Nucleotide Global Alignment

Description

• Query: ccsbBroadEn_08967
• Subject: XM_017012631.1
• Aligned Length: 2877
• Identities: 2531
• Gaps: 342

Alignment

Query    1  ATGTGGACAGAGGAAGCCGGGGCGACCGCCGAGGCCCAGGAATCCGGCATCAGGAACAAGTCTAGCAGTTCCAG  74
                                                                                      
Sbjct    1  --------------------------------------------------------------------------  0

Query   75  TCAAATCCCGGTGGTTGGGGTGGTGACGGAGGACGATGAGGCGCAGGATGTTTTCAAGCCTATGGACCTTAATC  148
                                                                                      
Sbjct    1  --------------------------------------------------------------------------  0

Query  149  GTGTCATCAAACTCCTCGAAGAGACTGATAAAGATGGCTTGGAAGAAAAACAACTTAAATTTGTCAAGAAACTG  222
                                          |.||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct    1  ------------------------------ATGATGGCTTGGAAGAAAAACAACTTAAATTTGTCAAGAAACTG  44

Query  223  GTACAGTGTTATCAGAATGGACTTCCATTAAGGGATTTAGCACAGATATTTAAAATTCTGAATCTGTGTTCAGG  296
            ||||||||||||||||||||||||                                                  
Sbjct   45  GTACAGTGTTATCAGAATGGACTT--------------------------------------------------  68

Query  297  AAAAATAAAAAACCAGCCTCGTTTTATAGAATCTGCATATGATATCATAAAACTGTGTGGCTTGCCATTTTTGA  370
                                                                        ||||||||||||||
Sbjct   69  ------------------------------------------------------------CTTGCCATTTTTGA  82

Query  371  AAAAGAAAGTGTCGGATGAAATAACTTATGCTGAAGATACTGCTAATTCAATTGCACTTCTGGGTGACTTAATG  444
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct   83  AAAAGAAAGTGTCGGATGAAATAACTTATGCTGAAGATACTGCTAATTCAATTGCACTTCTGGGTGACTTAATG  156

Query  445  AAAATACCAAGTTCTGAATTGAGGATACAAATTTGTAAGTGTATTGTTGATTTTTATCATGCAGAACCACCAAA  518
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  157  AAAATACCAAGTTCTGAATTGAGGATACAAATTTGTAAGTGTATTGTTGATTTTTATCATGCAGAACCACCAAA  230

Query  519  GAAGCATATTCCAGGTTACCAGCAAGCGAGTTCATCATACAAGATTCAAATGGCTGAAGTTGGAGGATTAGCAA  592
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  231  GAAGCATATTCCAGGTTACCAGCAAGCGAGTTCATCATACAAGATTCAAATGGCTGAAGTTGGAGGATTAGCAA  304

Query  593  AAACAATGGTCCAGTCAATGACCTTGCTTGAAAATCAACTTGTTGAGAAACTTTGGGTACTTAAAGTTCTGCAG  666
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  305  AAACAATGGTCCAGTCAATGACCTTGCTTGAAAATCAACTTGTTGAGAAACTTTGGGTACTTAAAGTTCTGCAG  378

Query  667  CATCTCTCAACTTCTGAAGTTAATTGTACTATAATGATGAAAGCACAAGCAGCCAGTGGAATCTGTACTCACCT  740
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  379  CATCTCTCAACTTCTGAAGTTAATTGTACTATAATGATGAAAGCACAAGCAGCCAGTGGAATCTGTACTCACCT  452

Query  741  CAATGACCCAGATCCCTCTGGACAGCTTTTATTTCGTTCATCAGAAATACTTTGGAACTTGCTGGAAAAATCTT  814
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  453  CAATGACCCAGATCCCTCTGGACAGCTTTTATTTCGTTCATCAGAAATACTTTGGAACTTGCTGGAAAAATCTT  526

Query  815  CAAAAGAAGAAGTCATACAACAGCTTAGTAACTTGGAATGTTTGCTGGCTTTGAAGGAAGTATTTAAAAATCTG  888
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  527  CAAAAGAAGAAGTCATACAACAGCTTAGTAACTTGGAATGTTTGCTGGCTTTGAAGGAAGTATTTAAAAATCTG  600

Query  889  TTTATGAGAGGTTTCAGTCATTATGACCGTCAGCTTAGAAATGACATATTAGTGATCACTACAATTATAGCTCA  962
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  601  TTTATGAGAGGTTTCAGTCATTATGACCGTCAGCTTAGAAATGACATATTAGTGATCACTACAATTATAGCTCA  674

