Nucleotide Global Alignment

Description

• Query: ccsbBroadEn_10033
• Subject: XR_941575.2
• Aligned Length: 2655
• Identities: 1935
• Gaps: 719

Alignment

Query    1  --------------------------------------------------------------------------  0
                                                                                      
Sbjct    1  GGAGCTCGGCAGGGTGGGGGAAAGGGATGGAGTTTCGGCCTGGGGCGGCGGGGGCGGCCCAGAAAAGGCCTAGC  74

Query    1  --------------------------------------------------------------------------  0
                                                                                      
Sbjct   75  GTCCTGGGCTGTGTGGGTGTAGCGTCCAGGGCGCGTCGGTCTCTATGGCAACGCTCCACACGCGGAGGTCGGGT  148

Query    1  --------------------------------------------------------------------------  0
                                                                                      
Sbjct  149  ACGGTTATCTGTGGCCACAAAGAAAGTTATTTGTCTCTGTCTTGGCAAGGCTGGGAGGAAAGTTTTAGCTAAGA  222

Query    1  --------------------ATGGATAAGTACGATGCGATTAAGGCCATCGGGCAAGGTGCCTTCGGGAAAGCA  54
                                ||||||||||||||||.|||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  223  AACTCAGCCCATTGGAGACCATGGATAAGTACGATGTGATTAAGGCCATCGGGCAAGGTGCCTTCGGGAAAGCA  296

Query   55  TACTTAGCTAAAGGGAAATCAGATAGCAAGCACTGTGTCATAAAAGAGATCAATTTTGAAAAGATGCCCATACA  128
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  297  TACTTAGCTAAAGGGAAATCAGATAGCAAGCACTGTGTCATAAAAGAGATCAATTTTGAAAAGATGCCCATACA  370

Query  129  AGAAAAAGAAGCTTCAAAGAAAGAAGTGATTCTTCTGGAAAAGATGAAACATCCCAACATTGTAGCCTTCTTCA  202
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  371  AGAAAAAGAAGCTTCAAAGAAAGAAGTGATTCTTCTGGAAAAGATGAAACATCCCAACATTGTAGCCTTCTTCA  444

Query  203  ATTCATTTCAAGAGAATGGCAGGCTGTTTATTGTAATGGAATATTGTGATGGAGGGGATCTCATGAAAAGGATC  276
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  445  ATTCATTTCAAGAGAATGGCAGGCTGTTTATTGTAATGGAATATTGTGATGGAGGGGATCTCATGAAAAGGATC  518

Query  277  AATAGACAACGGGGTGTGTTATTTAGTGAAGATCAGATCCTCGGTTGGTTTGTACAGATTTCTCTAGGACTAAA  350
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  519  AATAGACAACGGGGTGTGTTATTTAGTGAAGATCAGATCCTCGGTTGGTTTGTACAGATTTCTCTAGGACTAAA  592

Query  351  ACATATTCATGACAGGAAGATATTACACAGGGACATAAAAGCTCAGAACATTTTTCTTAGCAAGAACGGAATGG  424
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  593  ACATATTCATGACAGGAAGATATTACACAGGGACATAAAAGCTCAGAACATTTTTCTTAGCAAGAACGGAATGG  666

Query  425  TGGCAAAGCTTGGGGACTTTGGTATAGCAAGAGTCCTGAATAATTCCATGGAACTTGCTCGAACTTGTATTGGA  498
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  667  TGGCAAAGCTTGGGGACTTTGGTATAGCAAGAGTCCTGAATAATTCCATGGAACTTGCTCGAACTTGTATTGGA  740

Query  499  ACACCTTACTACCTGTCCCCAGAGATCTGTCAGAATAAACCCTACAACAATAAAACGGATATTTGGTCTCTTGG  572
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  741  ACACCTTACTACCTGTCCCCAGAGATCTGTCAGAATAAACCCTACAACAATAAAACGGATATTTGGTCTCTTGG  814

Query  573  CTGTGTCTTATATGAGCTCTGCACACTTAAACATCCTTTTGAGGGTAACAACTTACAGCAGCTGGTTCTGAAGA  646
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  815  CTGTGTCTTATATGAGCTCTGCACACTTAAACATCCTTTTGAGGGTAACAACTTACAGCAGCTGGTTCTGAAGA  888

