Nucleotide Global Alignment
Description
- Query:
- ccsbBroadEn_10086
- Subject:
- NM_001367414.1
- Aligned Length:
- 4023
- Identities:
- 3356
- Gaps:
- 642
Alignment
Query 1 ATGATGAACCGGACGACCCCCGACCAGGAGCTGGCGCCAGCGTCGGAGCCCGTGTGGGAGCGGCCGTGGTCGGT 74
Sbjct 1 -------------------------------------------------------------------------- 0
Query 75 GGAGGAGATCCGCAGGAGCAGCCAGAGCTGGTCGCTGGCGGCCGACGCGGGCCTACTACAGTTTCTACAGGAAT 148
Sbjct 1 -------------------------------------------------------------------------- 0
Query 149 TCTCACAGCAAACTATCTCTAGGACCCATGAAATCAAGAAACAAGTGGACGGACTAATTCGGGAAACCAAAGCC 222
Sbjct 1 -------------------------------------------------------------------------- 0
Query 223 ACAGATTGTCGCCTGCATAATGTCTTCAATGACTTCCTTATGCTCTCTAATACCCAGTTCATTGAGAATCGTGT 296
Sbjct 1 -------------------------------------------------------------------------- 0
Query 297 ATATGATGAAGAAGTGGAGGAGCCAGTACTCAAGGCTGAGGCAGAAAAAACAGAGCAGGAGAAGACACGAGAGC 370
Sbjct 1 -------------------------------------------------------------------------- 0
Query 371 AGAAAGAAGTAGATCTCATTCCTAAAGTCCAGGAGGCTGTGAACTATGGCTTACAAGTATTGGACAGTGCCTTT 444
Sbjct 1 -------------------------------------------------------------------------- 0
Query 445 GAGCAACTTGATATCAAAGCAGGAAACTCAGACTCCGAGGAAGATGATGCTAATGGGCGGGTGGAACTGATCCT 518
Sbjct 1 -------------------------------------------------------------------------- 0
Query 519 TGAACCAAAGGATCTATACATTGATCGTCCTTTACCATATCTCATTGGGTCAAAGCTGTTCATGGAACAAGAAG 592
|||||||||||||
Sbjct 1 -------------------------------------------------------------ATGGAACAAGAAG 13
Query 593 ATGTAGGTCTTGGAGAGCTGTCCAGTGAAGAAGGCTCTGTAGGCAGTGATCGTGGCAGTATTGTGGACACTGAG 666
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 14 ATGTAGGTCTTGGAGAGCTGTCCAGTGAAGAAGGCTCTGTAGGCAGTGATCGTGGCAGTATTGTGGACACTGAG 87
Query 667 GAAGAGAAAGAAGAGGAGGAGTCAGATGAAGATTTTGCCCATCATAGTGACAATGAACAAAACCGGCACACCAC 740
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||.|||||||||||||||||||.|||||||||
Sbjct 88 GAAGAGAAAGAAGAGGAGGAGTCAGATGAAGATTTTGCCCATCACAGTGACAATGAACAAAACCAGCACACCAC 161
Query 741 ACAAATGAGTGATGAGGAAGAGGATGATGATGGCTGTGACCTTTTCGCTGACTCTGAGAAGGAGGAGGAAGATA 814
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||.||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 162 ACAAATGAGTGATGAGGAAGAGGATGATGATGGCTGTGACCTTTTTGCTGACTCTGAGAAGGAGGAGGAAGATA 235
Query 815 TTGAGGACATTGAAGAAAATACTAGACCTAAAAGAAGCAGACCTACATCGTTTGCAGATGAGCTGGCTGCCCGC 888
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 236 TTGAGGACATTGAAGAAAATACTAGACCTAAAAGAAGCAGACCTACATCGTTTGCAGATGAGCTGGCTGCCCGC 309
