Nucleotide Global Alignment

Description

Query:
ccsbBroadEn_11612
Subject:
NM_001351610.1
Aligned Length:
2220
Identities:
2019
Gaps:
201

Alignment

Query    1  --------------------------------------------------------------------------  0
                                                                                      
Sbjct    1  ATGGAGAAGCTGGGGGTGGAGCCGGAGGAGGAAGGCGGCGGCGACGACGACGAGGAAGACGCCGAGGCCTGGGC  74

Query    1  -ATGGAACTGGCGGACGTGGGGGCGGCAGCCAGCTCGCAGGGAGTTCATGATCAAGTGTTGCCCACACCAAATG  73
             |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||                                  
Sbjct   75  CATGGAACTGGCGGACGTGGGGGCGGCAGCCAGCTCGCAG----------------------------------  114

Query   74  CTTCATCCAGAGTCATAGTACATGTGGATCTGGATTGCTTTTATGCACAAGTAGAAATGATCTCAAATCCAGAG  147
                                                                                      
Sbjct  115  --------------------------------------------------------------------------  114

Query  148  CTAAAAGACAAACCTTTAGGGGTTCAACAGAAATATTTGGTGGTTACCTGCAACTATGAAGCTAGGAAACTTGG  221
                              ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  115  ------------------GGGGTTCAACAGAAATATTTGGTGGTTACCTGCAACTATGAAGCTAGGAAACTTGG  170

Query  222  AGTTAAGAAACTTATGAATGTCAGAGATGCAAAAGAAAAGTGTCCACAGTTGGTATTAGTTAATGGAGAAGACC  295
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  171  AGTTAAGAAACTTATGAATGTCAGAGATGCAAAAGAAAAGTGTCCACAGTTGGTATTAGTTAATGGAGAAGACC  244

Query  296  TGACCCGCTACAGAGAAATGTCTTATAAGGTTACAGAATTACTGGAAGAATTTAGTCCAGTTGTTGAGAGACTT  369
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  245  TGACCCGCTACAGAGAAATGTCTTATAAGGTTACAGAATTACTGGAAGAATTTAGTCCAGTTGTTGAGAGACTT  318

Query  370  GGATTTGATGAAAATTTTGTGGATCTAACAGAAATGGTTGAGAAGAGACTACAGCAGCTGCAAAGTGATGAACT  443
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  319  GGATTTGATGAAAATTTTGTGGATCTAACAGAAATGGTTGAGAAGAGACTACAGCAGCTGCAAAGTGATGAACT  392

Query  444  TTCTGCGGTGACTGTGTCGGGTCATGTATACAATAATCAGTCTATAAACCTGCTTGACGTCTTGCACATCAGAC  517
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  393  TTCTGCGGTGACTGTGTCGGGTCATGTATACAATAATCAGTCTATAAACCTGCTTGACGTCTTGCACATCAGAC  466

Query  518  TACTTGTTGGATCTCAGATTGCAGCAGAGATGCGGGAAGCCATGTATAATCAGTTGGGGCTCACTGGCTGTGCT  591
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  467  TACTTGTTGGATCTCAGATTGCAGCAGAGATGCGGGAAGCCATGTATAATCAGTTGGGGCTCACTGGCTGTGCT  540

Query  592  GGAGTGGCTTCTAATAAACTGTTGGCAAAATTAGTTTCTGGTGTCTTTAAACCAAATCAACAAACAGTCTTATT  665
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  541  GGAGTGGCTTCTAATAAACTGTTGGCAAAATTAGTTTCTGGTGTCTTTAAACCAAATCAACAAACAGTCTTATT  614

Query  666  ACCTGAAAGTTGTCAACATCTTATTCATAGTTTGAATCACATAAAGGAAATACCTGGTATTGGCTATAAAACTG  739
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  615  ACCTGAAAGTTGTCAACATCTTATTCATAGTTTGAATCACATAAAGGAAATACCTGGTATTGGCTATAAAACTG  688

Query  740  CCAAATGTCTTGAAGCACTGGGTATCAATAGTGTGCGTGATCTCCAAACCTTTTCACCCAAAATTTTAGAAAAA  813
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  689  CCAAATGTCTTGAAGCACTGGGTATCAATAGTGTGCGTGATCTCCAAACCTTTTCACCCAAAATTTTAGAAAAA  762

Query  814  GAATTAGGAATTTCAGTTGCTCAGCGTATCCAAAAGCTCAGTTTTGGAGAGGATAACTCCCCTGTGATACTCTC  887
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  763  GAATTAGGAATTTCAGTTGCTCAGCGTATCCAAAAGCTCAGTTTTGGAGAGGATAACTCCCCTGTGATACTCTC  836

Query  888  AGGACCACCTCAGTCCTTTAGTGAAGAAGATTCATTTAAAAAATGTTCATCTGAAGTTGAAGCTAAAAATAAGA  961
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  837  AGGACCACCTCAGTCCTTTAGTGAAGAAGATTCATTTAAAAAATGTTCATCTGAAGTTGAAGCTAAAAATAAGA  910

Query  962  TTGAAGAACTACTTGCTAGTCTTTTAAACAGAGTATGCCAAGATGGAAGGAAGCCTCATACAGTGAGATTAATA  1035
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  911  TTGAAGAACTACTTGCTAGTCTTTTAAACAGAGTATGCCAAGATGGAAGGAAGCCTCATACAGTGAGATTAATA  984

