Nucleotide Global Alignment

Description

• Query: ccsbBroadEn_08967
• Subject: XR_927532.1
• Aligned Length: 3266
• Identities: 2689
• Gaps: 546

Alignment

Query    1  --------------------------------------------------------------------------  0
                                                                                      
Sbjct    1  AACAACCGGCCCGGGATCAGAGGTCTGGGTCAACTGGGGGGCGGCAGCGGCGCTAAGCGGACTGTATGGCGGTG  74

Query    1  --------------------------------------------------------------------------  0
                                                                                      
Sbjct   75  GCCTAGGCCCCTGGCGGAATTTTGGGACCTTTCGCGACTCTAGCGACTCTCAGGCTGCCTTCCCTTCTCGGTGG  148

Query    1  --------------------------------------------------------------------------  0
                                                                                      
Sbjct  149  CGGGGCCTCTTTGGGCCCAGCGGCTGCGGGCGCACTGTAGGACAGGAAGATCCCCCCACTCTCCACCCCGCCGC  222

Query    1  --------ATGTGGACAGAGGAAGCCGGGGCGACCGCCGAGGCCCAGGAATCCGGCATCAGGAACAAGTCTAGC  66
                    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  223  CACCGGCCATGTGGACAGAGGAAGCCGGGGCGACCGCCGAGGCCCAGGAATCCGGCATCAGGAACAAGTCTAGC  296

Query   67  AGTTCCAGTCAAATCCCGGTGGTTGGGGTGGTGACGGAGGACGATGAGGCGCAGGATGTTTTCAAGCCTATGGA  140
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  297  AGTTCCAGTCAAATCCCGGTGGTTGGGGTGGTGACGGAGGACGATGAGGCGCAGGATGTTTTCAAGCCTATGGA  370

Query  141  CCTTAATCGTGTCATCAAACTCCTCGAAGAGACTGATAAAGATGGCTTGGAAGAAAAACAACTTAAATTTGTCA  214
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  371  CCTTAATCGTGTCATCAAACTCCTCGAAGAGACTGATAAAGATGGCTTGGAAGAAAAACAACTTAAATTTGTCA  444

Query  215  AGAAACTGGTACAGTGTTATCAGAATGGACTTCCATTAAGGGATTTAGCACAGATATTTAAAATTCTGAATCTG  288
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  445  AGAAACTGGTACAGTGTTATCAGAATGGACTTCCATTAAGGGATTTAGCACAGATATTTAAAATTCTGAATCTG  518

Query  289  TGTTCAGGAAAAATAAAAAACCAGCCTCGTTTTATAGAATCTGCATATGATATCATAAAACTGTGTGGCTTGCC  362
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  519  TGTTCAGGAAAAATAAAAAACCAGCCTCGTTTTATAGAATCTGCATATGATATCATAAAACTGTGTGGCTTGCC  592

Query  363  ATTTTTGAAAAAGAAAGTGTCGGATGAAATAACTTATGCTGAAGATACTGCTAATTCAATTGCACTTCTGGGTG  436
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  593  ATTTTTGAAAAAGAAAGTGTCGGATGAAATAACTTATGCTGAAGATACTGCTAATTCAATTGCACTTCTGGGTG  666

Query  437  ACTTAATGAAAATACCAAGTTCTGAATTGAGGATACAAATTTGTAAGTGTATTGTTGATTTTTATCATGCAGAA  510
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  667  ACTTAATGAAAATACCAAGTTCTGAATTGAGGATACAAATTTGTAAGTGTATTGTTGATTTTTATCATGCAGAA  740

Query  511  CCACCAAAGAAGCATATTCCAGGTTACCAGCAAGCGAGTTCATCATACAAGATTCAAATGGCTGAAGTTGGAGG  584
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  741  CCACCAAAGAAGCATATTCCAGGTTACCAGCAAGCGAGTTCATCATACAAGATTCAAATGGCTGAAGTTGGAGG  814