Query 889 ATCAAGGGGGATGCCGTGGGTCGAGTGGACGAGGAGCCGACAACCTTACCCTCAGGAGAAGCAAAACCTCGGAA 962
|||||||||||||||.||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 310 ATCAAGGGGGATGCCATGGGTCGAGTGGACGAGGAGCCGACAACCTTACCCTCAGGAGAAGCAAAACCTCGGAA 383
Query 963 GACACTCAAAGAGAAGAAGGAAAGGAGAACTCCTTCAGACGATGAAGAGGATAACTTATTCGCACCCCCCAAGC 1036
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 384 GACACTCAAAGAGAAGAAGGAAAGGAGAACTCCTTCAGACGATGAAGAGGATAACTTATTCGCACCCCCCAAGC 457
Query 1037 TGACCGACGAGGACTTCTCGCCATTTGGCTCTGGAGGTGGCCTGTTCAGTGGGGGCAAGGGGCTCTTTGATGAT 1110
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||.|||||||||||.|||||||||
Sbjct 458 TGACCGACGAGGACTTCTCGCCATTTGGCTCTGGAGGTGGCCTGTTCAGTGGCGGCAAGGGGCTATTTGATGAT 531
Query 1111 GAGGACGAGGAGAGTGACCTCTTCACGGAAGCCCCCCAGGATCGGCAAGCTGGAGCCTCTGTTAAGGAGGAGTC 1184
|||||||||||||||||||||||||||||||||.||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 532 GAGGACGAGGAGAGTGACCTCTTCACGGAAGCCTCCCAGGATCGGCAAGCTGGAGCCTCTGTTAAGGAGGAGTC 605
Query 1185 TTCATCATCCAAACCTGGAAAGAAAATCCCAGCAGGAGCTGTTTCTGTATTTTTAGGAGACACGGATGTGTTTG 1258
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 606 TTCATCATCCAAACCTGGAAAGAAAATCCCAGCAGGAGCTGTTTCTGTATTTTTAGGAGACACGGATGTGTTTG 679
Query 1259 GTGCTGCCTCCGTTCCATCAATGAAGGAGCCACAGAAGCCTGAGCAGCCCACTCCAAGGAAAAGCCCCTATGGT 1332
||||||||||||||||||||.|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 680 GTGCTGCCTCCGTTCCATCACTGAAGGAGCCACAGAAGCCTGAGCAGCCCACTCCAAGGAAAAGCCCCTATGGT 753
Query 1333 CCCCCTCCCACTGGCCTCTTTGATGATGATGATGGTGATGATGATGACGACTTTTTCTCGGCACCCCACAGCAA 1406
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 754 CCCCCTCCCACTGGCCTCTTTGATGATGATGATGGTGATGATGATGACGACTTTTTCTCGGCACCCCACAGCAA 827
Query 1407 ACCTTCTAAAACAGGCAAAGTCCAATCCACTGCCGATATCTTTGGTGACGAAGAAGGAGATCTGTTCAAAGAAA 1480
|||||||||||||.||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 828 ACCTTCTAAAACACGCAAAGTCCAATCCACTGCCGATATCTTTGGTGACGAAGAAGGAGATCTGTTCAAAGAAA 901
Query 1481 AAGCCGTAGCATCGCCAGAAGCCACTGTGAGTCAGACAGATGAAAATAAAGCAAGAGCAGAAAAAAAGGTTACC 1554
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 902 AAGCCGTAGCATCGCCAGAAGCCACTGTGAGTCAGACAGATGAAAATAAAGCAAGAGCAGAAAAAAAGGTTACC 975
Query 1555 TTATCTTCCAGCAAAAATCTCAAGCCCTCATCAGAAACAAAGACTCAAAAAGGCTTATTTTCAGATGAGGAGGA 1628
|||||||.||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 976 TTATCTTACAGCAAAAATCTCAAGCCCTCATCAGAAACAAAGACTCAAAAAGGCTTATTTTCAGATGAGGAGGA 1049
Query 1629 CTCTGAGGATTTGTTTTCTTCTCAAAGTGCGAGTAAGTTAAAAGGTGCGTCTCTGCTGCCTGGCAAGCTCCCCA 1702
