Nucleotide Global Alignment

Description

Query:
ccsbBroadEn_11612
Subject:
NM_001351611.2
Aligned Length:
2145
Identities:
2016
Gaps:
129

Alignment

Query    1  ATGGAACTGGCGGACGTGGGGGCGGCAGCCAGCTCGCAGGGAGTTCATGATCAAGTGTTGCCCACACCAAATGC  74
                                                                                      
Sbjct    1  --------------------------------------------------------------------------  0

Query   75  TTCATCCAGAGTCATAGTACATGTGGATCTGGATTGCTTTTATGCACAAGTAGAAATGATCTCAAATCCAGAGC  148
                                                                   |||||||||||||||||||
Sbjct    1  -------------------------------------------------------ATGATCTCAAATCCAGAGC  19

Query  149  TAAAAGACAAACCTTTAGGGGTTCAACAGAAATATTTGGTGGTTACCTGCAACTATGAAGCTAGGAAACTTGGA  222
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct   20  TAAAAGACAAACCTTTAGGGGTTCAACAGAAATATTTGGTGGTTACCTGCAACTATGAAGCTAGGAAACTTGGA  93

Query  223  GTTAAGAAACTTATGAATGTCAGAGATGCAAAAGAAAAGTGTCCACAGTTGGTATTAGTTAATGGAGAAGACCT  296
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct   94  GTTAAGAAACTTATGAATGTCAGAGATGCAAAAGAAAAGTGTCCACAGTTGGTATTAGTTAATGGAGAAGACCT  167

Query  297  GACCCGCTACAGAGAAATGTCTTATAAGGTTACAGAATTACTGGAAGAATTTAGTCCAGTTGTTGAGAGACTTG  370
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  168  GACCCGCTACAGAGAAATGTCTTATAAGGTTACAGAATTACTGGAAGAATTTAGTCCAGTTGTTGAGAGACTTG  241

Query  371  GATTTGATGAAAATTTTGTGGATCTAACAGAAATGGTTGAGAAGAGACTACAGCAGCTGCAAAGTGATGAACTT  444
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  242  GATTTGATGAAAATTTTGTGGATCTAACAGAAATGGTTGAGAAGAGACTACAGCAGCTGCAAAGTGATGAACTT  315

Query  445  TCTGCGGTGACTGTGTCGGGTCATGTATACAATAATCAGTCTATAAACCTGCTTGACGTCTTGCACATCAGACT  518
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  316  TCTGCGGTGACTGTGTCGGGTCATGTATACAATAATCAGTCTATAAACCTGCTTGACGTCTTGCACATCAGACT  389

Query  519  ACTTGTTGGATCTCAGATTGCAGCAGAGATGCGGGAAGCCATGTATAATCAGTTGGGGCTCACTGGCTGTGCTG  592
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  390  ACTTGTTGGATCTCAGATTGCAGCAGAGATGCGGGAAGCCATGTATAATCAGTTGGGGCTCACTGGCTGTGCTG  463

Query  593  GAGTGGCTTCTAATAAACTGTTGGCAAAATTAGTTTCTGGTGTCTTTAAACCAAATCAACAAACAGTCTTATTA  666
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  464  GAGTGGCTTCTAATAAACTGTTGGCAAAATTAGTTTCTGGTGTCTTTAAACCAAATCAACAAACAGTCTTATTA  537

Query  667  CCTGAAAGTTGTCAACATCTTATTCATAGTTTGAATCACATAAAGGAAATACCTGGTATTGGCTATAAAACTGC  740
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  538  CCTGAAAGTTGTCAACATCTTATTCATAGTTTGAATCACATAAAGGAAATACCTGGTATTGGCTATAAAACTGC  611

Query  741  CAAATGTCTTGAAGCACTGGGTATCAATAGTGTGCGTGATCTCCAAACCTTTTCACCCAAAATTTTAGAAAAAG  814
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  612  CAAATGTCTTGAAGCACTGGGTATCAATAGTGTGCGTGATCTCCAAACCTTTTCACCCAAAATTTTAGAAAAAG  685

Query  815  AATTAGGAATTTCAGTTGCTCAGCGTATCCAAAAGCTCAGTTTTGGAGAGGATAACTCCCCTGTGATACTCTCA  888
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  686  AATTAGGAATTTCAGTTGCTCAGCGTATCCAAAAGCTCAGTTTTGGAGAGGATAACTCCCCTGTGATACTCTCA  759

Query  889  GGACCACCTCAGTCCTTTAGTGAAGAAGATTCATTTAAAAAATGTTCATCTGAAGTTGAAGCTAAAAATAAGAT  962
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  760  GGACCACCTCAGTCCTTTAGTGAAGAAGATTCATTTAAAAAATGTTCATCTGAAGTTGAAGCTAAAAATAAGAT  833

Query  963  TGAAGAACTACTTGCTAGTCTTTTAAACAGAGTATGCCAAGATGGAAGGAAGCCTCATACAGTGAGATTAATAA  1036
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  834  TGAAGAACTACTTGCTAGTCTTTTAAACAGAGTATGCCAAGATGGAAGGAAGCCTCATACAGTGAGATTAATAA  907

