Nucleotide Global Alignment
Description
- Query:
- ccsbBroadEn_09804
- Subject:
- XR_001783761.1
- Aligned Length:
- 2892
- Identities:
- 1874
- Gaps:
- 819
Alignment
Query 1 -------------------------------------------------------------------------- 0
Sbjct 1 CTGGGAAGTGATGTCCGCTTCCTGCCCTCCCTGCGTGTCTGAGGGCGTAGAGGAAGCCCGTAAACAAACTACAA 74
Query 1 -------------------------------------------------------------------------- 0
Sbjct 75 GTCCCAGAAGGCGGTGCGTCCGGAGTCTGGAGTAGGCTGGGGCCGAGCCGCCGGGCTCGCGGAGGCGGCGGCGG 148
Query 1 -------------------------------------------------------------------------- 0
Sbjct 149 CTGCTGCTAAGGCTGAAGGAGCCGGGCCGGGCCCGCGGCAGAGGCCGTGGCTGGAACTGGGAAGGTGGCGGGGA 222
Query 1 ----------------ATGGCGACGTCGGGGGCGAACGGGCCTGGTTCGGCCACGGCCTCGGCTTCCAATCCGC 58
|||||||||||.||||||||||||||.|||||.|||||.|||||.||.||||||||.|
Sbjct 223 CGGACGCGGGGGTAAGATGGCGACGTCAGGGGCGAACGGGCCGGGTTCCGCCACAGCCTCAGCGTCCAATCCAC 296
Query 59 GCAAATTTAGTGAGAAGATTGCGCTGCAGAAGCAGCGTCAGGCCGAGGAGACGGCGGCCTTCGAGGAGGTGATG 132
||||.|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 297 GCAAGTTTAGTGAGAAGATTGCGCTGCAGAAGCAGCGTCAGGCCGAGGAGACGGCGGCCTTCGAGGAGGTGATG 370
Query 133 ATGGACATCGGCTCCACCCGGTTACAGGCCCAAAAACTGCGACTGGCATACACAAGGAGCTCTCATTATGGTGG 206
|||||||||||||||||.|||||||||||||||||||||||||||||.||.|||||||||||.|||||||||||
Sbjct 371 ATGGACATCGGCTCCACACGGTTACAGGCCCAAAAACTGCGACTGGCTTATACAAGGAGCTCCCATTATGGTGG 444
Query 207 GTCTCTGCCCAATGTTAACCAGATTGGCTCTGGCCTGGCCGAGTTCCAGAGCCCCCTCCACTCACCTTTGGATT 280
.||||||||||||||||||||||||||||.|||||||||.|||||||||||||||||.||||||||||||||||
Sbjct 445 TTCTCTGCCCAATGTTAACCAGATTGGCTGTGGCCTGGCTGAGTTCCAGAGCCCCCTTCACTCACCTTTGGATT 518
Query 281 CATCTCGGAGCACTCGGCACCATGGGCTGGTGGAACGGGTGCAGCGAGATCCTCGAAGAATGGTGTCCCCACTT 354
||||||||||||||||||||||||||.|||||||||||||.||.||||||.|.||.|||||||||||||||||.
