Nucleotide Global Alignment
Description
- Query:
- ccsbBroadEn_11305
- Subject:
- NM_001177599.1
- Aligned Length:
- 1347
- Identities:
- 1105
- Gaps:
- 222
Alignment
Query 1 -------------------------------------------------------------------------- 0
Sbjct 1 ATGGCGTCCCCCGTAGCAGCGCAGGCCGGGAAGCTTCTGCGAGCCCTAGCGCTGCGGCCCCGCTTCCTGGCGGC 74
Query 1 ----------------------------------------------------------------------ATGT 4
||||
Sbjct 75 CGGGTCCCAGGCAGTTCAATTAACCTCCAGAAGATGGCTGAACCTGCAGGAATACCAGAGCAAGAAACTGATGT 148
Query 5 CTGACAACGGAGTGAGAGTTCAAAGATTCTTTGTAGCAGACACTGCAAATGAAGCTCTCGAGGCTGCTAAGAGA 78
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 149 CTGACAACGGAGTGAGAGTTCAAAGATTCTTTGTAGCAGACACTGCAAATGAAGCTCTCGAGGCTGCTAAGAGA 222
Query 79 CTAAATGCAAAAGAAATTGTTTTAAAAGCCCAGATCTTAGCTGGAGGAAGAGGAAAAGGTGTCTTCAATAGTGG 152
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 223 CTAAATGCAAAAGAAATTGTTTTAAAAGCCCAGATCTTAGCTGGAGGAAGAGGAAAAGGTGTCTTCAATAGTGG 296
Query 153 TTTGAAAGGAGGTGTTCATTTAACAAAAGACCCTAATGTTGTGGGACAGCTGGCTAAACAGATGATTGGGTACA 226
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 297 TTTGAAAGGAGGTGTTCATTTAACAAAAGACCCTAATGTTGTGGGACAGCTGGCTAAACAGATGATTGGGTACA 370
Query 227 ATCTAGCGACAAAACAAACTCCAAAAGAAGGTGTGAAAGTTAACAAGGTGATGGTTGCTGAAGCCTTGGATATT 300
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 371 ATCTAGCGACAAAACAAACTCCAAAAGAAGGTGTGAAAGTTAACAAGGTGATGGTTGCTGAAGCCTTGGATATT 444
Query 301 TCCAGAGAAACCTACCTGGCAATTCTGATGGACCGGTCCTGCAATGGCCCCGTGCTGGTGGGCAGCCCCCAGGG 374
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 445 TCCAGAGAAACCTACCTGGCAATTCTGATGGACCGGTCCTGCAATGGCCCCGTGCTGGTGGGCAGCCCCCAGGG 518
Query 375 GGGCGTCGACATTGAAGAGGTGGCTGCTTCAAACCCGGAGCTCATTTTTAAGGAGCAAATTGACATTTTTGAAG 448
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 519 GGGCGTCGACATTGAAGAGGTGGCTGCTTCAAACCCGGAGCTCATTTTTAAGGAGCAAATTGACATTTTTGAAG 592
Query 449 GAATAAAGGACAGCCAAGCTCAGCGGATGGCCGAAAATCTAGGCTTCGTTGGGCCTTTGAAAAGCCAGGCTGCA 522
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 593 GAATAAAGGACAGCCAAGCTCAGCGGATGGCCGAAAATCTAGGCTTCGTTGGGCCTTTGAAAAGCCAGGCTGCA 666
Query 523 GATCAAATTACGAAGCTGTATAATCTCTTCCTGAAAATTGATGCTACTCAGGTGGAAGTGAATCCCTTTGGTGA 596
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 667 GATCAAATTACGAAGCTGTATAATCTCTTCCTGAAAATTGATGCTACTCAGGTGGAAGTGAATCCCTTTGGTGA 740
Query 597 AACTCCAGAAGGACAAGTTGTCTGTTTTGATGCCAAGATAAACTTTGATGACAACGCAGAATTCCGACAAAAAG 670
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 741 AACTCCAGAAGGACAAGTTGTCTGTTTTGATGCCAAGATAAACTTTGATGACAACGCAGAATTCCGACAAAAAG 814
Query 671 ACATATTTGCTATGGACGACAAATCAGAGAATGAGCCCATTGAAAATGAAGCTGCCAAATATGATCTAAAATAC 744
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 815 ACATATTTGCTATGGACGACAAATCAGAGAATGAGCCCATTGAAAATGAAGCTGCCAAATATGATCTAAAATAC 888
Query 745 ATAGGACTAGATGGGAACATTGCCTGCTTTGTGAATGGTGCTGGGCTCGCCATGGCTACTTGTGATATCATTTT 818
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 889 ATAGGACTAGATGGGAACATTGCCTGCTTTGTGAATGGTGCTGGGCTCGCCATGGCTACTTGTGATATCATTTT 962
Query 819 CCTTAATGGTGGGAAGCCAGCCAACTTCTTGGATCTTGGAGGTGGTGTAAAGGAAGCTCAAGTATATCAAGCAT 892
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 963 CCTTAATGGTGGGAAGCCAGCCAACTTCTTGGATCTTGGAGGTGGTGTAAAGGAAGCTCAAGTATATCAAGCAT 1036
Query 893 TCAAATTGCTCACAGCTGATCCTAAGGTTGAAGCCATCCTTGTCAATATATTTGGTGGTATCGTCAACTGTGCC 966
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1037 TCAAATTGCTCACAGCTGATCCTAAGGTTGAAGCCATCCTTGTCAATATATTTGGTGGTATCGTCAACTGTGCC 1110
Query 967 ATCATTGCCAATGGGATCACCAAAGCCTGCCGGGAGCTAGAACTCAAGGTGCCCCTGGTGGTCCGGCTTGAAGG 1040
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1111 ATCATTGCCAATGGGATCACCAAAGCCTGCCGGGAGCTAGAACTCAAGGTGCCCCTGGTGGTCCGGCTTGAAGG 1184
Query 1041 -------------AACCAACGTCCAAG----AGGCCCAGAAGATACTCAA-CAACAGCGGACTCCCCATTACTT 1096
||..||.| ||| |.||.||.||.| ||| .|||| ||| |.||
Sbjct 1185 TACTTTTATGGAAAAAAAAGG---AAGTTATATGCACATAAAA----CAAGAAACA--GGA---------AATT 1240
Query 1097 CAGCCATTGACCTGGAGGAT-----GCAGCCAAGAAGGCTGTGGCC----------------AGTGTGGCCA-- 1147
|| |.||| ||..|| |.|.||||| ||...||.||| ||||| ||||
Sbjct 1241 CA---AATGA----GAATATAACTGGTATCCAAG-AGAACGTCGCCCACCAAAATCTGAGTAAGTGT-GCCATC 1305
Query 1148 AGAAG---------- 1152
||.|.
Sbjct 1306 AGCATTTTTTTATGT 1320