Nucleotide Global Alignment

Description

• Query: ccsbBroadEn_11149
• Subject: NM_001330785.2
• Aligned Length: 2289
• Identities: 1821
• Gaps: 468

Alignment

Query    1  ---------------------------------------ATGTCTTCCAAGCGACCAGCCTCTCCGTATGGGGA  35
                                                   |||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct    1  ATGCTTACTGACCCTGATTTACCTCAGGAGTTTGAAAGGATGTCTTCCAAGCGACCAGCCTCTCCGTATGGGGA  74

Query   36  AGCAGATGGAGAGGTAGCCATGGTGACAAGCAGACAGAAAGTGGAAGAAGAGGAGAGTGACGGGCTCCCAGCCT  109
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct   75  AGCAGATGGAGAGGTAGCCATGGTGACAAGCAGACAGAAAGTGGAAGAAGAGGAGAGTGACGGGCTCCCAGCCT  148

Query  110  TTCACCTTCCCTTGCATGTGAGTTTTCCCAACAAGCCTCACTCTGAGGAATTTCAGCCAGTTTCTCTGCTGACG  183
            |||||||||||||||||                                                         
Sbjct  149  TTCACCTTCCCTTGCAT---------------------------------------------------------  165

Query  184  CAAGAGACTTGTGGCCATAGGACTCCCACTTCTCAGCACAATACAATGGAAGTTGATGGCAATAAAGTTATGTC  257
                                                            ||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  166  ------------------------------------------------GAAGTTGATGGCAATAAAGTTATGTC  191

Query  258  TTCATTTGCCCCACACAACTCATCTACCTCACCTCAGAAGGCAGAAGAAGGTGGGCGACAGAGTGGCGAGTCCT  331
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  192  TTCATTTGCCCCACACAACTCATCTACCTCACCTCAGAAGGCAGAAGAAGGTGGGCGACAGAGTGGCGAGTCCT  265

Query  332  TGTCTAGTACAGCCCTGGGAACTCCTGAACGGCGCAAGGGCAGTTTAGCTGATGTTGTTGACACCTTGAAGCAG  405
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  266  TGTCTAGTACAGCCCTGGGAACTCCTGAACGGCGCAAGGGCAGTTTAGCTGATGTTGTTGACACCTTGAAGCAG  339

Query  406  AGGAAAATGGAAGAGCTCATCAAAAACGAGCCGGAAGAAACCCCCAGTATTGAAAAACTACTCTCAAAGGACTG  479
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  340  AGGAAAATGGAAGAGCTCATCAAAAACGAGCCGGAAGAAACCCCCAGTATTGAAAAACTACTCTCAAAGGACTG  413

Query  480  GAAAGACAAGCTTCTTGCAATGGGATCGGGGAACTTTGGCGAAATAAAAGGGACTCCCGAGAGCTTAGCTGAGA  553
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  414  GAAAGACAAGCTTCTTGCAATGGGATCGGGGAACTTTGGCGAAATAAAAGGGACTCCCGAGAGCTTAGCTGAGA  487

Query  554  AAGAAAGGCAACTCATGGGTATGATCAACCAGCTGACCAGCCTCCGAGAGCAGCTGTTGGCTGCCCACGATGAG  627
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  488  AAGAAAGGCAACTCATGGGTATGATCAACCAGCTGACCAGCCTCCGAGAGCAGCTGTTGGCTGCCCACGATGAG  561

Query  628  CAGAAGAAACTAGCTGCCTCTCAGATTGAGAAACAGCGTCAGCAAATGGAGCTGGCCAAGCAGCAACAAGAACA  701
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  562  CAGAAGAAACTAGCTGCCTCTCAGATTGAGAAACAGCGTCAGCAAATGGAGCTGGCCAAGCAGCAACAAGAACA  635

Query  702  AATTGCAAGACAGCAGCAGCAGCTTCTACAGCAACAACACAAAATCAATTTGCTCCAGCAACAGATCCAGGTTC  775
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  636  AATTGCAAGACAGCAGCAGCAGCTTCTACAGCAACAACACAAAATCAATTTGCTCCAGCAACAGATCCAGGTTC  709

Query  776  AAGGTCAGCTGCCGCCATTAATGATTCCCGTATTCCCTCCTGATCAACGGACACTGGCTGCAGCTGCCCAGCAA  849
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  710  AAGGTCAGCTGCCGCCATTAATGATTCCCGTATTCCCTCCTGATCAACGGACACTGGCTGCAGCTGCCCAGCAA  783

Query  850  GGATTCCTCCTCCCTCCAGGCTTCAGCTATAAGGCTGGATGTAGTGACCCTTACCCTGTTCAGCTGATCCCAAC  923
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  784  GGATTCCTCCTCCCTCCAGGCTTCAGCTATAAGGCTGGATGTAGTGACCCTTACCCTGTTCAGCTGATCCCAAC  857

Query  924  TACCATGGCAGCTGCTGCCGCAGCAACACCAGGCTTAGGCCCACTCCAACTGCAGCAGTTATATGCTGCCCAGC  997
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  858  TACCATGGCAGCTGCTGCCGCAGCAACACCAGGCTTAGGCCCACTCCAACTGCAGCAGTTATATGCTGCCCAGC  931

Query  998  TAGCTGCAATGCAGGTATCTCCAGGAGGGAAGCTGCCAGGCATACCCCAAGGCAACCTTGGTGCTGCTGTATCT  1071
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  932  TAGCTGCAATGCAGGTATCTCCAGGAGGGAAGCTGCCAGGCATACCCCAAGGCAACCTTGGTGCTGCTGTATCT  1005

