Nucleotide Global Alignment
Description
- Query:
- ccsbBroadEn_11424
- Subject:
- XM_011540419.2
- Aligned Length:
- 4449
- Identities:
- 2859
- Gaps:
- 1590
Alignment
Query 1 -------------------------------------------------------------------------- 0
Sbjct 1 ATGCCATCTGAACAGAAACAGTTATTTTGTGATGAAAAACAAACTACTTTAAAAAAAGATTATGATGTGAAAAA 74
Query 1 -------------------------------------------------------------------------- 0
Sbjct 75 TGAGATAGTTGATAGGTCGGCACCTAAACCAAAAATTTCAGGAAGTATTCATTATGCACTAAAAAATGTGAAAA 148
Query 1 -------------------------------------------------------------------------- 0
Sbjct 149 TTGATTTGCCAAAAATAAATATTCCAAATGAAGTCCTATTGAAACATGAAGTTGACAAATACAGAAAATTATTT 222
Query 1 -------------------------------------------------------------------------- 0
Sbjct 223 CAGAGTAAACAGCAGACTGCAAGAAAATCTATCAGTATAAAGACTGTAAGCTGTGTAGAGGAGTGTACATTGCT 296
Query 1 -------------------------------------------------------------------------- 0
Sbjct 297 TCATAAGTCTGAGAGAGCTGAAGAAGAGGGTGTAAAAATGTCTGCAAAAATACTCAATTTCAGCTGTTTAAAAT 370
Query 1 -------------------------------------------------------------------------- 0
Sbjct 371 GCCGAGACAACACTCGATATAGCCCAAATGATTTGCAGAAACACTTTCAAATGTGGCACCATGGCGAATTACCT 444
Query 1 -------------------------------------------------------------------------- 0
Sbjct 445 TCATATCCTTGTGAAATGTGCAACTTTTCAGCAAATGACTTTCAGGTATTTAAACAACACAGACGAACCCATAG 518
Query 1 -------------------------------------------------------------------------- 0
Sbjct 519 AAGCACTTTAGTAAAATGTGACATTTGTAACAATGAGAGTGTATATACTTTACTGAACTTGACAAAGCATTTCA 592
Query 1 -------------------------------------------------------------------------- 0
Sbjct 593 CATCCACACATTGTGTTAATGGTAATTTTCAATGTGAAAAGTGTAAGTTCTCCACCCAGGATGTTGGCACATTT 666
Query 1 -------------------------------------------------------------------------- 0
Sbjct 667 GTTCAGCACATTCATAGACATAATGAAATTCATTATAAGTGTGGTAAATGTCATCATGTATGTTTTACCAAAGG 740
Query 1 -------------------------------------------------------------------------- 0
Sbjct 741 AGAGCTTCAGAAGCACCTTCATATTCATTCTGGTACTTTTCCCTTCACTTGTCAATATTGTAGCTATGGTGCCA 814
Query 1 -------------------------------------------------------------------------- 0
Sbjct 815 CCAGGAGAGAACACCTTGTAAGACATGTTATAACTTTGCACAAAGAACATTTATATGCAAAAGAAAAACTGGAA 888
Query 1 -------------------------------------------------------------------------- 0
Sbjct 889 AAAGACAAATATGAAAAAAGAATGGCAAAGACTTCTGCAGGACTTAAGCTAATACTGAAAAGATATAAAATAGG 962
Query 1 -------------------------------------------------------------------------- 0
Sbjct 963 TGCATCAAGGAAGACGTTCTGGAAACGTAAGAAAATTAACAGTGGAAGTGACAGAAGTATAGAAAAGAACACTC 1036
