Nucleotide Global Alignment
Description
- Query:
- ccsbBroadEn_08660
- Subject:
- XR_001741292.2
- Aligned Length:
- 3438
- Identities:
- 2291
- Gaps:
- 1142
Alignment
Query 1 -------------------------------------------------------------------------- 0
Sbjct 1 ATCATTACGCGCTCTTAAGGTTTCTCCGTGGTGTTTTGGAAGGTCCCGGCACGGCTACCGTCGCCCCACGCTAG 74
Query 1 -------------------------------------------------------------------------- 0
Sbjct 75 GAAATTTTTTTTTTATTTTCAACCTTTGTTACATAGCACTGAGGCTACAAGATCATAGTTCATTTAAAGCCCCC 148
Query 1 -----------------------------ATGAATCTTTTCAACCTGGACCGTTTTCGCTTTGAGAAAAGGAAT 45
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 149 ATCCCTGCAAGGTGGTGCTTTCTACCAATATGAATCTTTTCAACCTGGACCGTTTTCGCTTTGAGAAAAGGAAT 222
Query 46 AAGATTGAGGAAGCGCCCGAAGCAACCCCTCAACCTTCCCAGCCTGGCCCTTCTTCACCAATTTCTCTTAGTGC 119
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 223 AAGATTGAGGAAGCGCCCGAAGCAACCCCTCAACCTTCCCAGCCTGGCCCTTCTTCACCAATTTCTCTTAGTGC 296
Query 120 TGAAGAGGAGAATGCTGAAGGGGAAGTTAGCAGGGCAAACACTCCTGATTCAGATATAACTGAAAAAACAGAAG 193
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 297 TGAAGAGGAGAATGCTGAAGGGGAAGTTAGCAGGGCAAACACTCCTGATTCAGATATAACTGAAAAAACAGAAG 370
Query 194 ATTCTAGTGTTCCAGAAACTCCAGATAATGAAAGAAAAGCAAGTATATCATATTTCAAAAATCAAAGAGGAATA 267
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 371 ATTCTAGTGTTCCAGAAACTCCAGATAATGAAAGAAAAGCAAGTATATCATATTTCAAAAATCAAAGAGGAATA 444
Query 268 CAGTATATTGATTTGTCTTCTGATAGTGAAGATGTCGTTTCCCCAAATTGCTCCAATACAGTTCAAGAGAAAAC 341
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 445 CAGTATATTGATTTGTCTTCTGATAGTGAAGATGTCGTTTCCCCAAATTGCTCCAATACAGTTCAAGAGAAAAC 518
Query 342 ATTCAACAAAGATACAGTGATTATAGTTTCTGAGCCATCTGAAGATGAAGAGTCCCAAGGCCTTCCTACCATGG 415
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 519 ATTCAACAAAGATACAGTGATTATAGTTTCTGAGCCATCTGAAGATGAAGAGTCCCAAGGCCTTCCTACCATGG 592
Query 416 CACGTAGAAATGATGATATTTCAGAACTGGAAGACCTTTCGGAATTGGAAGACCTTAAAGATGCTAAACTTCAG 489
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 593 CACGTAGAAATGATGATATTTCAGAACTGGAAGACCTTTCGGAATTGGAAGACCTTAAAGATGCTAAACTTCAG 666
Query 490 ACTTTGAAGGAACTTTTTCCACAAAGAAGTGACAATGATTTACTTAAGTTGATTGAATCAACAAGCACTATGGA 563
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 667 ACTTTGAAGGAACTTTTTCCACAAAGAAGTGACAATGATTTACTTAAGTTGATTGAATCAACAAGCACTATGGA 740
Query 564 TGGAGCAATTGCTGCTGCCTTGCTGATGTTTGGTGATGCAGGTGGTGGGCCCAGGAAAAGAAAATTATCTTCTT 637
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 741 TGGAGCAATTGCTGCTGCCTTGCTGATGTTTGGTGATGCAGGTGGTGGGCCCAGGAAAAGAAAATTATCTTCTT 814
