Nucleotide Global Alignment

Description

• Query: ccsbBroadEn_10086
• Subject: NM_001367407.1
• Aligned Length: 4023
• Identities: 3356
• Gaps: 642

Alignment

Query    1  ATGATGAACCGGACGACCCCCGACCAGGAGCTGGCGCCAGCGTCGGAGCCCGTGTGGGAGCGGCCGTGGTCGGT  74
                                                                                      
Sbjct    1  --------------------------------------------------------------------------  0

Query   75  GGAGGAGATCCGCAGGAGCAGCCAGAGCTGGTCGCTGGCGGCCGACGCGGGCCTACTACAGTTTCTACAGGAAT  148
                                                                                      
Sbjct    1  --------------------------------------------------------------------------  0

Query  149  TCTCACAGCAAACTATCTCTAGGACCCATGAAATCAAGAAACAAGTGGACGGACTAATTCGGGAAACCAAAGCC  222
                                                                                      
Sbjct    1  --------------------------------------------------------------------------  0

Query  223  ACAGATTGTCGCCTGCATAATGTCTTCAATGACTTCCTTATGCTCTCTAATACCCAGTTCATTGAGAATCGTGT  296
                                                                                      
Sbjct    1  --------------------------------------------------------------------------  0

Query  297  ATATGATGAAGAAGTGGAGGAGCCAGTACTCAAGGCTGAGGCAGAAAAAACAGAGCAGGAGAAGACACGAGAGC  370
                                                                                      
Sbjct    1  --------------------------------------------------------------------------  0

Query  371  AGAAAGAAGTAGATCTCATTCCTAAAGTCCAGGAGGCTGTGAACTATGGCTTACAAGTATTGGACAGTGCCTTT  444
                                                                                      
Sbjct    1  --------------------------------------------------------------------------  0

Query  445  GAGCAACTTGATATCAAAGCAGGAAACTCAGACTCCGAGGAAGATGATGCTAATGGGCGGGTGGAACTGATCCT  518
                                                                                      
Sbjct    1  --------------------------------------------------------------------------  0

Query  519  TGAACCAAAGGATCTATACATTGATCGTCCTTTACCATATCTCATTGGGTCAAAGCTGTTCATGGAACAAGAAG  592
                                                                         |||||||||||||
Sbjct    1  -------------------------------------------------------------ATGGAACAAGAAG  13

Query  593  ATGTAGGTCTTGGAGAGCTGTCCAGTGAAGAAGGCTCTGTAGGCAGTGATCGTGGCAGTATTGTGGACACTGAG  666
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct   14  ATGTAGGTCTTGGAGAGCTGTCCAGTGAAGAAGGCTCTGTAGGCAGTGATCGTGGCAGTATTGTGGACACTGAG  87

Query  667  GAAGAGAAAGAAGAGGAGGAGTCAGATGAAGATTTTGCCCATCATAGTGACAATGAACAAAACCGGCACACCAC  740
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||.|||||||||||||||||||.|||||||||
Sbjct   88  GAAGAGAAAGAAGAGGAGGAGTCAGATGAAGATTTTGCCCATCACAGTGACAATGAACAAAACCAGCACACCAC  161

Query  741  ACAAATGAGTGATGAGGAAGAGGATGATGATGGCTGTGACCTTTTCGCTGACTCTGAGAAGGAGGAGGAAGATA  814
            |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||.||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  162  ACAAATGAGTGATGAGGAAGAGGATGATGATGGCTGTGACCTTTTTGCTGACTCTGAGAAGGAGGAGGAAGATA  235

Query  815  TTGAGGACATTGAAGAAAATACTAGACCTAAAAGAAGCAGACCTACATCGTTTGCAGATGAGCTGGCTGCCCGC  888
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  236  TTGAGGACATTGAAGAAAATACTAGACCTAAAAGAAGCAGACCTACATCGTTTGCAGATGAGCTGGCTGCCCGC  309

Query  889  ATCAAGGGGGATGCCGTGGGTCGAGTGGACGAGGAGCCGACAACCTTACCCTCAGGAGAAGCAAAACCTCGGAA  962
            |||||||||||||||.||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  310  ATCAAGGGGGATGCCATGGGTCGAGTGGACGAGGAGCCGACAACCTTACCCTCAGGAGAAGCAAAACCTCGGAA  383