Query 1 -------------------------------------------------------------------------- 0
Sbjct 1037 AAGTGCTTAAGAAAATGAACAAAACACAGACTAAATCTGAAGACCAGAGCCATGTTGTTCAAGAGCATTTAAGT 1110
Query 1 -------------------------------------------------------------------------- 0
Sbjct 1111 GAAGAAAAGGATGAAAGACTACACTGTGAGAATAATGATAAAGCCCCTGAATCAGAGTCAGAGAAGCCAACTCC 1184
Query 1 -------------------------------------------------------------------------- 0
Sbjct 1185 TCTGTCCACTGGGCAAGGTAATAGAGCTGAAGAGGGACCAAACGCTAGTTCAGGTTTCATGAAGACTGCTGTAC 1258
Query 1 -------------------------------------------------------------------------- 0
Sbjct 1259 TAGGACCTACACTGAAAAATGTAATGATGAAAAATAATAAACTAGCAGTTTCCCCTAACTATAATGCTACGTTT 1332
Query 1 -------------------------------------------------------------------------- 0
Sbjct 1333 ATGGGCTTCAAGATGATGGATGGAAAACAGCATATTGTATTAAAATTGGTGCCTATCAAACAAAATGTATGTTC 1406
Query 1 -------------------------------------------------------------------------- 0
Sbjct 1407 ACCAGGCTCACAGTCAGGTGCTGCAAAGGACGGTACTGCTAATTTGCAGCCCCAGACTTTGGACACTAATGGAT 1480
Query 1 -------------------------------------------------------------------------- 0
Sbjct 1481 TTTTAACAGGAGTAACAACTGAGTTAAATGACACAGTTTATATGAAAGCAGCTACTCCATTTTCATGTTCATCT 1554
Query 1 ------------------------------------ATGACTTTGATATCTCAAAGGAATAATATGCTTCAAAC 38
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1555 TCTATACTTTCAGGGAAAGCAAGTTCAGAAAAAGAAATGACTTTGATATCTCAAAGGAATAATATGCTTCAAAC 1628
Query 39 AATGGATTATGAGAAAAGTGTATCTTCTTTGTCAGCAACATCAGAATTGGTTACAGCATCAGTGAATTTGACCA 112
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1629 AATGGATTATGAGAAAAGTGTATCTTCTTTGTCAGCAACATCAGAATTGGTTACAGCATCAGTGAATTTGACCA 1702
Query 113 CAAAATTTGAAACAAGAGATAATGTTGACTTCTGGGGAAATCATCTCACTCAGAGTCACCCCGAGGTATTAGGT 186
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1703 CAAAATTTGAAACAAGAGATAATGTTGACTTCTGGGGAAATCATCTCACTCAGAGTCACCCCGAGGTATTAGGT 1776
Query 187 ACCACCATTAAAAGTCCAGATAAAGTCAACTGTGTTGCCAAACCAAATGCATACAACAGTGGAGATATGCATAA 260
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1777 ACCACCATTAAAAGTCCAGATAAAGTCAACTGTGTTGCCAAACCAAATGCATACAACAGTGGAGATATGCATAA 1850
Query 261 TTATTGCATTAATTATGGCAACTGTGAGTTACCTGTTGAATCCTCCAACCAAGGATCATTACCTTTTCATAATT 334
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1851 TTATTGCATTAATTATGGCAACTGTGAGTTACCTGTTGAATCCTCCAACCAAGGATCATTACCTTTTCATAATT 1924
Query 335 ACTCAAAAGTGAATAATTCTAATAAACGTCGTAGGTTTTCAGGAACAGCAGTGTATGAAAACCCTCAAAGAGAA 408
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1925 ACTCAAAAGTGAATAATTCTAATAAACGTCGTAGGTTTTCAGGAACAGCAGTGTATGAAAACCCTCAAAGAGAA 1998