Query 638 CTTCAGAGCCATATGAGGAAGATGAATTTAATGATGATCAATCTATAAAAAAGACAAGACTGGATCATGGAGAG 711
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 815 CTTCAGAGCCATATGAGGAAGATGAATTTAATGATGATCAATCTATAAAAAAGACAAGACTGGATCATGGAGAG 888
Query 712 GAATCAAATGAGTCTGCAGAATCTAGCAATAATTGGGAAAAGCAGGAAAGTATTGTACTGAAATTGCAAAAGGA 785
||||||||||||||||||||||||||||.|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 889 GAATCAAATGAGTCTGCAGAATCTAGCAGTAATTGGGAAAAGCAGGAAAGTATTGTACTGAAATTGCAAAAGGA 962
Query 786 ATTTCCCAATTTTGATAAACAGGAACTTAGAGAAGTACTCAAGGAACATGAATGGATGTACACAGAAGCTTTAG 859
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 963 ATTTCCCAATTTTGATAAACAGGAACTTAGAGAAGTACTCAAGGAACATGAATGGATGTACACAGAAGCTTTAG 1036
Query 860 AATCTCTAAAAGTGTTTGCAGAAGACCAAGATATGCAATATGCATCACAAAGTGAGGTTCCAAATGGAAAAGAA 933
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||.|||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1037 AATCTCTAAAAGTGTTTGCAGAAGACCAAGATATGCAATATGTATCACAAAGTGAGGTTCCAAATGGAAAAGAA 1110
Query 934 GTTTCTTCAAGAAGTCAAAATTACCCTAAAAATGCAACTAAAACAAAACTAAAACAGAAATTTTCAATGAAAGC 1007
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1111 GTTTCTTCAAGAAGTCAAAATTACCCTAAAAATGCAACTAAAACAAAACTAAAACAGAAATTTTCAATGAAAGC 1184
Query 1008 ACAAAATGGCTTTAACAAGAAACGTAAAAAAAATGTTTTTAATCAAAAGAGAGTTGTTGAAGACTCTGAATATG 1081
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||.|||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1185 ACAAAATGGCTTTAACAAGAAACGTAAAAAAAATGTTTTTAATCCAAAGAGAGTTGTTGAAGACTCTGAATATG 1258
Query 1082 ATTCAGGTTCTGATGTCGGTAGTTCACTAGATGAGGACTATAGTAGTGGTGAAGAAGTGATGGAGGATGGCTAT 1155
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1259 ATTCAGGTTCTGATGTCGGTAGTTCACTAGATGAGGACTATAGTAGTGGTGAAGAAGTGATGGAGGATGGCTAT 1332
Query 1156 AAAGGTAAAATTCTTCACTTCCTTCAAGATGCTTCAATTGGTGAACTTACTTTGATTCCTCAGTGTTCTCAGAA 1229
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1333 AAAGGTAAAATTCTTCACTTCCTTCAAGATGCTTCAATTGGTGAACTTACTTTGATTCCTCAGTGTTCTCAGAA 1406
Query 1230 AAAGGCTCAGAAGATAACAGAACTCCGGCCCTTTAATAGTTGGGAGGCTCTGTTCACAAAGATGTCCAAAACTA 1303
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1407 AAAGGCTCAGAAGATAACAGAACTCCGGCCCTTTAATAGTTGGGAGGCTCTGTTCACAAAGATGTCCAAAACTA 1480
Query 1304 ATGGCTTATCAGAAGATTTGATATGGCACTGTAAAACACTGATCCAAGAAAGAGATGTAGTTATAAGGCTTATG 1377
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1481 ATGGCTTATCAGAAGATTTGATATGGCACTGTAAAACACTGATCCAAGAAAGAGATGTAGTTATAAGGCTTATG 1554
Query 1378 AACAAATGTGAAGACATTTCAAATAAATTGACCAAACAAGTTACCATGCTTACTGGAAATGGAGGTGGATGGAA 1451
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1555 AACAAATGTGAAGACATTTCAAATAAATTGACCAAACAAGTTACCATGCTTACTGGAAATGGAGGTGGATGGAA 1628
