAAA  219

Query  223  GAATGGATACGCGAAATCAGTGAAAGCAAGAGTCTTCCCCAGTCTGTAATTGAAAACGTTGGAGGAAAGATTTT  296
            ||.||||||||.|||||||||||||||||||.||||||.||.||||||||||||||.|||||||||||.|||||
Sbjct  220  GAGTGGATACGAGAAATCAGTGAAAGCAAGAATCTTCCACAATCTGTAATTGAAAATGTTGGAGGAAAAATTTT  293

Query  297  TACGTTTGGCTCTTACAGATTAGGAGTACATACGAAAGGCGCAGATATTGACGCCTTGTGCGTTGCACCAAGTC  370
            |||.|||||.|||||||||||||||||.|||||.|||||.||.||||||||.||.|||||.|||||||||||.|
Sbjct  294  TACATTTGGATCTTACAGATTAGGAGTGCATACAAAAGGTGCTGATATTGATGCGTTGTGTGTTGCACCAAGAC  367

Query  371  ATGTGGATCGAAGCGACTTTTTCACCTCATTCTATGCTAAACTGAAACTACAGGAGGAAGTGAAAGATTTAAGG  444
            ||||.||||||||.||||||||||||||||||||||.|||..|||||.|||||||.|||||.|||||||||||.
Sbjct  368  ATGTTGATCGAAGTGACTTTTTCACCTCATTCTATGATAAGTTGAAATTACAGGAAGAAGTAAAAGATTTAAGA  441

Query  445  GCTGTCCAGGAGGCATTTGTGCCAGTTATCAAACTGTGTTTTGATGGGATAGAGATTGATATTTTATTTGCAAG  518
            |||||..|.||||||||.||.||||||||.|||||.|||||||||||||||||||||||||||||.||||||||
Sbjct  442  GCTGTTGAAGAGGCATTCGTACCAGTTATTAAACTCTGTTTTGATGGGATAGAGATTGATATTTTGTTTGCAAG  515

Query  519  ATTAGCACTACAGACTATTCCAGAAGATTTGGACTTAAGAGATGACAGTCTACTTAAAAATTTAGACATTAGAT  592
            |||||||||.|||||.|||||.|||||||||||..||.|||||||||||||.||.|||||||||||.||.||||
Sbjct  516  ATTAGCACTGCAGACAATTCCTGAAGATTTGGATCTACGAGATGACAGTCTGCTAAAAAATTTAGATATAAGAT  589

Query  593  GCATAAGAATCCTTAATGGTTGCCGGGTAACCGATGAAATTTTACATCTAGTGCCAAACATTGACAACTTCAGG  666
            |.|||||||..|||||.||||||.||||||||||||||||||||||||||||.|||||||||||||||||||||
Sbjct  590  GTATAAGAAGTCTTAACGGTTGCAGGGTAACCGATGAAATTTTACATCTAGTACCAAACATTGACAACTTCAGG  663

Query  667  CTGACTCTGAGAGCCATCAAACTGTGGGCCAAGTGCCACAATATCTATTCCAATATATTAGGTTTCCTCGGAGG  740
            .|.|||||||||||.||||||||.||||||||..|||||||.|||||||||||||||||||||||||||||.||
Sbjct  664  TTAACTCTGAGAGCTATCAAACTATGGGCCAAACGCCACAACATCTATTCCAATATATTAGGTTTCCTCGGTGG  737

Query  741  TGTTTCCTGGGCCATGCTAGTAGCAAGAACTTGTCAGCTTTATCCAAATGCAGTAGCGTCAACTCTTGTACGGA  814
            ||||||||||||.||||||||||||||||||||.||||||||||||||||||.||||.|||||||||||||..|
Sbjct  738  TGTTTCCTGGGCTATGCTAGTAGCAAGAACTTGCCAGCTTTATCCAAATGCAATAGCATCAACTCTTGTACATA  811