Query  647  TTTGTCAAGCACATTTTGCCCCAATATCTCCGGGGTTTTCTCGTGAGCTCCATTCCTTGATATCTCAGCTCTTT  720
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  889  TTTGTCAAGCACATTTTGCCCCAATATCTCCGGGGTTTTCTCGTGAGCTCCATTCCTTGATATCTCAGCTCTTT  962

Query  721  CAAGTATCTCCTCGAGACCGACCATCCATAAATTCCATTTTGAAAAGGCCCTTTTTAGAGAATCTTATTCCCAA  794
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  963  CAAGTATCTCCTCGAGACCGACCATCCATAAATTCCATTTTGAAAAGGCCCTTTTTAGAGAATCTTATTCCCAA  1036

Query  795  ATATTTGACTCCTGAGGTCATTCAGGAAGAATTCAGTCACATGCTTATATGCAGAGCAGGAGCGCCAGCTTCTC  868
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1037  ATATTTGACTCCTGAGGTCATTCAGGAAGAATTCAGTCACATGCTTATATGCAGAGCAGGAGCGCCAGCTTCTC  1110

Query  869  GACATGCTGGGAAGGTGGTCCAGAAGTGTAAAATACAAAAAGTGAGATTCCAGGGAAAGTGCCCACCAAGATCA  942
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1111  GACATGCTGGGAAGGTGGTCCAGAAGTGTAAAATACAAAAAGTGAGATTCCAGGGAAAGTGCCCACCAAGATCA  1184

Query  943  AGGATATCTGTGCCAATTAAAAGGAATGCTATATTGCATAGAAATGAATGGAGACCACCAGCTGGAGCCCAGAA  1016
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1185  AGGATATCTGTGCCAATTAAAAGGAATGCTATATTGCATAGAAATGAATGGAGACCACCAGCTGGAGCCCAGAA  1258

Query 1017  GGCCAGATCTATAAAAATGATAGAAAGACCCAAAATTGCTGCTGTCTGTGGACATTATGATTATTATTATGCTC  1090
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1259  GGCCAGATCTATAAAAATGATAGAAAGACCCAAAATTGCTGCTGTCTGTGGACATTATGATTATTATTATGCTC  1332

Query 1091  AACTTGATATGCTGAGGAGGAGAGCCCACAAACCAAGTTATCACCCTATTCCTCAAGAAAATACTGGAGTTGAG  1164
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1333  AACTTGATATGCTGAGGAGGAGAGCCCACAAACCAAGTTATCACCCTATTCCTCAAGAAAATACTGGAGTTGAG  1406

Query 1165  GATTACGGTCAGGAAACGAGGCATGGTCCATCCCCAAGTCAATGGCCTGCTGAGTACCTTCAGAGAAAATTTGA  1238
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1407  GATTACGGTCAGGAAACGAGGCATGGTCCATCCCCAAGTCAATGGCCTGCTGAGTACCTTCAGAGAAAATTTGA  1480

Query 1239  AGCTCAACAATATAAGTTGAAAGTGGAGAAGCAATTGGGTCTTCGTCCATCTTCTGCCGAGCCAAATTACAACC  1312
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1481  AGCTCAACAATATAAGTTGAAAGTGGAGAAGCAATTGGGTCTTCGTCCATCTTCTGCCGAGCCAAATTACAACC  1554

Query 1313  AGAGACAAGAGCTAAGAAGTAATGGAGAAGAGCCTAGATTCCAGGAGCTGCCATTTAGGAAAAACGAAATGAAG  1386
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1555  AGAGACAAGAGCTAAGAAGTAATGGAGAAGAGCCTAGATTCCAGGAGCTGCCATTTAGGAAAAACGAAATGAAG  1628

Query 1387  GAACAGGAATATTGGAAGCAGTTAGAGGAAATACGCCAACAGTACCACAATGACATGAAAGAAATTAGAAAGAA  1460
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1629  GAACAGGAATATTGGAAGCAGTTAGAGGAAATACGCCAACAGTACCACAATGACATGAAAGAAATTAGAAAGAA  1702

