Nucleotide Global Alignment
Description
- Query:
- ccsbBroadEn_09195
- Subject:
- NM_001291054.1
- Aligned Length:
- 2523
- Identities:
- 2178
- Gaps:
- 27
Alignment
Query 1 ATGAATGGAGAGTATAGAGGCAGAGGATTTGGACGAGGAAGATTTCAAAGCTGGAAAAGGGGAAGAGGTGGTGG 74
||||.|||.|..||||||||||||||.|||||||||||||||||.||||||||||||||.||||||||||||||
Sbjct 1 ATGAGTGGTGCTTATAGAGGCAGAGGTTTTGGACGAGGAAGATTCCAAAGCTGGAAAAGAGGAAGAGGTGGTGG 74
Query 75 GAACTTCTCAGGAAAATGGAGAGAAAGAGAACACAGACCTGATCTGAGTAAAACCACAGGAAA--ACGTACTTC 146
||||||||||||||..|||||||||||||||.|||||..|||.||||.|.||.|..||||||| ||| ||||
Sbjct 75 GAACTTCTCAGGAAGGTGGAGAGAAAGAGAAAACAGAGTTGACCTGAATGAAGCTTCAGGAAAGCACG--CTTC 146
Query 147 TGAACAAACCCCACAGTTTTTGCTTTCAACAAAGACCCCACAGTCAATGCAGTCAACATTGGATCGATTCATAC 220
||.||||.||.||||....||.| ||||| ||||||||||||||||..||.||.|
Sbjct 147 TGCACAAGCCTCACAACCGTTAC-TTCAA--------------------CAGTCAACATTGGATCAGTTTATCC 199
Query 221 CATATAAAGGCTGGAAGCTTTATTTCTCTGAAGTTTACAGCGATAGCTCTCCTTTGATTGAGAAGATTCAAGCA 294
|.|||||.||||||||||||||.|||||||||||||||||..|||.||||||.||.||||||||||||||||||
Sbjct 200 CGTATAAGGGCTGGAAGCTTTACTTCTCTGAAGTTTACAGTAATAACTCTCCCTTTATTGAGAAGATTCAAGCA 273
Query 295 TTTGAAAAATTTTTCACAAGGCATATTGATTTGTATGACAAGGATGAAATAGAAAGAAAGGGAAGTATTTTGGT 368
|||||.||||||||||||||||||||.||.||.||.||.||||||||||||||||||||.|||||.||||||||
Sbjct 274 TTTGAGAAATTTTTCACAAGGCATATCGACTTATACGATAAGGATGAAATAGAAAGAAAAGGAAGCATTTTGGT 347
Query 369 AGATTTTAAAGAACTGACAGAAGGTGGTGAAGTAACTAACTTGATACCAGATATAGCAACTGAACTAAGAGATG 442
.||||||||||||||||||.|||.||.||||.||||||||||||||||.|||||||.||..|.|||||||||||
Sbjct 348 GGATTTTAAAGAACTGACAAAAGCTGATGAAATAACTAACTTGATACCCGATATAGAAAACGCACTAAGAGATG 421
Query 443 CACCTGAGAAAACCTTGGCTTGCATGGGTTTGGCAATACATCAGGTGTTAACTAAGGACCTTGAAAGGCATGCA 516
|.|||||||||||..||||.||.|||||..||||||||||||||||.||||||||||||||||||||||||||.
Sbjct 422 CCCCTGAGAAAACACTGGCGTGTATGGGGCTGGCAATACATCAGGTATTAACTAAGGACCTTGAAAGGCATGCC 495
Query 517 GCTGAGTTACAAGCCCAGGAAGGATTGTCTAATGATGGAGAAACAATGGTAAATGTGCCACATATTCATGCAAG 590
||.||.||||||||.||.||.|||||||||||.|.||||||.||||||||||||||.|||||||||.|||||||
Sbjct 496 GCCGAATTACAAGCTCAAGAGGGATTGTCTAACGGTGGAGAGACAATGGTAAATGTACCACATATTTATGCAAG 569
Query 591 GGTGTACAACTATGAGCCTTTGACACAGCTCAAGAATGTCAGAGCAAATTACTATGGAAAATACATTGCTCTAA 664
.|||||||||||||||||.||||||||.|||||||||.||.||||||.||.||||||.||||||||..||.||.
