Nucleotide Global Alignment

Description

• Query: ccsbBroadEn_10427
• Subject: NM_001322218.2
• Aligned Length: 3674
• Identities: 3483
• Gaps: 169

Alignment

Query    1  ------------------ATGGCGGGAGCCTTAATCGGGTCGGAGCCAGGCCCCGCGGAAGAACTTGCCAAACT  56
                              ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct    1  ATGGCTGTGGCTGTAGCCATGGCGGGAGCCTTAATCGGGTCGGAGCCAGGCCCCGCGGAAGAACTTGCCAAACT  74

Query   57  CGAGTACCTGTCTTTGGTGTCAAAGGTTTGCACTGAGCTGGACAATCACTTGGGGATCAACGACAAGGACCTTG  130
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct   75  CGAGTACCTGTCTTTGGTGTCAAAGGTTTGCACTGAGCTGGACAATCACTTGGGGATCAACGACAAGGACCTTG  148

Query  131  CTGAATTTGTGATCAGTCTTGCTGAGAAAAATACCACCTTTGATACTTTTAAGGCTTCTCTCGTCAAAAATGGT  204
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  149  CTGAATTTGTGATCAGTCTTGCTGAGAAAAATACCACCTTTGATACTTTTAAGGCTTCTCTCGTCAAAAATGGT  222

Query  205  GCAGAATTTACGGATTCTCTTATTAGTAACTTGCTGCGTCTCATACAAACCATGCGGCCTCCAGCGAAGCCTTC  278
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  223  GCAGAATTTACGGATTCTCTTATTAGTAACTTGCTGCGTCTCATACAAACCATGCGGCCTCCAGCGAAGCCTTC  296

Query  279  CACTAGCAAAGATCCAGTTGTTAAACCTAAAACAGAAAAAGAAAAGCTGAAGGAACTCTTCCCAGTCCTTTGCC  352
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  297  CACTAGCAAAGATCCAGTTGTTAAACCTAAAACAGAAAAAGAAAAGCTGAAGGAACTCTTCCCAGTCCTTTGCC  370

Query  353  AACCGGACAACCCTTCTGTTCGGACCATGTTGGATGAAGATGATGTGAAAGTTGCTGTGGATGTCCTGAAAGAA  426
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  371  AACCGGACAACCCTTCTGTTCGGACCATGTTGGATGAAGATGATGTGAAAGTTGCTGTGGATGTCCTGAAAGAA  444

Query  427  CTGGAAGCTTTAATGCCCAGCGCAGCAGGCCAGGAGAAGCAAAGAGATGCTGAACACCGGGACAGGACAAAGAA  500
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||      ||||||||||
Sbjct  445  CTGGAAGCTTTAATGCCCAGCGCAGCAGGCCAGGAGAAGCAAAGAGATGCTGAACACC------GGACAAAGAA  512

Query  501  GAAGAAGCGGAGTCGAAGCCGAGATCGAAACCGAGATCGAGACAGAGATAGGGAACGAAACCGAGATAGAGACC  574
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  513  GAAGAAGCGGAGTCGAAGCCGAGATCGAAACCGAGATCGAGACAGAGATAGGGAACGAAACCGAGATAGAGACC  586

Query  575  ACAAGCGGAGACACCGATCCCGCTCTCGATCACGTTCCAGGACCCGGGAGAGGAATAAAGTGAAGTCTAGATAT  648
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  587  ACAAGCGGAGACACCGATCCCGCTCTCGATCACGTTCCAGGACCCGGGAGAGGAATAAAGTGAAGTCTAGATAT  660

Query  649  CGGTCCAGGAGCAGGAGTCAGAGTCCCCCCAAAGACCGGAAGGACCGGGACAAATATGGAGAGCGGAATCTGGA  722
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  661  CGGTCCAGGAGCAGGAGTCAGAGTCCCCCCAAAGACCGGAAGGACCGGGACAAATATGGAGAGCGGAATCTGGA  734

Query  723  TAGATGGCGGGATAAGCATGTGGACCGCCCTCCTCCAGAAGAGCCCACCATTGGTGACATTTATAATGGCAAAG  796
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  735  TAGATGGCGGGATAAGCATGTGGACCGCCCTCCTCCAGAAGAGCCCACCATTGGTGACATTTATAATGGCAAAG  808

Query  797  TTACCAGCATCATGCAGTTTGGTTGCTTTGTGCAGCTGGAAGGACTAAGGAAGCGGTGGGAAGGCCTGGTGCAC  870
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  809  TTACCAGCATCATGCAGTTTGGTTGCTTTGTGCAGCTGGAAGGACTAAGGAAGCGGTGGGAAGGCCTGGTGCAC  882

