Nucleotide Global Alignment

Description

• Query: ccsbBroadEn_08720
• Subject: NM_001350538.1
• Aligned Length: 2838
• Identities: 2689
• Gaps: 144

Alignment

Query    1  ATGGTGCCCTGGGTGCGGACGATGGGGCAGAAGCTGAAGCAGCGGCTGCGACTGGACGTGGGACGCGAGATCTG  74
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct    1  ATGGTGCCCTGGGTGCGGACGATGGGGCAGAAGCTGAAGCAGCGGCTGCGACTGGACGTGGGACGCGAGATCTG  74

Query   75  CCGCCAGTACCCGCTGTTCTGCTTCCTGCTGCTCTGTCTCAGCGCCGCCTCCCTGCTTCTTAACAGGTATATTC  148
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct   75  CCGCCAGTACCCGCTGTTCTGCTTCCTGCTGCTCTGTCTCAGCGCCGCCTCCCTGCTTCTTAACAGGTATATTC  148

Query  149  ATATTTTAATGATCTTCTGGTCATTTGTTGTTGGAGTTGTCACATTCTACTGCTCACTAGGACCTGATTCTCTC  222
            ||||||||||||||||||||||||||||||.|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  149  ATATTTTAATGATCTTCTGGTCATTTGTTGCTGGAGTTGTCACATTCTACTGCTCACTAGGACCTGATTCTCTC  222

Query  223  TTACCAAATATATTCTTCACAATAAAATACAAACCCAAGCAGTTAGGACTTCAGGAATTATTTCCTCAAGGTCA  296
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  223  TTACCAAATATATTCTTCACAATAAAATACAAACCCAAGCAGTTAGGACTTCAGGAATTATTTCCTCAAGGTCA  296

Query  297  TAGCTGTGCTGTTTGTGGTAAAGTGAAATGTAAACGACATAGGCCTTCTTTGCTACTTGAAAACTACCAGCCAT  370
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  297  TAGCTGTGCTGTTTGTGGTAAAGTGAAATGTAAACGACATAGGCCTTCTTTGCTACTTGAAAACTACCAGCCAT  370

Query  371  GGCTAGACCTGAAAATTTCTTCCAAGGTTGATGCATCTCTCTCAGAGGTTCTTGAATTAGTGTTGGAAAACTTT  444
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  371  GGCTAGACCTGAAAATTTCTTCCAAGGTTGATGCATCTCTCTCAGAGGTTCTTGAATTAGTGTTGGAAAACTTT  444

Query  445  GTTTATCCGTGGTACAGGGATGTGACAGATGATGAATCCTTTGTTGATGAACTGAGAATAACATTACGTTTTTT  518
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  445  GTTTATCCGTGGTACAGGGATGTGACAGATGATGAATCCTTTGTTGATGAACTGAGAATAACATTACGTTTTTT  518

Query  519  TGCATCTGTCTTAATAAGAAGGATTCACAAGGTGGATATTCCATCTATTATAACCAAGAAACTATTAAAAGCAG  592
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  519  TGCATCTGTCTTAATAAGAAGGATTCACAAGGTGGATATTCCATCTATTATAACCAAGAAACTATTAAAAGCAG  592

Query  593  CAATGAAGCATATAGAAGTGATAGTTAAAGCCAGACAGAAAGTAAAAAATACAGAGTTTTTACAGCAAGCTGCT  666
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||                                    
Sbjct  593  CAATGAAGCATATAGAAGTGATAGTTAAAGCCAGACAG------------------------------------  630

Query  667  TTAGAAGAATATGGTCCAGAGCTTCATGTTGCTTTGAGAAGTCGAAGAGATGAATTGCACTATTTAAGGAAACT  740
                                                                                      
Sbjct  631  --------------------------------------------------------------------------  630

Query  741  TACTGAACTGCTTTTTCCTTATATTTTGCCTCCTAAAGCAACAGACTGCAGATCTCTGACCTTACTTATAAGAG  814
                                              ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  631  ----------------------------------AAAGCAACAGACTGCAGATCTCTGACCTTACTTATAAGAG  670

Query  815  AGATTCTGTCTGGCTCTGTGTTCCTTCCTTCTTTGGATTTCCTAGCTGATCCAGATACTGTGAATCATTTGCTT  888
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  671  AGATTCTGTCTGGCTCTGTGTTCCTTCCTTCTTTGGATTTCCTAGCTGATCCAGATACTGTGAATCATTTGCTT  744

Query  889  ATCATCTTCATAGATGACAGTCCACCTGAAAAAGCAACTGAACCGGCTTCTCCTTTGGTTCGATTCTTGCAGAA  962
            |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||.||||||||||||
Sbjct  745  ATCATCTTCATAGATGACAGTCCACCTGAAAAAGCAACTGAACCGGCTTCTCCTTTGGTTCCATTCTTGCAGAA  818