Query  963  GACACTCAAAGAGAAGAAGGAAAGGAGAACTCCTTCAGACGATGAAGAGGATAACTTATTCGCACCCCCCAAGC  1036
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  384  GACACTCAAAGAGAAGAAGGAAAGGAGAACTCCTTCAGACGATGAAGAGGATAACTTATTCGCACCCCCCAAGC  457

Query 1037  TGACCGACGAGGACTTCTCGCCATTTGGCTCTGGAGGTGGCCTGTTCAGTGGGGGCAAGGGGCTCTTTGATGAT  1110
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||.|||||||||||.|||||||||
Sbjct  458  TGACCGACGAGGACTTCTCGCCATTTGGCTCTGGAGGTGGCCTGTTCAGTGGCGGCAAGGGGCTATTTGATGAT  531

Query 1111  GAGGACGAGGAGAGTGACCTCTTCACGGAAGCCCCCCAGGATCGGCAAGCTGGAGCCTCTGTTAAGGAGGAGTC  1184
            |||||||||||||||||||||||||||||||||.||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  532  GAGGACGAGGAGAGTGACCTCTTCACGGAAGCCTCCCAGGATCGGCAAGCTGGAGCCTCTGTTAAGGAGGAGTC  605

Query 1185  TTCATCATCCAAACCTGGAAAGAAAATCCCAGCAGGAGCTGTTTCTGTATTTTTAGGAGACACGGATGTGTTTG  1258
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  606  TTCATCATCCAAACCTGGAAAGAAAATCCCAGCAGGAGCTGTTTCTGTATTTTTAGGAGACACGGATGTGTTTG  679

Query 1259  GTGCTGCCTCCGTTCCATCAATGAAGGAGCCACAGAAGCCTGAGCAGCCCACTCCAAGGAAAAGCCCCTATGGT  1332
            ||||||||||||||||||||.|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  680  GTGCTGCCTCCGTTCCATCACTGAAGGAGCCACAGAAGCCTGAGCAGCCCACTCCAAGGAAAAGCCCCTATGGT  753

Query 1333  CCCCCTCCCACTGGCCTCTTTGATGATGATGATGGTGATGATGATGACGACTTTTTCTCGGCACCCCACAGCAA  1406
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  754  CCCCCTCCCACTGGCCTCTTTGATGATGATGATGGTGATGATGATGACGACTTTTTCTCGGCACCCCACAGCAA  827

Query 1407  ACCTTCTAAAACAGGCAAAGTCCAATCCACTGCCGATATCTTTGGTGACGAAGAAGGAGATCTGTTCAAAGAAA  1480
            |||||||||||||.||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  828  ACCTTCTAAAACACGCAAAGTCCAATCCACTGCCGATATCTTTGGTGACGAAGAAGGAGATCTGTTCAAAGAAA  901

Query 1481  AAGCCGTAGCATCGCCAGAAGCCACTGTGAGTCAGACAGATGAAAATAAAGCAAGAGCAGAAAAAAAGGTTACC  1554
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  902  AAGCCGTAGCATCGCCAGAAGCCACTGTGAGTCAGACAGATGAAAATAAAGCAAGAGCAGAAAAAAAGGTTACC  975

Query 1555  TTATCTTCCAGCAAAAATCTCAAGCCCTCATCAGAAACAAAGACTCAAAAAGGCTTATTTTCAGATGAGGAGGA  1628
            |||||||.||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  976  TTATCTTACAGCAAAAATCTCAAGCCCTCATCAGAAACAAAGACTCAAAAAGGCTTATTTTCAGATGAGGAGGA  1049

Query 1629  CTCTGAGGATTTGTTTTCTTCTCAAAGTGCGAGTAAGTTAAAAGGTGCGTCTCTGCTGCCTGGCAAGCTCCCCA  1702
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||.|||||||||||.|||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1050  CTCTGAGGATTTGTTTTCTTCTCAAAGTGCGAGTAACTTAAAAGGTGCATCTCTGCTGCCTGGCAAGCTCCCCA  1123

