Nucleotide Global Alignment

Description

• Query: ccsbBroadEn_08967
• Subject: NM_001160138.2
• Aligned Length: 2823
• Identities: 2766
• Gaps: 54

Alignment

Query    1  ATGTGGACAGAGGAAGCCGGGGCGACCGCCGAGGCCCAGGAATCCGGCATCAGGAACAAGTCTAGCAGTTCCAG  74
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct    1  ATGTGGACAGAGGAAGCCGGGGCGACCGCCGAGGCCCAGGAATCCGGCATCAGGAACAAGTCTAGCAGTTCCAG  74

Query   75  TCAAATCCCGGTGGTTGGGGTGGTGACGGAGGACGATGAGGCGCAGGATGTTTTCAAGCCTATGGACCTTAATC  148
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct   75  TCAAATCCCGGTGGTTGGGGTGGTGACGGAGGACGATGAGGCGCAGGATGTTTTCAAGCCTATGGACCTTAATC  148

Query  149  GTGTCATCAAACTCCTCGAAGAGACTGATAAAGATGGCTTGGAAGAAAAACAACTTAAATTTGTCAAGAAACTG  222
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  149  GTGTCATCAAACTCCTCGAAGAGACTGATAAAGATGGCTTGGAAGAAAAACAACTTAAATTTGTCAAGAAACTG  222

Query  223  GTACAGTGTTATCAGAATGGACTTCCATTAAGGGATTTAGCACAGATATTTAAAATTCTGAATCTGTGTTCAGG  296
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  223  GTACAGTGTTATCAGAATGGACTTCCATTAAGGGATTTAGCACAGATATTTAAAATTCTGAATCTGTGTTCAGG  296

Query  297  AAAAATAAAAAACCAGCCTCGTTTTATAGAATCTGCATATGATATCATAAAACTGTGTGGCTTGCCATTTTTGA  370
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  297  AAAAATAAAAAACCAGCCTCGTTTTATAGAATCTGCATATGATATCATAAAACTGTGTGGCTTGCCATTTTTGA  370

Query  371  AAAAGAAAGTGTCGGATGAAATAACTTATGCTGAAGATACTGCTAATTCAATTGCACTTCTGGGTGACTTAATG  444
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  371  AAAAGAAAGTGTCGGATGAAATAACTTATGCTGAAGATACTGCTAATTCAATTGCACTTCTGGGTGACTTAATG  444

Query  445  AAAATACCAAGTTCTGAATTGAGGATACAAATTTGTAAGTGTATTGTTGATTTTTATCATGCAGAACCACCAAA  518
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||                                        
Sbjct  445  AAAATACCAAGTTCTGAATTGAGGATACAAATTT----------------------------------------  478

Query  519  GAAGCATATTCCAGGTTACCAGCAAGCGAGTTCATCATACAAGATTCAAATGGCTGAAGTTGGAGGATTAGCAA  592
                          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  479  --------------GTTACCAGCAAGCGAGTTCATCATACAAGATTCAAATGGCTGAAGTTGGAGGATTAGCAA  538

Query  593  AAACAATGGTCCAGTCAATGACCTTGCTTGAAAATCAACTTGTTGAGAAACTTTGGGTACTTAAAGTTCTGCAG  666
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  539  AAACAATGGTCCAGTCAATGACCTTGCTTGAAAATCAACTTGTTGAGAAACTTTGGGTACTTAAAGTTCTGCAG  612

Query  667  CATCTCTCAACTTCTGAAGTTAATTGTACTATAATGATGAAAGCACAAGCAGCCAGTGGAATCTGTACTCACCT  740
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  613  CATCTCTCAACTTCTGAAGTTAATTGTACTATAATGATGAAAGCACAAGCAGCCAGTGGAATCTGTACTCACCT  686

Query  741  CAATGACCCAGATCCCTCTGGACAGCTTTTATTTCGTTCATCAGAAATACTTTGGAACTTGCTGGAAAAATCTT  814
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  687  CAATGACCCAGATCCCTCTGGACAGCTTTTATTTCGTTCATCAGAAATACTTTGGAACTTGCTGGAAAAATCTT  760

Query  815  CAAAAGAAGAAGTCATACAACAGCTTAGTAACTTGGAATGTTTGCTGGCTTTGAAGGAAGTATTTAAAAATCTG  888
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  761  CAAAAGAAGAAGTCATACAACAGCTTAGTAACTTGGAATGTTTGCTGGCTTTGAAGGAAGTATTTAAAAATCTG  834

Query  889  TTTATGAGAGGTTTCAGTCATTATGACCGTCAGCTTAGAAATGACATATTAGTGATCACTACAATTATAGCTCA  962
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  835  TTTATGAGAGGTTTCAGTCATTATGACCGTCAGCTTAGAAATGACATATTAGTGATCACTACAATTATAGCTCA  908