||||||||||||||||||||||||||||||||||||.|||||||||||.|||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1050 CTCTGAGGATTTGTTTTCTTCTCAAAGTGCGAGTAACTTAAAAGGTGCATCTCTGCTGCCTGGCAAGCTCCCCA 1123
Query 1703 CGTTGGTTTCCCTGTTTGATGATGAAGATGAAGAGGATAATCTTTTTGGGGGTACAGCTGCTAAGAAGCAGACA 1776
|||.||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1124 CGTCGGTTTCCCTGTTTGATGATGAAGATGAAGAGGATAATCTTTTTGGGGGTACAGCTGCTAAGAAGCAGACA 1197
Query 1777 TTGTGTCTACAAGCTCAGAGAGAAGAGAAAGCAAAAGCCTCCGAGCTCTCCAAAAAGAAAGCATCTGCCCTGTT 1850
||||.|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1198 TTGTCTCTACAAGCTCAGAGAGAAGAGAAAGCAAAAGCCTCCGAGCTCTCCAAAAAGAAAGCATCTGCCCTGTT 1271
Query 1851 GTTCAGCAGTGATGAGGAGGACCAGTGGAATATTCCTGCTTCACAGACCCACTTAGCATCTGACAGCAGGTCTA 1924
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1272 GTTCAGCAGTGATGAGGAGGACCAGTGGAATATTCCTGCTTCACAGACCCACTTAGCATCTGACAGCAGGTCTA 1345
Query 1925 AAGGAGAACCCAGGGATTCTGGGACCCTCCAGAGCCAGGAGGCCAAGGCTGTGAAAAAGACCAGTCTCTTTGAG 1998
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1346 AAGGAGAACCCAGGGATTCTGGGACCCTCCAGAGCCAGGAGGCCAAGGCTGTGAAAAAGACCAGTCTCTTTGAG 1419
Query 1999 GAAGACGAAGAAGATGATCTTTTTGCCATTGCCAAGGACAGCCAAAAGAAGACCCAGAGAGTGTCACTCCTCTT 2072
||||||.|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1420 GAAGACAAAGAAGATGATCTTTTTGCCATTGCCAAGGACAGCCAAAAGAAGACCCAGAGAGTGTCACTCCTCTT 1493
Query 2073 TGAAGACGATGTTGATAGCGGAGGCTCTCTGTTTGGCTCTCCTCCCACATCTGTTCCTCCTGCAACAAAGAAAA 2146
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1494 TGAAGACGATGTTGATAGCGGAGGCTCTCTGTTTGGCTCTCCTCCCACATCTGTTCCTCCTGCAACAAAGAAAA 1567
Query 2147 AAGAGACTGTCTCTGAGGCACCACCTTTGCTGTTCAGCGATGAAGAAGAGAAGGAGGCACAACTTGGAGTGAAG 2220
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1568 AAGAGACTGTCTCTGAGGCACCACCTTTGCTGTTCAGCGATGAAGAAGAGAAGGAGGCACAACTTGGAGTGAAG 1641
Query 2221 TCTGTGGATAAGAAGGTTGAGAGTGCCAAGGAGTCATTAAAATTTGGGAGAACTGATGTGGCTGAGTCAGAAAA 2294
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1642 TCTGTGGATAAGAAGGTTGAGAGTGCCAAGGAGTCATTAAAATTTGGGAGAACTGATGTGGCTGAGTCAGAAAA 1715
Query 2295 GGAAGGACTTTTGACTAGATCTGCTCAGGAAACAGTCAAGCATTCTGATTTATTTTCTTCATCATCCCCATGGG 2368
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1716 GGAAGGACTTTTGACTAGATCTGCTCAGGAAACAGTCAAGCATTCTGATTTATTTTCTTCATCATCCCCATGGG 1789
Query 2369 ACAAAGGAACCAAGCCTAGAACCAAAACTGTTCTTAGCTTGTTTGATGAGGAAGAGGATAAAATGGAAGATCAA 2442
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1790 ACAAAGGAACCAAGCCTAGAACCAAAACTGTTCTTAGCTTGTTTGATGAGGAAGAGGATAAAATGGAAGATCAA 1863
Query 2443 AACATTATCCAGGCTCCACAGAAAGAAGTAGGAAAGGGCCGCGATCCTGATGCCCACCCCAAGAGCACAGGTGT 2516