Query 1703  CGTTGGTTTCCCTGTTTGATGATGAAGATGAAGAGGATAATCTTTTTGGGGGTACAGCTGCTAAGAAGCAGACA  1776
            |||.||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1124  CGTCGGTTTCCCTGTTTGATGATGAAGATGAAGAGGATAATCTTTTTGGGGGTACAGCTGCTAAGAAGCAGACA  1197

Query 1777  TTGTGTCTACAAGCTCAGAGAGAAGAGAAAGCAAAAGCCTCCGAGCTCTCCAAAAAGAAAGCATCTGCCCTGTT  1850
            ||||.|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1198  TTGTCTCTACAAGCTCAGAGAGAAGAGAAAGCAAAAGCCTCCGAGCTCTCCAAAAAGAAAGCATCTGCCCTGTT  1271

Query 1851  GTTCAGCAGTGATGAGGAGGACCAGTGGAATATTCCTGCTTCACAGACCCACTTAGCATCTGACAGCAGGTCTA  1924
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1272  GTTCAGCAGTGATGAGGAGGACCAGTGGAATATTCCTGCTTCACAGACCCACTTAGCATCTGACAGCAGGTCTA  1345

Query 1925  AAGGAGAACCCAGGGATTCTGGGACCCTCCAGAGCCAGGAGGCCAAGGCTGTGAAAAAGACCAGTCTCTTTGAG  1998
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1346  AAGGAGAACCCAGGGATTCTGGGACCCTCCAGAGCCAGGAGGCCAAGGCTGTGAAAAAGACCAGTCTCTTTGAG  1419

Query 1999  GAAGACGAAGAAGATGATCTTTTTGCCATTGCCAAGGACAGCCAAAAGAAGACCCAGAGAGTGTCACTCCTCTT  2072
            ||||||.|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1420  GAAGACAAAGAAGATGATCTTTTTGCCATTGCCAAGGACAGCCAAAAGAAGACCCAGAGAGTGTCACTCCTCTT  1493

Query 2073  TGAAGACGATGTTGATAGCGGAGGCTCTCTGTTTGGCTCTCCTCCCACATCTGTTCCTCCTGCAACAAAGAAAA  2146
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1494  TGAAGACGATGTTGATAGCGGAGGCTCTCTGTTTGGCTCTCCTCCCACATCTGTTCCTCCTGCAACAAAGAAAA  1567

Query 2147  AAGAGACTGTCTCTGAGGCACCACCTTTGCTGTTCAGCGATGAAGAAGAGAAGGAGGCACAACTTGGAGTGAAG  2220
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1568  AAGAGACTGTCTCTGAGGCACCACCTTTGCTGTTCAGCGATGAAGAAGAGAAGGAGGCACAACTTGGAGTGAAG  1641

Query 2221  TCTGTGGATAAGAAGGTTGAGAGTGCCAAGGAGTCATTAAAATTTGGGAGAACTGATGTGGCTGAGTCAGAAAA  2294
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1642  TCTGTGGATAAGAAGGTTGAGAGTGCCAAGGAGTCATTAAAATTTGGGAGAACTGATGTGGCTGAGTCAGAAAA  1715

Query 2295  GGAAGGACTTTTGACTAGATCTGCTCAGGAAACAGTCAAGCATTCTGATTTATTTTCTTCATCATCCCCATGGG  2368
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1716  GGAAGGACTTTTGACTAGATCTGCTCAGGAAACAGTCAAGCATTCTGATTTATTTTCTTCATCATCCCCATGGG  1789

Query 2369  ACAAAGGAACCAAGCCTAGAACCAAAACTGTTCTTAGCTTGTTTGATGAGGAAGAGGATAAAATGGAAGATCAA  2442
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1790  ACAAAGGAACCAAGCCTAGAACCAAAACTGTTCTTAGCTTGTTTGATGAGGAAGAGGATAAAATGGAAGATCAA  1863