Query  963  AAATCCTGAAGCACCAATGATTGAATGTGGCTTTACCAAGGATTTGATACTGTTTGCCACCTTTAATGAAGTTA  1036
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  909  AAATCCTGAAGCACCAATGATTGAATGTGGCTTTACCAAGGATTTGATACTGTTTGCCACCTTTAATGAAGTTA  982

Query 1037  AAAGTCAAAATCTTTTGGTAAAAGGACTTAAGCTTTCTAATTCCTATGAAGATTTTGAGTTGAAGAAATTACTA  1110
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  983  AAAGTCAAAATCTTTTGGTAAAAGGACTTAAGCTTTCTAATTCCTATGAAGATTTTGAGTTGAAGAAATTACTA  1056

Query 1111  TTCAATGTAATTGTGATCTTATGTAAAGATTTACCTACTGTACAGCTATTAATTGATGGCAAAGTTATTTTGGC  1184
            |||||.||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1057  TTCAACGTAATTGTGATCTTATGTAAAGATTTACCTACTGTACAGCTATTAATTGATGGCAAAGTTATTTTGGC  1130

Query 1185  TTTGTTTACCTATGTTAAGAAGCCTGAGAAGCAAAAAATAATTGACTGGTCTGCAGCACAGCATGAAGAATTAC  1258
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1131  TTTGTTTACCTATGTTAAGAAGCCTGAGAAGCAAAAAATAATTGACTGGTCTGCAGCACAGCATGAAGAATTAC  1204

Query 1259  AACTGCATGCAATTGCCACTTTGTCATCAGTGGCTCCTTTATTAATAGAAGAATACATGTCATGCCAGGGAAAT  1332
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1205  AACTGCATGCAATTGCCACTTTGTCATCAGTGGCTCCTTTATTAATAGAAGAATACATGTCATGCCAGGGAAAT  1278

Query 1333  GCTCGAGTCCTTGCATTTCTAGAATGGTGTGAGAGTGAAGATCCGTTTTTCAGTCATGGTAACAGTTTTCATGG  1406
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1279  GCTCGAGTCCTTGCATTTCTAGAATGGTGTGAGAGTGAAGATCCGTTTTTCAGTCATGGTAACAGTTTTCATGG  1352

Query 1407  TACAGGTGGCCGAGGCAACAAGTTTGCCCAGATGCGTTACAGTTTAAGACTCCTGAGAGCCATGGTCTACCTTG  1480
            |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||.||||||||||||
Sbjct 1353  TACAGGTGGCCGAGGCAACAAGTTTGCCCAGATGCGTTACAGTTTAAGACTCCTGAGAGCCGTGGTCTACCTTG  1426

Query 1481  AAGATGAGACTGTAAACAAAGATCTTTGTGAAAAGGGAACAATTCAGCAAATGATAGGAATCTTTAAAAATATA  1554
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1427  AAGATGAGACTGTAAACAAAGATCTTTGTGAAAAGGGAACAATTCAGCAAATGATAGGAATCTTTAAAAATATA  1500

Query 1555  ATAAGCAAGCCTAATGAAAAGGAAGAAGCCATTGTTTTGGAAATCCAGTCTGATATATTACTTATCCTATCTGG  1628
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1501  ATAAGCAAGCCTAATGAAAAGGAAGAAGCCATTGTTTTGGAAATCCAGTCTGATATATTACTTATCCTATCTGG  1574

Query 1629  CCTTTGTGAGAATCACATTCAAAGGAAGGAAATTTTCGGAACTGAAGGAGTAGATATCGTTCTTCATGTGATGA  1702
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1575  CCTTTGTGAGAATCACATTCAAAGGAAGGAAATTTTCGGAACTGAAGGAGTAGATATCGTTCTTCATGTGATGA  1648

Query 1703  AAACAGACCCCAGGAAGTTACAGAGTGGCTTAGGCTATAATGTACTTCTTTTTAGTACATTGGACAGCATTTGG  1776
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1649  AAACAGACCCCAGGAAGTTACAGAGTGGCTTAGGCTATAATGTACTTCTTTTTAGTACATTGGACAGCATTTGG  1722

Query 1777  TGCTGTATTTTGGGATGTTATCCCTCAGAGGATTATTTTCTTGAAAAGGAAGGCATTTTTCTCCTTTTGGATTT  1850
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1723  TGCTGTATTTTGGGATGTTATCCCTCAGAGGATTATTTTCTTGAAAAGGAAGGCATTTTTCTCCTTTTGGATTT  1796

