Nucleotide Global Alignment

Description

• Query: ccsbBroadEn_09069
• Subject: NM_001271723.1
• Aligned Length: 3339
• Identities: 2828
• Gaps: 510

Alignment

Query    1  ATGGGGCCACGAAAGAAAAGTGTGAAAACATGTATCATGAATAATGAAATTCCAGAAGAAATGACAGCAGATGA  74
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct    1  ATGGGGCCACGAAAGAAAAGTGTGAAAACATGTATCATGAATAATGAAATTCCAGAAGAAATGACAGCAGATGA  74

Query   75  AACAAAGGACTATATGAATCAACTTTCACATGAAGTACTTTGCCATATTTTTAGGTACCTCCCTCTGCAGGATA  148
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct   75  AACAAAGGACTATATGAATCAACTTTCACATGAAGTACTTTGCCATATTTTTAGGTACCTCCCTCTGCAGGATA  148

Query  149  TCATGTGTATGGAATGTCTTTCCCGGAAGCTAAAGGAAGCAGTGACCCTATATCTGCGAGTTGTGAGAGTTGTA  222
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  149  TCATGTGTATGGAATGTCTTTCCCGGAAGCTAAAGGAAGCAGTGACCCTATATCTGCGAGTTGTGAGAGTTGTA  222

Query  223  GATCTCTGTGCAGGGCGGTGGTGGGAATACATGCCAAGTGGCTTTACAGATGCCAGTTTTCTAACACTATTAAA  296
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  223  GATCTCTGTGCAGGGCGGTGGTGGGAATACATGCCAAGTGGCTTTACAGATGCCAGTTTTCTAACACTATTAAA  296

Query  297  GAAGATGCCAGATGTTGAACAGCTATATGGCCTTCACCCTCGATACCTTGAGAGGCGAAGAGTAAGGGGCCATG  370
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  297  GAAGATGCCAGATGTTGAACAGCTATATGGCCTTCACCCTCGATACCTTGAGAGGCGAAGAGTAAGGGGCCATG  370

Query  371  AGGCTTTTAGCATTCCAGGAGTCCTAGAAGCTTTGCAGTCATGCCCAAACTTAGTGGGTGTGGAAACTTCTCAT  444
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||.|||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  371  AGGCTTTTAGCATTCCAGGAGTCCTAGAAGCTTTGCAGGCATGCCCAAACTTAGTGGGTGTGGAAACTTCTCAT  444

Query  445  TTGGAGTTGGTAGAATCCATTTGGACATATATGCCCCATGTTCATATTTTGGGGAAATTTCGTAATCGTAATGG  518
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  445  TTGGAGTTGGTAGAATCCATTTGGACATATATGCCCCATGTTCATATTTTGGGGAAATTTCGTAATCGTAATGG  518

Query  519  AGCTTTTCCAATTCCTCCTGAAAATAAACTGAAAATTCCTATAGGAGCCAAAATTCAAACTTTACATTTAGTTG  592
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  519  AGCTTTTCCAATTCCTCCTGAAAATAAACTGAAAATTCCTATAGGAGCCAAAATTCAAACTTTACATTTAGTTG  592

Query  593  GGGTGAATGTTCCTGAAATTCCTTGTATCCCAATGCTAAGGCACCTTTATATGAAGTGGGTAAGACTCACTAAA  666
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  593  GGGTGAATGTTCCTGAAATTCCTTGTATCCCAATGCTAAGGCACCTTTATATGAAGTGGGTAAGACTCACTAAA  666

Query  667  CCACAGCCATTTAAAGACTTCCTTTGTATCAGCTTAAGAACTTTCGTCATGAGGAACTGTGCAGGACCCACAAA  740
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  667  CCACAGCCATTTAAAGACTTCCTTTGTATCAGCTTAAGAACTTTCGTCATGAGGAACTGTGCAGGACCCACAAA  740

Query  741  TTCCTTGAAATATGTCCCTTTAGTAACAGGCTTAGCCTCTGCCCGAAACTTGGAACACTTAGAAATGGTTCGAG  814
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  741  TTCCTTGAAATATGTCCCTTTAGTAACAGGCTTAGCCTCTGCCCGAAACTTGGAACACTTAGAAATGGTTCGAG  814

