Nucleotide Global Alignment

Description

• Query: ccsbBroadEn_11109
• Subject: NM_001369669.1
• Aligned Length: 1575
• Identities: 1242
• Gaps: 330

Alignment

Query    1  ATGAGGCGACGAAGGAGGCGGGACGGCTTTTACCCAGCCCCGGACTTCCGAGACAGGGAAGCTGAGGACATGGC  74
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct    1  ATGAGGCGACGAAGGAGGCGGGACGGCTTTTACCCAGCCCCGGACTTCCGAGACAGGGAAGCTGAGGACATGGC  74

Query   75  AGGAGTGTTTGACATAGACCTGGACCAGCCAGAGGACGCGGGCTCTGAGGATGAGCTGGAGGAGGGGGGTCAGT  148
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct   75  AGGAGTGTTTGACATAGACCTGGACCAGCCAGAGGACGCGGGCTCTGAGGATGAGCTGGAGGAGGGGGGTCAGT  148

Query  149  TAAATGAAAGCATGGACCATGGGGGAGTTGGACCATATGAACTTGGCATGGAACATTGTGAGAAATTTGAAATC  222
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  149  TAAATGAAAGCATGGACCATGGGGGAGTTGGACCATATGAACTTGGCATGGAACATTGTGAGAAATTTGAAATC  222

Query  223  TCAGAAACTAGTGTGAACAGAGGGCCAGAAAAAATCAGACCAGAATGTTTTGAGCTACTTCGGGTACTTGGTAA  296
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  223  TCAGAAACTAGTGTGAACAGAGGGCCAGAAAAAATCAGACCAGAATGTTTTGAGCTACTTCGGGTACTTGGTAA  296

Query  297  AGGGGGCTATGGAAAGGTTTTTCAAGTACGAAAAGTAACAGGAGCAAATACTGGGAAAATATTTGCCATGAAGG  370
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  297  AGGGGGCTATGGAAAGGTTTTTCAAGTACGAAAAGTAACAGGAGCAAATACTGGGAAAATATTTGCCATGAAGG  370

Query  371  TGCTTAAAAAGGCAATGATAGTAAGAAATGCTAAAGATACAGCTCATACAAAAGCAGAACGGAATATTCTGGAG  444
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  371  TGCTTAAAAAGGCAATGATAGTAAGAAATGCTAAAGATACAGCTCATACAAAAGCAGAACGGAATATTCTGGAG  444

Query  445  GAAGTAAAGCATCCCTTCATCGTGGATTTAATTTATGCCTTTCAGACTGGTGGAAAACTCTACCTCATCCTTGA  518
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  445  GAAGTAAAGCATCCCTTCATCGTGGATTTAATTTATGCCTTTCAGACTGGTGGAAAACTCTACCTCATCCTTGA  518

Query  519  GTATCTCAGTGGAGGAGAACTATTTATGCAGTTAGAAAGAGAGGGAATATTTATGGAAGACACTGCCTGCTTTT  592
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  519  GTATCTCAGTGGAGGAGAACTATTTATGCAGTTAGAAAGAGAGGGAATATTTATGGAAGACACTGCCTGCTTTT  592

Query  593  ACTTGGCAGAAATCTCCATGGCTTTGGGGCATTTACATCAAAAGGGGATCATCTACAGAGACCTGAAGCCGGAG  666
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  593  ACTTGGCAGAAATCTCCATGGCTTTGGGGCATTTACATCAAAAGGGGATCATCTACAGAGACCTGAAGCCGGAG  666

Query  667  AATATCATGCTTAATCACCAAGGTCATGTGAAACTAACAGACTTTGGACTATGCAAAGAATCTATTCATGATGG  740
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  667  AATATCATGCTTAATCACCAAGGTCATGTGAAACTAACAGACTTTGGACTATGCAAAGAATCTATTCATGATGG  740

Query  741  AACAGTCACACACACATTTTGTGGAACAATAGAATACATGGCCCCTGAAATCTTGATGAGAAGTGGCCACAATC  814
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  741  AACAGTCACACACACATTTTGTGGAACAATAGAATACATGGCCCCTGAAATCTTGATGAGAAGTGGCCACAATC  814

Query  815  GTGCTGTGGATTGGTGGAGTTTGGGAGCATTAATGTATGACATGCTGACTGGAGCACCCCCATTCACTGGGGAG  888
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  815  GTGCTGTGGATTGGTGGAGTTTGGGAGCATTAATGTATGACATGCTGACTGGAGCACCCCCATTCACTGGGGAG  888

Query  889  AATAGAAAGAAAACAATTGACAAAATCCTCAAATGTAAACTCAATTTGCCTCCCTACCTCACACAAGAAGCCAG  962
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  889  AATAGAAAGAAAACAATTGACAAAATCCTCAAATGTAAACTCAATTTGCCTCCCTACCTCACACAAGAAGCCAG  962

Query  963  AGATCTGCTTAAAAAGCTGCTGAAAAGAAATGCTGCTTCTCGTCTGGGAGCTGGTCCTGGGGACGCTGGAGAAG  1036
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  963  AGATCTGCTTAAAAAGCTGCTGAAAAGAAATGCTGCTTCTCGTCTGGGAGCTGGTCCTGGGGACGCTGGAGAAG  1036

Query 1037  TTCAAGCTCATCCATTCTTTAGACACATTAACTGGGAAGAACTTCTGGCTCGAAAGGTGGAGCCCCCCTTTAAA  1110
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1037  TTCAAGCTCATCCATTCTTTAGACACATTAACTGGGAAGAACTTCTGGCTCGAAAGGTGGAGCCCCCCTTTAAA  1110

Query 1111  CCTCTGTTGCAATCTGAAGAGGATGTAAGTCAGTTTGATTCCAAGTTTACACGTCAGACACCTGTCGACAGCCC  1184
            |||||||                                                                   
Sbjct 1111  CCTCTGT-------------------------------------------------------------------  1117

Query 1185  AGATGACTCAACTCTCAGTGAAAGTGCCAATCAGGTCTTTCTGGGTTTTACATATGTGGCTCCATCTGTACTTG  1258
                                                     |||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1118  -----------------------------------------TGGGTTTTACATATGTGGCTCCATCTGTACTTG  1150

Query 1259  AAAGTGTGAAAGAAAAGTTTTCCTTTGAACCAAAAATCCGATCACCTCGAAGATTTATTGGCAGCCCACGAACA  1332
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1151  AAAGTGTGAAAGAAAAGTTTTCCTTTGAACCAAAAATCCGATCACCTCGAAGATTTATTGGCAGCCCACGAACA  1224

Query 1333  CCTGTCAG------------TACTGCT-----------------ATGTGC------------------------  1353
            ||||||||            |.||.||                 |.||||                        
Sbjct 1225  CCTGTCAGCCCAGTCAAATTTTCTCCTGGGGATTTCTGGGGAAGAGGTGCTTCGGCCAGCACAGCAAATCCTCA  1298

Query 1354  --------------------------------------------------------------------------  1353
                                                                                      
Sbjct 1299  GACACCTGTGGAATACCCAATGGAAACAAGTGGCATAGAGCAGATGGATGTGACAATGAGTGGGGAAGCATCGG  1372

Query 1354  --------------------------------------------------------------------------  1353
                                                                                      
Sbjct 1373  CACCACTTCCAATACGACAGCCGAACTCTGGGCCATACAAAAAACAAGCTTTTCCCATGATCTCCAAACGGCCA  1446

Query 1354  ---------------------  1353
                                 
Sbjct 1447  GAGCACCTGCGTATGAATCTA  1467