Query 2443  AACATTATCCAGGCTCCACAGAAAGAAGTAGGAAAGGGCCGCGATCCTGATGCCCACCCCAAGAGCACAGGTGT  2516
            |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||.||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1864  AACATTATCCAGGCTCCACAGAAAGAAGTAGGAAAGGGCTGCGATCCTGATGCCCACCCCAAGAGCACAGGTGT  1937

Query 2517  CTTCCAGGATGAAGAGCTGCTTTTCAGCCACAAGCTCCAAAAGGACAATGACCCAGATGTTGACCTTTTTGCTG  2590
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1938  CTTCCAGGATGAAGAGCTGCTTTTCAGCCACAAGCTCCAAAAGGACAATGACCCAGATGTTGACCTTTTTGCTG  2011

Query 2591  GCACCAAAAAAACCAAGCTGTTAGAGCCAAGTGTTGGGAGCCTGTTTGGGGATGATGAAGATGATGATCTTTTC  2664
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2012  GCACCAAAAAAACCAAGCTGTTAGAGCCAAGTGTTGGGAGCCTGTTTGGGGATGATGAAGATGATGATCTTTTC  2085

Query 2665  AGCTCTGCCAAGTCCCAGCCTTTGGTACAAGAGAAAAAGAGAGTAGTGAAAAAAGACCACTCTGTTGACTCTTT  2738
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||.|||||||
Sbjct 2086  AGCTCTGCCAAGTCCCAGCCTTTGGTACAAGAGAAAAAGAGAGTAGTGAAAAAAGACCACTCTGTTAACTCTTT  2159

Query 2739  CAAAAACCAGAAACATCCTGAATCCATTCAAGGTAGTAAAGAAAAAGGCATATGGAAGCCGGAAACACCTCAGG  2812
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| 
Sbjct 2160  CAAAAACCAGAAACATCCTGAATCCATTCAAGGTAGTAAAGAAAAAGGCATATGGAAGCCGGAAACACCTCAG-  2232

Query 2813  ACTCATCAGGTCTCGCTCCATTTAAAACCAAAGAACCATCCACTCGGATCGGGAAGATACAAGCAAATTTAGCG  2886
                                                                          ||||||||||||
Sbjct 2233  --------------------------------------------------------------GCAAATTTAGCG  2244

Query 2887  ATCAACCCAGCGGCCTTGCTGCCCACAGCGGCTTCCCAGATCTCTGAAGTAAAGCCTGTTTTGCCAGAATTGGC  2960
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2245  ATCAACCCAGCGGCCTTGCTGCCCACAGCGGCTTCCCAGATCTCTGAAGTAAAGCCTGTTTTGCCAGAATTGGC  2318

Query 2961  TTTTCCTTCATCTGAACACAGAAGGAGCTACGGTCTGGAAAGTGTGCCTGTCCTTCCCGGGAGTGGGGAGGCCG  3034
            ||||||||||||||||||||||||||||.|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2319  TTTTCCTTCATCTGAACACAGAAGGAGCCACGGTCTGGAAAGTGTGCCTGTCCTTCCCGGGAGTGGGGAGGCCG  2392

Query 3035  GTGTGAGTTTTGATCTTCCAGCTCAGGCAGACACCTTACACAGTGCAAACAAGAGCCGTGTCAAGATGAGAGGG  3108
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2393  GTGTGAGTTTTGATCTTCCAGCTCAGGCAGACACCTTACACAGTGCAAACAAGAGCCGTGTCAAGATGAGAGGG  2466

Query 3109  AAGCGTAGACCGCAGACCCGTGCAGCTAGGCGGCTGGCTGCTCAGGAGTCCAGCGAGACTGAGGACATGAGCGT  3182
            |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||.||||||||||||||||
Sbjct 2467  AAGCGTAGACCGCAGACCCGTGCAGCTAGGCGGCTGGCTGCTCAGGAGTCCAGCGAGGCTGAGGACATGAGCGT  2540

Query 3183  CCCCAGAGGACCCATTGCACAGTGGGCTGATGGCGCCATTTCCCCAAATGGCCATCGGCCACAGCTCAGAGCAG  3256
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2541  CCCCAGAGGACCCATTGCACAGTGGGCTGATGGCGCCATTTCCCCAAATGGCCATCGGCCACAGCTCAGAGCAG  2614