Query  585  ATTAGCAAAAACAATGGTCCAGTCAATGACCTTGCTTGAAAATCAACTTGTTGAGAAACTTTGGGTACTTAAAG  658
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  815  ATTAGCAAAAACAATGGTCCAGTCAATGACCTTGCTTGAAAATCAACTTGTTGAGAAACTTTGGGTACTTAAAG  888

Query  659  TTCTGCAGCATCTCTCAACTTCTGAAGTTAATTGTACTATAATGATGAAAGCACAAGCAGCCAGTGGAATCTGT  732
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  889  TTCTGCAGCATCTCTCAACTTCTGAAGTTAATTGTACTATAATGATGAAAGCACAAGCAGCCAGTGGAATCTGT  962

Query  733  ACTCACCTCAATGACCCAGATCCCTCTGGACAGCTTTTATTTCGTTCATCAGAAATACTTTGGAACTTGCTGGA  806
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  963  ACTCACCTCAATGACCCAGATCCCTCTGGACAGCTTTTATTTCGTTCATCAGAAATACTTTGGAACTTGCTGGA  1036

Query  807  AAAATCTTCAAAAGAAGAAGTCATACAACAGCTTAGTAACTTGGAATGTTTGCTGGCTTTGAAGGAAGTATTTA  880
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1037  AAAATCTTCAAAAGAAGAAGTCATACAACAGCTTAGTAACTTGGAATGTTTGCTGGCTTTGAAGGAAGTATTTA  1110

Query  881  AAAATCTGTTTATGAGAGGTTTCAGTCATTATGACCGTCAGCTTAGAAATGACATATTAGTGATCACTACAATT  954
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1111  AAAATCTGTTTATGAGAGGTTTCAGTCATTATGACCGTCAGCTTAGAAATGACATATTAGTGATCACTACAATT  1184

Query  955  ATAGCTCAAAATCCTGAAGCACCAATGATTGAATGTGGCTTTACCAAGGATTTGATACTGTTTGCCACCTTTAA  1028
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1185  ATAGCTCAAAATCCTGAAGCACCAATGATTGAATGTGGCTTTACCAAGGATTTGATACTGTTTGCCACCTTTAA  1258

Query 1029  TGAAGTTAAAAGTCAAAATCTTTTGGTAAAAGGACTTAAGCTTTCTAATTCCTATGAAGATTTTGAGTTGAAGA  1102
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1259  TGAAGTTAAAAGTCAAAATCTTTTGGTAAAAGGACTTAAGCTTTCTAATTCCTATGAAGATTTTGAGTTGAAGA  1332

Query 1103  AATTACTATTCAATGTAATTGTGATCTTATGTAAAGATTTACCTACTGTACAGCTATTAATTGATGGCAAAGTT  1176
            |||||||||||||.||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1333  AATTACTATTCAACGTAATTGTGATCTTATGTAAAGATTTACCTACTGTACAGCTATTAATTGATGGCAAAGTT  1406

Query 1177  ATTTTGGCTTTGTTTACCTATGTTAAGAAGCCTGAGAAGCAAAAAATAATTGACTGGTCTGCAGCACAGCATGA  1250
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1407  ATTTTGGCTTTGTTTACCTATGTTAAGAAGCCTGAGAAGCAAAAAATAATTGACTGGTCTGCAGCACAGCATGA  1480

Query 1251  AGAATTACAACTGCATGCAATTGCCACTTTGTCATCAGTGGCTCCTTTATTAATAGAAGAATACATGTCATGCC  1324
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1481  AGAATTACAACTGCATGCAATTGCCACTTTGTCATCAGTGGCTCCTTTATTAATAGAAGAATACATGTCATGCC  1554

Query 1325  AGGGAAATGCTCGAGTCCTTGCATTTCTAGAATGGTGTGAGAGTGAAGATCCGTTTTTCAGTCATGGTAACAGT  1398
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1555  AGGGAAATGCTCGAGTCCTTGCATTTCTAGAATGGTGTGAGAGTGAAGATCCGTTTTTCAGTCATGGTAACAGT  1628