Query  963  ATTTGCAGAACCTAGAAATAAAAAGCCATCTGTGCTGAAGTTAGAATTGAAGCAAATCAGAGAGCAACAAGATC  1036
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  819  ATTTGCAGAACCTAGAAATAAAAAGCCATCTGTGCTGAAGTTAGAATTGAAGCAAATCAGAGAGCAACAAGATC  892

Query 1037  TTTTATTTCGTTTTATGAACTTCCTGAAACAAGAAGGCGCAGTGCACGTGTTGCAGTTTTGTTTGACTGTGGAG  1110
            ||||||||||||||||||||||.|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  893  TTTTATTTCGTTTTATGAACTTTCTGAAACAAGAAGGCGCAGTGCACGTGTTGCAGTTTTGTTTGACTGTGGAG  966

Query 1111  GAATTTAATGATAGAATTTTACGACCAGAATTATCAAATGATGAAATGCTGTCTCTTCATGAAGAATTGCAGAA  1184
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  967  GAATTTAATGATAGAATTTTACGACCAGAATTATCAAATGATGAAATGCTGTCTCTTCATGAAGAATTGCAGAA  1040

Query 1185  GATTTATAAAACATACTGTTTGGATGAAAGTATTGACAAAATTAGATTTGATCCCTTCATTGTAGAAGAGATTC  1258
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1041  GATTTATAAAACATACTGTTTGGATGAAAGTATTGACAAAATTAGATTTGATCCCTTCATTGTAGAAGAGATTC  1114

Query 1259  AAAGAATTGCTGAGGGCCCATACATAGATGTTGTGAAACTTCAAACTATGAGATGTCTTTTTGAAGCATATGAA  1332
            |||||||||||||.||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1115  AAAGAATTGCTGAAGGCCCATACATAGATGTTGTGAAACTTCAAACTATGAGATGTCTTTTTGAAGCATATGAA  1188

Query 1333  CATGTTCTTTCCCTTTTGGAGAATGTATTTACTCCTATGTTCTGCCATAGTGATGAGTATTTCAGACAACTTTT  1406
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1189  CATGTTCTTTCCCTTTTGGAGAATGTATTTACTCCTATGTTCTGCCATAGTGATGAGTATTTCAGACAACTTTT  1262

Query 1407  AAGAGGTGCAGAATCACCAACACGCAATTCAAAATTGAACAGAGGTAGCCTAAGTTTGGATGATTTTCGGAACA  1480
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1263  AAGAGGTGCAGAATCACCAACACGCAATTCAAAATTGAACAGAGGTAGCCTAAGTTTGGATGATTTTCGGAACA  1336

Query 1481  CACAGAAAAGGGGAGAATCATTTGGAATCAGCAGAATAGGTAGCAAAATTAAAGGAGTATTCAAAAGTACCACA  1554
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1337  CACAGAAAAGGGGAGAATCATTTGGAATCAGCAGAATAGGTAGCAAAATTAAAGGAGTATTCAAAAGTACCACA  1410

Query 1555  ATGGAGGGAGCTATGTTGCCTAATTATGGTGTAGCTGAAGGTGAAGATGATTTTATTGAAGAAGGTATTGTTGT  1628
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1411  ATGGAGGGAGCTATGTTGCCTAATTATGGTGTAGCTGAAGGTGAAGATGATTTTATTGAAGAAGGTATTGTTGT  1484

Query 1629  AATGGAAGATGATTCTCCAGTGGAGGCTGTGAGCACACCTAATACTCCCCGAAACCTTGCTGCATGGAAAATTA  1702
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1485  AATGGAAGATGATTCTCCAGTGGAGGCTGTGAGCACACCTAATACTCCCCGAAACCTTGCTGCATGGAAAATTA  1558

Query 1703  GCATTCCATATGTAGACTTTTTTGAGGATCCCTCCTCTGAAAGGAAGGAGAAAAAAGAAAGAATTCCTGTGTTT  1776
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1559  GCATTCCATATGTAGACTTTTTTGAGGATCCCTCCTCTGAAAGGAAGGAGAAAAAAGAAAGAATTCCTGTGTTT  1632

Query 1777  TGTATTGATGTTGAAAGAAATGATAGAAGAGCAGTTGGACACGAGCCTGAACATTGGTCTGTCTATAGAAGATA  1850
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1633  TGTATTGATGTTGAAAGAAATGATAGAAGAGCAGTTGGACACGAGCCTGAACATTGGTCTGTCTATAGAAGATA  1706

Query 1851  TCTTGAATTCTATGTACTTGAATCAAAACTAACAGAATTTCATGGTGCATTTCCTGATGCCCAGCTTCCTTCTA  1924
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1707  TCTTGAATTCTATGTACTTGAATCAAAACTAACAGAATTTCATGGTGCATTTCCTGATGCCCAGCTTCCTTCTA  1780

