Nucleotide Global Alignment

Description

• Query: ccsbBroadEn_10956
• Subject: XR_001743419.2
• Aligned Length: 1718
• Identities: 1261
• Gaps: 416

Alignment

Query    1  --------------------------------------------------------------------------  0
                                                                                      
Sbjct    1  AAACACACAAGACGCCGGAGCTTCACAAGGGAGCGAACGAGGGTGTTTATAAGAATGGAAGTGTTGTTTCCTTG  74

Query    1  --------------------------------------------------------------------------  0
                                                                                      
Sbjct   75  CCCGATTCCTTCATGCTATATCTCATGAACCTCTGTAATCTTGGGGGAGAGACTATATTTAATGATGACAAACC  148

Query    1  --------------------------------------------------------------------------  0
                                                                                      
Sbjct  149  TGTCACCAGTGTAGCAACAACAGTGTGAGGACAAAAGCAAATAAAAATTAAGAAGCGTTCAAATTTATATTCAA  222

Query    1  ------------------------------------------------ATGAACCGATACACAACCATGAGACA  26
                                                            ||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  223  CAAGGAAGTCATTTCAATCAACAACTTCTGCTGCATTATTTTTCCAAGATGAACCGATACACAACCATGAGACA  296

Query   27  GTTGGGGGACGGCACGTATGGGAGTGTGCTTATGGGCAAGAGTAATGAATCCGGGGAGCTGGTGGCCATCAAAA  100
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  297  GTTGGGGGACGGCACGTATGGGAGTGTGCTTATGGGCAAGAGTAATGAATCCGGGGAGCTGGTGGCCATCAAAA  370

Query  101  GGATGAAGAGAAAGTTCTATTCTTGGGATGAATGCATGAACTTGAGAGAAGTTAAGTCTCTGAAGAAACTTAAT  174
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  371  GGATGAAGAGAAAGTTCTATTCTTGGGATGAATGCATGAACTTGAGAGAAGTTAAGTCTCTGAAGAAACTTAAT  444

Query  175  CATGCCAATGTTATTAAATTGAAAGAAGTTATCAGAGAAAATGACCATCTTTATTTTATATTTGAATATATGAA  248
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  445  CATGCCAATGTTATTAAATTGAAAGAAGTTATCAGAGAAAATGACCATCTTTATTTTATATTTGAATATATGAA  518

Query  249  AGAAAACCTCTATCAATTAATGAAAGACAGAAACAAGTTGTTCCCTGAATCAGTCATCAGAAATATTATGTATC  322
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  519  AGAAAACCTCTATCAATTAATGAAAGACAGAAACAAGTTGTTCCCTGAATCAGTCATCAGAAATATTATGTATC  592

Query  323  AAATATTGCAAGGGCTGGCTTTTATCCATAAACATGGCTTTTTTCATAGGGACATGAAACCAGAAAACTTGCTT  396
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  593  AAATATTGCAAGGGCTGGCTTTTATCCATAAACATGGCTTTTTTCATAGGGACATGAAACCAGAAAACTTGCTT  666

Query  397  TGTATGGGTCCAGAGCTTGTGAAAATTGCTGATTTTGGACTTGCAAGAGAATTAAGGTCACAGCCACCATACAC  470
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  667  TGTATGGGTCCAGAGCTTGTGAAAATTGCTGATTTTGGACTTGCAAGAGAATTAAGGTCACAGCCACCATACAC  740

Query  471  TGATTATGTATCTACCAGATGGTATCGTGCCCCTGAAGTTTTACTGAGATCTTCAGTTTATAGTTCTCCCATTG  544
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  741  TGATTATGTATCTACCAGATGGTATCGTGCCCCTGAAGTTTTACTGAGATCTTCAGTTTATAGTTCTCCCATTG  814

Query  545  ATGTGTGGGCTGTTGGAAGTATCATGGCTGAACTCTATATGTTAAGGCCACTTTTCCCAGGGACAAGTGAGGTC  618
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  815  ATGTGTGGGCTGTTGGAAGTATCATGGCTGAACTCTATATGTTAAGGCCACTTTTCCCAGGGACAAGTGAGGTC  888