Query  963  AAATCCTGAAGCACCAATGATTGAATGTGGCTTTACCAAGGATTTGATACTGTTTGCCACCTTTAATGAAGTTA  1036
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  675  AAATCCTGAAGCACCAATGATTGAATGTGGCTTTACCAAGGATTTGATACTGTTTGCCACCTTTAATGAAGTTA  748

Query 1037  AAAGTCAAAATCTTTTGGTAAAAGGACTTAAGCTTTCTAATTCCTATGAAGATTTTGAGTTGAAGAAATTACTA  1110
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  749  AAAGTCAAAATCTTTTGGTAAAAGGACTTAAGCTTTCTAATTCCTATGAAGATTTTGAGTTGAAGAAATTACTA  822

Query 1111  TTCAATGTAATTGTGATCTTATGTAAAGATTTACCTACTGTACAGCTATTAATTGATGGCAAAGTTATTTTGGC  1184
            |||||.||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  823  TTCAACGTAATTGTGATCTTATGTAAAGATTTACCTACTGTACAGCTATTAATTGATGGCAAAGTTATTTTGGC  896

Query 1185  TTTGTTTACCTATGTTAAGAAGCCTGAGAAGCAAAAAATAATTGACTGGTCTGCAGCACAGCATGAAGAATTAC  1258
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  897  TTTGTTTACCTATGTTAAGAAGCCTGAGAAGCAAAAAATAATTGACTGGTCTGCAGCACAGCATGAAGAATTAC  970

Query 1259  AACTGCATGCAATTGCCACTTTGTCATCAGTGGCTCCTTTATTAATAGAAGAATACATGTCATGCCAGGGAAAT  1332
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  971  AACTGCATGCAATTGCCACTTTGTCATCAGTGGCTCCTTTATTAATAGAAGAATACATGTCATGCCAGGGAAAT  1044

Query 1333  GCTCGAGTCCTTGCATTTCTAGAATGGTGTGAGAGTGAAGATCCGTTTTTCAGTCATGGTAACAGTTTTCATGG  1406
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1045  GCTCGAGTCCTTGCATTTCTAGAATGGTGTGAGAGTGAAGATCCGTTTTTCAGTCATGGTAACAGTTTTCATGG  1118

Query 1407  TACAGGTGGCCGAGGCAACAAGTTTGCCCAGATGCGTTACAGTTTAAGACTCCTGAGAGCCATGGTCTACCTTG  1480
            |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||.||||||||||||
Sbjct 1119  TACAGGTGGCCGAGGCAACAAGTTTGCCCAGATGCGTTACAGTTTAAGACTCCTGAGAGCCGTGGTCTACCTTG  1192

Query 1481  AAGATGAGACTGTAAACAAAGATCTTTGTGAAAAGGGAACAATTCAGCAAATGATAGGAATCTTTAAAAATATA  1554
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1193  AAGATGAGACTGTAAACAAAGATCTTTGTGAAAAGGGAACAATTCAGCAAATGATAGGAATCTTTAAAAATATA  1266

Query 1555  ATAAGCAAGCCTAATGAAAAGGAAGAAGCCATTGTTTTGGAAATCCAGTCTGATATATTACTTATCCTATCTGG  1628
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1267  ATAAGCAAGCCTAATGAAAAGGAAGAAGCCATTGTTTTGGAAATCCAGTCTGATATATTACTTATCCTATCTGG  1340

Query 1629  CCTTTGTGAGAATCACATTCAAAGGAAGGAAATTTTCGGAACTGAAGGAGTAGATATCGTTCTTCATGTGATGA  1702
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1341  CCTTTGTGAGAATCACATTCAAAGGAAGGAAATTTTCGGAACTGAAGGAGTAGATATCGTTCTTCATGTGATGA  1414

Query 1703  AAACAGACCCCAGGAAGTTACAGAGTGGCTTAGGCTATAATGTACTTCTTTTTAGTACATTGGACAGCATTTGG  1776
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1415  AAACAGACCCCAGGAAGTTACAGAGTGGCTTAGGCTATAATGTACTTCTTTTTAGTACATTGGACAGCATTTGG  1488

Query 1777  TGCTGTATTTTGGGATGTTATCCCTCAGAGGATTATTTTCTTGAAAAGGAAGGCATTTTTCTCCTTTTGGATTT  1850
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1489  TGCTGTATTTTGGGATGTTATCCCTCAGAGGATTATTTTCTTGAAAAGGAAGGCATTTTTCTCCTTTTGGATTT  1562

Query 1851  GTTAGCATTGAACCAAAAAAAATTCTGTAATCTAATACTTGGAATAATGGTTGAATTTTGTGATAATCCCAAAA  1924
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1563  GTTAGCATTGAACCAAAAAAAATTCTGTAATCTAATACTTGGAATAATGGTTGAATTTTGTGATAATCCCAAAA  1636

