Nucleotide Global Alignment

Description

• Query: ccsbBroadEn_11450
• Subject: XR_925997.1
• Aligned Length: 2142
• Identities: 1266
• Gaps: 835

Alignment

Query    1  --------------------------------------------------------------------------  0
                                                                                      
Sbjct    1  GCAAAGAGCTTAGAATATTTATTTGAAAGGAATGAGGATCCTGCACTCTTCCTCCCTCAGTAAGTAAATGCCAG  74

Query    1  --------------------------------------------------------------------------  0
                                                                                      
Sbjct   75  TCCCTAGGAAGAGAGAACCAAAATGTCTACCGGACCAGATGTCAAGGCTACAGTGGGGGACATTTCCAGTGATG  148

Query    1  --------------------------------------------------------------------------  0
                                                                                      
Sbjct  149  GCAATTTAAACGTGGCTCAAGAGGAATGCTCCAGGAAAGGTTTTTGTTCAGTCCGACATGGGCTGGCCCTCATC  222

Query    1  ------------------------------------ATGAACTTGAGCATTGCCATCCCAGCTATGGTGAACAA  38
                                                ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  223  TTGCAGCTCTGTAATTTTTCAATTTACACCCAACAAATGAACTTGAGCATTGCCATCCCAGCTATGGTGAACAA  296

Query   39  CACAGCCCCACCTAGCCAGCCCAATGCCTCCACAGAACGGCCCTCCACTGACTCCCAGGGCTACTGGAATGAAA  112
            |||||||||||||||||||||||||||.||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  297  CACAGCCCCACCTAGCCAGCCCAATGCTTCCACAGAACGGCCCTCCACTGACTCCCAGGGCTACTGGAATGAAA  370

Query  113  CTCTAAAAGAATTTAAAGCAATGGCCCCTGCATATGACTGGAGTCCTGAAATCCAGGGAATCATCCTCAGCTCC  186
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  371  CTCTAAAAGAATTTAAAGCAATGGCCCCTGCATATGACTGGAGTCCTGAAATCCAGGGAATCATCCTCAGCTCC  444

Query  187  CTCAACTATGGCTCATTCTTGGCTCCAATCCCCAGTGGCTATGTGGCTGGAATATTTGGAGCCAAGTATGTGGT  260
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  445  CTCAACTATGGCTCATTCTTGGCTCCAATCCCCAGTGGCTATGTGGCTGGAATATTTGGAGCCAAGTATGTGGT  518

Query  261  TGGTGCTGGCTTGTTTATTTCCTCATTCCTGACCCTCTTCATTCCACTGGCAGCTAATGCGGGAGTGGCCTTGC  334
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  519  TGGTGCTGGCTTGTTTATTTCCTCATTCCTGACCCTCTTCATTCCACTGGCAGCTAATGCGGGAGTGGCCTTGC  592

Query  335  TCATTGTCCTCCGGATTGTACAAGGCATAGCCCAGGTTATGGTATTAACTGGTCAGTATTCAATTTGGGTCAAA  408
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  593  TCATTGTCCTCCGGATTGTACAAGGCATAGCCCAGGTTATGGTATTAACTGGTCAGTATTCAATTTGGGTCAAA  666

Query  409  TGGGCTCCCCCACTGGAAAGGAGTCAACTCACCACCATTGCTGGATCAGGGTCAATGCTGGGGTCCTTCATTGT  482
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  667  TGGGCTCCCCCACTGGAAAGGAGTCAACTCACCACCATTGCTGGATCAGGGTCAATGCTGGGGTCCTTCATTGT  740

Query  483  TCTACTTGCTGGTGGTCTCCTCTGCCAGACCATAGGATGGCCTTACGTCTTCTATATCTTTGGAGGAATTGGCT  556
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  741  TCTACTTGCTGGTGGTCTCCTCTGCCAGACCATAGGATGGCCTTACGTCTTCTATATCTTTGGAGGAATTGGCT  814

Query  557  GTGCTTGTTGTCCTCTCTGGTTTCCTCTCATTTATGATGATCCTGTGAATCATCCCTTTATCAGTGCTGGTGAG  630
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  815  GTGCTTGTTGTCCTCTCTGGTTTCCTCTCATTTATGATGATCCTGTGAATCATCCCTTTATCAGTGCTGGTGAG  888

Query  631  AAGAGATACATTGTGTGTTCATTGGCTCAGCAGGACTGTTCACCAGGCTGGTCTCTTCCCATTAGGGCTATGAT  704
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  889  AAGAGATACATTGTGTGTTCATTGGCTCAGCAGGACTGTTCACCAGGCTGGTCTCTTCCCATTAGGGCTATGAT  962

Query  705  CAAATCCTTACCACTCTGGGCCATTTTAGTCTCTTATTTCTGTGAATACTGGCTTTTTTATACCATTATGGCGT  778
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  963  CAAATCCTTACCACTCTGGGCCATTTTAGTCTCTTATTTCTGTGAATACTGGCTTTTTTATACCATTATGGCGT  1036

