Nucleotide Global Alignment

Description

• Query: ccsbBroadEn_10427
• Subject: NM_001322220.2
• Aligned Length: 3664
• Identities: 3430
• Gaps: 230

Alignment

Query    1  ------------------ATGGCGGGAGCCTTAATCGGGTCGGAGCCAGGCCCCGCGGAAGAACTTGCCAAACT  56
                              ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct    1  ATGGCTGTGGCTGTAGCCATGGCGGGAGCCTTAATCGGGTCGGAGCCAGGCCCCGCGGAAGAACTTGCCAAACT  74

Query   57  CGAGTACCTGTCTTTGGTGTCAAAGGTTTGCACTGAGCTGGACAATCACTTGGGGATCAACGACAAGGACCTTG  130
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct   75  CGAGTACCTGTCTTTGGTGTCAAAGGTTTGCACTGAGCTGGACAATCACTTGGGGATCAACGACAAGGACCTTG  148

Query  131  CTGAATTTGTGATCAGTCTTGCTGAGAAAAATACCACCTTTGATACTTTTAAGGCTTCTCTCGTCAAAAATGGT  204
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  149  CTGAATTTGTGATCAGTCTTGCTGAGAAAAATACCACCTTTGATACTTTTAAGGCTTCTCTCGTCAAAAATGGT  222

Query  205  GCAGAATTTACGGATTCTCTTATTAGTAACTTGCTGCGTCTCATACAAACCATGCGGCCTCCAGCGAAGCCTTC  278
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  223  GCAGAATTTACGGATTCTCTTATTAGTAACTTGCTGCGTCTCATACAAACCATGCGGCCTCCAGCGAAGCCTTC  296

Query  279  CACTAGCAAAGATCCAGTTGTTAAACCTAAAACAGAAAAAGAAAAGCTGAAGGAACTCTTCCCAGTCCTTTGCC  352
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  297  CACTAGCAAAGATCCAGTTGTTAAACCTAAAACAGAAAAAGAAAAGCTGAAGGAACTCTTCCCAGTCCTTTGCC  370

Query  353  AACCGGACAACCCTTCTGTTCGGACCATGTTGGATGAAGATGATGTGAAAGTTGCTGTGGATGTCCTGAAAGAA  426
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  371  AACCGGACAACCCTTCTGTTCGGACCATGTTGGATGAAGATGATGTGAAAGTTGCTGTGGATGTCCTGAAAGAA  444

Query  427  CTGGAAGCTTTAATGCCCAGCGCAGCAGGCCAGGAGAAGCAAAGAGATGCTGAACACCGGGACAGGACAAAGAA  500
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  445  CTGGAAGCTTTAATGCCCAGCGCAGCAGGCCAGGAGAAGCAAAGAGATGCTGAACACCGGGACAGGACAAAGAA  518

Query  501  GAAGAAGCGGAGTCGAAGCCGAGATCGAAACCGAGATCGAGACAGAGATAGGGAACGAAACCGAGATAGAGACC  574
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  519  GAAGAAGCGGAGTCGAAGCCGAGATCGAAACCGAGATCGAGACAGAGATAGGGAACGAAACCGAGATAGAGACC  592

Query  575  ACAAGCGGAGACACCGATCCCGCTCTCGATCACGTTCCAGGACCCGGGAGAGGAATAAAGTGAAGTCTAGATAT  648
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  593  ACAAGCGGAGACACCGATCCCGCTCTCGATCACGTTCCAGGACCCGGGAGAGGAATAAAGTGAAGTCTAGATAT  666

Query  649  CGGTCCAGGAGCAGGAGTCAGAGTCCCCCCAAAGACCGGAAGGACCGGGACAAATATGGAGAGCGGAATCTGGA  722
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  667  CGGTCCAGGAGCAGGAGTCAGAGTCCCCCCAAAGACCGGAAGGACCGGGACAAATATGGAGAGCGGAATCTGGA  740

Query  723  TAGATGGCGGGATAAGCATGTGGACCGCCCTCCTCCAGAAGAGCCCACCATTGGTGACATTTATAATGGCAAAG  796
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  741  TAGATGGCGGGATAAGCATGTGGACCGCCCTCCTCCAGAAGAGCCCACCATTGGTGACATTTATAATGGCAAAG  814

Query  797  TTACCAGCATCATGCAGTTTGGTTGCTTTGTGCAGCTGGAAGGACTAAGGAAGCGGTGGGAAGGCCTGGTGCAC  870
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  815  TTACCAGCATCATGCAGTTTGGTTGCTTTGTGCAGCTGGAAGGACTAAGGAAGCGGTGGGAAGGCCTGGTGCAC  888

