Nucleotide Global Alignment

Description

• Query: ccsbBroadEn_10748
• Subject: NM_001346546.2
• Aligned Length: 1893
• Identities: 1615
• Gaps: 273

Alignment

Query    1  -------------ATGTTAG--CCTTCGCTGCCAGGACCGTGGTGAAGCCTCTGGGCTTCCTGAAGCCCTTCTC  59
                         |.|..||  |.||     |||       |||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct    1  ATGCAGAGAAGAAAGGAAAGAACTTT-----CCA-------GGTGAAGCCTCTGGGCTTCCTGAAGCCCTTCTC  62

Query   60  CTTGATGAAGGCTTCCAGCCGCTTCAAGGCACACCAGGATGCACTGCCACGGCTGCCCGTGCCCCCTCTCCAGC  133
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct   63  CTTGATGAAGGCTTCCAGCCGCTTCAAGGCACACCAGGATGCACTGCCACGGCTGCCCGTGCCCCCTCTCCAGC  136

Query  134  AGTCCCTGGACCACTACCTGAAGGCGCTGCAGCCCATCGTGAGTGAGGAGGAGTGGGCCCACACCAAGCAGCTG  207
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  137  AGTCCCTGGACCACTACCTGAAGGCGCTGCAGCCCATCGTGAGTGAGGAGGAGTGGGCCCACACCAAGCAGCTG  210

Query  208  GTGGATGAGTTTCAGGCCTCAGGAGGTGTAGGGGAGCGCCTGCAGAAGGGGCTGGAGCGTCGGGCCAGGAAGAC  281
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  211  GTGGATGAGTTTCAGGCCTCAGGAGGTGTAGGGGAGCGCCTGCAGAAGGGGCTGGAGCGTCGGGCCAGGAAGAC  284

Query  282  GGAGAACTGGCTGTCTGAGTGGTGGCTCAAGACCGCCTACCTCCAGTACCGCCAGCCTGTGGTCATCTACTCGA  355
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  285  GGAGAACTGGCTGTCTGAGTGGTGGCTCAAGACCGCCTACCTCCAGTACCGCCAGCCTGTGGTCATCTACTCGA  358

Query  356  GCCCAGGCGTGATGCTACCCAAGCAGGACTTCGTGGACCTGCAGGGTCAGCTCCGATTTGCTGCCAAACTCATT  429
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  359  GCCCAGGCGTGATGCTACCCAAGCAGGACTTCGTGGACCTGCAGGGTCAGCTCCGATTTGCTGCCAAACTCATT  432

Query  430  GAGGGTGTGTTGGATTTCAAGGTCATGATTGACAACGAGACCCTGCCCGTGGAGTACCTGGGGGGGAAGCCACT  503
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  433  GAGGGTGTGTTGGATTTCAAGGTCATGATTGACAACGAGACCCTGCCCGTGGAGTACCTGGGGGGGAAGCCACT  506

Query  504  GTGCATGAACCAGTACTATCAGATCTTGTCCTCCTGCCGAGTGCCGGGCCCCAAGCAGGACACAGTCAGCAACT  577
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  507  GTGCATGAACCAGTACTATCAGATCTTGTCCTCCTGCCGAGTGCCGGGCCCCAAGCAGGACACAGTCAGCAACT  580

Query  578  TCAGCAAGACCAAGAAGCCTCCCACGCACATCACCGTGGTACACAACTACCAGTTTTTTGAGCTGGATGTGTAC  651
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  581  TCAGCAAGACCAAGAAGCCTCCCACGCACATCACCGTGGTACACAACTACCAGTTTTTTGAGCTGGATGTGTAC  654

Query  652  CACAGTGACGGGACACCCCTCACTGCGGATCAGATCTTTGTGCAGCTGGAGAAGATCTGGAACTCATCCCTACA  725
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  655  CACAGTGACGGGACACCCCTCACTGCGGATCAGATCTTTGTGCAGCTGGAGAAGATCTGGAACTCATCCCTACA  728

Query  726  GACCAACAAGGAGCCTGTGGGCATCCTCACCTCCAACCACCGCAACTCCTGGGCCAAGGCATACAACACCCTCA  799
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  729  GACCAACAAGGAGCCTGTGGGCATCCTCACCTCCAACCACCGCAACTCCTGGGCCAAGGCATACAACACCCTCA  802

Query  800  TCAAAGACAAGGTGAACCGGGATTCCGTGCGCTCCATCCA----------------------------------  839
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||                                  
Sbjct  803  TCAAAGACAAGGTGAACCGGGATTCCGTGCGCTCCATCCAGAAGAGCATCTTCACCGTGTGCCTAGATGCAACC  876

Query  840  --------------------------------------------------------------------------  839
                                                                                      
