Nucleotide Global Alignment

Description

• Query: ccsbBroadEn_09284
• Subject: XR_429118.3
• Aligned Length: 4031
• Identities: 2791
• Gaps: 1239

Alignment

Query    1  --------------------------------------------------------------------------  0
                                                                                      
Sbjct    1  AAGCCGTCCGTTGTGCGCCTAGGGGCCAGTTTTCTTTCCAGCCTCCCCGGCCGGAGTGGGTTCCAGCTTTTCTC  74

Query    1  --------------------------------------------------------------------------  0
                                                                                      
Sbjct   75  GGCTGGGGAGGGCATTTATCCCACCTCCGCTATTTCAGCTGCCAGAGGGGAGGCAAGGTGTGGGGAAGTTTTCC  148

Query    1  --------------------------------------------------------------------------  0
                                                                                      
Sbjct  149  TTCCCGGGCGAAGAAGCTCTGCGGAACTGTCATTTTCCGGAACTGGATGCTTGCTTCCTGGCGGGGTTCTGAAA  222

Query    1  --------------------------------------------------------------------------  0
                                                                                      
Sbjct  223  GCGAACACCGCGGGGCAAGATGGCGGTAGTGCGTCGGCTGCTGCCCCGGGTCTGGCAGAACTCGGGTGTTTTGG  296

Query    1  --------------------------------------------------------------------------  0
                                                                                      
Sbjct  297  GCTGAGACAGTGGCAGCTGCGGCCCCGACCCCAAGTGCGGGGACCTCCGGCGAATAAAGGTCGGCCTGCGGGTA  370

Query    1  --------------------------------------------------------------------------  0
                                                                                      
Sbjct  371  GGCCGGTAGGGCCTGCGGTCCGGCCTGCGGGAGAACTGGGTCGTCAGTCCTCCGAGTGGTGGGGCTGGGGACTT  444

Query    1  --------------------------------------------------------------------------  0
                                                                                      
Sbjct  445  TGAGGGAGTTGGCTCTAGGGCACAGTCCCTGCCTGGCCAGGTCGGAGGAACAAGTGCTGGGATCTGGCGTGTGT  518

Query    1  --------------------------------------------------------------------------  0
                                                                                      
Sbjct  519  GCTCCAGGGGCTCTTTCCGCGGCCCTTTCCACCTCTTTTCACTTTGGGGACGGTAGGCCTTTATAAACGGACTA  592

Query    1  --------------------------------------------------------------------------  0
                                                                                      
Sbjct  593  ATGCTGGGTGATTTGTTCCTGTGGTTGTTGATGCCGAGGAAAGACTCTGGGCCCCAGGACTCACCTAAACTGGA  666

Query    1  --------------------------------------------------------------------------  0
                                                                                      
Sbjct  667  GTTCGAATACTGTTCGCTCGCTGTGTGACCTTGGAAAAAATAACAAGCTTTTCTGAAGTGAGAAGCTGTTCTCA  740

Query    1  --------------------------------------------------------------------------  0
                                                                                      
Sbjct  741  GCCACGAGTCCTGTGCAAGATCACTAATGATTACCTGGCATTTCTGCGACACAGGCAGGTCCTCAGGGTTTGTG  814

Query    1  -------------ATGTTCACCCTGTCTCAGACCTCGAGAGCATGGTTCATCGATAGAGCCCGTCAGGCACGAG  61
                         |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  815  CAAGTTTGCAAACATGTTCACCCTGTCTCAGACCTCGAGAGCATGGTTCATCGATAGAGCCCGTCAGGCACGAG  888

Query   62  AAGAAAGGCTTGTGCAGAAGGAACGGGAGCGGGCAGCTGTTGTGATCCAGGCCCATGTCCGGAGTTTTCTCTGT  135
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  889  AAGAAAGGCTTGTGCAGAAGGAACGGGAGCGGGCAGCTGTTGTGATCCAGGCCCATGTCCGGAGTTTTCTCTGT  962

Query  136  CGGAGTCGACTGCAGAGAGATATCAGGAGAGAGATTGATGACTTTTTTAAAGCAGATGACCCTGAGTCCACTAA  209
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  963  CGGAGTCGACTGCAGAGAGATATCAGGAGAGAGATTGATGACTTTTTTAAAGCAGATGACCCTGAGTCCACTAA  1036

Query  210  AAGAAGTGCACTTTGTATTTTCAAGATTGCCAGGAAACTGCTGTTCCTATTCAGAATCAAAGAGGATAATGAGA  283
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1037  AAGAAGTGCACTTTGTATTTTCAAGATTGCCAGGAAACTGCTGTTCCTATTCAGAATCAAAGAGGATAATGAGA  1110