Query  815  TTCCTTTCCTTGGAGGTCTTATCCAACATGTTGTTGAAGACAGTTGGAGATCAGGTGGTTTTAGAAATTTGCAC  888
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  815  TTCCTTTCCTTGGAGGTCTTATCCAACATGTTGTTGAAGACAGTTGGAGATCAGGTGGTTTTAGAAATTTGCAC  888

Query  889  ACTATTGTTCTGGGAGCTTGCAAAAATGCTCTTGAAGTAGATCTTGGTTACCTCATCATTACTGCTGCCCGTAG  962
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  889  ACTATTGTTCTGGGAGCTTGCAAAAATGCTCTTGAAGTAGATCTTGGTTACCTCATCATTACTGCTGCCCGTAG  962

Query  963  GTTACATGAAGTTCGGATCCAGCCTTCCCTAACCAAAGATGGTGTCTTTTCTGCCCTAAAGATGGCAGAGTTGG  1036
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  963  GTTACATGAAGTTCGGATCCAGCCTTCCCTAACCAAAGATGGTGTCTTTTCTGCCCTAAAGATGGCAGAGTTGG  1036

Query 1037  AGTTTCCCCAGTTTGAAACCCTTCATCTAGGATATGTAGATGAGTTTTTGCTACAGAGCAGAATGGCTAATGCG  1110
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1037  AGTTTCCCCAGTTTGAAACCCTTCATCTAGGATATGTAGATGAGTTTTTGCTACAGAGCAGAATGGCTAATGCG  1110

Query 1111  GATCTGGTGAAGTATGGTTTGGCTGATGTGGTAGAAAATCCTGGTATCATCACTGATATAGGGATGAAAGCAGT  1184
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1111  GATCTGGTGAAGTATGGTTTGGCTGATGTGGTAGAAAATCCTGGTATCATCACTGATATAGGGATGAAAGCAGT  1184

Query 1185  CAATGAAGTTTTTTCCTGTATCAAATATCTGGCAATTTACAATTGCCCTCATCTACACAACCCATACAATTGGA  1258
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1185  CAATGAAGTTTTTTCCTGTATCAAATATCTGGCAATTTACAATTGCCCTCATCTACACAACCCATACAATTGGA  1258

Query 1259  TCTCAGACCACTCAAGATGGACTCGATTGGTTGATATCAACCTAGTACGGTGCCATGCTTTGAAGCTGGACTCT  1332
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1259  TCTCAGACCACTCAAGATGGACTCGATTGGTTGATATCAACCTAGTACGGTGCCATGCTTTGAAGCTGGACTCT  1332

Query 1333  TTTGGCCAGTTTATTGAATTATTACCCAGCCTAGAGTTTATTTCACTGGATCAGATGTTTCGTGAACCACCCAA  1406
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1333  TTTGGCCAGTTTATTGAATTATTACCCAGCCTAGAGTTTATTTCACTGGATCAGATGTTTCGTGAACCACCCAA  1406

Query 1407  GGGTTGTGCTCGAGTTGGTCTGAGTGCAGGCACAGGAATTGGTGTTTCATCAGCTCTTGTTAGCAACCAGAACT  1480
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1407  GGGTTGTGCTCGAGTTGGTCTGAGTGCAGGCACAGGAATTGGTGTTTCATCAGCTCTTGTTAGCAACCAGAACT  1480

Query 1481  CCAACAATGACGATAATAATGCCCAGAATAACAATGCCAACATCCACGACAACAATCACCATCATCCAGATGAC  1554
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1481  CCAACAATGACGATAATAATGCCCAGAATAACAATGCCAACATCCACGACAACAATCACCATCATCCAGATGAC  1554

Query 1555  TCAGACGAGGAGAATGACTTTCGGCAAGATCTGCAGCCAGGAGAGCAGCAGTTTGCAGCTGACGCATTAAATGA  1628
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1555  TCAGACGAGGAGAATGACTTTCGGCAAGATCTGCAGCCAGGAGAGCAGCAGTTTGCAGCTGACGCATTAAATGA  1628