Sbjct  877  ATGCCCAGGGTCTCAGAAGACGTGTACCGCAGCCACGTGGCAGGCCAGATGCTGCATGGGGGCGGCAGCAGGCT  950

Query  840  --------------------------------------------------------------------------  839
                                                                                      
Sbjct  951  CAACAGCGGCAACCGCTGGTTCGACAAGACGCTGCAGTTCATCGTGGCAGAAGATGGCTCCTGTGGGCTTGTGT  1024

Query  840  ----------------------------------------------------------------GAAGAAACCC  849
                                                                            ||||||||||
Sbjct 1025  ACGAGCATGCTGCAGCGGAGGGGCCCCCTATTGTCACCCTTCTGGACTATGTCATCGAGTACACGAAGAAACCC  1098

Query  850  GAGCTTGTGCGGTCTCCCATGGTGCCCCTGCCCATGCCCAAGAAGCTGCGGTTCAACATCACCCCCGAGATCAA  923
            ||||||||||||||||||.|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1099  GAGCTTGTGCGGTCTCCCCTGGTGCCCCTGCCCATGCCCAAGAAGCTGCGGTTCAACATCACCCCCGAGATCAA  1172

Query  924  GAGCGACATCGAGAAGGCCAAGCAGAACCTCAGCATCATGATCCAGGACCTGGATATCACCGTGATGGTGTTCC  997
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1173  GAGCGACATCGAGAAGGCCAAGCAGAACCTCAGCATCATGATCCAGGACCTGGATATCACCGTGATGGTGTTCC  1246

Query  998  ACCATTTTGGAAAAGACTTCCCCAAGTCGGAGAAGCTAAGCCCAGATGCCTTCATCCAGATGGCTTTGCAGCTG  1071
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1247  ACCATTTTGGAAAAGACTTCCCCAAGTCGGAGAAGCTAAGCCCAGATGCCTTCATCCAGATGGCTTTGCAGCTG  1320

Query 1072  GCCTACTACAGGATCTACGGACAGGCATGTGCCACCTATGAAAGTGCCTCCCTGCGCATGTTTCACCTGGGCCG  1145
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1321  GCCTACTACAGGATCTACGGACAGGCATGTGCCACCTATGAAAGTGCCTCCCTGCGCATGTTTCACCTGGGCCG  1394

Query 1146  CACCGACACCATCCGCTCGGCTTCCATGGACTCACTCACCTTTGTCAAGGCCATGGATGACTCCAGCGTCACGG  1219
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1395  CACCGACACCATCCGCTCGGCTTCCATGGACTCACTCACCTTTGTCAAGGCCATGGATGACTCCAGCGTCACGG  1468

Query 1220  AGCACCAGAAGGTGGAGCTGCTGCGGAAGGCCGTGCAGGCCCACCGAGGCTACACCGACCGGGCCATCCGCGGG  1293
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1469  AGCACCAGAAGGTGGAGCTGCTGCGGAAGGCCGTGCAGGCCCACCGAGGCTACACCGACCGGGCCATCCGCGGG  1542

Query 1294  GAGGCCTTTGATCGACACCTGCTGGGCCTGAAGCTGCAGGCCATCGAGGACCTGGTGAGCATGCCCGACATCTT  1367
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1543  GAGGCCTTTGATCGACACCTGCTGGGCCTGAAGCTGCAGGCCATCGAGGACCTGGTGAGCATGCCCGACATCTT  1616

Query 1368  CATGGACACCTCCTACGCCATCGCCATGCACTTCCACCTCTCCACCAGCCAGGTCCCTGCCAAGACAGACTGTG  1441
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1617  CATGGACACCTCCTACGCCATCGCCATGCACTTCCACCTCTCCACCAGCCAGGTCCCTGCCAAGACAGACTGTG  1690

Query 1442  TCATGTTCTTCGGGCCCGTGGTCCCCGACGGCTACGGTGTCTGCTATAACCCCATGGAGGCCCACATCAACTTC  1515
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1691  TCATGTTCTTCGGGCCCGTGGTCCCCGACGGCTACGGTGTCTGCTATAACCCCATGGAGGCCCACATCAACTTC  1764

Query 1516  TCCCTGTCGGCCTACAACAGCTGCGCGGAGACCAACGCCGCCCGCCTGGCGCATTACCTGGAGAAGGCGCTCCT  1589
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1765  TCCCTGTCGGCCTACAACAGCTGCGCGGAGACCAACGCCGCCCGCCTGGCGCATTACCTGGAGAAGGCGCTCCT  1838

Query 1590  GGACATGCGTGCCCTGCTGCAGAGCCACCCCCGGGCCAAGCTC  1632
            |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1839  GGACATGCGTGCCCTGCTGCAGAGCCACCCCCGGGCCAAGCTC  1881