Nucleotide Global Alignment

Description

• Query: ccsbBroadEn_11497
• Subject: NM_001286277.2
• Aligned Length: 2722
• Identities: 2438
• Gaps: 281

Alignment

Query    1  ATGGCGACCCCGGACCAGAAGTCGCCGAACGTTCTGCTGCAGAACCTGTGCTGCAGGATCCTGGGCAGGAGCGA  74
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct    1  ATGGCGACCCCGGACCAGAAGTCGCCGAACGTTCTGCTGCAGAACCTGTGCTGCAGGATCCTGGGCAGGAGCGA  74

Query   75  AGCTGATGTAGCCCAGCAGTTCCAGTATGCTGTGCGGGTGATTGGCAGCAACTTCGCCCCAACTGTTGAAAGAG  148
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct   75  AGCTGATGTAGCCCAGCAGTTCCAGTATGCTGTGCGGGTGATTGGCAGCAACTTCGCCCCAACTGTTGAAAGAG  148

Query  149  ATGAATTTTTAGTAGCTGAAAAAATCAAGAAAGAGCTTATTCGACAACGAAGAGAAGCAGATGCTGCATTATTT  222
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  149  ATGAATTTTTAGTAGCTGAAAAAATCAAGAAAGAGCTTATTCGACAACGAAGAGAAGCAGATGCTGCATTATTT  222

Query  223  TCAGAACTCCACAGAAAACTTCATTCACAGGGAGTTTTGAAAAATAAATGGTCAATACTCTACCTCTTGCTGAG  296
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  223  TCAGAACTCCACAGAAAACTTCATTCACAGGGAGTTTTGAAAAATAAATGGTCAATACTCTACCTCTTGCTGAG  296

Query  297  CCTCAGTGAGGACCCACGCAGGCAGCCAAGCAAGGTTTCTAGCTATGCTACGTTATTTGCTCAGGCCTTACCAA  370
            ||||||||||||||||||||||||||||||||                              ||||||||||||
Sbjct  297  CCTCAGTGAGGACCCACGCAGGCAGCCAAGCA------------------------------AGGCCTTACCAA  340

Query  371  GAGATGCCCACTCAACCCCTTACTACTATGCCAGGCCTCAGACCCTTCCCCTGAGCTACCAAGATCGGAGTGCC  444
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  341  GAGATGCCCACTCAACCCCTTACTACTATGCCAGGCCTCAGACCCTTCCCCTGAGCTACCAAGATCGGAGTGCC  414

Query  445  CAGTCAGCCCAGAGCTCCGGCAGCGTGGGCAGCAGTGGCATCAGCAGCATTGGCCTGTGTGCCCTCAGTGGCCC  518
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  415  CAGTCAGCCCAGAGCTCCGGCAGCGTGGGCAGCAGTGGCATCAGCAGCATTGGCCTGTGTGCCCTCAGTGGCCC  488

Query  519  CGCGCCTGCGCCACAATCTCTCCTCCCAGGACAGTCTAATCAAGCTCCAGGAGTAGGAGATTGCCTTCGACAGC  592
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  489  CGCGCCTGCGCCACAATCTCTCCTCCCAGGACAGTCTAATCAAGCTCCAGGAGTAGGAGATTGCCTTCGACAGC  562

Query  593  AGTTGGGGTCACGACTCGCATGGACTTTAACTGCAAATCAGCCTTCTTCACAAGCCACTACCTCAAAAGGTGTC  666
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  563  AGTTGGGGTCACGACTCGCATGGACTTTAACTGCAAATCAGCCTTCTTCACAAGCCACTACCTCAAAAGGTGTC  636

Query  667  CCCAGTGCTGTGTCTCGCAACATGACAAGGTCCAGGAGAGAAGGGGATACGGGTGGTACTATGGAAATTACAGA  740
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  637  CCCAGTGCTGTGTCTCGCAACATGACAAGGTCCAGGAGAGAAGGGGATACGGGTGGTACTATGGAAATTACAGA  710

Query  741  AGCAGCTCTGGTAAGGGACATTTTGTACGTCTTTCAGGGCATAGATGGCAAAAACATCAAAATGAACAACACTG  814
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  711  AGCAGCTCTGGTAAGGGACATTTTGTACGTCTTTCAGGGCATAGATGGCAAAAACATCAAAATGAACAACACTG  784

Query  815  AAAATTGTTACAAAGTAGAAGGAAAGGCAAATCTAAGTAGGTCTTTGAGAGACACAGCAGTCAGGCTTTCTGAG  888
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  785  AAAATTGTTACAAAGTAGAAGGAAAGGCAAATCTAAGTAGGTCTTTGAGAGACACAGCAGTCAGGCTTTCTGAG  858