Query 1629  GATGGAAGACATCGTCCAAGAAGATGGAGAGGTGGTGGCCGAGAGTGGAAATAATACTCCAGCTCACAGCCAGG  1702
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1629  GATGGAAGACATCGTCCAAGAAGATGGAGAGGTGGTGGCCGAGAGTGGAAATAATACTCCAGCTCACAGCCAGG  1702

Query 1703  CAATTATTCCTGTGGATGTTGATGAGGAACAAGCAGGACCCAGTGGTCTTCAGCGTGTAGTAAAACCAACCTCA  1776
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1703  CAATTATTCCTGTGGATGTTGATGAGGAACAAGCAGGACCCAGTGGTCTTCAGCGTGTAGTAAAACCAACCTCA  1776

Query 1777  ATTACTGTTCATGATTCAGAGAGTGATGATGAAGAAGATAGTCTAGAACTCCAAGAAGTCTGGATTCCTAAGAA  1850
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1777  ATTACTGTTCATGATTCAGAGAGTGATGATGAAGAAGATAGTCTAGAACTCCAAGAAGTCTGGATTCCTAAGAA  1850

Query 1851  CGGTACTCGGCGTTACTCTGAACGTGAAGAAAAAACTGGAGAGTCAGTGCAGTCCAGAGAATTGTCAGTAAGTG  1924
            |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||       
Sbjct 1851  CGGTACTCGGCGTTACTCTGAACGTGAAGAAAAAACTGGAGAGTCAGTGCAGTCCAGAGAATTGTCA-------  1917

Query 1925  GAAAAGGCAAGACTCCACTTCGAAAGAGGTACAACTCCCATCAGATGGGCCAGTCGAAGCAGTTTCCCCTCGAG  1998
                                                                                      
Sbjct 1918  --------------------------------------------------------------------------  1917

Query 1999  GAAAGCAGCTGTGAGAAAGGCTGTCAGGTCACCAGTGAGCAGATCAAAGCCGATATGAAAGCAGCTAGGGATAT  2072
                                                                                      
Sbjct 1918  --------------------------------------------------------------------------  1917

Query 2073  TCCTGAAAAGAAAAAAAACAAGGATGTTTATCCCAGCTGCAGCAGCACCACCGCCAGCACAGTGGGAAACTCCA  2146
                                                                                      
Sbjct 1918  --------------------------------------------------------------------------  1917

Query 2147  GCTCACACAACACTGCTTCTCAAAGCCCCGACTTTGTAAGGACGGTGAACAGCGGCGGCTCTTCCGAGCCTAGC  2220
                                                                                      
Sbjct 1918  --------------------------------------------------------------------------  1917

Query 2221  CCTACAGAAGTGGATGTGTCCAGGCAGTGTGCCTGCTCCCCCGGTGGGTCAGAGGACTCTGAGGCCATGGAGGA  2294
                                                                                      
Sbjct 1918  --------------------------------------------------------------------------  1917

Query 2295  GGGAGATGCAGAGAGTTCTGTCTGCCCCAGATGCTGCTGTCACAGGCCCCAGGAATCCCAAAGGAGAACTAGCA  2368
                                                                                      
Sbjct 1918  --------------------------------------------------------------------------  1917

Query 2369  GGTGTTCTGATGAGGAACGTCCTTCAACCAGCCGAGCCTGTGTTGTGAATGGCCCGGATGAAGTAGCCAAAACA  2442
                                                                       |||||||||||||||
Sbjct 1918  -----------------------------------------------------------GAAGTAGCCAAAACA  1932

Query 2443  AAGCCACGTCACGCCATGAAACGGAAGCGGACAGCAGATAAATCCACTAGTACAAGTGATCCTGTGATCGAGGA  2516
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1933  AAGCCACGTCACGCCATGAAACGGAAGCGGACAGCAGATAAATCCACTAGTACAAGTGATCCTGTGATCGAGGA  2006