Query 1452 CATAGAACAACCTTCCATTCTAAACCAGAG-------------------------------------------- 1481
|||||||||||||||||||||||||||.||
Sbjct 1629 CATAGAACAACCTTCCATTCTAAACCAAAGGGTGCTATGGGATGGTGTAGGGAAACGTGATGCAGTTCCCACAA 1702
Query 1482 -------------------------------------------------------------------------- 1481
Sbjct 1703 AGAAGCTCTTTTCTCTGTTGCATAGAAAGAACTATATCAGCAAATTTCATCTCCTAAAAGTGTAGTTGGAGCTG 1776
Query 1482 -----------------------------------------------------------TTTGTCACTCAAGCC 1496
|||||||||||||||
Sbjct 1777 CTGCTTCTTGTTCTCCAGCATTGGATATGGGGAGTTCTTCACTCTACAAGACTTACCCATTTGTCACTCAAGCC 1850
Query 1497 CTATCAGAAGGTTGGTTTGAATTGGCTGGCATTGGTACATAAACATGGACTTAATGGCATTTTGGCAGATGAAA 1570
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1851 CTATCAGAAGGTTGGTTTGAATTGGCTGGCATTGGTACATAAACATGGACTTAATGGCATTTTGGCAGATGAAA 1924
Query 1571 TGGGCCTAGGAAAAACTATTCAAGCCATTGCATTTCTGGCATACCTCTATCAGGAGGGTAATAATGGTCCTCAT 1644
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1925 TGGGCCTAGGAAAAACTATTCAAGCCATTGCATTTCTGGCATACCTCTATCAGGAGGGTAATAATGGTCCTCAT 1998
Query 1645 TTGATCGTTGTTCCAGCTTCAACTATAGATAACTGGTTAAGGGAAGTTAATTTATGGTGCCCTACTTTGAAGGT 1718
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1999 TTGATCGTTGTTCCAGCTTCAACTATAGATAACTGGTTAAGGGAAGTTAATTTATGGTGCCCTACTTTGAAGGT 2072
Query 1719 CCTCTGTTACTATGGTTCTCAAGAAGAACGTAAACAAATTAGATTTAACATTCATAGTAGATATGAAGATTACA 1792
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2073 CCTCTGTTACTATGGTTCTCAAGAAGAACGTAAACAAATTAGATTTAACATTCATAGTAGATATGAAGATTACA 2146
Query 1793 ATGTAATTGTGACCACATATAACTGTGCGATCAGCAGTTCTGATGATCGTAGTCTGTTTCGACGGCTGAAACTT 1866
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||.|||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2147 ATGTAATTGTGACCACATATAACTGTGCGATCAGCAGTTCTGATGACCGTAGTCTGTTTCGACGGCTGAAACTT 2220
Query 1867 AATTACGCAATTTTTGATGAGGGCCATATGCTGAAGAATATGGGCTCCATTCGCTACCAGCACCTTATGACAAT 1940
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2221 AATTACGCAATTTTTGATGAGGGCCATATGCTGAAGAATATGGGCTCCATTCGCTACCAGCACCTTATGACAAT 2294
Query 1941 TAATGCAAATAACCGTTTGCTGCTCACAGGCACACCTGTACAGAACAATCTGTTAGAACTCATGTCGCTGTTGA 2014
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2295 TAATGCAAATAACCGTTTGCTGCTCACAGGCACACCTGTACAGAACAATCTGTTAGAACTCATGTCGCTGTTGA 2368
Query 2015 ATTTTGTTATGCCACACATGTTTAGTAGTAGCACCAGTGAAATACGAAGAATGTTTTCCTCTAAGACAAAATCA 2088
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2369 ATTTTGTTATGCCACACATGTTTAGTAGTAGCACCAGTGAAATACGAAGAATGTTTTCCTCTAAGACAAAATCA 2442