Sbjct 570 AGTGTACAACTATGAGCCCTTGACACACCTCAAGAATATCCGAGCAACTTGCTATGGGAAATACATCTCTATAC 643
Query 665 GAGGGACAGTGGTTCGTGTCAGTAATATAAAGCCTCTTTGCACCAAGATGGCTTTTCTTTGTGCTGCATGTGGA 738
|||||||.|||||.||.|||||.||.||||||||||||||||||||.||||||||||..||.||||||||||||
Sbjct 644 GAGGGACTGTGGTCCGGGTCAGCAACATAAAGCCTCTTTGCACCAACATGGCTTTTCAGTGCGCTGCATGTGGA 717
Query 739 GAAATTCAGAGCTTTCCTCTTCCAGATGGAAAATACAGTCTTCCCACAAAGTGTCCTGTGCCTGTGTGTCGAGG 812
||.|||||||||||||||||.||||||||||||||||..|||||.|||||||||||||||||||.|||.|||||
Sbjct 718 GAGATTCAGAGCTTTCCTCTGCCAGATGGAAAATACACCCTTCCTACAAAGTGTCCTGTGCCTGCGTGCCGAGG 791
Query 813 CAGGTCATTTACTGCTCTCCGCAGCTCTCCTCTCACAGTTACGATGGACTGGCAGTCAATCAAAATCCAGGAAT 886
.|||||||||.||.|.||.|||||||||||||||||||||||..||||||||||||..||||||||||||||..
Sbjct 792 GAGGTCATTTGCTCCACTGCGCAGCTCTCCTCTCACAGTTACACTGGACTGGCAGTTGATCAAAATCCAGGAGC 865
Query 887 TGATGTCTGATGATCAGAGAGAAGCAGGTCGGATTCCACGAACAATAGAATGTGAGCTTGTTCATGATCTTGTG 960
||||||||||||..|||||||||||.||||||||.||.||.||.|||||||||||.||||||||.||||||||.
Sbjct 866 TGATGTCTGATGCACAGAGAGAAGCTGGTCGGATCCCTCGGACGATAGAATGTGAACTTGTTCACGATCTTGTA 939
Query 961 GATAGCTGTGTCCCGGGAGACACAGTGACTATTACTGGAATTGTCAAAGTCTCAAATGCGGAAGAAGGTTCTCG 1034
|||||.||||||||.|||||.|||||||||.||||||||||||||||||||||.|||.|.||||||||||||||
Sbjct 940 GATAGTTGTGTCCCAGGAGATACAGTGACTGTTACTGGAATTGTCAAAGTCTCCAATTCTGAAGAAGGTTCTCG 1013
Query 1035 AAATAAGAATGACAAGTGTATGTTCCTTTTGTATATTGAAGCAAATTCTATTAGTAATAGCAAAGGACAGAAAA 1108
||||||||||||.|||||.||||||||||||||.|||||.|||||||||.||||.||.|||||.||.|.||||.