Query  871  ATCTCTGAGCTCCGGCGGGAGGGTCGTGTGGCCAATGTAGCTGATGTCGTGAGCAAAGGCCAGAGGGTCAAAGT  944
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  889  ATCTCTGAGCTCCGGCGGGAGGGTCGTGTGGCCAATGTAGCTGATGTCGTGAGCAAAGGCCAGAGGGTCAAAGT  962

Query  945  CAAAGTGCTGTCCTTCACTGGGACCAAGACCAGCCTGAGCATGAAGGATGTGGATCAAGAGACTGGAGAAGATC  1018
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  963  CAAAGTGCTGTCCTTCACTGGGACCAAGACCAGCCTGAGCATGAAGGATGTGGATCAAGAGACTGGAGAAGATC  1036

Query 1019  TAAACCCAAATAGACGGCGAAATCTTGTCGGGGAGACCAATGAGGAGACCTCAATGCGGAATCCTGATAGACCC  1092
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1037  TAAACCCAAATAGACGGCGAAATCTTGTCGGGGAGACCAATGAGGAGACCTCAATGCGGAATCCTGATAGACCC  1110

Query 1093  ACTCACTTGTCCCTTGTCAGTGCTCCTGAAGTAGAGGACGACTCACTGGAACGCAAGCGCCTCACCCGAATCTC  1166
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1111  ACTCACTTGTCCCTTGTCAGTGCTCCTGAAGTAGAGGACGACTCACTGGAACGCAAGCGCCTCACCCGAATCTC  1184

Query 1167  TGACCCAGAGAAGTGGGAGATCAAACAGATGATTGCTGCCAATGTCCTTTCCAAAGAAGAATTTCCAGACTTTG  1240
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1185  TGACCCAGAGAAGTGGGAGATCAAACAGATGATTGCTGCCAATGTCCTTTCCAAAGAAGAATTTCCAGACTTTG  1258

Query 1241  ATGAAGAGACTGGCATTCTCCCTAAGGTGGATGATGAAGAAGATGAGGACCTTGAGATTGAATTGGTTGAGGAA  1314
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1259  ATGAAGAGACTGGCATTCTCCCTAAGGTGGATGATGAAGAAGATGAGGACCTTGAGATTGAATTGGTTGAGGAA  1332

Query 1315  GAGCCTCCATTCCTGAGAGGGCACACTAAGCAAAGCATGGACATGAGCCCCATTAAAATTGTCAAGAACCCAGA  1388
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1333  GAGCCTCCATTCCTGAGAGGGCACACTAAGCAAAGCATGGACATGAGCCCCATTAAAATTGTCAAGAACCCAGA  1406

Query 1389  CGGCTCCCTCTCCCAAGCAGCAATGATGCAGAGTGCCTTGGCCAAAGAAAGGCGGGAACTCAAACAGGCCCAGC  1462
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1407  CGGCTCCCTCTCCCAAGCAGCAATGATGCAGAGTGCCTTGGCCAAAGAAAGGCGGGAACTCAAACAGGCCCAGC  1480

Query 1463  GGGAAGCTGAGATGGATTCTATTCCCATGGGACTCAACAAACACTGGGTTGACCCTCTGCCTGATGCGGAAGGC  1536
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1481  GGGAAGCTGAGATGGATTCTATTCCCATGGGACTCAACAAACACTGGGTTGACCCTCTGCCTGATGCGGAAGGC  1554

Query 1537  AGACAGATTGCTGCCAACATGAGGGGTATTGGGATGATGCCCAATGATATTCCTGAGTGGAAGAAGCATGCCTT  1610
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1555  AGACAGATTGCTGCCAACATGAGGGGTATTGGGATGATGCCCAATGATATTCCTGAGTGGAAGAAGCATGCCTT  1628

Query 1611  TGGGGGCAACAAAGCCTCTTACGGAAAAAAGACCCAGATGTCAATCCTTGAGCAGAGGGAGAGCCTGCCCATCT  1684
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1629  TGGGGGCAACAAAGCCTCTTACGGAAAAAAGACCCAGATGTCAATCCTTGAGCAGAGGGAGAGCCTGCCCATCT  1702

Query 1685  ACAAACTGAAGGAGCAATTGGTCCAGGCCGTCCATGACAATCAGATCCTGATTGTCATTGGTGAGACAGGATCT  1758
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1703  ACAAACTGAAGGAGCAATTGGTCCAGGCCGTCCATGACAATCAGATCCTGATTGTCATTGGTGAGACAGGATCT  1776