Query 2089 GCAGATGAGCAAAGCATATATGAAAAGGAGAGAATAGCACATGCAAAACAAATTATAAAGCCATTTATTCTCAG 2162
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2443 GCAGATGAGCAAAGCATATATGAAAAGGAGAGAATAGCACATGCAAAACAAATTATAAAGCCATTTATTCTCAG 2516
Query 2163 AAGAGTAAAAGAAGAGGTTCTCAAGCAGTTACCCCCCAAGAAAGATCGAATTGAGTTGTGTGCAATGTCGGAGA 2236
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2517 AAGAGTAAAAGAAGAGGTTCTCAAGCAGTTACCCCCCAAGAAAGATCGAATTGAGTTGTGTGCAATGTCGGAGA 2590
Query 2237 AGCAGGAGCAACTCTATTTGGGTCTTTTCAACAGATTGAAAAAATCTATCAATAACTTGGTCACAGAAAAAAAC 2310
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2591 AGCAGGAGCAACTCTATTTGGGTCTTTTCAACAGATTGAAAAAATCTATCAATAACTTGG-------------- 2650
Query 2311 ACAGAAATGTGCAATGTCATGATGCAGTTGAGGAAAATGGCCAATCATCCTTTATTACATCGCCAATATTACAC 2384
Sbjct 2651 -------------------------------------------------------------------------- 2650
Query 2385 AGCTGAAAAACTCAAGGAAATGTCTCAGCTTATGCTAAAGGAACCTACACATTGTGAGGCTAACCCTGACCTGA 2458
Sbjct 2651 -------------------------------------------------------------------------- 2650
Query 2459 TCTTTGAAGATATGGAAGTTATGACAGACTTCGAACTACATGTACTTTGTAAACAGTACCGACACATTAATAAC 2532
Sbjct 2651 -------------------------------------------------------------------------- 2650
Query 2533 TTTCAGTTAGACATGGACTTGATTTTAGATTCTGGAAAATTTCGAGTTTTAGGATGCATCTTGTCTGAATTGAA 2606
Sbjct 2651 -------------------------------------------------------------------------- 2650
Query 2607 ACAGAAGGGTGATAGAGTTGTGTTATTTAGCCAATTTACCATGATGCTGGATATCTTAGAGGTTCTATTAAAAC 2680
Sbjct 2651 -------------------------------------------------------------------------- 2650
Query 2681 ATCATCAGCATAGGTACCTCAGATTAGATGGAAAGACTCAGATTTCTGAAAGGATTCATCTAATTGATGAGTTT 2754
Sbjct 2651 -------------------------------------------------------------------------- 2650
Query 2755 AATACCGATATGGATATCTTTGTGTTTCTGCTATCAACAAAAGCTGGTGGATTAGGAATAAATCTGACTTCAGC 2828
Sbjct 2651 -------------------------------------------------------------------------- 2650
Query 2829 AAATGTTGTTATACTTCACGATATTGACTGTAATCCTTATAATGACAAACAAGCAGAAGATAGATGCCATAGAG 2902
Sbjct 2651 -------------------------------------------------------------------------- 2650
Query 2903 TAGGCCAGACTAAAGAAGCACTAGTTATAAAACTAATAAGCCAAGGGACGATTGAAGAATCCATGCTAAAAATT 2976
Sbjct 2651 -------------------------------------------------------------------------- 2650
Query 2977 AACCAACAGAAATTGAAACTAGAACAGGATATGACTACAGTAGATGAAGGTGATGAAGGGAGTATGCCAGCAGA 3050
Sbjct 2651 -------------------------------------------------------------------------- 2650
Query 3051 TATAGCCACATTACTAAAAACATCAATGGGCCTG 3084
Sbjct 2651 ---------------------------------- 2650