Sbjct 1014 AAATAAGAATGATAAGTGCATGTTCCTTTTGTACATTGAGGCAAATTCTGTTAGCAACAGCAAGGGGCCGAAAG 1087
Query 1109 CAAAGAGTTCTGAGGATGGGTGTAAGCATGGAATGTTGATGGAGTTCTCACTTAAAGACCTTTATGCCATCCAA 1182
||.|||.|.|.||.|||||.||.||||||||.|...|||||||||||||.|||||||||||.||||||||||.|
Sbjct 1088 CACAGACTGCAGAAGATGGTTGCAAGCATGGGACACTGATGGAGTTCTCCCTTAAAGACCTCTATGCCATCCGA 1161
Query 1183 GAGATTCAAGCTGAAGAAAACCTGTTTAAACTCATTGTCAACTCGCTTTGCCCTGTCATTTTTGGTCATGAACT 1256
|||||.||.||||||||.||||||.|.||.|||.||||||||||.||.||.|||||||||||||||||||||||
Sbjct 1162 GAGATCCAGGCTGAAGAGAACCTGCTCAAGCTCGTTGTCAACTCACTCTGTCCTGTCATTTTTGGTCATGAACT 1235
Query 1257 TGTTAAAGCAGGTTTGGCATTAGCACTCTTTGGAGGAAGCCAGAAATACGCAGATGACAAAAACAGAATTCCAA 1330
.||.|||||||||.||.|.||||||||||||||.||.||||||||.||||||||||||||||||||||||||.|
Sbjct 1236 CGTCAAAGCAGGTCTGACGTTAGCACTCTTTGGCGGTAGCCAGAAGTACGCAGATGACAAAAACAGAATTCCCA 1309
Query 1331 TTCGGGGAGACCCCCACATCCTTGTTGTTGGAGATCCAGGCTTAGGAAAAAGTCAAATGCTACAGGCAGCGTGC 1404
||||.||||||||.||..||||..|||||||||||||||||||.||.||.|||||.||||||||||||||.|||
Sbjct 1310 TTCGAGGAGACCCACATGTCCTGATTGTTGGAGATCCAGGCTTGGGGAAGAGTCAGATGCTACAGGCAGCATGC 1383
Query 1405 AATGTTGCCCCACGTGGCGTGTATGTTTGTGGTAACACCACGACCACCTCTGGTCTGACGGTAACTCTTTCAAA 1478
||.||.||.||||||||.||||||||||||||.||.|||||.||||.|||||||||.||.||.|||||||||||
Sbjct 1384 AACGTGGCGCCACGTGGTGTGTATGTTTGTGGAAATACCACCACCAGCTCTGGTCTCACTGTGACTCTTTCAAA 1457
Query 1479 AGATAGTTCCTCTGGAGATTTTGCTTTGGAAGCTGGTGCCCTGGTACTTGGTGATCAAGGTATTTGTGGAATCG 1552
.||.||||||||||||||||||||||||||||||||||||||.|||||||||||.|||||.||.||||||||.|
Sbjct 1458 GGACAGTTCCTCTGGAGATTTTGCTTTGGAAGCTGGTGCCCTTGTACTTGGTGACCAAGGCATCTGTGGAATAG 1531
Query 1553 ATGAATTTGATAAGATGGGGAATCAACATCAAGCCTTGTTGGAAGCCATGGAGCAGCAAAGTATTAGTCTTGCT 1626
|||||||||||||.||||||||.||||||||||||.||||.|||||||||||.|||||.||||||||.|||||.
Sbjct 1532 ATGAATTTGATAAAATGGGGAACCAACATCAAGCCCTGTTAGAAGCCATGGAACAGCAGAGTATTAGCCTTGCG 1605
Query 1627 AAGGCTGGTGTGGTTTGTAGCCTTCCTGCAAGAACTTCCATTATTGCTGCTGCAAATCCAGTTGGAGGACATTA 1700
||||||||.||.|||||.|||||.||||||||||||||||||||||||||||||||||||||.||||||||.||
Sbjct 1606 AAGGCTGGGGTAGTTTGCAGCCTCCCTGCAAGAACTTCCATTATTGCTGCTGCAAATCCAGTCGGAGGACACTA 1679
Query 1701 CAATAAAGCCAAAACAGTTTCTGAGAATTTAAAAATGGGGAGTGCACTACTATCCAGATTTGATTTGGTCTTTA 1774
|||||||||||.|||.|||||||||||||||||.|||||||||||.|||||.||||||||.|||||||||||||
Sbjct 1680 CAATAAAGCCAGAACGGTTTCTGAGAATTTAAAGATGGGGAGTGCCCTACTGTCCAGATTCGATTTGGTCTTTA 1753
Query 1775 TCCTGTTAGATACTCCAAATGAGCATCATGATCACTTACTCTCTGAACATGTGATTGCAATAAGAGCTGGAAAG 1848
||.||||||||||.||||||||.||.|||||.||||||||.||||||||||||||.||.|||||||||||.|||
Sbjct 1754 TCTTGTTAGATACGCCAAATGAACAGCATGACCACTTACTTTCTGAACATGTGATCGCGATAAGAGCTGGGAAG 1827
Query 1849 CAGAGAACCATTAGCAGTGCCACAGTAGCTCGTATGAATAGTCAAGATTCAAATACTTCCGTACTTGAAGTAGT 1922
||||.|.|..||||||||||||||||..|||||.||...||||||||.|||||||||||.|||||||||||.||
Sbjct 1828 CAGAAAGCGGTTAGCAGTGCCACAGTCACTCGTGTGCTCAGTCAAGACTCAAATACTTCTGTACTTGAAGTGGT 1901
Query 1923 TTCTGAGAAGCCATTATCAGAAAGACTAAAGGTGGTTCCTGGAGAAACA-ATAGATCCCATTCCCCACCAGCTA 1995
|||||||||.|||||||||||||||||||||||||.|||||||| |||| |.||||||.|||||.||.|||||.
