Nucleotide Global Alignment
Description
- Query:
- ccsbBroadEn_11612
- Subject:
- NM_001351616.1
- Aligned Length:
- 2220
- Identities:
- 1782
- Gaps:
- 438
Alignment
Query 1 -------------------------------------------------------------------------- 0
Sbjct 1 ATGGAGAAGCTGGGGGTGGAGCCGGAGGAGGAAGGCGGCGGCGACGACGACGAGGAAGACGCCGAGGCCTGGGC 74
Query 1 -ATGGAACTGGCGGACGTGGGGGCGGCAGCCAGCTCGCAGGGAGTTCATGATCAAGTGTTGCCCACACCAAATG 73
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 75 CATGGAACTGGCGGACGTGGGGGCGGCAGCCAGCTCGCAG---------------------------------- 114
Query 74 CTTCATCCAGAGTCATAGTACATGTGGATCTGGATTGCTTTTATGCACAAGTAGAAATGATCTCAAATCCAGAG 147
Sbjct 115 -------------------------------------------------------------------------- 114
Query 148 CTAAAAGACAAACCTTTAGGGGTTCAACAGAAATATTTGGTGGTTACCTGCAACTATGAAGCTAGGAAACTTGG 221
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 115 ------------------GGGGTTCAACAGAAATATTTGGTGGTTACCTGCAACTATGAAGCTAGGAAACTTGG 170
Query 222 AGTTAAGAAACTTATGAATGTCAGAGATGCAAAAGAAAAGTGTCCACAGTTGGTATTAGTTAATGGAGAAGACC 295
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 171 AGTTAAGAAACTTATGAATGTCAGAGATGCAAAAGAAAAGTGTCCACAGTTGGTATTAGTTAATGGAGAAGACC 244
Query 296 TGACCCGCTACAGAGAAATGTCTTATAAGGTTACAGAATTACTGGAAGAATTTAGTCCAGTTGTTGAGAGACTT 369
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 245 TGACCCGCTACAGAGAAATGTCTTATAAGGTTACAGAATTACTGGAAGAATTTAGTCCAGTTGTTGAGAGACTT 318
Query 370 GGATTTGATGAAAATTTTGTGGATCTAACAGAAATGGTTGAGAAGAGACTACAGCAGCTGCAAAGTGATGAACT 443
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 319 GGATTTGATGAAAATTTTGTGGATCTAACAGAAATGGTTGAGAAGAGACTACAGCAGCTGCAAAGTGATGAACT 392
Query 444 TTCTGCGGTGACTGTGTCGGGTCATGTATACAATAATCAGTCTATAAACCTGCTTGACGTCTTGCACATCAGAC 517
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 393 TTCTGCGGTGACTGTGTCGGGTCATGTATACAATAATCAGT--------------------------------- 433
Query 518 TACTTGTTGGATCTCAGATTGCAGCAGAGATGCGGGAAGCCATGTATAATCAGTTGGGGCTCACTGGCTGTGCT 591
Sbjct 434 -------------------------------------------------------------------------- 433
Query 592 GGAGTGGCTTCTAATAAACTGTTGGCAAAATTAGTTTCTGGTGTCTTTAAACCAAATCAACAAACAGTCTTATT 665
Sbjct 434 -------------------------------------------------------------------------- 433
Query 666 ACCTGAAAGTTGTCAACATCTTATTCATAGTTTGAATCACATAAAGGAAATACCTGGTATTGGCTATAAAACTG 739
||||||||||||||||||
Sbjct 434 --------------------------------------------------------GTATTGGCTATAAAACTG 451
Query 740 CCAAATGTCTTGAAGCACTGGGTATCAATAGTGTGCGTGATCTCCAAACCTTTTCACCCAAAATTTTAGAAAAA 813
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 452 CCAAATGTCTTGAAGCACTGGGTATCAATAGTGTGCGTGATCTCCAAACCTTTTCACCCAAAATTTTAGAAAAA 525
Query 814 GAATTAGGAATTTCAGTTGCTCAGCGTATCCAAAAGCTCAGTTTTGGAGAGGATAACTCCCCTGTGATACTCTC 887
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 526 GAATTAGGAATTTCAGTTGCTCAGCGTATCCAAAAGCTCAGTTTTGGAGAGGATAACTCCCCTGTGATACTCTC 599
Query 888 AGGACCACCTCAGTCCTTTAGTGAAGAAGATTCATTTAAAAAATGTTCATCTGAAGTTGAAGCTAAAAATAAGA 961
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 600 AGGACCACCTCAGTCCTTTAGTGAAGAAGATTCATTTAAAAAATGTTCATCTGAAGTTGAAGCTAAAAATAAGA 673
Query 962 TTGAAGAACTACTTGCTAGTCTTTTAAACAGAGTATGCCAAGATGGAAGGAAGCCTCATACAGTGAGATTAATA 1035