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||.||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1864 AACATTATCCAGGCTCCACAGAAAGAAGTAGGAAAGGGCTGCGATCCTGATGCCCACCCCAAGAGCACAGGTGT 1937
Query 2517 CTTCCAGGATGAAGAGCTGCTTTTCAGCCACAAGCTCCAAAAGGACAATGACCCAGATGTTGACCTTTTTGCTG 2590
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1938 CTTCCAGGATGAAGAGCTGCTTTTCAGCCACAAGCTCCAAAAGGACAATGACCCAGATGTTGACCTTTTTGCTG 2011
Query 2591 GCACCAAAAAAACCAAGCTGTTAGAGCCAAGTGTTGGGAGCCTGTTTGGGGATGATGAAGATGATGATCTTTTC 2664
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2012 GCACCAAAAAAACCAAGCTGTTAGAGCCAAGTGTTGGGAGCCTGTTTGGGGATGATGAAGATGATGATCTTTTC 2085
Query 2665 AGCTCTGCCAAGTCCCAGCCTTTGGTACAAGAGAAAAAGAGAGTAGTGAAAAAAGACCACTCTGTTGACTCTTT 2738
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||.|||||||
Sbjct 2086 AGCTCTGCCAAGTCCCAGCCTTTGGTACAAGAGAAAAAGAGAGTAGTGAAAAAAGACCACTCTGTTAACTCTTT 2159
Query 2739 CAAAAACCAGAAACATCCTGAATCCATTCAAGGTAGTAAAGAAAAAGGCATATGGAAGCCGGAAACACCTCAGG 2812
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2160 CAAAAACCAGAAACATCCTGAATCCATTCAAGGTAGTAAAGAAAAAGGCATATGGAAGCCGGAAACACCTCAG- 2232
Query 2813 ACTCATCAGGTCTCGCTCCATTTAAAACCAAAGAACCATCCACTCGGATCGGGAAGATACAAGCAAATTTAGCG 2886
||||||||||||
Sbjct 2233 --------------------------------------------------------------GCAAATTTAGCG 2244
Query 2887 ATCAACCCAGCGGCCTTGCTGCCCACAGCGGCTTCCCAGATCTCTGAAGTAAAGCCTGTTTTGCCAGAATTGGC 2960
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2245 ATCAACCCAGCGGCCTTGCTGCCCACAGCGGCTTCCCAGATCTCTGAAGTAAAGCCTGTTTTGCCAGAATTGGC 2318
Query 2961 TTTTCCTTCATCTGAACACAGAAGGAGCTACGGTCTGGAAAGTGTGCCTGTCCTTCCCGGGAGTGGGGAGGCCG 3034
||||||||||||||||||||||||||||.|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2319 TTTTCCTTCATCTGAACACAGAAGGAGCCACGGTCTGGAAAGTGTGCCTGTCCTTCCCGGGAGTGGGGAGGCCG 2392
Query 3035 GTGTGAGTTTTGATCTTCCAGCTCAGGCAGACACCTTACACAGTGCAAACAAGAGCCGTGTCAAGATGAGAGGG 3108
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2393 GTGTGAGTTTTGATCTTCCAGCTCAGGCAGACACCTTACACAGTGCAAACAAGAGCCGTGTCAAGATGAGAGGG 2466
Query 3109 AAGCGTAGACCGCAGACCCGTGCAGCTAGGCGGCTGGCTGCTCAGGAGTCCAGCGAGACTGAGGACATGAGCGT 3182
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||.||||||||||||||||
Sbjct 2467 AAGCGTAGACCGCAGACCCGTGCAGCTAGGCGGCTGGCTGCTCAGGAGTCCAGCGAGGCTGAGGACATGAGCGT 2540
Query 3183 CCCCAGAGGACCCATTGCACAGTGGGCTGATGGCGCCATTTCCCCAAATGGCCATCGGCCACAGCTCAGAGCAG 3256
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2541 CCCCAGAGGACCCATTGCACAGTGGGCTGATGGCGCCATTTCCCCAAATGGCCATCGGCCACAGCTCAGAGCAG 2614
Query 3257 CCAGTGGAGAAGACAGCACTGAGGAGGCCCTGGCAGCTGCCGCTGCACCTTGGGAAGGTGGTCCTGTGCCTGGA 3330