Query 1399  TTTCATGGTACAGGTGGCCGAGGCAACAAGTTTGCCCAGATGCGTTACAGTTTAAGACTCCTGAGAGCCATGGT  1472
            |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||.||||
Sbjct 1629  TTTCATGGTACAGGTGGCCGAGGCAACAAGTTTGCCCAGATGCGTTACAGTTTAAGACTCCTGAGAGCCGTGGT  1702

Query 1473  CTACCTTGAAGATGAGACTGTAAACAAAGATCTTTGTGAAAAGGGAACAATTCAGCAAATGATAGGAATCTTTA  1546
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1703  CTACCTTGAAGATGAGACTGTAAACAAAGATCTTTGTGAAAAGGGAACAATTCAGCAAATGATAGGAATCTTTA  1776

Query 1547  AAAATATAATAAGCAAGCCTAATGAAAAGGAAGAAGCCATTGTTTTGGAAATCCAGTCTGATATATTACTTATC  1620
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1777  AAAATATAATAAGCAAGCCTAATGAAAAGGAAGAAGCCATTGTTTTGGAAATCCAGTCTGATATATTACTTATC  1850

Query 1621  CTATCTGGCCTTTGTGAGAATCACATTCAAAGGAAGGAAATTTTCGGAACTGAAGGAGTAGATATCGTTCTTCA  1694
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1851  CTATCTGGCCTTTGTGAGAATCACATTCAAAGGAAGGAAATTTTCGGAACTGAAGGAGTAGATATCGTTCTTCA  1924

Query 1695  TGTGATGAAAACAGACCCCAGGAAGTTACAGAGTGGCTTAGGCTATAATGTACTTCTTTTTAGTACATTGGACA  1768
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1925  TGTGATGAAAACAGACCCCAGGAAGTTACAGAGTGGCTTAGGCTATAATGTACTTCTTTTTAGTACATTGGACA  1998

Query 1769  GCATTTGGTGCTGTATTTTGGGATGTTATCCCTCAGAGGATTATTTTCTTGAAAAGGAAGGCATTTTTCTCCTT  1842
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1999  GCATTTGGTGCTGTATTTTGGGATGTTATCCCTCAGAGGATTATTTTCTTGAAAAGGAAGGCATTTTTCTCCTT  2072

Query 1843  TTGGATTTGTTAGCATTGAACCAAAAAAAATTCTGTAATCTAATACTTGGAATAATGGTTGAATTTTGTGATAA  1916
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2073  TTGGATTTGTTAGCATTGAACCAAAAAAAATTCTGTAATCTAATACTTGGAATAATGGTTGAATTTTGTGATAA  2146

Query 1917  TCCCAAAACTGCAGCTCATGTCAATGCTTGGCAAGGGAAGAAGGATCAGACAGCTGCTAGTCTTTTAATTAAAT  1990
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2147  TCCCAAAACTGCAGCTCATGTCAATGCTTGGCAAGGGAAGAAGGATCAGACAGCTGCTAGTCTTTTAATTAAAT  2220

Query 1991  TGTGGAGAAAGGAGGAAAAAGAACTAGGAGTAAAACGTGATAAAAATGGGAAGATCATTGATACAAAAAAACCT  2064
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2221  TGTGGAGAAAGGAGGAAAAAGAACTAGGAGTAAAACGTGATAAAAATGGGAAGATCATTGATACAAAAAAACCT  2294

Query 2065  CTATTTACTAGCTTTCAAGAAGAGCAAAAAATCATCCCACTGCCTGCTAACTGCCCATCTATTGCGGTTATGGA  2138
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2295  CTATTTACTAGCTTTCAAGAAGAGCAAAAAATCATCCCACTGCCTGCTAACTGCCCATCTATTGCGGTTATGGA  2368

Query 2139  TGTTTCTGAGAATATTAGAGCAAAAATTTATGCTATATTGGGCAAACTAGATTTTGAAAATTTACCTGGCCTAT  2212
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2369  TGTTTCTGAGAATATTAGAGCAAAAATTTATGCTATATTGGGCAAACTAGATTTTGAAAATTTACCTGGCCTAT  2442