Query 3257  CCAGTGGAGAAGACAGCACTGAGGAGGCCCTGGCAGCTGCCGCTGCACCTTGGGAAGGTGGTCCTGTGCCTGGA  3330
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2615  CCAGTGGAGAAGACAGCACTGAGGAGGCCCTGGCAGCTGCCGCTGCACCTTGGGAAGGTGGTCCTGTGCCTGGA  2688

Query 3331  GTGGACAGAAGCCCCTTTGCAAAGTCTCTGGGTCATTCCAGAGGGGAGGCTGACCTTTTTGATTCTGGGGACAT  3404
            |||||||.||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2689  GTGGACACAAGCCCCTTTGCAAAGTCTCTGGGTCATTCCAGAGGGGAGGCTGACCTTTTTGATTCTGGGGACAT  2762

Query 3405  CTTTTCCACGGGCACTGGATCTCAGTCTGTGGAGAGAACAAAACCCAAGGCAAAGATAGCAGAGAATCCTGCCA  3478
            .||||||||||||||||||||||||||.||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2763  TTTTTCCACGGGCACTGGATCTCAGTCCGTGGAGAGAACAAAACCCAAGGCAAAGATAGCAGAGAATCCTGCCA  2836

Query 3479  ACCCACCAGTGGGTGGTAAAGCAAAGAGCCCCATGTTTCCTGCTCTAGGTGAGGCCAGCAGTGATGATGATCTC  3552
            |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||.||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2837  ACCCACCAGTGGGTGGTAAAGCAAAGAGCCCCATGTTTCCTGCTCTAGGCGAGGCCAGCAGTGATGATGATCTC  2910

Query 3553  TTTCAGTCTGCTAAACCAAAACCAGCAAAGAAAACAAATCCCTTTCCTCTCCTGGAAGATGAGGATGACCTCTT  3626
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2911  TTTCAGTCTGCTAAACCAAAACCAGCAAAGAAAACAAATCCCTTTCCTCTCCTGGAAGATGAGGATGACCTCTT  2984

Query 3627  TACAGATCAGAAAGTCAAGAAGAATGAGACAAAATCCAATAGTCAGCAGGATGTCATATTAACAACACAAGATA  3700
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||.|||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2985  TACAGATCAGAAAGTCAAGAAGAATGAGACAAAATCCAGTAGTCAGCAGGATGTCATATTAACAACACAAGATA  3058

Query 3701  TTTTTGAGGATGATATATTTGCTACGGAAGCAATTAAACCCTCTCAGAAAACCAGAGAGAAGGAGAAAACATTG  3774
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 3059  TTTTTGAGGATGATATATTTGCTACGGAAGCAATTAAACCCTCTCAGAAAACCAGAGAGAAGGAGAAAACATTG  3132

Query 3775  GAATCTAATTTATTTGATGATAACATTGATATCTTTGCTGACTTAACTGTAAAACCAAAAGAAAAGTCCAAAAA  3848
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 3133  GAATCTAATTTATTTGATGATAACATTGATATCTTTGCTGACTTAACTGTAAAACCAAAAGAAAAGTCCAAAAA  3206

Query 3849  GAAAGTGGAAGCCAAGTCTATATTTGATGATGATATGGATGACATCTTCTCCTCTGGTATCCAGGCTAAGACAA  3922
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||.|||||||||||||||||||||
Sbjct 3207  GAAAGTGGAAGCCAAGTCTATATTTGATGATGATATGGATGACATCTTCTCCACTGGTATCCAGGCTAAGACAA  3280

Query 3923  CCAAACCAAAAAGCCGATCTGCACAGGCCGCACCTGAACCAAGATTTGAACACAAGGTGTCCAACATCTTTGAT  3996
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 3281  CCAAACCAAAAAGCCGATCTGCACAGGCCGCACCTGAACCAAGATTTGAACACAAGGTGTCCAACATCTTTGAT  3354

Query 3997  GATCCCCTGAATGCCTTTGGAGGCCAG  4023
            |||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 3355  GATCCCCTGAATGCCTTTGGAGGCCAG  3381