Query  815  AATTCTTCTTGGTATTTTCAGAATGGGAATGGCCAAACCCAGTGTTACTGAAGGAGCCTGAAGAACGGAATCTT  888
            ||||.||||||||||||||..||||||||||||||||.||||||.||.||||..|||||||||||.|.||||||
Sbjct  812  AATTTTTCTTGGTATTTTCTAAATGGGAATGGCCAAATCCAGTGCTATTGAAACAGCCTGAAGAATGCAATCTT  885

Query  889  AATTTGCCTGTATGGGACCCAAGAGTAAATCCCAGTGATAGGTACCATCTTATGCCTATCATCACACCAGCATA  962
            |||||||||||||||||||||||.|||||.|||||||||||||||||||||||||||||.||.|||||||||||
Sbjct  886  AATTTGCCTGTATGGGACCCAAGGGTAAACCCCAGTGATAGGTACCATCTTATGCCTATAATTACACCAGCATA  959

Query  963  CCCACAGCAGAACTCCACATACAACGTGTCTATTTCAACCAGGATGGTCATGATTGAGGAGTTTAAACAGGGGC  1036
            ||||||.|||||||||||.|||||.|||||..|||||||..|||||||||||.||||||||||||||||.||.|
Sbjct  960  CCCACAACAGAACTCCACGTACAATGTGTCCGTTTCAACACGGATGGTCATGGTTGAGGAGTTTAAACAAGGTC  1033

Query 1037  TTGCTATCACACACGAGATTTTGCTAAGTAAGGCAGAGTGGTCCAAACTCTTTGAAGCTCCAAGCTTCTTTCAA  1110
            |||||||||||.|.||.||||||||.|||||||||||||||||||||||.|||||||||||||.||||||||||
Sbjct 1034  TTGCTATCACAGATGAAATTTTGCTGAGTAAGGCAGAGTGGTCCAAACTTTTTGAAGCTCCAAACTTCTTTCAA  1107

Query 1111  AAGTACAAGCATTATATTGTACTTCTGGCAAGTGCATCAACAGAAAAACAACATTTAGAATGGGTGGGCTTGGT  1184
            ||||||||||||||||||||||||||.|||||||||.|||||||||||||||...|.|||||||||||||||||
Sbjct 1108  AAGTACAAGCATTATATTGTACTTCTAGCAAGTGCACCAACAGAAAAACAACGCCTGGAATGGGTGGGCTTGGT  1181

Query 1185  GGAATCAAAGATCCGAATCCTGGTTGGGAGCTTGGAGAAGAATGAATTTATTACACTGGCACATGTGAATCCAC  1258
            |||||||||.|||||||||||||||||.||||||||||||||||||||||||||||||||.|||||||||||.|
Sbjct 1182  GGAATCAAAAATCCGAATCCTGGTTGGAAGCTTGGAGAAGAATGAATTTATTACACTGGCTCATGTGAATCCCC  1255

Query 1259  AGTCATTTCCAGCACCCAAAGAAAATCCTGATATGGAAGAATTTCGTACAATGTGGGTGATTGGGTTAGGGCTA  1332
            ||||||||||||||||||||||||||||.||.|.||||||||||||.||.|||||||||||||||||||.|.|.
Sbjct 1256  AGTCATTTCCAGCACCCAAAGAAAATCCCGACAAGGAAGAATTTCGCACGATGTGGGTGATTGGGTTAGTGTTT  1329

Query 1333  AAAAAGCCAGATAATTCTGAAATTCTCAGCATTGATCTCACCTATGATATCCAGTCTTTCACAGATACTGTTTA  1406
            |||||..||||.||.|||||||..|||||..|||||||||||||||||||.|||||||||||||||||.|||||
Sbjct 1330  AAAAAAACAGAAAACTCTGAAAACCTCAGTGTTGATCTCACCTATGATATTCAGTCTTTCACAGATACAGTTTA  1403