Query 2517  TGACCATGTGCAGGTTCTTGTATTAAAATCCAAGAATCTTGTTGGAGTCACTATGACCAATTGTGGAATCACAG  2590
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2007  TGACCATGTGCAGGTTCTTGTATTAAAATCCAAGAATCTTGTTGGAGTCACTATGACCAATTGTGGAATCACAG  2080

Query 2591  ATCTAGTGCTAAAAGACTGTCCAAAGATGATGTTCATCCATGCTACCAGGTGCAGGGTACTAAAACATTTAAAG  2664
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2081  ATCTAGTGCTAAAAGACTGTCCAAAGATGATGTTCATCCATGCTACCAGGTGCAGGGTACTAAAACATTTAAAG  2154

Query 2665  GTAGAAAATGCACCAATTGTAAACCGATTTGACTATGCACAGTGCAAGAAACTGAACATGGATCAGGTACTAGA  2738
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2155  GTAGAAAATGCACCAATTGTAAACCGATTTGACTATGCACAGTGCAAGAAACTGAACATGGATCAGGTACTAGA  2228

Query 2739  CCAGATACTAAGAATGCCACCCGAGAGAAACCGCATCATATACCTACGCCCAATGCAGCAGGTGGACACTCTAA  2812
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2229  CCAGATACTAAGAATGCCACCCGAGAGAAACCGCATCATATACCTACGCCCAATGCAGCAGGTGGACACTCTAA  2302

Query 2813  CTTTGGAGCAGAAGCTATTTAGTGGTCCCTACCCCTATCACATCTGTATTATCCATGAATTCAGTAACCCTCCC  2886
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2303  CTTTGGAGCAGAAGCTATTTAGTGGTCCCTACCCCTATCACATCTGTATTATCCATGAATTCAGTAACCCTCCC  2376

Query 2887  AATGTCCGGAATAAGGTGCGCATTCGCAGCTGGATGGACACTATAGCAAACATCAATCAAGAGCTCATTAAATA  2960
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2377  AATGTCCGGAATAAGGTGCGCATTCGCAGCTGGATGGACACTATAGCAAACATCAATCAAGAGCTCATTAAATA  2450

Query 2961  TGAATTCTTCCCTGAAGCCACTCGAAGTGAAGAAGACTTAAAGAAATACCCCAAGTACCCCTGGGGGAGAGAAA  3034
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2451  TGAATTCTTCCCTGAAGCCACTCGAAGTGAAGAAGACTTAAAGAAATACCCCAAGTACCCCTGGGGGAGAGAAA  2524

Query 3035  TCTATACTTTAGAAGGTGTTGTGGATGGAGCTCCATATTCCATGATTTCTGACTTCCCTTGGCTGAGGTCATTA  3108
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2525  TCTATACTTTAGAAGGTGTTGTGGATGGAGCTCCATATTCCATGATTTCTGACTTCCCTTGGCTGAGGTCATTA  2598

Query 3109  CGAGCTGCAGAGCCCAACAGCTTCGCTCGATACGACTTTGAAGACGATGAAGAAAGCACTATCTATGCTCCTAG  3182
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2599  CGAGCTGCAGAGCCCAACAGCTTCGCTCGATACGACTTTGAAGACGATGAAGAAAGCACTATCTATGCTCCTAG  2672

Query 3183  AAGGAAAGGACAGCTGTCTGCAGACATCTGTATGGAAACAATAGGAGAGGAAATTTCAGAGATGCGTCAGATGA  3256
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2673  AAGGAAAGGACAGCTGTCTGCAGACATCTGTATGGAAACAATAGGAGAGGAAATTTCAGAGATGCGTCAGATGA  2746

Query 3257  AGAAGGGTGTATTTCAGCGAGTAGTGGCAATTTTTATCCACTATTGTGATGTCAATGGAGAGCCAGTTGAAGAT  3330
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2747  AGAAGGGTGTATTTCAGCGAGTAGTGGCAATTTTTATCCACTATTGTGATGTCAATGGAGAGCCAGTTGAAGAT  2820

Query 3331  GACTACATT  3339
            |||||||||
Sbjct 2821  GACTACATT  2829