Query 1925  CTGCAGCTCATGTCAATGCTTGGCAAGGGAAGAAGGATCAGACAGCTGCTAGTCTTTTAATTAAATTGTGGAGA  1998
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1637  CTGCAGCTCATGTCAATGCTTGGCAAGGGAAGAAGGATCAGACAGCTGCTAGTCTTTTAATTAAATTGTGGAGA  1710

Query 1999  AAGGAGGAAAAAGAACTAGGAGTAAAACGTGATAAAAATGGGAAGATCATTGATACAAAAAAACCTCTATTTAC  2072
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1711  AAGGAGGAAAAAGAACTAGGAGTAAAACGTGATAAAAATGGGAAGATCATTGATACAAAAAAACCTCTATTTAC  1784

Query 2073  TAGCTTTCAAGAAGAGCAAAAAATCATCCCACTGCCTGCTAACTGCCCATCTATTGCGGTTATGGATGTTTCTG  2146
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1785  TAGCTTTCAAGAAGAGCAAAAAATCATCCCACTGCCTGCTAACTGCCCATCTATTGCGGTTATGGATGTTTCTG  1858

Query 2147  AGAATATTAGAGCAAAAATTTATGCTATATTGGGCAAACTAGATTTTGAAAATTTACCTGGCCTATCTGCTGAA  2220
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1859  AGAATATTAGAGCAAAAATTTATGCTATATTGGGCAAACTAGATTTTGAAAATTTACCTGGCCTATCTGCTGAA  1932

Query 2221  GATTTTGTCACCCTTTGTATCATACATAGATATCTTGATTTTAAAATTGGAGAAATATGGAATGAAATATATGA  2294
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1933  GATTTTGTCACCCTTTGTATCATACATAGATATCTTGATTTTAAAATTGGAGAAATATGGAATGAAATATATGA  2006

Query 2295  AGAAATAAAATTAGAAAAATTAAGACCAGTCACTACAGATAAAAAAGCTTTGGAAGCTATTACAACAGCATCAG  2368
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2007  AGAAATAAAATTAGAAAAATTAAGACCAGTCACTACAGATAAAAAAGCTTTGGAAGCTATTACAACAGCATCAG  2080

Query 2369  AAAATATTGGAAAGATGGTTGCTTCTCTGCAAAGTGATATAATTGAAAGCCAAGCATGCCAAGACATGCAAAAT  2442
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2081  AAAATATTGGAAAGATGGTTGCTTCTCTGCAAAGTGATATAATTGAAAGCCAAGCATGCCAAGACATGCAAAAT  2154

Query 2443  GAACAAAAAGTATATGCAAAAATACAGGCCACGCACAAGCAAAGAGAGCTGGCTAATAAATCATGGGAAGATTT  2516
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2155  GAACAAAAAGTATATGCAAAAATACAGGCCACGCACAAGCAAAGAGAGCTGGCTAATAAATCATGGGAAGATTT  2228

Query 2517  CTTGGCTAGAACATCAAACGCTAAAACGTTAAAGAAAGCAAAAAGGCTTCAAGAAAAAGCTATAGAAGCCTCCA  2590
            |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||.||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2229  CTTGGCTAGAACATCAAACGCTAAAACGTTAAAGAAAGCAAAAAGCCTTCAAGAAAAAGCTATAGAAGCCTCCA  2302

Query 2591  GATACCATAAACGACCACAAAATGCAATATTTCACCAAACACATATTAAAGGCCTTAACACAACGGTGCCCTCT  2664
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2303  GATACCATAAACGACCACAAAATGCAATATTTCACCAAACACATATTAAAGGCCTTAACACAACGGTGCCCTCT  2376

Query 2665  GGTGGAGTAGTAACAGTGGAAAGCACTCCTGCCCGATTAGTAGGAGGACCTCTGGTTGATACGGATATTGCTCT  2738
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2377  GGTGGAGTAGTAACAGTGGAAAGCACTCCTGCCCGATTAGTAGGAGGACCTCTGGTTGATACGGATATTGCTCT  2450

Query 2739  TAAAAAACTGCCCATTCGAGGAGGAGCCTTGCAGAGGGTGAAAGCAGTTAAAATTGTGGATGCACCAAAAAAGA  2812
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2451  TAAAAAACTGCCCATTCGAGGAGGAGCCTTGCAGAGGGTGAAAGCAGTTAAAATTGTGGATGCACCAAAAAAGA  2524

Query 2813  GTATTCCTACG------------------------------------------------------  2823
            |||||||||||                                                      
Sbjct 2525  GTATTCCTACGAGCTGGTTGGAGAAGATGAACGTAGACATACATGAAGTGGCACGAAAACAAAGG  2589