Sbjct 1902 TTCTGAGAAACCATTATCAGAAAGACTAAAGGTGGCTCCTGGAG-AACAGACAGATCCGATTCCACATCAGCTG 1974
Query 1996 TTGAGAAAGTACATTGGCTATGCTCGGCAGTATGTGTACCCAAGGCTATCCACAGAAGCTGCTCGAGTTCTTCA 2069
|||||.|||||||||||||||||.|||||||||||..||||||||.||||.||.||.|||||||..|..|||||
Sbjct 1975 TTGAGGAAGTACATTGGCTATGCACGGCAGTATGTCCACCCAAGGTTATCTACGGACGCTGCTCAGGCCCTTCA 2048
Query 2070 AGATTTTTACCTTGAGCTCCGGAAACAGAGCCAGAGGTTAAATAGCTCACCAATCACTACCAGGCAGCTGGAAT 2143
.|||||.|||||.||||||||.||.|||||||||.|..|....||||||||.|||||.||..||||||||||.|
Sbjct 2049 GGATTTCTACCTGGAGCTCCGCAAGCAGAGCCAGCGCGTGGGCAGCTCACCCATCACCACTCGGCAGCTGGAGT 2122
Query 2144 CTTTGATTCGTCTGACAGAGGCACGAGCAAGGTTGGAATTGAGAGAGGAAGCAACCAAAGAAGACGCTGAGGAT 2217
|||||||.|||||||||||||||||.||||||||.||||||||||||||||||||.|.||||||.|||||.|||
Sbjct 2123 CTTTGATCCGTCTGACAGAGGCACGGGCAAGGTTAGAATTGAGAGAGGAAGCAACTAGAGAAGATGCTGAAGAT 2196
Query 2218 ATAGTGGAAATTATGAAATATAGCATGCTAGGAACTTACTCTGATGAATTTGGGAACCTAGATTTTGAGCGATC 2291
|||.|.|||||||||||..||||||||||||||||||||||.||||||||.||.|||||.||.|||||||||||
Sbjct 2197 ATAATTGAAATTATGAAGCATAGCATGCTAGGAACTTACTCAGATGAATTCGGAAACCTGGACTTTGAGCGATC 2270
Query 2292 CCAGCATGGTTCTGGAATGAGCAACAGGTCAACAGCGAAAAGATTTATTTCTGCTCTCAACAACGTTGCTGAAA 2365
|||||||||.|||||.||||||||||||||||||||.|||||||||||||||||||||||||.|.|||||||||
Sbjct 2271 CCAGCATGGCTCTGGGATGAGCAACAGGTCAACAGCAAAAAGATTTATTTCTGCTCTCAACAGCATTGCTGAAA 2344
Query 2366 GAACTTATAATAATATATTTCAATTTCATCAACTTCGGCAGATTGCCAAAGAACTAAACATTCAGGTTGCTGAT 2439
||||||||||.||.||||||||||.||||||||||||.||||||||.|||||||||||||||||||||||.|||
Sbjct 2345 GAACTTATAACAACATATTTCAATATCATCAACTTCGTCAGATTGCTAAAGAACTAAACATTCAGGTTGCCGAT 2418
Query 2440 TTTGAAAATTTTATTGGATCACTAAATGACCAGGGTTACCTCTTGAAAAAAGGCCCAAAAGTTTACCAGCTTCA 2513
||||||||.||.|||||||||||.||||||||.|||||.||||||||.|||||||||||..|||||||.|||||
Sbjct 2419 TTTGAAAACTTCATTGGATCACTGAATGACCAAGGTTATCTCTTGAAGAAAGGCCCAAAGATTTACCAACTTCA 2492
Query 2514 AACTATG 2520
|||||||
Sbjct 2493 AACTATG 2499