Sbjct 519 CATCTCGGAGCACTCGGCACCATGGGTTGGTGGAACGGGTACAACGAGATGCCCGCAGAATGGTGTCCCCACTC 592
Query 355 CGCCGATACACCCGCCACATTGACAGCTCTCCCTATAGTCCTGCCTACTTATCTCCTCCCCCAGAGTCTAGCTG 428
|||||||||.||||||||||||||||.|||||.|||||.||||||||.|||||||||||||||||||||.||||
Sbjct 593 CGCCGATACCCCCGCCACATTGACAGTTCTCCATATAGCCCTGCCTATTTATCTCCTCCCCCAGAGTCTGGCTG 666
Query 429 GCGAAGGACGATGGCCTGGGGCAATTTCCCTGCAGAGAAGGGGCAGTTGTTTCGACTACCATCTGCACTTAACA 502
||||||||.||||.||||||||||..||||.||.||||||||||||||||||.||||.||.|||||||||||||
Sbjct 667 GCGAAGGATGATGCCCTGGGGCAACCTCCCAGCTGAGAAGGGGCAGTTGTTTAGACTGCCGTCTGCACTTAACA 740
Query 503 GGACAAGCTCTGACTCTGCCCTTCATACAAGTGTGATGAACCCCAGTCCCCAGGATACCTACCCAGGCCCCACA 576
|||||||||||||||||||.|||||.|||||||||||||||||.|..|||||.||.||.||.||||||||||||
Sbjct 741 GGACAAGCTCTGACTCTGCTCTTCACACAAGTGTGATGAACCCTAACCCCCAAGACACTTATCCAGGCCCCACA 814
Query 577 CCTCCCAGCATCCTGCCCA---GCCGACGTGGGGGTATTCTGGATGGTGAAATGGACCCCAAAGTACCTGCTAT 647
||||||||..||||||||| |||||.|.||.|||.|||||||||||||.|||||..|.|||||.||||||||
Sbjct 815 CCTCCCAGTGTCCTGCCCAGCCGCCGAGGAGGAGGTTTTCTGGATGGTGAGATGGATGCTAAAGTCCCTGCTAT 888
Query 648 TGAGGAGAACTTGCTAGATGACAAGCATTTGCTGAAGCCATGGGATGCTAAGAAGCTATCCTCATCCTCTTCCC 721
||||||||||.||.||||||||||||||.|||||||.||.|||||||||||||||||.||||||||.||.||.|
Sbjct 889 TGAGGAGAACGTGGTAGATGACAAGCATCTGCTGAAACCTTGGGATGCTAAGAAGCTGTCCTCATCTTCCTCTC 962
Query 722 GACCTCGGTCCTGTGAAGTCCCTGGAATTAACATCTTTCCATCTCCTGACCAGCCTGCCAATGTGCCTGTCCTC 795
|||||||.||||||||||||||||||||.|||||||||||||||||||||||||||||.|||||||||||||||
Sbjct 963 GACCTCGATCCTGTGAAGTCCCTGGAATCAACATCTTTCCATCTCCTGACCAGCCTGCTAATGTGCCTGTCCTC 1036
Query 796 CCACCTGCCATGAACACGGGGGGCTCCCTACCTGACCTCACCAACCTGCACTTTCCCCCACCACTGCCCACCCC 869
|||||||||||||||||.||.||||||||||||||||||||||||||.|||||.||.||.|||||||||||.||
Sbjct 1037 CCACCTGCCATGAACACAGGAGGCTCCCTACCTGACCTCACCAACCTACACTTCCCTCCTCCACTGCCCACACC 1110
Query 870 CCTGGACCCTGAAGAGACAGCCTACCCTAGCCTGAGTGGGGGCAACAGTACCTCCAATTTGACCCACACCATGA 943
||||||||||||.|||||||.|||.||.||||||||||||||||||||||||.|||||||||||||.||.||||
Sbjct 1111 CCTGGACCCTGAGGAGACAGTCTATCCCAGCCTGAGTGGGGGCAACAGTACCACCAATTTGACCCATACTATGA 1184
Query 944 CTCACCTGGGCATCAGCAGGGGCATGGGCCTGGGCCCAGGCTATGATGCACCAGGACTTCATTCACCTCTCAGC 1017
|.||..||||||||||..|.||..|||||.|||||||..|||||||||.||||||||||||.||||||||.|||
Sbjct 1185 CCCATTTGGGCATCAGTGGAGGTCTGGGCTTGGGCCCCAGCTATGATGTACCAGGACTTCACTCACCTCTTAGC 1258
Query 1018 CACCCATCCCTGCAGTCCTCCCTAAGCAATCCCAACCTCCAGGCTTCCCTGAGCAGTCCTCAGCCCCAGCTTCA 1091
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||.||.||||||||.||||||||.||
Sbjct 1259 CACCCATCCCTGCAGTCCTCCCTAAGCAATCCCAACCTCCAGGCTTCCCTAAGTAGTCCTCAACCCCAGCTCCA 1332
Query 1092 GGGCTCCCACAGCCACCCCTCTCTGCCTGCCTCCTCCTTGGCCCGCCATGTACTGCCCACCACCTCCCTGGGCC 1165
|||||||||.||.|||||.||.||||||||||||||||||||||.|||||.|||||||||||||||||||||||
Sbjct 1333 GGGCTCCCATAGTCACCCATCACTGCCTGCCTCCTCCTTGGCCCACCATGCACTGCCCACCACCTCCCTGGGCC 1406
Query 1166 ACCCCTCACTCAGTGCTCCGGCTCTTTCCTCCTCCTCTTCCTCCTCCTCCACTTCATCTCCTGTTTTGGGCGCC 1239
||||.|||||.|||||.||.||.||||||||||||||||||||.||.|||||||||||||||||..||.|.||.