Query  871  ATCTCTGAGCTCCGGCGGGAGGGTCGTGTGGCCAATGTAGCTGATGTCGTGAGCAAAGGCCAGAGGGTCAAAGT  944
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  883  ATCTCTGAGCTCCGGCGGGAGGGTCGTGTGGCCAATGTAGCTGATGTCGTGAGCAAAGGCCAGAGGGTCAAAGT  956

Query  945  CAAAGTGCTGTCCTTCACTGGGACCAAGACCAGCCTGAGCATGAAGGATGTGGATCAAGAGACTGGAGAAGATC  1018
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  957  CAAAGTGCTGTCCTTCACTGGGACCAAGACCAGCCTGAGCATGAAGGATGTGGATCAAGAGACTGGAGAAGATC  1030

Query 1019  TAAACCCAAATAGACGGCGAAATCTTGTCGGGGAGACCAATGAGGAGACCTCAATGCGGAATCCTGATAGACCC  1092
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1031  TAAACCCAAATAGACGGCGAAATCTTGTCGGGGAGACCAATGAGGAGACCTCAATGCGGAATCCTGATAGACCC  1104

Query 1093  ACTCACTTGTCCCTTGTCAGTGCTCCTGAAGTAGAGGACGACTCACTGGAACGCAAGCGCCTCACCCGAATCTC  1166
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1105  ACTCACTTGTCCCTTGTCAGTGCTCCTGAAGTAGAGGACGACTCACTGGAACGCAAGCGCCTCACCCGAATCTC  1178

Query 1167  TGACCCAGAGAAGTGGGAGATCAAACAGATGATTGCTGCCAATGTCCTTTCCAAAGAAGAATTTCCAGACTTTG  1240
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1179  TGACCCAGAGAAGTGGGAGATCAAACAGATGATTGCTGCCAATGTCCTTTCCAAAGAAGAATTTCCAGACTTTG  1252

Query 1241  ATGAAGAGACTGGCATTCTCCCTAAGGTGGATGATGAAGAAGATGAGGACCTTGAGATTGAATTGGTTGAGGAA  1314
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1253  ATGAAGAGACTGGCATTCTCCCTAAGGTGGATGATGAAGAAGATGAGGACCTTGAGATTGAATTGGTTGAGGAA  1326

Query 1315  GAGCCTCCATTCCTGAGAGGGCACACTAAGCAAAGCATGGACATGAGCCCCATTAAAATTGTCAAGAACCCAGA  1388
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1327  GAGCCTCCATTCCTGAGAGGGCACACTAAGCAAAGCATGGACATGAGCCCCATTAAAATTGTCAAGAACCCAGA  1400

Query 1389  CGGCTCCCTCTCCCAAGCAGCAATGATGCAGAGTGCCTTGGCCAAAGAAAGGCGGGAACTCAAACAGGCCCAGC  1462
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1401  CGGCTCCCTCTCCCAAGCAGCAATGATGCAGAGTGCCTTGGCCAAAGAAAGGCGGGAACTCAAACAGGCCCAGC  1474

Query 1463  GGGAAGCTGAGATGGATTCTATTCCCATGGGACTCAACAAACACTGGGTTGACCCTCTGCCTGATGCGGAAGGC  1536
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1475  GGGAAGCTGAGATGGATTCTATTCCCATGGGACTCAACAAACACTGGGTTGACCCTCTGCCTGATGCGGAAGGC  1548

Query 1537  AGACAGATTGCTGCCAACATGAGGGGTATTGGGATGATGCCCAATGATATTCCTGAGTGGAAGAAGCATGCCTT  1610
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1549  AGACAGATTGCTGCCAACATGAGGGGTATTGGGATGATGCCCAATGATATTCCTGAGTGGAAGAAGCATGCCTT  1622

Query 1611  TGGGGGCAACAAAGCCTCTTACGGAAAAAAGACCCAGATGTCAATCCTTGAGCAGAGGGAGAGCCTGCCCATCT  1684
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1623  TGGGGGCAACAAAGCCTCTTACGGAAAAAAGACCCAGATGTCAATCCTTGAGCAGAGGGAGAGCCTGCCCATCT  1696

Query 1685  ACAAACTGAAGGAGCAATTGGTCCAGGCCGTCCATGACAATCAGATCCTGATTGTCATTGGTGAGACAGGATCT  1758
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1697  ACAAACTGAAGGAGCAATTGGTCCAGGCCGTCCATGACAATCAGATCCTGATTGTCATTGGTGAGACAGGATCT  1770

Query 1759  GGAAAGACAACACAGATCACCCAGTACCTGGCGGAGGCAGGCTACACTTCCAGGGGCAAGATTGGGTGTACCCA  1832
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1771  GGAAAGACAACACAGATCACCCAGTACCTGGCGGAGGCAGGCTACACTTCCAGGGGCAAGATTGGGTGTACCCA  1844