Query 1759  GGAAAGACAACACAGATCACCCAGTACCTGGCGGAGGCAGGCTACACTTCCAGGGGCAAGATTGGGTGTACCCA  1832
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1777  GGAAAGACAACACAGATCACCCAGTACCTGGCGGAGGCAGGCTACACTTCCAGGGGCAAGATTGGGTGTACCCA  1850

Query 1833  GCCCAGAAGAGTGGCAGCTATGTCGGTGGCCAAAAGAGTGTCAGAGGAGTTTGGTTGTTGCTTAGGCCAAGAGG  1906
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1851  GCCCAGAAGAGTGGCAGCTATGTCGGTGGCCAAAAGAGTGTCAGAGGAGTTTGGTTGTTGCTTAGGCCAAGAGG  1924

Query 1907  TGGGCTACACCATTCGATTTGAGGACTGCACTAGCCCTGAAACAGTCATCAAGTACATGACAGATGGGATGTTG  1980
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1925  TGGGCTACACCATTCGATTTGAGGACTGCACTAGCCCTGAAACAGTCATCAAGTACATGACAGATGGGATGTTG  1998

Query 1981  CTTAGAGAGTGCTTGATTGACCCTGACCTCACTCAGTACGCGATCATCATGTTGGACGAGGCACATGAGAGGAC  2054
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1999  CTTAGAGAGTGCTTGATTGACCCTGACCTCACTCAGTACGCGATCATCATGTTGGACGAGGCACATGAGAGGAC  2072

Query 2055  AATTCACACTGATGTGCTCTTTGGATTGTTGAAAAAGACAGTTCAGAAACGGCAGGACATGAAGCTGATTGTCA  2128
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2073  AATTCACACTGATGTGCTCTTTGGATTGTTGAAAAAGACAGTTCAGAAACGGCAGGACATGAAGCTGATTGTCA  2146

Query 2129  CCTCAGCCACCTTGGATGCAGTGAAGTTTTCTCAATACTTCTATGAAGCTCCCATTTTCACCATCCCAGGTCGA  2202
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2147  CCTCAGCCACCTTGGATGCAGTGAAGTTTTCTCAATACTTCTATGAAGCTCCCATTTTCACCATCCCAGGTCGA  2220

Query 2203  ACATATCCAGTGGAAATACTGTACACAAAGGAACCTGAGACAGATTATCTGGATGCCAGCCTGATTACTGTTAT  2276
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2221  ACATATCCAGTGGAAATACTGTACACAAAGGAACCTGAGACAGATTATCTGGATGCCAGCCTGATTACTGTTAT  2294

Query 2277  GCAGATTCATTTAACAGAACCACCAGGTGATATCCTGGTCTTCCTGACTGGTCAGGAAGAAATTGATACTGCTT  2350
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2295  GCAGATTCATTTAACAGAACCACCAGGTGATATCCTGGTCTTCCTGACTGGTCAGGAAGAAATTGATACTGCTT  2368

Query 2351  GTGAGATCCTGTATGAAAGAATGAAATCCCTGGGACCTGATGTTCCAGAGTTAATTATCCTCCCAGTGTACTCT  2424
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2369  GTGAGATCCTGTATGAAAGAATGAAATCCCTGGGACCTGATGTTCCAGAGTTAATTATCCTCCCAGTGTACTCT  2442

Query 2425  GCTCTTCCCAGTGAGATGCAGACCCGAATCTTTGACCCAGCTCCACCAGGCAGCAGAAAGGTTGTGATTGCCAC  2498
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2443  GCTCTTCCCAGTGAGATGCAGACCCGAATCTTTGACCCAGCTCCACCAGGCAGCAGAAAGGTTGTGATTGCCAC  2516

Query 2499  CAATATCGCAGAGACATCGCTGACTATTGATGGTATCTACTATGTGGTGGACCCAGGATTCGTGAAACAGAAAG  2572
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2517  CAATATCGCAGAGACATCGCTGACTATTGATGGTATCTACTATGTGGTGGACCCAGGATTCGTGAAACAGAAAG  2590

Query 2573  TTTACAATTCCAAGACAGGGATTGACCAGCTCGTGGTGACGCCTATTTCTCAGGCTCAGGCAAAGCAACGAGCT  2646
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2591  TTTACAATTCCAAGACAGGGATTGACCAGCTCGTGGTGACGCCTATTTCTCAGGCTCAGGCAAAGCAACGAGCT  2664

Query 2647  GGCAGAGCTGGGAGAACAGGCCCAGGGAAGTGTTACAGGTTGTACACAGAACGTGCCTACCGAGATGAAATGCT  2720
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2665  GGCAGAGCTGGGAGAACAGGCCCAGGGAAGTGTTACAGGTTGTACACAGAACGTGCCTACCGAGATGAAATGCT  2738