Query 2213  CTGCTGAAGATTTTGTCACCCTTTGTATCATACATAGATATCTTGATTTTAAAA--------TTGGAGAAATAT  2278
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||        .||         
Sbjct 2443  CTGCTGAAGATTTTGTCACCCTTTGTATCATACATAGATATCTTGATTTTAAAAGTCTCATCCTG---------  2507

Query 2279  GGAATGAAATA---TA---TGAAGAAATAAAATTAGAAAAATTAAGACCAG-TCACTACAGATAAAA------A  2339
                |.|..||   ||   ||.||         |.|.|..||.|    ||| |||||.|||....||      |
Sbjct 2508  ----TCACCTAGCCTAAAGTGCAG---------TTGCATGATCA----CAGCTCACTGCAGCCTCAACCTCCCA  2564

Query 2340  AGCT--TTGGAAGCTATTACAACAGCATCAGAAAATATTGGAAAGATGGTTGCTTCTCTGCAAAGTGATATAAT  2411
            .|||  ||.||      |.|..||||.|||                     .||||                  
Sbjct 2565  GGCTCATTTGA------TCCTCCAGCCTCA---------------------TCTTC------------------  2593

Query 2412  TGAAAGCCAAGCATGCCAAGACATGCAAAATGAACAAAAAGTATATGCAAAAATACAGGCCACGCACAAGCAAA  2485
                  |||||.| ||...|||                         .|.||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2594  ------CCAAGTA-GCTGGGAC-------------------------TACAAATACAGGCCACGCACAAGCAAA  2635

Query 2486  GAGAGCTGGCTAATAAATCATGGGAAGATTTCTTGGCTAGAACATCAAACGCTAAAACGTTAAAGAAAGCAAAA  2559
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2636  GAGAGCTGGCTAATAAATCATGGGAAGATTTCTTGGCTAGAACATCAAACGCTAAAACGTTAAAGAAAGCAAAA  2709

Query 2560  AGGCTTCAAGAAAAAGCTATAGAAGCCTCCAGATACCATAAACGACCACAAAATGCAATATTTCACCAAACACA  2633
            ||.|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2710  AGCCTTCAAGAAAAAGCTATAGAAGCCTCCAGATACCATAAACGACCACAAAATGCAATATTTCACCAAACACA  2783

Query 2634  TATTAAAGGCCTTAACACAACGGTGCCCTCTGGTGGAGTAGTAACAGTGGAAAGCACTCCTGCCCGATTAGTAG  2707
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2784  TATTAAAGGCCTTAACACAACGGTGCCCTCTGGTGGAGTAGTAACAGTGGAAAGCACTCCTGCCCGATTAGTAG  2857

Query 2708  GAGGACCTCTGGTTGATACGGATATTGCTCTTAAAAAACTGCCCATTCGAGGAGGAGCCTTGCAGAGGGTGAAA  2781
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2858  GAGGACCTCTGGTTGATACGGATATTGCTCTTAAAAAACTGCCCATTCGAGGAGGAGCCTTGCAGAGGGTGAAA  2931

Query 2782  GCAGTTAAAATTGTGGATGCACCAAAAAAGAGTATTCCTACG--------------------------------  2823
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||                                
Sbjct 2932  GCAGTTAAAATTGTGGATGCACCAAAAAAGAGTATTCCTACGTAATATACTATAGAGACTTTTTGAAATAAAGT  3005

Query 2824  --------------------------------------------------------------------------  2823
                                                                                      
Sbjct 3006  CAGCTTATAATTTTTTAGCTGAATATATCTTTATACATATGTAAAGCCAATATTTTAGAATAAGTATTTTAGTA  3079

Query 2824  --------------------------------------------------------------------------  2823
                                                                                      
Sbjct 3080  TAAATATTTTAGTAAAATACTATAAAAATAAAAGGACATATAATTTATTTTTATGGAAAACATCAACATGTAAT  3153

Query 2824  ----------  2823
                      
Sbjct 3154  ATCAGAAGAG  3163