Nucleotide Global Alignment

Description

• Query: ccsbBroadEn_09680
• Subject: NM_001168217.2
• Aligned Length: 1880
• Identities: 1621
• Gaps: 241

Alignment

Query    1  ATGGAGCCACCCCAAGAGACAAATAGGCCTTTCAGCACACTTGATAACCGCAGCGGGCAGGTCCAAGTCCTGTC  74
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct    1  ATGGAGCCACCCCAAGAGACAAATAGGCCTTTCAGCACACTTGATAACCGCAGCGGGCAGGTCCAAGTCCTGTC  74

Query   75  CGCCACCCCGCTATTGCAGAGGAATCCCTACAGCAGCCCGGATATCATGCACATTAAAGGGTCGGAGGCTTCTT  148
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct   75  CGCCACCCCGCTATTGCAGAGGAATCCCTACAGCAGCCCGGATATCATGCACATTAAAGGGTCGGAGGCTTCTT  148

Query  149  CGGTCCCTTACGCCCTGAACCAGGGCACGACGGCCCTGCCTAAGAACAAGAACCAGGAGGGCACCGGGCACCGG  222
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  149  CGGTCCCTTACGCCCTGAACCAGGGCACGACGGCCCTGCCTAAGAACAAGAACCAGGAGGGCACCGGGCACCGG  222

Query  223  CTGCTGAACATGCTGAGAAAAACTCTTAAAGAGTCTGATAGTGAAGAACTGGAAATAACACAGGAGACACCAAA  296
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||.|||||
Sbjct  223  CTGCTGAACATGCTGAGAAAAACTCTTAAAGAGTCTGATAGTGAAGAACTGGAAATAACACAGGAGACGCCAAA  296

Query  297  TTTGGTGCCATTTGGGGATGTGGTTGGCTGCCTGGGCATTCATATAAAGAACTGCAGACATTTTATGCCTAAGA  370
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  297  TTTGGTGCCATTTGGGGATGTGGTTGGCTGCCTGGGCATTCATATAAAGAACTGCAGACATTTTATGCCTAAGA  370

Query  371  TCAGTTTACAACATTATGCTAATTTATTCATTCGCATCTCTATAAACAAAGCTGTGAAATGTACAAAAATGTGT  444
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  371  TCAGTTTACAACATTATGCTAATTTATTCATTCGCATCTCTATAAACAAAGCTGTGAAATGTACAAAAATGTGT  444

Query  445  AGCTTGCTATCCAAAAACGATGAGAAGAACACTGTAATTAAGTTCGATGAAGTGAAGTATTTTTCTGTACAGGT  518
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  445  AGCTTGCTATCCAAAAACGATGAGAAGAACACTGTAATTAAGTTCGATGAAGTGAAGTATTTTTCTGTACAGGT  518

Query  519  TCCCAGACGTTATGATGATAAGCGGAATAATATTTTATTGGAACTCATACAATATGACAATAGAGAAAAACGTG  592
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  519  TCCCAGACGTTATGATGATAAGCGGAATAATATTTTATTGGAACTCATACAATATGACAATAGAGAAAAACGTG  592

Query  593  CTTTCTTGTTAGGGAGTGTTCAGATACATCTTTATGAGGTAATTCAGAAAGGGTGCTTCATTGAAGAGGTCCAA  666
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  593  CTTTCTTGTTAGGGAGTGTTCAGATACATCTTTATGAGGTAATTCAGAAAGGGTGCTTCATTGAAGAGGTCCAA  666

Query  667  GTGTTGCATGGAAACATATTTGTCTGCAGGCTGGAGGTGGAATTTATGTTCTCCTATGGAAACTTTGGTTATGG  740
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  667  GTGTTGCATGGAAACATATTTGTCTGCAGGCTGGAGGTGGAATTTATGTTCTCCTATGGAAACTTTGGTTATGG  740

Query  741  ATTTTCACATCAGTTAAAACCTCTTCAGAAAATTACTGAGCCATCCATGTTTATGAATCTTGCACCACCTCCAG  814
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  741  ATTTTCACATCAGTTAAAACCTCTTCAGAAAATTACTGAGCCATCCATGTTTATGAATCTTGCACCACCTCCAG  814

Query  815  AAAGAACAGATCCCGTGACAAAAGTTATTACACCACAGACAGTAGAATATCCAGCATTCTTATCCCCAGACCTG  888
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  815  AAAGAACAGATCCCGTGACAAAAGTTATTACACCACAGACAGTAGAATATCCAGCATTCTTATCCCCAGACCTG  888

Query  889  AATGTTACTGTTGGGACTCCAGCTGTGCAATCCTCCAACCAGCCATCTGTAGTGCGACTTGAAAAACTTCAGCA  962
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  889  AATGTTACTGTTGGGACTCCAGCTGTGCAATCCTCCAACCAGCCATCTGTAGTGCGACTTGAAAAACTTCAGCA  962