Query 1461  GATGGGGAGAGAACCAGAGGAGAACTCAAAAATAAGTCATAAAACCTATTTGGTGAAGAAGAGTAACCTGCCTG  1534
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1703  GATGGGGAGAGAACCAGAGGAGAACTCAAAAATAAGTCATAAAACCTATTTGGTGAAGAAGAGTAACCTGCCTG  1776

Query 1535  TCCATCAAGATGCATCTGAGGGAGAAGCACCTGTGCAGATGGAATTTCGCTCTTGTTGCCCAGGCTGGAGTGCA  1608
            |||||||||||||||||||||||||||||||||||                                       
Sbjct 1777  TCCATCAAGATGCATCTGAGGGAGAAGCACCTGTG---------------------------------------  1811

Query 1609  ATGGCACGATCTTGGCTCACCGCAACCTCCGCCTCCCAGGACATTGAAAAAGACTTGAAACAAATGAGGCTTCA  1682
                                                ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1812  ------------------------------------CAGGACATTGAAAAAGACTTGAAACAAATGAGGCTTCA  1849

Query 1683  GAACACAAAGGAAAGTAAAAATCCAGAACAGAAATATAAAGCTAAGAAGGGGGTAAAATTTGAAATTAATTTAG  1756
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1850  GAACACAAAGGAAAGTAAAAATCCAGAACAGAAATATAAAGCTAAGAAGGGGGTAAAATTTGAAATTAATTTAG  1923

Query 1757  ACAAATGTATTTCTGATGAAAACATCCTCCAAGAGGAAGAGGCAATGGATATACCAAATGAAACTTTGACCTTT  1830
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1924  ACAAATGTATTTCTGATGAAAACATCCTCCAAGAGGAAGAGGCAATGGATATACCAAATGAAACTTTGACCTTT  1997

Query 1831  GAGGATGGCATGAAGTTTAAGGAATATGAATGTGTAAAGGAGCATGGAGATTATACAGACAAAGCATTTGAAAA  1904
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1998  GAGGATGGCATGAAGTTTAAGGAATATGAATGTGTAAAGGAGCATGGAGATTATACAGACAAAGCATTTGAAAA  2071

Query 1905  ACTTCACTGCCCAGAAGC--------------------------------------------------------  1922
            ||||||||||||||||||                                                        
Sbjct 2072  ACTTCACTGCCCAGAAGCAGCATTTACAGAACTGACTTGGCTCAGTTTCCTCTTCCTGGAATACTCTCTGCCTC  2145

Query 1923  --------------------------------------------------------------------------  1922
                                                                                      
Sbjct 2146  ATTTCCTTCTGGAAAAATCTCCATTCAGCAGGCATCTTATTGAGGATCTCCTTTGTGCCAAAGACTGCTCACTG  2219

Query 1923  --------------------------------------------------------------------------  1922
                                                                                      
Sbjct 2220  AAGGACTGGAGTGAGAAGGAAATGGAGCTTAGGACATAACCCTACCACTATATAAACAAACTTTGGAGAATCAG  2293

Query 1923  --------------------------------------------------------------------------  1922
                                                                                      
Sbjct 2294  GAGAGAGTAAAGCCAAAGGAGGAGAGACAGGTCATGGAGGAGGCACAGGAATTGGCAGCATCAACTGGAAGAGA  2367

Query 1923  -----------AGGGTTTTCCACGCAGACTGTAGCTGCTGTGGGAAACAGGAGGCAGTGGGATGGAGGAGCGCC  1985
                       |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2368  AAGGCCAGATGAGGGTTTTCCACGCAGACTGTAGCTGCTGTGGGAAACAGGAGGCAGTGGGATGGAGGAGCGCC  2441

Query 1986  TCAGACTCTGCTGCAGATGATGGCAGTGGCCGACATCACCTCCACCTGCCCCACGGGGCCTGACAGTGAGTCTG  2059
            ||||||||||||||||||||||||||                                                
Sbjct 2442  TCAGACTCTGCTGCAGATGATGGCAG------------------------------------------------  2467

Query 2060  TGCTTAGCGTCAGTCGTCAGGAAGGGAAGACCAAGGACCCGTACAGCCCAGTGCTCATCCTGATG  2124
                                                                             
Sbjct 2468  -----------------------------------------------------------------  2467