Query 409 TCTTCATCCAGCAAAACAGTTGTCCAACAACCAATTAGTGAATCATTTTTATCACTAGTGAGGCAGGAGAGCTC 482
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1999 TCTTCATCCAGCAAAACAGTTGTCCAACAACCAATTAGTGAATCATTTTTATCACTAGTGAGGCAGGAGAGCTC 2072
Query 483 AAAACCAGATAGCCTATTAGCATCTATTAGCCTTTTAAATGATAAAGATGGAACTTTAAAAGCAAAATCTGAAA 556
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2073 AAAACCAGATAGCCTATTAGCATCTATTAGCCTTTTAAATGATAAAGATGGAACTTTAAAAGCAAAATCTGAAA 2146
Query 557 TTGAAGAACAGTATGTTTTAGAAAAAGGACAAAACATTGATGGACAAAACCTGTACAGTAATGAAAATCAAAAT 630
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2147 TTGAAGAACAGTATGTTTTAGAAAAAGGACAAAACATTGATGGACAAAACCTGTACAGTAATGAAAATCAAAAT 2220
Query 631 TTAGAGTGTGCGACTGAAAAATCTAAATGGGAAGACTTTTCTAATGTCGATTCACCTATGATGCCTAGAATCAC 704
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2221 TTAGAGTGTGCGACTGAAAAATCTAAATGGGAAGACTTTTCTAATGTCGATTCACCTATGATGCCTAGAATCAC 2294
Query 705 ATCTGTTTTCTCTCTCCAGAGCCAACAGGCATCAGAATTTCTGCCACCTGAAGTAAACCAATTGCTTCAGGATG 778
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2295 ATCTGTTTTCTCTCTCCAGAGCCAACAGGCATCAGAATTTCTGCCACCTGAAGTAAACCAATTGCTTCAGGATG 2368
Query 779 TATTGAAAATAAAACCTGATGTAAAACAAGACTCTAGTAACACTCCAAATAAAGGCTTGCCACTTCATTGTGAC 852
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2369 TATTGAAAATAAAACCTGATGTAAAACAAGACTCTAGTAACACTCCAAATAAAGGCTTGCCACTTCATTGTGAC 2442
Query 853 CAGTCATTTCAAAAACACGAGAGAGAAGGCAAAATTGTTGAATCTTCGAAAGATTTCAAAGTGCAAGGCATCTT 926
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2443 CAGTCATTTCAAAAACACGAGAGAGAAGGCAAAATTGTTGAATCTTCGAAAGATTTCAAAGTGCAAGGCATCTT 2516
Query 927 CCCAGTTCCACCTGGCAGTGTGGGTATTAATGTGCCTACAAATGATTTGAATTTGAAATTTGGAAAAGAAAAAC 1000
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2517 CCCAGTTCCACCTGGCAGTGTGGGTATTAATGTGCCTACAAATGATTTGAATTTGAAATTTGGAAAAGAAAAAC 2590
Query 1001 AAGTGTCATCAATACCACAAGATGTGAGAGATTCAGAGAAGATGCCTAGAATTTCAGGTTTTGGCACATTACTT 1074
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2591 AAGTGTCATCAATACCACAAGATGTGAGAGATTCAGAGAAGATGCCTAGAATTTCAGGTTTTGGCACATTACTT 2664
Query 1075 AAGACTCAGTCAGATGCGATAATAACACAGCAGCTTGTAAAAGACAAACTACGAGCCACCACACAAAATTTAGG 1148
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2665 AAGACTCAGTCAGATGCGATAATAACACAGCAGCTTGTAAAAGACAAACTACGAGCCACCACACAAAATTTAGG 2738
Query 1149 TTCTTTTTATATGCAGAGTCCACTTTTAAATTCAGAACAAAAAAAAACTATAATTGTTCAGACTTCAAAAGGAT 1222
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2739 TTCTTTTTATATGCAGAGTCCACTTTTAAATTCAGAACAAAAAAAAACTATAATTGTTCAGACTTCAAAAGGAT 2812