Query 1851  GTTAGCATTGAACCAAAAAAAATTCTGTAATCTAATACTTGGAATAATGGTTGAATTTTGTGATAATCCCAAAA  1924
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1797  GTTAGCATTGAACCAAAAAAAATTCTGTAATCTAATACTTGGAATAATGGTTGAATTTTGTGATAATCCCAAAA  1870

Query 1925  CTGCAGCTCATGTCAATGCTTGGCAAGGGAAGAAGGATCAGACAGCTGCTAGTCTTTTAATTAAATTGTGGAGA  1998
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1871  CTGCAGCTCATGTCAATGCTTGGCAAGGGAAGAAGGATCAGACAGCTGCTAGTCTTTTAATTAAATTGTGGAGA  1944

Query 1999  AAGGAGGAAAAAGAACTAGGAGTAAAACGTGATAAAAATGGGAAGATCATTGATACAAAAAAACCTCTATTTAC  2072
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1945  AAGGAGGAAAAAGAACTAGGAGTAAAACGTGATAAAAATGGGAAGATCATTGATACAAAAAAACCTCTATTTAC  2018

Query 2073  TAGCTTTCAAGAAGAGCAAAAAATCATCCCACTGCCTGCTAACTGCCCATCTATTGCGGTTATGGATGTTTCTG  2146
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2019  TAGCTTTCAAGAAGAGCAAAAAATCATCCCACTGCCTGCTAACTGCCCATCTATTGCGGTTATGGATGTTTCTG  2092

Query 2147  AGAATATTAGAGCAAAAATTTATGCTATATTGGGCAAACTAGATTTTGAAAATTTACCTGGCCTATCTGCTGAA  2220
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2093  AGAATATTAGAGCAAAAATTTATGCTATATTGGGCAAACTAGATTTTGAAAATTTACCTGGCCTATCTGCTGAA  2166

Query 2221  GATTTTGTCACCCTTTGTATCATACATAGATATCTTGATTTTAAAATTGGAGAAATATGGAATGAAATATATGA  2294
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2167  GATTTTGTCACCCTTTGTATCATACATAGATATCTTGATTTTAAAATTGGAGAAATATGGAATGAAATATATGA  2240

Query 2295  AGAAATAAAATTAGAAAAATTAAGACCAGTCACTACAGATAAAAAAGCTTTGGAAGCTATTACAACAGCATCAG  2368
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2241  AGAAATAAAATTAGAAAAATTAAGACCAGTCACTACAGATAAAAAAGCTTTGGAAGCTATTACAACAGCATCAG  2314

Query 2369  AAAATATTGGAAAGATGGTTGCTTCTCTGCAAAGTGATATAATTGAAAGCCAAGCATGCCAAGACATGCAAAAT  2442
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2315  AAAATATTGGAAAGATGGTTGCTTCTCTGCAAAGTGATATAATTGAAAGCCAAGCATGCCAAGACATGCAAAAT  2388

Query 2443  GAACAAAAAGTATATGCAAAAATACAGGCCACGCACAAGCAAAGAGAGCTGGCTAATAAATCATGGGAAGATTT  2516
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2389  GAACAAAAAGTATATGCAAAAATACAGGCCACGCACAAGCAAAGAGAGCTGGCTAATAAATCATGGGAAGATTT  2462

Query 2517  CTTGGCTAGAACATCAAACGCTAAAACGTTAAAGAAAGCAAAAAGGCTTCAAGAAAAAGCTATAGAAGCCTCCA  2590
            |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||.||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2463  CTTGGCTAGAACATCAAACGCTAAAACGTTAAAGAAAGCAAAAAGCCTTCAAGAAAAAGCTATAGAAGCCTCCA  2536

Query 2591  GATACCATAAACGACCACAAAATGCAATATTTCACCAAACACATATTAAAGGCCTTAACACAACGGTGCCCTCT  2664
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2537  GATACCATAAACGACCACAAAATGCAATATTTCACCAAACACATATTAAAGGCCTTAACACAACGGTGCCCTCT  2610

Query 2665  GGTGGAGTAGTAACAGTGGAAAGCACTCCTGCCCGATTAGTAGGAGGACCTCTGGTTGATACGGATATTGCTCT  2738
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2611  GGTGGAGTAGTAACAGTGGAAAGCACTCCTGCCCGATTAGTAGGAGGACCTCTGGTTGATACGGATATTGCTCT  2684

Query 2739  TAAAAAACTGCCCATTCGAGGAGGAGCCTTGCAGAGGGTGAAAGCAGTTAAAATTGTGGATGCACCAAAAAAGA  2812
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2685  TAAAAAACTGCCCATTCGAGGAGGAGCCTTGCAGAGGGTGAAAGCAGTTAAAATTGTGGATGCACCAAAAAAGA  2758

Query 2813  GTATTCCTACG  2823
            |||||||||||
Sbjct 2759  GTATTCCTACG  2769