Query 1072  CCTACCAGCATTCACACAGACAAGAGCACAAACAGCCCACCACCCAAAAGC-----------------------  1122
            |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||                       
Sbjct 1006  CCTACCAGCATTCACACAGACAAGAGCACAAACAGCCCACCACCCAAAAGCAAGGATGAAGTGGCACAGCCACT  1079

Query 1123  --------------------------------------------------------------------------  1122
                                                                                      
Sbjct 1080  GAACCTATCAGCTAAACCCAAGACCTCTGATGGCAAATCACCCACATCACCCACCTCTCCCCATATGCCAGCTC  1153

Query 1123  --------------------------------------------------------------------------  1122
                                                                                      
Sbjct 1154  TGAGAATAAACAGTGGGGCAGGCCCCCTCAAAGCCTCTGTCCCAGCAGCGTTAGCTAGTCCTTCAGCCAGAGTT  1227

Query 1123  --------------------------------------------------------------------------  1122
                                                                                      
Sbjct 1228  AGCACAATAGGTTACTTAAATGACCATGATGCTGTCACCAAGGCAATCCAAGAAGCTCGGCAAATGAAGGAGCA  1301

Query 1123  --------------------------------------------------------------------------  1122
                                                                                      
Sbjct 1302  ACTCCGACGGGAACAACAGGTGCTTGATGGGAAGGTGGCTGTTGTGAATAGTCTGGGTCTCAATAACTGCCGAA  1375

Query 1123  -----AAGGAAAAAACAACACTGGAGAGTCTGACTCAGCAACTGGCAGTTAAACAGAATGAAGAAGGAAAATTT  1191
                 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1376  CAGAAAAGGAAAAAACAACACTGGAGAGTCTGACTCAGCAACTGGCAGTTAAACAGAATGAAGAAGGAAAATTT  1449

Query 1192  AGCCATGCAATGATGGATTTCAATCTGAGTGGAGATTCTGATGGAAGTGCTGGAGTCTCAGAGTCAAGAATTTA  1265
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1450  AGCCATGCAATGATGGATTTCAATCTGAGTGGAGATTCTGATGGAAGTGCTGGAGTCTCAGAGTCAAGAATTTA  1523

Query 1266  TAGGGAATCCCGAGGGCGTGGTAGCAATGAACCCCACATAAAGCGTCCAATGAATGCCTTCATGGTGTGGGCTA  1339
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1524  TAGGGAATCCCGAGGGCGTGGTAGCAATGAACCCCACATAAAGCGTCCAATGAATGCCTTCATGGTGTGGGCTA  1597

Query 1340  AAGATGAACGGAGAAAGATCCTTCAAGCCTTTCCTGACATGCACAACTCCAACATCAGCAAGATATTGGGATCT  1413
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1598  AAGATGAACGGAGAAAGATCCTTCAAGCCTTTCCTGACATGCACAACTCCAACATCAGCAAGATATTGGGATCT  1671

Query 1414  CGCTGGAAAGCTATGACAAACCTAGAGAAACAGCCATATTATGAGGAGCAAGCCCGTCTCAGCAAGCAGCACCT  1487
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1672  CGCTGGAAAGCTATGACAAACCTAGAGAAACAGCCATATTATGAGGAGCAAGCCCGTCTCAGCAAGCAGCACCT  1745

Query 1488  GGAGAAGTACCCTGACTATAAGTACAAGCCCAGGCCAAAGCGCACCTGCCTGGTGGATGGCAAAAAGCTGCGCA  1561
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1746  GGAGAAGTACCCTGACTATAAGTACAAGCCCAGGCCAAAGCGCACCTGCCTGGTGGATGGCAAAAAGCTGCGCA  1819

Query 1562  TTGGTGAATACAAGGCAATCATGCGCAACAGGCGGCAGGAAATGCGGCAGTACTTCAATGTTGGGCAACAAGCA  1635
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1820  TTGGTGAATACAAGGCAATCATGCGCAACAGGCGGCAGGAAATGCGGCAGTACTTCAATGTTGGGCAACAAGCA  1893

Query 1636  CAGATCCCCATTGCCACTGCTGGTGTTGTGTACCCTGGAGCCATCGCCATGGCTGGGATGCCCTCCCCTCACCT  1709
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1894  CAGATCCCCATTGCCACTGCTGGTGTTGTGTACCCTGGAGCCATCGCCATGGCTGGGATGCCCTCCCCTCACCT  1967

Query 1710  GCCCTCGGAGCACTCAAGCGTGTCTAGCAGCCCAGAGCCTGGGATGCCTGTTATCCAGAGCACTTACGGTGTGA  1783
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1968  GCCCTCGGAGCACTCAAGCGTGTCTAGCAGCCCAGAGCCTGGGATGCCTGTTATCCAGAGCACTTACGGTGTGA  2041

Query 1784  AAGGAGAGGAGCCACATATCAAAGAAGAGATACAGGCCGAGGACATCAATGGAGAAATTTATGATGAGTACGAC  1857
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2042  AAGGAGAGGAGCCACATATCAAAGAAGAGATACAGGCCGAGGACATCAATGGAGAAATTTATGATGAGTACGAC  2115

Query 1858  GAGGAAGAGGATGATCCAGATGTAGATTATGGGAGTGACAGTGAAAACCATATTGCAGGACAAGCCAAC  1926
            |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2116  GAGGAAGAGGATGATCCAGATGTAGATTATGGGAGTGACAGTGAAAACCATATTGCAGGACAAGCCAAC  2184