Query  284  GATTTGAGAAGTTGTGTCGCAGCATCCTGAGCAGCATGGATGCTGAGAATGAGCCTAAGGTGTGGTATGTGTCC  357
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1111  GATTTGAGAAGTTGTGTCGCAGCATCCTGAGCAGCATGGATGCTGAGAATGAGCCTAAGGTGTGGTATGTGTCC  1184

Query  358  CTGGCTTGTTCTAAGGACCTCACCCTCCTTTGGATTCAACAGATCAAGAACATTTTGTGGTACTGCTGTGATTT  431
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1185  CTGGCTTGTTCTAAGGACCTCACCCTCCTTTGGATTCAACAGATCAAGAACATTTTGTGGTACTGCTGTGATTT  1258

Query  432  TCTCAAGCAGCTCAAGCCTGAAATCCTGCAGGACTCCCGACTCATCACCCTGTACCTCACGATGCTTGTCACCT  505
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1259  TCTCAAGCAGCTCAAGCCTGAAATCCTGCAGGACTCCCGACTCATCACCCTGTACCTCACGATGCTTGTCACCT  1332

Query  506  TCACAGACACTTCAACGTGGAAAATTCTTCGGGGAAAAGGTGAAAGTCTTCGACCAGCGATGAACCACATTTGT  579
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1333  TCACAGACACTTCAACGTGGAAAATTCTTCGGGGAAAAGGTGAAAGTCTTCGACCAGCGATGAACCACATTTGT  1406

Query  580  GCAAATATAATGGGACATCTCAACCAGCATGGATTTTATTCTGTGCTGCAGATATTGTTAACCCGTGGCCTGGC  653
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1407  GCAAATATAATGGGACATCTCAACCAGCATGGATTTTATTCTGTGCTGCAGATATTGTTAACCCGTGGCCTGGC  1480

Query  654  AAGACCCCGTCCTTGTCTATCCAAAGGCACTTTAACAGCAGCTTTTTCTCTAGCGTTACGCCCTGTGATTGCTG  727
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1481  AAGACCCCGTCCTTGTCTATCCAAAGGCACTTTAACAGCAGCTTTTTCTCTAGCGTTACGCCCTGTGATTGCTG  1554

Query  728  CACAGTTCTCAGACAATCTGATTCGGCCGTTCCTCATCCACATCATGTCTGTGCCTGCTCTGGTGACTCATCTC  801
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1555  CACAGTTCTCAGACAATCTGATTCGGCCGTTCCTCATCCACATCATGTCTGTGCCTGCTCTGGTGACTCATCTC  1628

Query  802  AGCACAGTGACCCCTGAGCGCCTCACTGTTTTAGAATCCCATGACATGCTTCGTAAATTCATCATATTTTTAAG  875
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1629  AGCACAGTGACCCCTGAGCGCCTCACTGTTTTAGAATCCCATGACATGCTTCGTAAATTCATCATATTTTTAAG  1702

Query  876  AGACCAAGATCGATGCCGTGATGTATGTGAAAGTTTAGAAGGATGCCATACGCTTTGTCTAATGGGCAACCTCC  949
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1703  AGACCAAGATCGATGCCGTGATGTATGTGAAAGTTTAGAAGGATGCCATACGCTTTGTCTAATGGGCAACCTCC  1776

Query  950  TACACTTGGGCTCCCTCAGCCCCAGAGTGTTAGAGGAGGAGACAGATGGGTTCGTGAGTTTGCTCACCCAGACG  1023
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1777  TACACTTGGGCTCCCTCAGCCCCAGAGTGTTAGAGGAGGAGACAGATGGGTTCGTGAGTTTGCTCACCCAGACG  1850

Query 1024  CTGTGCTACTGTCAGAAGTATGTGTCTCAGAAGAAGTCCAACCTGACCCACTGGCATCCTGTCCTTGGCTGGTT  1097
            |||||||||||||.||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1851  CTGTGCTACTGTCGGAAGTATGTGTCTCAGAAGAAGTCCAACCTGACCCACTGGCATCCTGTCCTTGGCTGGTT  1924

Query 1098  CTCCCAATCTGTGGATTATGGCCTTAACGAGTCAATGCACTTGATCACCAAACAGCTGCAGTTCTTGTGGGGGG  1171
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1925  CTCCCAATCTGTGGATTATGGCCTTAACGAGTCAATGCACTTGATCACCAAACAGCTGCAGTTCTTGTGGGGGG  1998

Query 1172  TGCCTCTGATCCGGATCTTCTTCTGTGACATCCTGAGCAAGAAGCTACTGGAGAGCCAGGAGCCAGCCCACGCA  1245
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1999  TGCCTCTGATCCGGATCTTCTTCTGTGACATCCTGAGCAAGAAGCTACTGGAGAGCCAGGAGCCAGCCCACGCA  2072