Query 1833  GCCCAGAAGAGTGGCAGCTATGTCGGTGGCCAAAAGAGTGTCAGAGGAGTTTGGTTGTTGCTTAGGCCAAGAGG  1906
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1845  GCCCAGAAGAGTGGCAGCTATGTCGGTGGCCAAAAGAGTGTCAGAGGAGTTTGGTTGTTGCTTAGGCCAAGAGG  1918

Query 1907  TGGGCTACACCATTCGATTTGAGGACTGCACTAGCCCTGAAACAGTCATCAAGTACATGACAGATGGGATGTTG  1980
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1919  TGGGCTACACCATTCGATTTGAGGACTGCACTAGCCCTGAAACAGTCATCAAGTACATGACAGATGGGATGTTG  1992

Query 1981  CTTAGAGAGTGCTTGATTGACCCTGACCTCACTCAGTACGCGATCATCATGTTGGACGAGGCACATGAGAGGAC  2054
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1993  CTTAGAGAGTGCTTGATTGACCCTGACCTCACTCAGTACGCGATCATCATGTTGGACGAGGCACATGAGAGGAC  2066

Query 2055  AATTCACACTGATGTGCTCTTTGGATTGTTGAAAAAGACAGTTCAGAAACGGCAGGACATGAAGCTGATTGTCA  2128
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2067  AATTCACACTGATGTGCTCTTTGGATTGTTGAAAAAGACAGTTCAGAAACGGCAGGACATGAAGCTGATTGTCA  2140

Query 2129  CCTCAGCCACCTTGGATGCAGTGAAGTTTTCTCAATACTTCTATGAAGCTCCCATTTTCACCATCCCAGGTCGA  2202
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2141  CCTCAGCCACCTTGGATGCAGTGAAGTTTTCTCAATACTTCTATGAAGCTCCCATTTTCACCATCCCAGGTCGA  2214

Query 2203  ACATATCCAGTGGAAATACTGTACACAAAGGAACCTGAGACAGATTATCTGGATGCCAGCCTGATTACTGTTAT  2276
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2215  ACATATCCAGTGGAAATACTGTACACAAAGGAACCTGAGACAGATTATCTGGATGCCAGCCTGATTACTGTTAT  2288

Query 2277  GCAGATTCATTTAACAGAACCACCAGGTGATATCCTGGTCTTCCTGACTGGTCAGGAAGAAATTGATACTGCTT  2350
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2289  GCAGATTCATTTAACAGAACCACCAGGTGATATCCTGGTCTTCCTGACTGGTCAGGAAGAAATTGATACTGCTT  2362

Query 2351  GTGAGATCCTGTATGAAAGAATGAAATCCCTGGGACCTGATGTTCCAGAGTTAATTATCCTCCCAGTGTACTCT  2424
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2363  GTGAGATCCTGTATGAAAGAATGAAATCCCTGGGACCTGATGTTCCAGAGTTAATTATCCTCCCAGTGTACTCT  2436

Query 2425  GCTCTTCCCAGTGAGATGCAGACCCGAATCTTTGACCCAGCTCCACCAGGCAGCAGAAAGGTTGTGATTGCCAC  2498
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2437  GCTCTTCCCAGTGAGATGCAGACCCGAATCTTTGACCCAGCTCCACCAGGCAGCAGAAAGGTTGTGATTGCCAC  2510

Query 2499  CAATATCGCAGAGACATCGCTGACTATTGATGGTATCTACTATGTGGTGGACCCAGGATTCGTGAAACAGAAAG  2572
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2511  CAATATCGCAGAGACATCGCTGACTATTGATGGTATCTACTATGTGGTGGACCCAGGATTCGTGAAACAGAAAG  2584

Query 2573  TTTACAATTCCAAGACAGGGATTGACCAGCTCGTGGTGACGCCTATTTCTCAGGCTCAGGCAAAGCAACGAGCT  2646
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2585  TTTACAATTCCAAGACAGGGATTGACCAGCTCGTGGTGACGCCTATTTCTCAGGCTCAGGCAAAGCAACGAGCT  2658

Query 2647  GGCAGAGCTGGGAGAACAGGCCCAGGGAAGTGTTACAGGTTGTACACAGAACGTGCCTACCGAGATGAAATGCT  2720
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2659  GGCAGAGCTGGGAGAACAGGCCCAGGGAAGTGTTACAGGTTGTACACAGAACGTGCCTACCGAGATGAAATGCT  2732

Query 2721  GACCACCAACGTGCCGGAAATCCAGAGAACCAACTTAGCAAGCACAGTGCTGTCACTCAAGGCCATGGGTATCA  2794
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2733  GACCACCAACGTGCCGGAAATCCAGAGAACCAACTTAGCAAGCACAGTGCTGTCACTCAAGGCCATGGGTATCA  2806