Query  619  GATGAAATCTTTAAAATTTGCCAAGTTTTAGGGACTCCCAAAAAAAGTGACTGGCCAGAAGGATACCAGCTGGC  692
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  889  GATGAAATCTTTAAAATTTGCCAAGTTTTAGGGACTCCCAAAAAAAGTGACTGGCCAGAAGGATACCAGCTGGC  962

Query  693  ATCCTCTATGAACTTCCGTTTTCCCCAGTGTGTTCCTATAAACTTAAAAACTCTTATTCCCAATGCCAGTAATG  766
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  963  ATCCTCTATGAACTTCCGTTTTCCCCAGTGTGTTCCTATAAACTTAAAAACTCTTATTCCCAATGCCAGTAATG  1036

Query  767  AAGCTATTCAGCTCATGACCGAAATGTTGAATTGGGATCCAAAGAAACGACCGACAGCAAGCCAGGCATTGAAA  840
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1037  AAGCTATTCAGCTCATGACCGAAATGTTGAATTGGGATCCAAAGAAACGACCGACAGCAAGCCAGGCATTGAAA  1110

Query  841  CACCCATATTTTCAAGTTGGTCAGGTATTAGGCCCTTCGTCAAATCATCTGGAATCAAAACAGTCTTTAAATAA  914
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1111  CACCCATATTTTCAAGTTGGTCAGGTATTAGGCCCTTCGTCAAATCATCTGGAATCAAAACAGTCTTTAAATAA  1184

Query  915  GCAGCTGCAACCATTAGAATCAAAGCCATCTTTAGTTGAGGTAGAGCCTAAGCCTCTGCCGGATATAATCGATC  988
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1185  GCAGCTGCAACCATTAGAATCAAAGCCATCTTTAGTTGAGGTAGAGCCTAAGCCTCTGCCGGATATAATCGATC  1258

Query  989  AGGTTGTTGGACAACCCCAGCCAAAAACTAGCCAGCAGCCACTGCAGCCCATTCAGCCGCCACAGAACCTGAGC  1062
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1259  AGGTTGTTGGACAACCCCAGCCAAAAACTAGCCAGCAGCCACTGCAGCCCATTCAGCCGCCACAGAACCTGAGC  1332

Query 1063  GTCCAGCAACCTCCAAAGCAACAGAGTCAGGAGAAACCGCCACAAACGCTATTCCCGAGCATCGTCAAAAACAT  1136
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1333  GTCCAGCAACCTCCAAAGCAACAGAGTCAGGAGAAACCGCCACAAACGCTATTCCCGAGCATCGTCAAAAACAT  1406

Query 1137  GCCAACT-------AAGCCAAATGGCACACTGAGTCATAAAAGTGGTAGGAGGCGTTGGGGTCAGACTA-TCTT  1202
            |||||||       .|||||    |.||.||.|                         ||.||..||.| ||  
Sbjct 1407  GCCAACTGCTTCCAGAGCCA----GTACCCTCA-------------------------GGCTCCAACCACTC--  1449

Query 1203  CAAGTCTGGAGATAGCTGGGAAGAG-----TTGGAGGACTATGATTTCGGAGCC-----TCCCATTCCAAGAA-  1265
               |.|.||.||.|.|    |||||     .||     ||.|.|.|||    ||     ||..|||||  ||| 
Sbjct 1450  ---GACAGGGGAAAAC----AAGAGCTTACCTG-----CTGTTACTTC----CCTAAAATCTGATTCC--GAAT  1505

Query 1266  ----------GCCAAGCATGGGTGTTTTTAAA-----------GAAAAAAGGAAAAAAGAT-TC-TCCATTTCG  1316
                      .||||.|         |.||||           ||||    .||..||||| || ||||   .|
Sbjct 1506  TGTCAACTGCTCCAACC---------TCTAAACAGTACTACTTGAAA----CAATCAAGATATCTTCCA---GG  1563

Query 1317  TCAACAGGTG------------AAG--ATGGC-------TGTTATTTCCCTCTCAG-------CACACCAGTTT  1362
            .||.||  ||            |||  .||||       ||..|.|..||| ||||       .||.|.||..|
Sbjct 1564  GCAGCA--TGACATTATACTACAAGGACTGGCGGATCTGTGACACTGGCCT-TCAGGGAAAGAGACGCAAGAGT  1634

Query 1363  CCCACGTTA-------  1371
            |..| ||||       
Sbjct 1635  CATA-GTTACTGACCT  1649