Query 1246  CAGCCAGCATCCCCTCAGAATGTGCTCCCAGTGAAGAGTCTCCTAAAGCGTGCTTTTCAAAAGTCGGCATCAGT  1319
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2073  CAGCCAGCATCCCCTCAGAATGTGCTCCCAGTGAAGAGTCTCCTAAAGCGTGCTTTTCAAAAGTCGGCATCAGT  2146

Query 1320  CCGGAATATTCTCAGGCCTGTCGGGGGTAAACGGGTCGACTCTGCAGAAGTCCAGAAGGTTTGCAACATCTGTG  1393
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2147  CCGGAATATTCTCAGGCCTGTCGGGGGTAAACGGGTCGACTCTGCAGAAGTCCAGAAGGTTTGCAACATCTGTG  2220

Query 1394  TCCTCTACCAGACCTCGCTGACAACTCTCACACAGATTCGGCTGCAGATACTCACAGGTCTCACTTACCTTGAT  1467
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2221  TCCTCTACCAGACCTCGCTGACAACTCTCACACAGATTCGGCTGCAGATACTCACAGGTCTCACTTACCTTGAT  2294

Query 1468  GACCTGCTTCCCAAACTGTGGGCATTTATCTGTGAGCTCGGGCCCCACGGAGGGTTAAAGCTCTTCTTGGAATG  1541
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2295  GACCTGCTTCCCAAACTGTGGGCATTTATCTGTGAGCTCGGGCCCCACGGAGGGTTAAAGCTCTTCTTGGAATG  2368

Query 1542  CCTGAACAATGACACTGAAGAGTCCAAGCAACTCTTGGCCATGCTGATGCTGTTCTGTGACTGTTCGCGGCACC  1615
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2369  CCTGAACAATGACACTGAAGAGTCCAAGCAACTCTTGGCCATGCTGATGCTGTTCTGTGACTGTTCGCGGCACC  2442

Query 1616  TCATCACAATCCTTGATGACATTGAAGTTTATGAAGAACAGATTTCATTCAAACTGGAAGAGCTGGTCACTATC  1689
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2443  TCATCACAATCCTTGATGACATTGAAGTTTATGAAGAACAGATTTCATTCAAACTGGAAGAGCTGGTCACTATC  2516

Query 1690  TCCTCTTTCCTGAATTCTTTTGTGTTTAAGATGATCTGGGATGGAATTGTAGAGAACGCCAAGGGTGAGACCTT  1763
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2517  TCCTCTTTCCTGAATTCTTTTGTGTTTAAGATGATCTGGGATGGAATTGTAGAGAACGCCAAGGGTGAGACCTT  2590

Query 1764  GGAGCTGTTCCAGTCTGTCCACGGGTGGCTTATGGTGCTGTACGAGCGGGACTGCCGGCGGCGCTTCACCCCCG  1837
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2591  GGAGCTGTTCCAGTCTGTCCACGGGTGGCTTATGGTGCTGTACGAGCGGGACTGCCGGCGGCGCTTCACCCCCG  2664

Query 1838  AGGACCACTGGCTGCGAAAGGATCTCAAACCTAGCGTGCTCTTCCAAGAACTCGACAGGGACAGAAAACGGGCA  1911
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2665  AGGACCACTGGCTGCGAAAGGATCTCAAACCTAGCGTGCTCTTCCAAGAACTCGACAGGGACAGAAAACGGGCA  2738

Query 1912  CAGTTGATCCTGCAGTACATCCCACATGTCATCCCTCACAAAAACAGAGTTCTACTGTTTCGAACCATGGTTAC  1985
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2739  CAGTTGATCCTGCAGTACATCCCACATGTCATCCCTCACAAAAACAGAGTTCTACTGTTTCGAACCATGGTTAC  2812

Query 1986  CAAGGAGAAGGAGAAACTGGGGCTGGTGGAAACCAGCTCTGCCTCCCCGCATGTCACTCACATCACCATCCGCC  2059
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2813  CAAGGAGAAGGAGAAACTGGGGCTGGTGGAAACCAGCTCTGCCTCCCCGCATGTCACTCACATCACCATCCGCC  2886

Query 2060  GGTCCAGGATGCTGGAGGACGGCTACGAGCAGCTTAGGCAGCTCTCCCAGCACGCCATGAAGGGGGTCATCCGT  2133
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2887  GGTCCAGGATGCTGGAGGACGGCTACGAGCAGCTTAGGCAGCTCTCCCAGCACGCCATGAAGGGGGTCATCCGT  2960

Query 2134  GTGAAGTTTGTCAATGACCTCGGGGTGGACGAAGCAGGGATTGATCAAGACGGTGTTTTTAAGGAGTTCTTGGA  2207
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2961  GTGAAGTTTGTCAATGACCTCGGGGTGGACGAAGCAGGGATTGATCAAGACGGTGTTTTTAAGGAGTTCTTGGA  3034