Query 1037  TCCGTCGGTATTCCTCTGAGAAGCACTATGGTCGTGAGAGTCGTCAGTGCCCTATTCCTTCACATGTAATTCAG  1110
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  908  TCCGTCGGTATTCCTCTGAGAAGCACTATGGTCGTGAGAGTCGTCAGTGCCCTATTCCTTCACATGTAATTCAG  981

Query 1111  AAATTAGGGACAGGAAATTATGATGTGATGACCCCAATGGTTGATATACTTATGAAACTTTTTCGAAATATGGT  1184
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  982  AAATTAGGGACAGGAAATTATGATGTGATGACCCCAATGGTTGATATACTTATGAAACTTTTTCGAAATATGGT  1055

Query 1185  GAATGTGAAGATGCCATTTCACCTTACCCTTCTAAGTGTGTGCTTCTGCAACCTTAAAGCACTAAATACTGCTA  1258
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1056  GAATGTGAAGATGCCATTTCACCTTACCCTTCTAAGTGTGTGCTTCTGCAACCTTAAAGCACTAAATACTGCTA  1129

Query 1259  AGAAAGGGCTTATTGATTATTATTTAATGCCATCATTATCAACTACTTCACGCTCTGGCAAGCACAGTTTTAAA  1332
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1130  AGAAAGGGCTTATTGATTATTATTTAATGCCATCATTATCAACTACTTCACGCTCTGGCAAGCACAGTTTTAAA  1203

Query 1333  ATGAAAGACACTCATATGGAAGATTTTCCCAAAGACAAAGAAACAAACCGGGATTTCCTACCAAGTGGAAGAAT  1406
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1204  ATGAAAGACACTCATATGGAAGATTTTCCCAAAGACAAAGAAACAAACCGGGATTTCCTACCAAGTGGAAGAAT  1277

Query 1407  TGAAAGTACAAGAACTAGGGAGTCTCCACTAGATACCACAAATTTTTCTAAAGAAAAAGACATTAATGAATTCC  1480
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1278  TGAAAGTACAAGAACTAGGGAGTCTCCACTAGATACCACAAATTTTTCTAAAGAAAAAGACATTAATGAATTCC  1351

Query 1481  CACTCTGTTCACTTCCTGAAGGTGTTGACCAAGAAGTCTTCAAGCAGCTTCCAGTAGATATTCAAGAAGAAATC  1554
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1352  CACTCTGTTCACTTCCTGAAGGTGTTGACCAAGAAGTCTTCAAGCAGCTTCCAGTAGATATTCAAGAAGAAATC  1425

Query 1555  CTTTCTGGAAAATCTAGGGAAAAATTTCAAGGGAAAGGAAGTGTGAGTTGTCCATTACATGCCTCTAGAGGAGT  1628
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1426  CTTTCTGGAAAATCTAGGGAAAAATTTCAAGGGAAAGGAAGTGTGAGTTGTCCATTACATGCCTCTAGAGGAGT  1499

Query 1629  ATTATCTTTCTTTTCTAAAAAACAAATGCAAGATATTCCCATAAATCCTAGAGATCATTTATCCAGTAGCAAAC  1702
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1500  ATTATCTTTCTTTTCTAAAAAACAAATGCAAGATATTCCCATAAATCCTAGAGATCATTTATCCAGTAGCAAAC  1573

Query 1703  AGGTATCCTCTGTATCTCCTTGTGAACCGGGAACATCAGGCTTTAATAGCAGTAGTTCTTCTTACATGTCTAGC  1776
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1574  AGGTATCCTCTGTATCTCCTTGTGAACCGGGAACATCAGGCTTTAATAGCAGTAGTTCTTCTTACATGTCTAGC  1647

Query 1777  CAAAAGGATTATTCATATTATTTAGATAATAGATTAAAAGATGAACGAATAAGTCAAGGACCTAAAGAACCTCA  1850
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1648  CAAAAGGATTATTCATATTATTTAGATAATAGATTAAAAGATGAACGAATAAGTCAAGGACCTAAAGAACCTCA  1721

Query 1851  AGGATTCCACTTTACAAATTCAAACCCTGCTGTGTCTGCTTTTCATTCATTTCCAAACTTGCAGAGTGAGCAAC  1924
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1722  AGGATTCCACTTTACAAATTCAAACCCTGCTGTGTCTGCTTTTCATTCATTTCCAAACTTGCAGAGTGAGCAAC  1795

Query 1925  TTTTCTCCAGAAACCACACTACAGATAGCCATAAGCAAACAGTAGCAACAGACTCTCATGAAGGACTTACAGAA  1998
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1796  TTTTCTCCAGAAACCACACTACAGATAGCCATAAGCAAACAGTAGCAACAGACTCTCATGAAGGACTTACAGAA  1869

Query 1999  AATAGAGAGCCAGATTCTGTTGATGAGAAAATTACTTTCCCTTCTGACATTGATCCTCAAGTTTTCTATGAACT  2072
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1870  AATAGAGAGCCAGATTCTGTTGATGAGAAAATTACTTTCCCTTCTGACATTGATCCTCAAGTTTTCTATGAACT  1943

Query 2073  ACCAGAAGCAGTACAAAAGGAACTGCTGGCAGAGTGGAAGAGAGCAGGATCAGATTTCCACATTGGACATAAA  2145
            |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1944  ACCAGAAGCAGTACAAAAGGAACTGCTGGCAGAGTGGAAGAGAGCAGGATCAGATTTCCACATTGGACATAAA  2016