Query 2795  ATGATCTGCTGTCCTTTGATTTCATGGATGCCCCACCTATGGAAACTTTGATCACAGCCATGGAGCAGCTGTAC  2868
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2807  ATGATCTGCTGTCCTTTGATTTCATGGATGCCCCACCTATGGAAACTTTGATCACAGCCATGGAGCAGCTGTAC  2880

Query 2869  ACACTGGGGGCCCTGGATGACGAGGGCCTGCTCACTCGCTTGGGCCGCCGGATGGCAGAGTTCCCTCTGGAGCC  2942
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2881  ACACTGGGGGCCCTGGATGACGAGGGCCTGCTCACTCGCTTGGGCCGCCGGATGGCAGAGTTCCCTCTGGAGCC  2954

Query 2943  AATGCTATGCAAAATGCTCATCATGTCTGTGCATCTGGGCTGCAGTGAGGAAATGCTGACCATTGTATCCATGC  3016
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2955  AATGCTATGCAAAATGCTCATCATGTCTGTGCATCTGGGCTGCAGTGAGGAAATGCTGACCATTGTATCCATGC  3028

Query 3017  TGTCTGTGCAGAACGTCTTCTATAGGCCCAAGGATAAACAAGCCCTTGCAGATCAGAAGAAGGCCAAGTTCCAC  3090
            |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||.||||||
Sbjct 3029  TGTCTGTGCAGAACGTCTTCTATAGGCCCAAGGATAAACAAGCCCTTGCAGATCAGAAGAAGGCCAAATTCCAC  3102

Query 3091  CAGACTGAAGGGGACCACCTCACCCTGCTAGCTGTGTACAACTCCTGGAAGAACAACAAGTTCTCCAACCCATG  3164
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 3103  CAGACTGAAGGGGACCACCTCACCCTGCTAGCTGTGTACAACTCCTGGAAGAACAACAAGTTCTCCAACCCATG  3176

Query 3165  GTGCTATGAGAACTTTATCAAGGCTCGTTCCCTGCGCCGGGCCCAGGACATTCGCAAGCAGATGTTAGGCATAA  3238
            |||||||||||||||||||.||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 3177  GTGCTATGAGAACTTTATCCAGGCTCGTTCCCTGCGCCGGGCCCAGGACATTCGCAAGCAGATGTTAGGCATAA  3250

Query 3239  TGGACAGACACAAGCTGGATGTTGTTTCCTGTGGCAAGTCCACAGTCCGAGTGCAGAAGGCCATCTGCAGTGGG  3312
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 3251  TGGACAGACACAAGCTGGATGTTGTTTCCTGTGGCAAGTCCACAGTCCGAGTGCAGAAGGCCATCTGCAGTGGG  3324

Query 3313  TTCTTCCGTAATGCTGCCAAGAAAGACCCGCAGGAGGGTTACCGGACACTGATCGACCAGCAGGTGGTCTATAT  3386
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 3325  TTCTTCCGTAATGCTGCCAAGAAAGACCCGCAGGAGGGTTACCGGACACTGATCGACCAGCAGGTGGTCTATAT  3398

Query 3387  CCATCCTTCCAGTGCCCTCTTCAACAGACAGCCAGAATGGGTGGTGTACCATGAGCTGGTGCTCACCACCAAGG  3460
            |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||                           |.|.|||.
Sbjct 3399  CCATCCTTCCAGTGCCCTCTTCAACAGACAGCCAGAATG---------------------------CCCAAAGC  3445

Query 3461  AATACATGCGTGAAGTTACCACCATCGACCCTCGGTGGCTTG------TGGAGTTTGCCCCA--GCCTTCTTCA  3526
            |.|.|.|.|.||..|||              .|.||.|| ||      |||||       ||  ||| |||.||
Sbjct 3446  ACTTCCTCCCTGTGGTT--------------GCTGTAGC-TGTCTCATTGGAG-------CAGTGCC-TCTCCA  3496

Query 3527  AGGTCTCAGACCCAACTAAGCTAAGCA----AACAGAAGAAGCAACAGCGTCT--TGAACCCTTGTACAACCGC  3594
            ||.|                 |.||.|    |||| |||    |||.|.|.||  |||   |||||        
Sbjct 3497  AGTT-----------------TGAGGATTTGAACA-AAG----AACTGGGACTGGTGA---CTTGT--------  3537

Query 3595  TATGAGGAACCCAATGCCTGGAGAATATCTCGAGCTTTCCGACGGCGC  3642
                                                            
Sbjct 3538  ------------------------------------------------  3537