Nucleotide Global Alignment

Description

• Query: ccsbBroadEn_09990
• Subject: NM_001199800.2
• Aligned Length: 1511
• Identities: 1334
• Gaps: 145

Alignment

Query    1  ATGGCATGGCCCAAACTGCCCGCACCTTGGCTGCTGCTCTGCACCTGGCTCCCAGCAGGGTGCCTGTCCTTGCT  74
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct    1  ATGGCATGGCCCAAACTGCCCGCACCTTGGCTGCTGCTCTGCACCTGGCTCCCAGCAGGGTGCCTGTCCTTGCT  74

Query   75  TGTGACGGTCCAGCACACAGAACGCTATGTCACCCTGTTTGCCTCTATCATCCTCAAATGTGACTACACCACCT  148
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct   75  TGTGACGGTCCAGCACACAGAACGCTATGTCACCCTGTTTGCCTCTATCATCCTCAAATGTGACTACACCACCT  148

Query  149  CTGCCCAGCTCCAGGACGTGGTGGTGACATGGCGCTTCAAGTCCTTCTGCAAGGACCCTATCTTTGACTACTAC  222
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  149  CTGCCCAGCTCCAGGACGTGGTGGTGACATGGCGCTTCAAGTCCTTCTGCAAGGACCCTATCTTTGACTACTAC  222

Query  223  TCAGCGTCATACCAGGCAGCTTTATCCCTGGGCCAGGACCCATCCAATGACTGCAACGACAACCAGCGGGAAGT  296
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  223  TCAGCGTCATACCAGGCAGCTTTATCCCTGGGCCAGGACCCATCCAATGACTGCAACGACAACCAGCGGGAAGT  296

Query  297  TCGCATAGTGGCCCAGCGGCGGGGGCAGAATGAGCCCGTGCTGGGGGTAGATTACCGGCAGCGCAAGATCACCA  370
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  297  TCGCATAGTGGCCCAGCGGCGGGGGCAGAATGAGCCCGTGCTGGGGGTAGATTACCGGCAGCGCAAGATCACCA  370

Query  371  TCCAGAACCGAGCAGATCTCGTGATAAATGAAGTGATGTGGTGGGACCATGGAGTGTATTACTG-CACCATTGA  443
            |||||||||                                     ||.|||        .|.| ||||     
Sbjct  371  TCCAGAACC-------------------------------------CCCTGG--------CCCGCCACC-----  394

Query  444  GGCTCCAGGGGACACAT-CAGGAGACCCCGATAAGGAAGTAAAGCTCATCGTCCTACACTGGCTGACAG-TGAT  515
             |||         |||| .||.||.|||             |.||.|...|||||           ||| ||| 
Sbjct  395  -GCT---------ACATGAAGCAGGCCC-------------AGGCCCTAGGTCCT-----------CAGATGA-  433

Query  516  CTTCATCATCCTGGG--AGCCCTCCTCCTCCTGCTGCTGATTGGAGTGTGCTGGTGCCAGTGCTGTCCTCAGTA  587
                       ||||  |.||        |||| |.|||  .||.|.|..|.||.||        ||| ||| .
Sbjct  434  -----------TGGGAAAACC--------CCTG-TACTG--GGGGGCGGACAGGAGC--------TCC-CAG-G  475

Query  588  TTGCTGCTGCTATATCCGCTGTCCCTGCTGTCCTGCCCACTGCTGCTGTCCTGAGGAAGATTTGTCCCTGCCGT  661
            ||.|..||    |||||..||..||.||||  ||||                 ||..|||||||||||||||||
Sbjct  476  TTTCATCT----TATCCAATGCACCCGCTG--CTGC-----------------AGCGAGATTTGTCCCTGCCGT  526

Query  662  CCAGCCTCCCGCAGATGCCAATGACCCAGACCACCAATCAGCCTCCCATCGCCAATGGTGTCCTGGAGTATTTG  735
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  527  CCAGCCTCCCGCAGATGCCAATGACCCAGACCACCAATCAGCCTCCCATCGCCAATGGTGTCCTGGAGTATTTG  600