Query 1223 TCTTAATACCATTGAACATTACTAACAAGCCTGGGCTACCAGTTATTCCTGGAAATGCACTTCCATTGGTTAAT 1296
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2813 TCTTAATACCATTGAACATTACTAACAAGCCTGGGCTACCAGTTATTCCTGGAAATGCACTTCCATTGGTTAAT 2886
Query 1297 TCACAAGGTATCCCTGCTTCTCTTTTTGTAAACAAGAAACCTGGGATGGTTTTAACACTTAATAATGGGAAACT 1370
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2887 TCACAAGGTATCCCTGCTTCTCTTTTTGTAAACAAGAAACCTGGGATGGTTTTAACACTTAATAATGGGAAACT 2960
Query 1371 TGAAGGTGTTTCCGCTGTCAAAACCGAGGGTGCCCCAGCTCGTGGAACTGTGACTAAGGAGCCTTGCAAAACAC 1444
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2961 TGAAGGTGTTTCCGCTGTCAAAACCGAGGGTGCCCCAGCTCGTGGAACTGTGACTAAGGAGCCTTGCAAAACAC 3034
Query 1445 CTATTTTGAAGGTAGAACCAAACAATAATTGTCTTACACCTGGACTTTGTTCCAGCATTGGCAGTTGTTTGAGC 1518
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 3035 CTATTTTGAAGGTAGAACCAAACAATAATTGTCTTACACCTGGACTTTGTTCCAGCATTGGCAGTTGTTTGAGC 3108
Query 1519 ATGAAAAGTAGCTCAGAAAATACTTTGCCATTAAAAGGCCCTTACATTTTGAAACCAACGAGTTCTGTGAAAGC 1592
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 3109 ATGAAAAGTAGCTCAGAAAATACTTTGCCATTAAAAGGCCCTTACATTTTGAAACCAACGAGTTCTGTGAAAGC 3182
Query 1593 TGTTCTTATTCCTAACATGCTATCTGAGCAACAGAGCACTAAGTTGAATATCTCCGATTCAGTAAAACAGCAGA 1666
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 3183 TGTTCTTATTCCTAACATGCTATCTGAGCAACAGAGCACTAAGTTGAATATCTCCGATTCAGTAAAACAGCAGA 3256
Query 1667 ATGAGATTTTTCCAAAACCACCTCTTTATACCTTCTTGCCTGATGGCAAACAAGCTGTTTTTTTAAAGTGTGTG 1740
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 3257 ATGAGATTTTTCCAAAACCACCTCTTTATACCTTCTTGCCTGATGGCAAACAAGCTGTTTTTTTAAAGTGTGTG 3330
Query 1741 ATGCCAAATAAAACTGAGCTGCTTAAGCCCAAATTAGTCCAAAATAGTACTTATCAAAATATACAGCCAAAGAA 1814
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 3331 ATGCCAAATAAAACTGAGCTGCTTAAGCCCAAATTAGTCCAAAATAGTACTTATCAAAATATACAGCCAAAGAA 3404
Query 1815 ACCTGAAGGAACACCACAAAGAATATTGCTGAAAATTTTTAACCCTGTTTTAAATGTGACTGCTGCTAATAATC 1888
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 3405 ACCTGAAGGAACACCACAAAGAATATTGCTGAAAATTTTTAACCCTGTTTTAAATGTGACTGCTGCTAATAATC 3478
Query 1889 TGTCAGTAAGCAACTCTGCATCCTCATTGCAAAAAGACAACGTACCATCTAATCAGATTATAGGAGGAGAGCAG 1962
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 3479 TGTCAGTAAGCAACTCTGCATCCTCATTGCAAAAAGACAACGTACCATCTAATCAGATTATAGGAGGAGAGCAG 3552
Query 1963 AAAGAGCCAGAATCTAGAGATGCCTTACCCTTCTTACTAGATGACTTAATGCCAGCAAATGAAATTGTGATAAC 2036
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 3553 AAAGAGCCAGAATCTAGAGATGCCTTACCCTTCTTACTAGATGACTTAATGCCAGCAAATGAAATTGTGATAAC 3626