Query 1036  ATCCGTCGGTATTCCTCTGAGAAGCACTATGGTCGTGAGAGTCGTCAGTGCCCTATTCCTTCACATGTAATTCA  1109
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  985  ATCCGTCGGTATTCCTCTGAGAAGCACTATGGTCGTGAGAGTCGTCAGTGCCCTATTCCTTCACATGTAATTCA  1058

Query 1110  GAAATTAGGGACAGGAAATTATGATGTGATGACCCCAATGGTTGATATACTTATGAAACTTTTTCGAAATATGG  1183
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1059  GAAATTAGGGACAGGAAATTATGATGTGATGACCCCAATGGTTGATATACTTATGAAACTTTTTCGAAATATGG  1132

Query 1184  TGAATGTGAAGATGCCATTTCACCTTACCCTTCTAAGTGTGTGCTTCTGCAACCTTAAAGCACTAAATACTGCT  1257
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1133  TGAATGTGAAGATGCCATTTCACCTTACCCTTCTAAGTGTGTGCTTCTGCAACCTTAAAGCACTAAATACTGCT  1206

Query 1258  AAGAAAGGGCTTATTGATTATTATTTAATGCCATCATTATCAACTACTTCACGCTCTGGCAAGCACAGTTTTAA  1331
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1207  AAGAAAGGGCTTATTGATTATTATTTAATGCCATCATTATCAACTACTTCACGCTCTGGCAAGCACAGTTTTAA  1280

Query 1332  AATGAAAGACACTCATATGGAAGATTTTCCCAAAGACAAAGAAACAAACCGGGATTTCCTACCAAGTGGAAGAA  1405
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1281  AATGAAAGACACTCATATGGAAGATTTTCCCAAAGACAAAGAAACAAACCGGGATTTCCTACCAAGTGGAAGAA  1354

Query 1406  TTGAAAGTACAAGAACTAGGGAGTCTCCACTAGATACCACAAATTTTTCTAAAGAAAAAGACATTAATGAATTC  1479
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1355  TTGAAAGTACAAGAACTAGGGAGTCTCCACTAGATACCACAAATTTTTCTAAAGAAAAAGACATTAATGAATTC  1428

Query 1480  CCACTCTGTTCACTTCCTGAAGGTGTTGACCAAGAAGTCTTCAAGCAGCTTCCAGTAGATATTCAAGAAGAAAT  1553
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1429  CCACTCTGTTCACTTCCTGAAGGTGTTGACCAAGAAGTCTTCAAGCAGCTTCCAGTAGATATTCAAGAAGAAAT  1502

Query 1554  CCTTTCTGGAAAATCTAGGGAAAAATTTCAAGGGAAAGGAAGTGTGAGTTGTCCATTACATGCCTCTAGAGGAG  1627
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1503  CCTTTCTGGAAAATCTAGGGAAAAATTTCAAGGGAAAGGAAGTGTGAGTTGTCCATTACATGCCTCTAGAGGAG  1576

Query 1628  TATTATCTTTCTTTTCTAAAAAACAAATGCAAGATATTCCCATAAATCCTAGAGATCATTTATCCAGTAGCAAA  1701
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1577  TATTATCTTTCTTTTCTAAAAAACAAATGCAAGATATTCCCATAAATCCTAGAGATCATTTATCCAGTAGCAAA  1650

Query 1702  CAGGTATCCTCTGTATCTCCTTGTGAACCGGGAACATCAGGCTTTAATAGCAGTAGTTCTTCTTACATGTCTAG  1775
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1651  CAGGTATCCTCTGTATCTCCTTGTGAACCGGGAACATCAGGCTTTAATAGCAGTAGTTCTTCTTACATGTCTAG  1724

Query 1776  CCAAAAGGATTATTCATATTATTTAGATAATAGATTAAAAGATGAACGAATAAGTCAAGGACCTAAAGAACCTC  1849
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1725  CCAAAAGGATTATTCATATTATTTAGATAATAGATTAAAAGATGAACGAATAAGTCAAGGACCTAAAGAACCTC  1798

Query 1850  AAGGATTCCACTTTACAAATTCAAACCCTGCTGTGTCTGCTTTTCATTCATTTCCAAACTTGCAGAGTGAGCAA  1923
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1799  AAGGATTCCACTTTACAAATTCAAACCCTGCTGTGTCTGCTTTTCATTCATTTCCAAACTTGCAGAGTGAGCAA  1872

Query 1924  CTTTTCTCCAGAAACCACACTACAGATAGCCATAAGCAAACAGTAGCAACAGACTCTCATGAAGGACTTACAGA  1997
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1873  CTTTTCTCCAGAAACCACACTACAGATAGCCATAAGCAAACAGTAGCAACAGACTCTCATGAAGGACTTACAGA  1946

Query 1998  AAATAGAGAGCCAGATTCTGTTGATGAGAAAATTACTTTCCCTTCTGACATTGATCCTCAAGTTTTCTATGAAC  2071
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1947  AAATAGAGAGCCAGATTCTGTTGATGAGAAAATTACTTTCCCTTCTGACATTGATCCTCAAGTTTTCTATGAAC  2020

Query 2072  TACCAGAAGCAGTACAAAAGGAACTGCTGGCAGAGTGGAAGAGAGCAGGATCAGATTTCCACATTGGACATAAA  2145
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2021  TACCAGAAGCAGTACAAAAGGAACTGCTGGCAGAGTGGAAGAGAGCAGGATCAGATTTCCACATTGGACATAAA  2094