Query  963  ACAACCCCGGGAAAGGCTGGAAAAGATGAAAAAAGAATATAGAAATCTGAATACATGGATAGATAAAGCTAACT  1036
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  963  ACAACCCCGGGAAAGGCTGGAAAAGATGAAAAAAGAATATAGAAATCTGAATACATGGATAGATAAAGCTAACT  1036

Query 1037  ATTTAGAAAGCATTCTAATGCCAAAATTGGAACATAAGGATTCTGAGGAAACTAATATAGATGAGGCATCTGAA  1110
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1037  ATTTAGAAAGCATTCTAATGCCAAAATTGGAACATAAGGATTCTGAGGAAACTAATATAGATGAGGCATCTGAA  1110

Query 1111  AACACGAAAAGTAATCAACCTGAAGAGGAGCTTGAAAATATTGTAGGAGTAGATATCCCTCTTGTAAATGAGGA  1184
            |||||||||||||||||.||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1111  AACACGAAAAGTAATCATCCTGAAGAGGAGCTTGAAAATATTGTAGGAGTAGATATCCCTCTTGTAAATGAGGA  1184

Query 1185  AGCTGAAACTACTGCAAATGAGTTACTGGATAATGATTCTGAGAAAGGCCTGACTATACCAACTTTGAACCAAT  1258
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1185  AGCTGAAACTACTGCAAATGAGTTACTGGATAATGATTCTGAGAAAGGCCTGACTATACCAACTTTGAACCAAT  1258

Query 1259  CGGACCAAGATAATTCAACTGCTGATGCTTCTAAAAATGATGAATCAACACCTTCACCCACAGAAGTGCACTCA  1332
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1259  CGGACCAAGATAATTCAACTGCTGATGCTTCTAAAAATGATGAATCAACACCTTCACCCACAGAAGTGCACTCA  1332

Query 1333  TTGTGCACTATTTCTAACCAGGAAACAATAAAAGCAGGCAGAATACCACCTTTAGGTGAACGTCAATCAGAAAG  1406
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1333  TTGTGCACTATTTCTAACCAGGAAACAATAAAAGCAGGCAGAATACCACCTTTAGGTGAACGTCAATCAGAAAG  1406

Query 1407  CATGCCAGACAGAAAAATGAAAAATGTATTTTTTCCATTAGAAGTAAAATTAAAAGATAACTATCCAAGCATTT  1480
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1407  CATGCCAGACAGAAAAATGAAAAATGTATTTTTTCCATTAGAAGTAAAATTAAAAGATAACTATCCAAGCATTT  1480

Query 1481  TAAAAGCAGACTCATCTCTATCAGAGGTGGCTTTTTCACCAAAAGAATATAATTCACCATCTTTCAGACCAGAA  1554
            |||||||||||||||||||||||||||                                               
Sbjct 1481  TAAAAGCAGACTCATCTCTATCAGAGG-----------------------------------------------  1507

Query 1555  TATATAGAATTCAAACCAAAATTTCAGGATTGTTCAGATAAATTTGAGGATTTACATGACATGACCTCATTTAC  1628
                                                  ||||||||||||.|           |.||       
Sbjct 1508  --------------------------------------TAAATTTGAGGAGT-----------ATCT-------  1525

Query 1629  ACACCTTAAAAAAGTA-AAATC--AAGATCAAGGCTTTTAGGAAAAAGCTCAGA-TGATATCCATAACCATGCC  1698
                         ||| |||||  ||||.|         |||||    ||.||| |.||.||||        .|
Sbjct 1526  -------------GTATAAATCCAAAGAGC---------AGGAA----CTTAGATTCATCTCCA--------AC  1565

Query 1699  AGACACT--CT-GCAAGACCATATACTGCTCCGGAGGTTAACAAGCAACGAGAA---AGCTACAGTGGAAAGTT  1766
            |||.|.|  || ||||.||                    |||||.|.|    ||   ||||      |||||  
Sbjct 1566  AGAAATTAGCTGGCAAAAC--------------------AACAATCTA----AACTTAGCT------GAAAG--  1607

Query 1767  TACAAGTCGTCGAATGGTTTCATCAGGCTTAG-TTCATATAAATGATAAAACATCAGATTATGAAATGCATAAA  1839
                    |..|||      || ||||||||| |||               ||.||||||              
Sbjct 1608  --------GGAGAA------CA-CAGGCTTAGTTTC---------------CACCAGATT--------------  1637

Query 1840  ATGCGGCCAAAAAAAATTAAAAGAGGATAT  1869
                       ||||||||||||.      
Sbjct 1638  -----------AAAAATTAAAAGG------  1650