Query  889  TTGGGATGGTTGCATAATAAAATCAGAAGATACACGGACCAGAGGAGCCTGGACCGCTCATTCGGACTCGTCGG  962
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  859  TTGGGATGGTTGCATAATAAAATCAGAAGATACACGGACCAGAGGAGCCTGGACCGCTCATTCGGACTCGTCGG  932

Query  963  GCAGAGCTTTTGTGCTGCCTTGCACCAGGAACTCAGAGAATACTATCGATTGCTCTCTGTTTTACATTCTCAGC  1036
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  933  GCAGAGCTTTTGTGCTGCCTTGCACCAGGAACTCAGAGAATACTATCGATTGCTCTCTGTTTTACATTCTCAGC  1006

Query 1037  TACAACTAGAGGATGACCAGGGTGTGAATTTGGGACTTGAGAGTAGTTTAACACTTCGGCGCCTCCTGGTTTGG  1110
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1007  TACAACTAGAGGATGACCAGGGTGTGAATTTGGGACTTGAGAGTAGTTTAACACTTCGGCGCCTCCTGGTTTGG  1080

Query 1111  ACCTATGATCCCAAAATACGACTGAAGACCCTTGCGGCCCTAGTGGACCACTGCCAAGGAAGGAAAGGAGGTGA  1184
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1081  ACCTATGATCCCAAAATACGACTGAAGACCCTTGCGGCCCTAGTGGACCACTGCCAAGGAAGGAAAGGAGGTGA  1154

Query 1185  GCTGGCCTCAGCTGTCCACGCCTACACAAAAACAGGAGACCCGTACATGCGGTCTCTGGTGCAGCACATCCTCA  1258
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1155  GCTGGCCTCAGCTGTCCACGCCTACACAAAAACAGGAGACCCGTACATGCGGTCTCTGGTGCAGCACATCCTCA  1228

Query 1259  GCCTCGTGTCTCATCCTGTTTTGAGCTTCCTGTACCGCTGGATATATGATGGGGAGCTTGAGGACACTTACCAC  1332
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1229  GCCTCGTGTCTCATCCTGTTTTGAGCTTCCTGTACCGCTGGATATATGATGGGGAGCTTGAGGACACTTACCAC  1302

Query 1333  GAATTTTTTGTAGCATCAGATCCAACAGTTAAAACAGATCGACTGTGGCACGACAAGTATACTTTGAGGAAATC  1406
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1303  GAATTTTTTGTAGCATCAGATCCAACAGTTAAAACAGATCGACTGTGGCACGACAAGTATACTTTGAGGAAATC  1376

Query 1407  GATGATTCCTTCGTTTATGACGATGGATCAGTCTAGGAAGGTCCTTTTGATAGGAAAATCAATAAATTTCTTGC  1480
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1377  GATGATTCCTTCGTTTATGACGATGGATCAGTCTAGGAAGGTCCTTTTGATAGGAAAATCAATAAATTTCTTGC  1450

Query 1481  ACCAAGTTTGTCATGATCAGACTCCCACTACAAAGATGATAGCTGTGACCAAGTCTGCAGAGTCACCCCAGGAC  1554
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1451  ACCAAGTTTGTCATGATCAGACTCCCACTACAAAGATGATAGCTGTGACCAAGTCTGCAGAGTCACCCCAGGAC  1524

Query 1555  GCTGCAGACCTATTCACAGACTTGGAAAATGCATTTCAGGGGAAGATTGATGCTGCTTATTTTGAGACCAGCAA  1628
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1525  GCTGCAGACCTATTCACAGACTTGGAAAATGCATTTCAGGGGAAGATTGATGCTGCTTATTTTGAGACCAGCAA  1598

Query 1629  ATACCTGTTGGATGTTCTCAATAAAAAGTACAGCTTGCTGGACCACATGCAGGCAATGAGGCGGTACCTGCTTC  1702
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1599  ATACCTGTTGGATGTTCTCAATAAAAAGTACAGCTTGCTGGACCACATGCAGGCAATGAGGCGGTACCTGCTTC  1672

Query 1703  TTGGTCAAGGAGACTTTATAAGGCACTTAATGGACTTGCTAAAACCAGAACTTGTCCGTCCAGCTACGACTTTG  1776
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1673  TTGGTCAAGGAGACTTTATAAGGCACTTAATGGACTTGCTAAAACCAGAACTTGTCCGTCCAGCTACGACTTTG  1746