Query 1925  AGAGGATCATTGGCCCCAAAAATTATGAATTCTTAAAGTCAAAGAGGGAAGAGTTCCAAGAATATCTACAGAAA  1998
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1781  AGAGGATCATTGGCCCCAAAAATTATGAATTCTTAAAGTCAAAGAGGGAAGAGTTCCAAGAATATCTACAGAAA  1854

Query 1999  CTTCTGCAGCATCCAGAACTGAGTAATAGTCAACTTCTGGCAGACTTTCTTTCCCCTAATGGTGGGGAAACACA  2072
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1855  CTTCTGCAGCATCCAGAACTGAGTAATAGTCAACTTCTGGCAGACTTTCTTTCCCCTAATGGTGGGGAAACACA  1928

Query 2073  ATTTCTTGATAAGATACTACCAGATGTAAATCTTGGGAAAATTATAAAATCTGTTCCTGGAAAACTAATGAAAG  2146
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1929  ATTTCTTGATAAGATACTACCAGATGTAAATCTTGGGAAAATTATAAAATCTGTTCCTGGAAAACTAATGAAAG  2002

Query 2147  AGAAAGGTCAGCATTTGGAACCTTTTATCATGAATTTCATTAATTCTTGTGAGTCTCCAAAGCCTAAACCAAGT  2220
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2003  AGAAAGGTCAGCATTTGGAACCTTTTATCATGAATTTCATTAATTCTTGTGAGTCTCCAAAGCCTAAACCAAGT  2076

Query 2221  AGACCAGAACTGACCATTCTCAGCCCTACTTCAGAAAACAACAAGAAGCTTTTCAATGATCTGTTTAAAAATAA  2294
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2077  AGACCAGAACTGACCATTCTCAGCCCTACTTCAGAAAACAACAAGAAGCTTTTCAATGATCTGTTTAAAAATAA  2150

Query 2295  TGCAAACCGTGCTGAAAATACAGAGAGAAAGCAAAATCAGAATTATTTTATGGAGGTGATGACTGTAGAAGGAG  2368
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2151  TGCAAACCGTGCTGAAAATACAGAGAGAAAGCAAAATCAGAATTATTTTATGGAGGTGATGACTGTAGAAGGAG  2224

Query 2369  TCTATGATTACCTGATGTATGTAGGACGGGTAGTTTTCCAGGTTCCTGACTGGCTTCATCATCTCTTAATGGGA  2442
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2225  TCTATGATTACCTGATGTATGTAGGACGGGTAGTTTTCCAGGTTCCTGACTGGCTTCATCATCTCTTAATGGGA  2298

Query 2443  ACTCGAATCCTCTTTAAAAACACCTTGGAAATGTATACTGATTACTATCTTCAGTGTAAACTAGAACAGCTATT  2516
            ||||||||||||||||||||||||.|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2299  ACTCGAATCCTCTTTAAAAACACCCTGGAAATGTATACTGATTACTATCTTCAGTGTAAACTAGAACAGCTATT  2372

Query 2517  TCAGGAGCACCGTTTGGTCTCACTCATAACACTTCTCAGAGATGCTATATTCTGTGAAAACACTGAACCTCGCT  2590
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2373  TCAGGAGCACCGTTTGGTCTCACTCATAACACTTCTCAGAGATGCTATATTCTGTGAAAACACTGAACCTCGCT  2446

Query 2591  CTCTCCAAGATAAGCAAAAAGGAGCAAAACAGACTTTTGAAGAAATGATGAATTACATTCCAGATCTGTTAGTC  2664
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2447  CTCTCCAAGATAAGCAAAAAGGAGCAAAACAGACTTTTGAAGAAATGATGAATTACATTCCAGATCTGTTAGTC  2520

Query 2665  AAGTGTATTGGTGAAGAAACCAAGTATGAAAGCATCAGACTTCTGTTTGATGGCTTACAGCAACCAGTACTCAA  2738
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2521  AAGTGTATTGGTGAAGAAACCAAGTATGAAAGCATCAGACTTCTGTTTGATGGCTTACAGCAACCAGTACTCAA  2594

Query 2739  CAAGCAGCTGACTTATGTTTTATTGGACATTGTGATACAGGAACTGTTTCCAGAGCTCAATAAGGTACAAAAGG  2812
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2595  CAAGCAGCTGACTTATGTTTTATTGGACATTGTGATACAGGAACTGTTTCCAGAGCTCAATAAGGTACAAAAGG  2668

Query 2813  AAGTTACCTCTGTGACATCTTGGATG  2838
            ||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2669  AAGTTACCTCTGTGACATCTTGGATG  2694