Query 2208  AGAGATCATCAAGAGAGTTTTTGACCCAGCACTCAATCTGTTCAAGACAACCAGTGGGGATGAGAGGCTGTACC  2281
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 3035  AGAGATCATCAAGAGAGTTTTTGACCCAGCACTCAATCTGTTCAAGACAACCAGTGGGGATGAGAGGCTGTACC  3108

Query 2282  CCTCACCCACATCCTACATCCATGAGAATTACCTGCAGCTCTTCGAGTTTGTGGGGAAGATGCTGGGGAAGGCT  2355
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 3109  CCTCACCCACATCCTACATCCATGAGAATTACCTGCAGCTCTTCGAGTTTGTGGGGAAGATGCTGGGGAAGGCT  3182

Query 2356  GTGTATGAGGGAATTGTGGTGGACGTGCCATTTGCATCCTTCTTCCTGAGCCAACTGCTTGGGCACCACCACAG  2429
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 3183  GTGTATGAGGGAATTGTGGTGGACGTGCCATTTGCATCCTTCTTCCTGAGCCAACTGCTTGGGCACCACCACAG  3256

Query 2430  CGTCTTCTATAGCTCGGTGGATGAACTGCCTTCTCTGGACTCCGAGTTCTATAAAAACCTCACCTCCATCAAGC  2503
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 3257  CGTCTTCTATAGCTCGGTGGATGAACTGCCTTCTCTGGACTCCGAGTTCTATAAAAACCTCACCTCCATCAAGC  3330

Query 2504  GCTATGATGGGGACATCACTGACCTGGGCCTGACGCTGTCTTACGACGAGGACGTCATGGGTCAGCTTGTTTGC  2577
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 3331  GCTATGATGGGGACATCACTGACCTGGGCCTGACGCTGTCTTACGACGAGGACGTCATGGGTCAGCTTGTTTGC  3404

Query 2578  CATGAACTGATTCCTGGAGGGAAGACCATTCCTGTTACAAATGAAAATAAAATTAGCTACATCCATCTGATGGC  2651
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||                        
Sbjct 3405  CATGAACTGATTCCTGGAGGGAAGACCATTCCTGTTACAAATGAAAATAA------------------------  3454

Query 2652  ACATTTTCGAATGCACACTCAAATAAAAAACCAAACAGCTGCCCTCATTAGCGGATTCCGTTCCATTATCAAAC  2725
                                                                                      
Sbjct 3455  --------------------------------------------------------------------------  3454

Query 2726  CCGAGTGGATCCGAATGTTCTCAACTCCTGAACTGCAGCGTCTCATCTCTGGCGACAATGCTGAGATTGATCTG  2799
                                                                                      
Sbjct 3455  --------------------------------------------------------------------------  3454

Query 2800  GAAGATTTAAAGAAGCACACAGTCTACTACGGTGGTTTCCATGGAAGTCACAGAGTCATCATCTGGCTCTGGGA  2873
                                                                                      
Sbjct 3455  --------------------------------------------------------------------------  3454

Query 2874  TATTCTGGCCTCCGACTTCACACCGGATGAGAGAGCTATGTTTCTGAAGTTCGTGACCAGCTGCTCCAGACCCC  2947
                                                             |||||||||||||||||||||||||
Sbjct 3455  -------------------------------------------------TTCGTGACCAGCTGCTCCAGACCCC  3479

Query 2948  CGCTCCTGGGATTCGCCTACCTCAAGCCTCCATTCTCCATCCGCTGCGTGGAGGTGTCGGACGATCAGGACACC  3021
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 3480  CGCTCCTGGGATTCGCCTACCTCAAGCCTCCATTCTCCATCCGCTGCGTGGAGGTGTCGGACGATCAGGACACC  3553

Query 3022  GGGGACACTCTGGGCAGCGTCCTCCGGGGCTTCTTCACCATCCGCAAGCGGGAGCCAGGCGGCCGCCTGCCCAC  3095
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||        
Sbjct 3554  GGGGACACTCTGGGCAGCGTCCTCCGGGGCTTCTTCACCATCCGCAAGCGGGAGCCAGGCGGCCGC--------  3619

Query 3096  CTCCTCCACCTGCTTCAACCTGCTCAAGCTGCCCAACTACAGCAAGAAGAGCGTCCTCCGCGAGAAGCTGCGCT  3169
                                                                                      
Sbjct 3620  --------------------------------------------------------------------------  3619

Query 3170  ACGCCATCAGCATGAACACGGGCTTTGAACTCTCC  3204
                                               
Sbjct 3620  -----------------------------------  3619