Query 2721  GACCACCAACGTGCCGGAAATCCAGAGAACCAACTTAGCAAGCACAGTGCTGTCACTCAAGGCCATGGGTATCA  2794
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2739  GACCACCAACGTGCCGGAAATCCAGAGAACCAACTTAGCAAGCACAGTGCTGTCACTCAAGGCCATGGGTATCA  2812

Query 2795  ATGATCTGCTGTCCTTTGATTTCATGGATGCCCCACCTATGGAAACTTTGATCACAGCCATGGAGCAGCTGTAC  2868
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2813  ATGATCTGCTGTCCTTTGATTTCATGGATGCCCCACCTATGGAAACTTTGATCACAGCCATGGAGCAGCTGTAC  2886

Query 2869  ACACTGGGGGCCCTGGATGACGAGGGCCTGCTCACTCGCTTGGGCCGCCGGATGGCAGAGTTCCCTCTGGAGCC  2942
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2887  ACACTGGGGGCCCTGGATGACGAGGGCCTGCTCACTCGCTTGGGCCGCCGGATGGCAGAGTTCCCTCTGGAGCC  2960

Query 2943  AATGCTATGCAAAATGCTCATCATGTCTGTGCATCTGGGCTGCAGTGAGGAAATGCTGACCATTGTATCCATGC  3016
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2961  AATGCTATGCAAAATGCTCATCATGTCTGTGCATCTGGGCTGCAGTGAGGAAATGCTGACCATTGTATCCATGC  3034

Query 3017  TGTCTGTGCAGAACGTCTTCTATAGGCCCAAGGATAAACAAGCCCTTGCAGATCAGAAGAAGGCCAAGTTCCAC  3090
            |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||.||||||
Sbjct 3035  TGTCTGTGCAGAACGTCTTCTATAGGCCCAAGGATAAACAAGCCCTTGCAGATCAGAAGAAGGCCAAATTCCAC  3108

Query 3091  CAGACTGAAGGGGACCACCTCACCCTGCTAGCTGTGTACAACTCCTGGAAGAACAACAAGTTCTCCAACCCATG  3164
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 3109  CAGACTGAAGGGGACCACCTCACCCTGCTAGCTGTGTACAACTCCTGGAAGAACAACAAGTTCTCCAACCCATG  3182

Query 3165  GTGCTATGAGAACTTTATCAAGGCTCGTTCCCTGCGCCGGGCCCAGGACATTCGCAAGCAGATGTTAGGCATAA  3238
            |||||||||||||||||||.||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 3183  GTGCTATGAGAACTTTATCCAGGCTCGTTCCCTGCGCCGGGCCCAGGACATTCGCAAGCAGATGTTAGGCATAA  3256

Query 3239  TGGACAGACACAAGCTGGATGTTGTTTCCTGTGGCAAGTCCACAGTCCGAGTGCAGAAGGCCATCTGCAGTGGG  3312
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 3257  TGGACAGACACAAGCTGGATGTTGTTTCCTGTGGCAAGTCCACAGTCCGAGTGCAGAAGGCCATCTGCAGTGGG  3330

Query 3313  TTCTTCCGTAATGCTGCCAAGAAAGACCCGCAGGAGGGTTACCGGACACTGATCGACCAGCAGGTGGTCTATAT  3386
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 3331  TTCTTCCGTAATGCTGCCAAGAAAGACCCGCAGGAGGGTTACCGGACACTGATCGACCAGCAGGTGGTCTATAT  3404

Query 3387  CCATCCTTCCAGTGCCCTCTTCAACAGACAGCCAGAATGGGTGGTGTA----CCATGAGCTGGTGCTCACCACC  3456
            |||||||||||||||||||||||||||||||||||||       ||||    |||.||.               
Sbjct 3405  CCATCCTTCCAGTGCCCTCTTCAACAGACAGCCAGAA-------TGTATTTCCCAAGAT---------------  3456

Query 3457  AAGGAATACATGCGTGAAGTTACCACCATCGACCCTCGGTGGCTTGTGGAGTTTGCCCCAGCCTTCTTCAAGGT  3530
                                                                                      
Sbjct 3457  --------------------------------------------------------------------------  3456

Query 3531  CTCAGACCCAACTAAGCTAAGCAAACAGAAGAAGCAACAGCGTCTTGAACCCTTGTACAACCGCTATGAGGAAC  3604
                                                                                      
Sbjct 3457  --------------------------------------------------------------------------  3456

Query 3605  CCAATGCCTGGAGAATATCTCGAGCTTTCCGACGGCGC  3642
                                                  
Sbjct 3457  --------------------------------------  3456