Query 1777  TATCAGCATAACTTGACTGGAATTCTAGAAACCGCTGTCAGAGCCACCAACGCACAGTTTGACAGTCCTGAGAT  1850
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1747  TATCAGCATAACTTGACTGGAATTCTAGAAACCGCTGTCAGAGCCACCAACGCACAGTTTGACAGTCCTGAGAT  1820

Query 1851  CCTGCGAAGGCTGGACGTGCGGCTGCTGGAGGTCTCTCCAGGTGACACTGGATGGGATGTCTTCAGCCTCGATT  1924
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1821  CCTGCGAAGGCTGGACGTGCGGCTGCTGGAGGTCTCTCCAGGTGACACTGGATGGGATGTCTTCAGCCTCGATT  1894

Query 1925  ATCATGTTGACGGACCAATTGCAACTGTGTTTACTCGAGAATGTATGAGCCACTACCTAAGAGTATTTAACTTC  1998
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1895  ATCATGTTGACGGACCAATTGCAACTGTGTTTACTCGAGAATGTATGAGCCACTACCTAAGAGTATTTAACTTC  1968

Query 1999  CTCTGGAGGGCGAAGCGGATGGAATACATCCTCACTGACATACGGAAGGGACACATGTGCAATGCAAAGCTCCT  2072
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1969  CTCTGGAGGGCGAAGCGGATGGAATACATCCTCACTGACATACGGAAGGGACACATGTGCAATGCAAAGCTCCT  2042

Query 2073  GAGAAACATGCCAGAGTTCTCCGGGGTGCTGCACCAGTGTCACATTTTGGCCTCTGAGATGGTCCATTTCATTC  2146
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2043  GAGAAACATGCCAGAGTTCTCCGGGGTGCTGCACCAGTGTCACATTTTGGCCTCTGAGATGGTCCATTTCATTC  2116

Query 2147  ATCAGATGCAGTATTACATCACATTTGAGGTGCTTGAATGTTCTTGGGATGAGCTTTGGAACAAAGTCCAGCAG  2220
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2117  ATCAGATGCAGTATTACATCACATTTGAGGTGCTTGAATGTTCTTGGGATGAGCTTTGGAACAAAGTCCAGCAG  2190

Query 2221  GCCCAGGATTTGGATCACATCATTGCTGCACACGAGGTGTTCTTAGACACCATCATCTCCCGCTGCCTGCTGGA  2294
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2191  GCCCAGGATTTGGATCACATCATTGCTGCACACGAGGTGTTCTTAGACACCATCATCTCCCGCTGCCTGCTGGA  2264

Query 2295  CAGTGACTCCAGGGCACTTTTAAATCAACTTAGAGCTGTGTTTGATCAAATTATTGAACTTCAGAATGCTCAAG  2368
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2265  CAGTGACTCCAGGGCACTTTTAAATCAACTTAGAGCTGTGTTTGATCAAATTATTGAACTTCAGAATGCTCAAG  2338

Query 2369  ATGCAATATACAGAGCTGCTCTGGAAGAATTGCAGAGACGATTACAGTTTGAAGAGAAAAAGAAACAGCGTGAA  2442
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2339  ATGCAATATACAGAGCTGCTCTGGAAGAATTGCAGAGACGATTACAGTTTGAAGAGAAAAAGAAACAGCGTGAA  2412

Query 2443  ATTGAG-----GTTGAGATGTG---------------------------------------------------C  2460
            ||||||     ||.|.|| |||                                                   .
Sbjct 2413  ATTGAGGGCCAGTGGGGA-GTGACGGCAGCAGAGGAAGAGGAGGAAAATAAGAGGATTGGAGAATTTAAAGAAT  2485

Query 2461  CTATAC--------TGC-----GTT-------------------------------------------------  2472
            ||||||        |||     |||                                                 
Sbjct 2486  CTATACCAAAAATGTGCTCACAGTTGCGAATATTGACCCATTTCTACCAGGGTATCGTGCAGCAGTTTTTGGTG  2559

Query 2473  --------------------------------------------------------------------------  2472
                                                                                      
Sbjct 2560  TTACTGACGACCAGCTCTGACGAGAGTCTTCGGTTTCTTAGCTTCAGGCTGGACTTCAACGAGCATTACAAAGC  2633

Query 2473  ----------------------------------------------------------  2472
                                                                      
Sbjct 2634  CAGGGAGCCCAGGCTCCGTGTGTCTCTGGGTACCAGGGGGCGGCGCAGCTCCCACACG  2691