Query 2037 TTCTACTGCAACATGCCCAGAATCTTCTGAGGAACCAATATGTGTCAGTGACTGTTCAGAGTCCAGGGTATTAA 2110
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 3627 TTCTACTGCAACATGCCCAGAATCTTCTGAGGAACCAATATGTGTCAGTGACTGTTCAGAGTCCAGGGTATTAA 3700
Query 2111 GGTGTAAAACAAATTGTAGAATTGAGAGGAACTTCAATAGAAAAAAGACTTCCAAAAAAATTTTTTCAAAAACA 2184
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 3701 GGTGTAAAACAAATTGTAGAATTGAGAGGAACTTCAATAGAAAAAAGACTTCCAAAAAAATTTTTTCAAAAACA 3774
Query 2185 AAAACTCATGGAAGTAAAGACTCTGAAACTGCCTTTGTATCTAGAAACAGAAACTGTAAACGAAAGTGTAGGGA 2258
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 3775 AAAACTCATGGAAGTAAAGACTCTGAAACTGCCTTTGTATCTAGAAACAGAAACTGTAAACGAAAGTGTAGGGA 3848
Query 2259 TAGTTACCAAGAACCTCCAAGAAGAAAAGCAACATTGCATAGAAAGTGTAAAGAAAAGGCAAAACCTGAAGATG 2332
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 3849 TAGTTACCAAGAACCTCCAAGAAGAAAAGCAACATTGCATAGAAAGTGTAAAGAAAAGGCAAAACCTGAAGATG 3922
Query 2333 TCCGTGAAACATTTGGATTTAGCAGACCTAGGCTTTCAAAAGATTCCATCAGAACTTTGCGGCTTTTCCCTTTT 2406
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 3923 TCCGTGAAACATTTGGATTTAGCAGACCTAGGCTTTCAAAAGATTCCATCAGAACTTTGCGGCTTTTCCCTTTT 3996
Query 2407 AGTTCTAAACAGCTTGTGAAATGTCCTAGGAGAAACCAACCAGTTGTAGTTTTGAATCATCCTGACGCAGATGC 2480
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 3997 AGTTCTAAACAGCTTGTGAAATGTCCTAGGAGAAACCAACCAGTTGTAGTTTTGAATCATCCTGACGCAGATGC 4070
Query 2481 ACCAGAAGTAGTAAGTGTAATGAAAACTATTGCTAAATTTAATGGACATGTACTTAAGGTTTCATTGTCAAAAA 2554
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 4071 ACCAGAAGTAGTAAGTGTAATGAAAACTATTGCTAAATTTAATGGACATGTACTTAAGGTTTCATTGTCAAAAA 4144
Query 2555 GAACTATAAATGCTTTACTGAAACCAGTTTGTTATAACCCTCCTAAAACAACTTATGATGATTTTTCCAAGAGG 2628
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 4145 GAACTATAAATGCTTTACTGAAACCAGTTTGTTATAACCCTCCTAAAACAACTTATGATGATTTTTCCAAGAGG 4218
Query 2629 CACAAAACATTTAAACCTGTTAGTTCTGTGAAAGAAAGATTTGTGCTAAAATTAACACTCAAAAAGACAAGCAA 2702
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 4219 CACAAAACATTTAAACCTGTTAGTTCTGTGAAAGAAAGATTTGTGCTAAAATTAACACTCAAAAAGACAAGCAA 4292
Query 2703 AAACAATTACCAGATTGTGAAGACTACCTCTGAAAATATTTTGAAGGCTAAATTTAACTGTTGGTTTTGTGGTA 2776
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 4293 AAACAATTACCAGATTGTGAAGACTACCTCTGAAAATATTTTGAAGGCTAAATTTAACTGTTGGTTTTGTGGTA 4366
Query 2777 GAGTATTTGACAATCAGGATACTTGGGCTGGTCATGGGCAGAGACATTTAATGGAAGCTACTCGGGATTGGAAC 2850
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 4367 GAGTATTTGACAATCAGGATACTTGGGCTGGTCATGGGCAGAGACATTTAATGGAAGCTACTCGGGATTGGAAC 4440
Query 2851 ATGTTAGAA 2859
|||||||||
Sbjct 4441 ATGTTAGAA 4449