Query  736  GAGAAAGAACTGCGGAACCTCAACCTGGCCCAGCCTCTGCCCCCTGACCTCAAAGGCAGATTTGGCCATCCCTG  809
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  601  GAGAAAGAACTGCGGAACCTCAACCTGGCCCAGCCTCTGCCCCCTGACCTCAAAGGCAGATTTGGCCATCCCTG  674

Query  810  CAGCATGCTGTCCTCCCTGGGCTCTGAGGTCGTGGAACGCAGAATCATCCACCTGCCCCCACTGATCAGAGACC  883
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  675  CAGCATGCTGTCCTCCCTGGGCTCTGAGGTCGTGGAACGCAGAATCATCCACCTGCCCCCACTGATCAGAGACC  748

Query  884  TGTCATCCTCAAGGAGGACCAGTGACTCCCTGCACCAGCAGTGGCTCACCCCAATTCCCTCCAGGCCCTGGGAT  957
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  749  TGTCATCCTCAAGGAGGACCAGTGACTCCCTGCACCAGCAGTGGCTCACCCCAATTCCCTCCAGGCCCTGGGAT  822

Query  958  CTGAGGGAGGGGAGAAGCCACCACCATTACCCTGATTTCCACCAGGAGCTCCAGGACCGGGGGCCAAAGTCTTG  1031
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  823  CTGAGGGAGGGGAGAAGCCACCACCATTACCCTGATTTCCACCAGGAGCTCCAGGACCGGGGGCCAAAGTCTTG  896

Query 1032  GGCATTGGAAAGAAGGGAGTTGGACCCATCGTGGAGTGGAAGGCACCGTAGCTCTAGGCTGAATGGGTCACCCA  1105
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  897  GGCATTGGAAAGAAGGGAGTTGGACCCATCGTGGAGTGGAAGGCACCGTAGCTCTAGGCTGAATGGGTCACCCA  970

Query 1106  TACACTGGTCAGACAGGGACAGCCTAAGCGATGTCCCCTCATCCAGTGAGGCACGCTGGCGGCCGAGCCACCCT  1179
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  971  TACACTGGTCAGACAGGGACAGCCTAAGCGATGTCCCCTCATCCAGTGAGGCACGCTGGCGGCCGAGCCACCCT  1044

Query 1180  CCTTTCAGGAGCCGCTGTCAGGAGAGGCCCCGCAGGCCCAGCCCCCGGGAGAGCACTCAGAGGCACGGGAGACG  1253
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1045  CCTTTCAGGAGCCGCTGTCAGGAGAGGCCCCGCAGGCCCAGCCCCCGGGAGAGCACTCAGAGGCACGGGAGACG  1118

Query 1254  ACGCAGGCACCGCAGCTACTCTCCTCCCTTGCCCTCCGGCCTCAGTTCCTGGAGCTCTGAAGAGGACAAGGAGA  1327
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1119  ACGCAGGCACCGCAGCTACTCTCCTCCCTTGCCCTCCGGCCTCAGTTCCTGGAGCTCTGAAGAGGACAAGGAGA  1192

Query 1328  GGCAGCCCCAGAGCTGGCGGGCCCACCGCCGCGGCTCGCACTCCCCACACTGGCCCGAGGAGAAGCCGCCTAGC  1401
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1193  GGCAGCCCCAGAGCTGGCGGGCCCACCGCCGCGGCTCGCACTCCCCACACTGGCCCGAGGAGAAGCCGCCTAGC  1266

Query 1402  TACCGCTCACTGGATATCACTCCAGGCAAGAATAGCAGGAAAAAAGGGAGTGTGGAGAGGCGCTCGGAGAAAGA  1475
            |||||||||||.||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1267  TACCGCTCACTTGATATCACTCCAGGCAAGAATAGCAGGAAAAAAGGGAGTGTGGAGAGGCGCTCGGAGAAAGA  1340

Query 1476  CAGCTCTCATAGTGGAAGGAGTGTGGTCATT  1506
            |||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1341  CAGCTCTCATAGTGGAAGGAGTGTGGTCATT  1371