Sbjct 1407 ACCCGTCACTTAGTGCCCCAGCCCTTTCCTCCTCCTCTTCCTCTTCGTCCACTTCATCTCCTGTCCTGAGTGCT 1480
Query 1240 CCCTCTTACCCTGCTTCTACCCCTGGGGCCTCCCCCCACCACCGCCGTGTGCCCCTCAGCCCCCTGAGTTTGCT 1313
|||.|||||||.||||||||.|||||||||||.||||.||||||.|||||||||||||||||||||||.||||.
Sbjct 1481 CCCCCTTACCCAGCTTCTACTCCTGGGGCCTCTCCCCGCCACCGTCGTGTGCCCCTCAGCCCCCTGAGCTTGCC 1554
Query 1314 CGCGGGCCCAGCCGACGCCAGAAGGTCCCAACAGCAGCTGCCCAAACAGTTTTCGCCAACAATGTCACCCACCT 1387
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1555 CGCGGGCCCAGCCGACGCCAGAAGGTCCCAACAGCAGCTGCCCAAACAGTTTTCGCCAACAATGTCACCCACCT 1628
Query 1388 TGTCTTCCATCACTCAGGGCGTCCCCCTGGATACCAGTAAACTGTCCACTGACCAGCGGTTACCCCCATACCCA 1461
||||||||||||||||||||||.|||.||||||||||||||.||.|.|||||||||||.||.||||||||||||
Sbjct 1629 TGTCTTCCATCACTCAGGGCGTTCCCTTGGATACCAGTAAATTGCCTACTGACCAGCGATTGCCCCCATACCCA 1702
Query 1462 TACAGCTCCCCAAGTCTGGTTCTGCCTACCCAGCCCCACACCCCAAAGTCTCTACAGCAGCCAGGGCTGCCCTC 1535
||.|||.||||||||||.|||.|.||.|||||.||.|.||||||||||||||||||||| |.|||||||
Sbjct 1703 TATAGCCCCCCAAGTCTAGTTATACCCACCCATCCACCCACCCCAAAGTCTCTACAGCA------GTTGCCCTC 1770
Query 1536 TCAGTCTTGTTCAGTGCAGTCCTCAGGTGGGCAGCCCCCAGGCAGGCAGTCTCATTATGGGACACCGTACCCAC 1609
||||.|.||.|.|||||||.||||||||||.|||||.||||||||||||.|.|||||||||.|||.||||||||
Sbjct 1771 TCAGGCCTGCTTAGTGCAGCCCTCAGGTGGACAGCCTCCAGGCAGGCAGCCACATTATGGGGCACTGTACCCAC 1844
Query 1610 CTGGGCCCAGTGGGCATGGGCAACAGTCTTACCACCGGCCAATGAGTGACTTCAACCTGGGGAAT--------- 1674
|||||.|||||||.||||||||||||.||||||||||.|||||.|.||||||||.|.||||||||
Sbjct 1845 CTGGGTCCAGTGGACATGGGCAACAGCCTTACCACCGCCCAATAAATGACTTCAGCTTGGGGAATGTAACATAG 1918
Query 1675 -------------------------------------------------------------------------- 1674
Sbjct 1919 CAATGCCAGCTTGGGGCTCCTGTCTTCCTGTGTTTGACCCCTACTCCTGCCCCTCTGTTTCTGCTCAGCTTGCT 1992
Query 1675 -------------------------------------------------------------CTGGAGCAGTTCA 1687
||||||||.||||
Sbjct 1993 CTTTGATGACTCCTGCCTTGACCCGTTCTCTTCCTGGCATGCACATGCTCTGGCCCAGCAGCTGGAGCAATTCA 2066
Query 1688 GCATGGAGAGCCCATCAGCCAGCCTGGTGCTGGATCCCCCTGGCTTTTCTGAAGGGCCTGGATTTTTAGGGGGT 1761
.||||||||||||||||.||||||||||||||||||||||||.||||||||||||.|||||||||||||||.||
Sbjct 2067 ACATGGAGAGCCCATCAACCAGCCTGGTGCTGGATCCCCCTGCCTTTTCTGAAGGTCCTGGATTTTTAGGGAGT 2140