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2615 CCAGTGGAGAAGACAGCACTGAGGAGGCCCTGGCAGCTGCCGCTGCACCTTGGGAAGGTGGTCCTGTGCCTGGA 2688
Query 3331 GTGGACAGAAGCCCCTTTGCAAAGTCTCTGGGTCATTCCAGAGGGGAGGCTGACCTTTTTGATTCTGGGGACAT 3404
|||||||.||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2689 GTGGACACAAGCCCCTTTGCAAAGTCTCTGGGTCATTCCAGAGGGGAGGCTGACCTTTTTGATTCTGGGGACAT 2762
Query 3405 CTTTTCCACGGGCACTGGATCTCAGTCTGTGGAGAGAACAAAACCCAAGGCAAAGATAGCAGAGAATCCTGCCA 3478
.||||||||||||||||||||||||||.||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2763 TTTTTCCACGGGCACTGGATCTCAGTCCGTGGAGAGAACAAAACCCAAGGCAAAGATAGCAGAGAATCCTGCCA 2836
Query 3479 ACCCACCAGTGGGTGGTAAAGCAAAGAGCCCCATGTTTCCTGCTCTAGGTGAGGCCAGCAGTGATGATGATCTC 3552
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||.||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2837 ACCCACCAGTGGGTGGTAAAGCAAAGAGCCCCATGTTTCCTGCTCTAGGCGAGGCCAGCAGTGATGATGATCTC 2910
Query 3553 TTTCAGTCTGCTAAACCAAAACCAGCAAAGAAAACAAATCCCTTTCCTCTCCTGGAAGATGAGGATGACCTCTT 3626
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2911 TTTCAGTCTGCTAAACCAAAACCAGCAAAGAAAACAAATCCCTTTCCTCTCCTGGAAGATGAGGATGACCTCTT 2984
Query 3627 TACAGATCAGAAAGTCAAGAAGAATGAGACAAAATCCAATAGTCAGCAGGATGTCATATTAACAACACAAGATA 3700
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||.|||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2985 TACAGATCAGAAAGTCAAGAAGAATGAGACAAAATCCAGTAGTCAGCAGGATGTCATATTAACAACACAAGATA 3058
Query 3701 TTTTTGAGGATGATATATTTGCTACGGAAGCAATTAAACCCTCTCAGAAAACCAGAGAGAAGGAGAAAACATTG 3774
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 3059 TTTTTGAGGATGATATATTTGCTACGGAAGCAATTAAACCCTCTCAGAAAACCAGAGAGAAGGAGAAAACATTG 3132
Query 3775 GAATCTAATTTATTTGATGATAACATTGATATCTTTGCTGACTTAACTGTAAAACCAAAAGAAAAGTCCAAAAA 3848
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 3133 GAATCTAATTTATTTGATGATAACATTGATATCTTTGCTGACTTAACTGTAAAACCAAAAGAAAAGTCCAAAAA 3206
Query 3849 GAAAGTGGAAGCCAAGTCTATATTTGATGATGATATGGATGACATCTTCTCCTCTGGTATCCAGGCTAAGACAA 3922
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||.|||||||||||||||||||||
Sbjct 3207 GAAAGTGGAAGCCAAGTCTATATTTGATGATGATATGGATGACATCTTCTCCACTGGTATCCAGGCTAAGACAA 3280
Query 3923 CCAAACCAAAAAGCCGATCTGCACAGGCCGCACCTGAACCAAGATTTGAACACAAGGTGTCCAACATCTTTGAT 3996
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 3281 CCAAACCAAAAAGCCGATCTGCACAGGCCGCACCTGAACCAAGATTTGAACACAAGGTGTCCAACATCTTTGAT 3354
Query 3997 GATCCCCTGAATGCCTTTGGAGGCCAG 4023
|||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 3355 GATCCCCTGAATGCCTTTGGAGGCCAG 3381