Query  779  ACACACCAACGTACATCAGCTCGGTACTTCAAGCCAACCTCAGAGATAGTGGGATCCTGTCTGCCTTGCCGTTT  852
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1037  ACACACCAACGTACATCAGCTCGGTACTTCAAGCCAACCTCAGAGATAGTGGGATCCTGTCTGCCTTGCCGTTT  1110

Query  853  GTTGTTGGATGTATCTGCATTATCCTTGGAGGTCTACTGGCAGACTTTCTTCTCTCCAGAAAAATCCTCAGACT  926
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1111  GTTGTTGGATGTATCTGCATTATCCTTGGAGGTCTACTGGCAGACTTTCTTCTCTCCAGAAAAATCCTCAGACT  1184

Query  927  CATCACCATCAGGAAACTCTTCACTACCATTGGGGTTCTCTTCCCATCCGTGATCCTCGTGTCCCTGCCCTGGG  1000
            |||||||||||||||||||||||||.||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1185  CATCACCATCAGGAAACTCTTCACTGCCATTGGGGTTCTCTTCCCATCCGTGATCCTCGTGTCCCTGCCCTGGG  1258

Query 1001  TCAGATCCAGCCACAGCATGACCATGACCTTCTTGGTGCTGTCTTCTGCCATCAGCAGCTTCTGTGAATCAGGA  1074
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1259  TCAGATCCAGCCACAGCATGACCATGACCTTCTTGGTGCTGTCTTCTGCCATCAGCAGCTTCTGTGAATCAGGA  1332

Query 1075  GCCCTTGTTAACTTCTTGGATATTGCTCCTCGGTACACTGG-----CTTT---CTCA-------AAGGACT--A  1131
            |||||||||||||||||||||||||||||||||||    ||     ||||   ||||       |...|||  |
Sbjct 1333  GCCCTTGTTAACTTCTTGGATATTGCTCCTCGGTA----GGGACCTCTTTTGCCTCATCCTTTCAGACACTCAA  1402

Query 1132  TTGCAAGTCT-------------------------------------TTGC-------ACACATAGCTGGA---  1158
            || |||||||                                     |.||       |||..|.||.|||   
Sbjct 1403  TT-CAAGTCTAGCAGCCCTAAATCTACTCTGATGTGAAAGTAAAATGTGGCAGGTACAACAGGTTGCAGGAAAT  1475

Query 1159  ------GCCATCTC----TCCTAC----------------------------TGCTGCTGGA------------  1182
                  .|||.|||    ||||||                            .||||.||||            
Sbjct 1476  GTCAGCACCAGCTCTACATCCTACATCTAAATAATTCCTGGAAGAGACTCAAAGCTGGTGGACCATTGTGAACT  1549

Query 1183  ---TTTTTC--------------ATCAGTCAG----GAT--TCAGAGT--------------------------  1207
               ||||||              |..||||||    .||  |||||||                          
Sbjct 1550  TAGTTTTTCTGGGCGTGAACAAGAGGAGTCAGTGGCCATGCTCAGAGTCAACTGAGGGAGACTCACACAAACCT  1623

Query 1208  ---TTGGTTGGAGAAATGTC--TTCTTGCTT---------TCAGCTG------CTGTTAACA---TATCGGGCC  1258
               |..||| |||.|||| |  ..|||||.|         ||| |||      .|.||.|.|   |||.|||..
Sbjct 1624  CTCTCTGTT-GAGGAATG-CAGCACTTGCCTAAGGCGGAATCA-CTGAAAGAAATCTTGAGATTCTATAGGGTA  1694

Query 1259  TGGTTTTCTACCTC------ATCTTT------GGCCGAGCAGATGTGCAGGACTG--GGCTAAAGAGC------  1312
            ||         |||      ||||||      |||..||.|.|    ||||||||  ||..|||.|.|      
Sbjct 1695  TG---------CTCATGAAAATCTTTAATGAAGGCAAAGGACA----CAGGACTGCAGGAGAAATATCTGTCTC  1755

Query 1313  ------------------------AGACATTC---ACCCACCTC------------------------------  1329
                                    |||| |||   ||..|.|||                              
Sbjct 1756  TGATACAGTAAAAACAGTTGACTGAGAC-TTCCAAACATAGCTCCCAGGGTGCTGTCCCAGTCAACAGGACATC  1828

Query 1330  --------------------------------------------------------------------------  1329
                                                                                      
Sbjct 1829  CTTCATCTTCAGATAATGAACCACCAAGAAATGTGAGAGATGCCCTTGTCACAGGGGAGCCGACGTCTCATCTG  1902

Query 1330  --------------------------------------------------------------------------  1329
                                                                                      
Sbjct 1903  GTGAGGGGTCTTTTATACCCACGGAGGGTATAAAAGTTACAAGATCAGACTCAACAGCAGAAGCCAAAACAACA  1976

Query 1330  --------------------------------------------------------------------------  1329
                                                                                      
Sbjct 1977  ACAACAACAACAACAACAACAACAACAACAACAACAAAAACCTTACAAACCAGGTACACTGGCTTTCTCAAAGG  2050

Query 1330  ----------------------------------------------------------------------  1329
                                                                                  
Sbjct 2051  ACTATTGCAAGTCTTTGCACACATAGCTGGAGCCATCTCTCCTACTGCTGCTGGATTTTTCATCAGTCAG  2120