Query 1762 GAGGGGCCAATGGGTGGCCCCCAGGATCCCCACACCTTCAACCACCAGAACTTGACCCACTGTTCCCGCCATGG 1835
|||||..|||||.|||||||||||||.||.|||..|.|||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2141 GAGGGATCAATGAGTGGCCCCCAGGACCCTCACGTCCTCAACCACCAGAACTTGACCCACTGTTCCCGCCATGG 2214
Query 1836 CTCAGGGCCTAACATCATCCTCACAGGGGACTCCTCTCCAGGTTTCTCTAAGGAGATTGCAGCAGCCCTGGCCG 1909
||||||.|||||.|||||.||||||||.|||||.||.|||||||||||||||||||||||||||||||||||.|
Sbjct 2215 CTCAGGACCTAATATCATACTCACAGGAGACTCTTCCCCAGGTTTCTCTAAGGAGATTGCAGCAGCCCTGGCTG 2288
Query 1910 GAGTGCCTGGCTTTGAGGTGTCAGCAGCTGGATTGGAGCTAGGGCTTGGGCTAGAAGATGAGCTGCGCATGGAG 1983
||||||||||||||||||||||||||.||||.||||||||.||.||.|||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2289 GAGTGCCTGGCTTTGAGGTGTCAGCATCTGGGTTGGAGCTGGGCCTGGGGCTAGAAGATGAGCTGCGCATGGAG 2362
Query 1984 CCACTGGGCCTGGAAGGGCTAAACATGCTGAGTGACCCCTGTGCCCTGCTGCCTGATCCTGCTGTGGAGGAGTC 2057
|||||||||||||||||.||||..||||||||||||||||||||||||||||||||.||||||||||||||.||
Sbjct 2363 CCACTGGGCCTGGAAGGACTAACTATGCTGAGTGACCCCTGTGCCCTGCTGCCTGACCCTGCTGTGGAGGACTC 2436
Query 2058 ATTCCGCAGTGACCGGCTCCAA---------------------------------------------------- 2079
||||||.|||||.|||||.||.
Sbjct 2437 ATTCCGTAGTGATCGGCTACAGTGAGGGGACCTCACTGCCATCCTTCTTCATGGCCCTGTCCCATCAGTCTTCA 2510
Query 2080 -------------------------------------------------------------------------- 2079
Sbjct 2511 TCCCTTCCCCCTGGCCAGTAGAGACTACTCTCTGCCCCCAGATCCTTTTTCTAATATGAATGAAGGATCCTAAA 2584
Query 2080 -------------------------------------------------------------------------- 2079
Sbjct 2585 ACTGAGGAAAGGGAAGGGGCTTGGCCAGGTGGCCCCTGAATGCTGTATGTCTGGTGGGCTTGGGGGAATTCAAG 2658
Query 2080 -------------------------------------------------------------------------- 2079
Sbjct 2659 GGAGGGCCTAAAAGCACTTGTAACTTTGAAAACCGTCTGTCTGGAGGTCAGAGCCTGTTGGGAAGCAAGGTGTA 2732
Query 2080 -------------------------------------------------------------------------- 2079
Sbjct 2733 GAGGGAAATCTTGGAGAGAGGGCTTGTCCAGAAGGGATGGGCACTACCAGCCCCTCCCTATTTCTCTTCCCCTT 2806
Query 2080 -------------------------------------------------------------------------- 2079
Sbjct 2807 GCAATGGAAGAGAGAGCCAGAATGGATATTATTTTTTATTAAATATATTATATGTTAATAAAAAATCCTATTAA 2880
Query 2080 ------ 2079
Sbjct 2881 ACCTTT 2886