Query 1407  TAGGCAAGCAGTGAATAGTAAGATGTTTGAGATGGGTATGAAAATTACTGCAGTGCATTTAAGAAGAAAGGAAC  1480
            ||||||||||.|.||.||.||||||||||||.|||.||||||||||.|||||.|||||.|||.|||||||.|||
Sbjct 1404  TAGGCAAGCAATAAACAGCAAGATGTTTGAGGTGGATATGAAAATTGCTGCAATGCATGTAAAAAGAAAGCAAC  1477

Query 1481  TTCACCAGCTGCTGCCTCATCATGTGCTTCAGGACAAGAAAGCACACTCAACAGAAGGTAGAAGATTGACAGAT  1554
            |.||.||.||.||.|||.||||||||||||||.|.||||||...||.||||||||||||...|.||||||||.|
Sbjct 1478  TCCATCAACTACTACCTAATCATGTGCTTCAGAAAAAGAAAAAGCATTCAACAGAAGGTGTCAAATTGACAGCT  1551

Query 1555  TTGAACGACAGCAGCTTTGACTTGTCTGCAGGCTGTGAAAACAGCATGTCTGTGCCTTCATCTACTAGCACTAT  1628
            .|.||.|||||||||.|.|||||||||...|.|.||||.|||||||||||||||||||||.|||||||..|||.
Sbjct 1552  CTCAATGACAGCAGCCTCGACTTGTCTATGGACAGTGATAACAGCATGTCTGTGCCTTCACCTACTAGTGCTAC  1625

Query 1629  GAAGACAGGCCCATTGA------TTAGCAGTTCTCAGGGTAGAAACAGTCCTGCCTTGGCTGTAATGACAGCAT  1696
            ||||||..|.|||||||      .|.||||.|||||||   |||||||||||||....|||||||...||||||
Sbjct 1626  GAAGACCAGTCCATTGAACAGTTCTGGCAGCTCTCAGG---GAAACAGTCCTGCTCCAGCTGTAACAGCAGCAT  1696

Query 1697  CTGTGGCTAACATACAGGCTACTGAATTTTCCTTGCAACAGGTGAATACCAATGAAAGTTCAGGGGTTGCATTA  1770
            |||||.|.||||||||||||||||||.||||..|||.|||.||.|||.|||.||||||.|||||||.|.|||..
Sbjct 1697  CTGTGACCAACATACAGGCTACTGAAGTTTCTGTGCCACAAGTAAATTCCAGTGAAAGCTCAGGGGGTACATCG  1770

Query 1771  AACGAAAGTATTCCTCACGCTGTCTCTCAGCCTGCCATTTCTCCATCACCAAAGGCCATGGTCGCCAGAGTTGT  1844
            |..|||||.||||||||..|||.|.|.||.||.||||||||||||.||||||||.|.|.||||.||||||||||
Sbjct 1771  AGTGAAAGCATTCCTCAAACTGCCACACAACCAGCCATTTCTCCACCACCAAAGCCTACGGTCTCCAGAGTTGT  1844

Query 1845  TTCTTCAACATGTCTCATAAGCC---------------------ATCCAG-ACCTTCAGGAAACTCAGCAACAA  1896
            ||||||||||.||||..|||.||                     ||.||| |.||||||||||..|||||||||
Sbjct 1845  TTCTTCAACACGTCTGGTAAACCCACCACCTAGATCTTCAGGAAATGCAGCAACTTCAGGAAATGCAGCAACAA  1918

Query 1897  ACATATCTAATCCTA-----------------------------------------------------------  1911
            |.|||.|||.|||||                                                           
Sbjct 1919  AAATACCTACTCCTATAGTAGGAGTCAAGAGGACATCCTCACCTCATAAAGAAGAGAGTCCCAAGAAAACCAAA  1992

Query 1912  --------------------------------------------------------------------------  1911
                                                                                      
Sbjct 1993  ACAGAAGAGAAAACATCCAGTACAGACCTTTCTGATATCCCTGCTCTCCCTGCAAATCCTATTCCTGTTATCAA  2066

Query 1912  ----------------------------  1911
                                        
Sbjct 2067  GAATTCAATAAAACTGAGATTGAATCGG  2094