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 674 TTGAAGAACTACTTGCTAGTCTTTTAAACAGAGTATGCCAAGATGGAAGGAAGCCTCATACAGTGAGATTAATA 747
Query 1036 ATCCGTCGGTATTCCTCTGAGAAGCACTATGGTCGTGAGAGTCGTCAGTGCCCTATTCCTTCACATGTAATTCA 1109
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 748 ATCCGTCGGTATTCCTCTGAGAAGCACTATGGTCGTGAGAGTCGTCAGTGCCCTATTCCTTCACATGTAATTCA 821
Query 1110 GAAATTAGGGACAGGAAATTATGATGTGATGACCCCAATGGTTGATATACTTATGAAACTTTTTCGAAATATGG 1183
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 822 GAAATTAGGGACAGGAAATTATGATGTGATGACCCCAATGGTTGATATACTTATGAAACTTTTTCGAAATATGG 895
Query 1184 TGAATGTGAAGATGCCATTTCACCTTACCCTTCTAAGTGTGTGCTTCTGCAACCTTAAAGCACTAAATACTGCT 1257
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 896 TGAATGTGAAGATGCCATTTCACCTTACCCTTCTAAGTGTGTGCTTCTGCAACCTTAAAGCACTAAATACTGCT 969
Query 1258 AAGAAAGGGCTTATTGATTATTATTTAATGCCATCATTATCAACTACTTCACGCTCTGGCAAGCACAGTTTTAA 1331
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 970 AAGAAAGGGCTTATTGATTATTATTTAATGCCATCATTATCAACTACTTCACGCTCTGGCAAGCACAGTTTTAA 1043
Query 1332 AATGAAAGACACTCATATGGAAGATTTTCCCAAAGACAAAGAAACAAACCGGGATTTCCTACCAAGTGGAAGAA 1405
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1044 AATGAAAGACACTCATATGGAAGATTTTCCCAAAGACAAAGAAACAAACCGGGATTTCCTACCAAGTGGAAGAA 1117
Query 1406 TTGAAAGTACAAGAACTAGGGAGTCTCCACTAGATACCACAAATTTTTCTAAAGAAAAAGACATTAATGAATTC 1479
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1118 TTGAAAGTACAAGAACTAGGGAGTCTCCACTAGATACCACAAATTTTTCTAAAGAAAAAGACATTAATGAATTC 1191
Query 1480 CCACTCTGTTCACTTCCTGAAGGTGTTGACCAAGAAGTCTTCAAGCAGCTTCCAGTAGATATTCAAGAAGAAAT 1553
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1192 CCACTCTGTTCACTTCCTGAAGGTGTTGACCAAGAAGTCTTCAAGCAGCTTCCAGTAGATATTCAAGAAGAAAT 1265
Query 1554 CCTTTCTGGAAAATCTAGGGAAAAATTTCAAGGGAAAGGAAGTGTGAGTTGTCCATTACATGCCTCTAGAGGAG 1627
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1266 CCTTTCTGGAAAATCTAGGGAAAAATTTCAAGGGAAAGGAAGTGTGAGTTGTCCATTACATGCCTCTAGAGGAG 1339
Query 1628 TATTATCTTTCTTTTCTAAAAAACAAATGCAAGATATTCCCATAAATCCTAGAGATCATTTATCCAGTAGCAAA 1701
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1340 TATTATCTTTCTTTTCTAAAAAACAAATGCAAGATATTCCCATAAATCCTAGAGATCATTTATCCAGTAGCAAA 1413
Query 1702 CAGGTATCCTCTGTATCTCCTTGTGAACCGGGAACATCAGGCTTTAATAGCAGTAGTTCTTCTTACATGTCTAG 1775
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1414 CAGGTATCCTCTGTATCTCCTTGTGAACCGGGAACATCAGGCTTTAATAGCAGTAGTTCTTCTTACATGTCTAG 1487
Query 1776 CCAAAAGGATTATTCATATTATTTAGATAATAGATTAAAAGATGAACGAATAAGTCAAGGACCTAAAGAACCTC 1849
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1488 CCAAAAGGATTATTCATATTATTTAGATAATAGATTAAAAGATGAACGAATAAGTCAAGGACCTAAAGAACCTC 1561
Query 1850 AAGGATTCCACTTTACAAATTCAAACCCTGCTGTGTCTGCTTTTCATTCATTTCCAAACTTGCAGAGTGAGCAA 1923
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1562 AAGGATTCCACTTTACAAATTCAAACCCTGCTGTGTCTGCTTTTCATTCATTTCCAAACTTGCAGAGTGAGCAA 1635
Query 1924 CTTTTCTCCAGAAACCACACTACAGATAGCCATAAGCAAACAGTAGCAACAGACTCTCATGAAGGACTTACAGA 1997
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1636 CTTTTCTCCAGAAACCACACTACAGATAGCCATAAGCAAACAGTAGCAACAGACTCTCATGAAGGACTTACAGA 1709
Query 1998 AAATAGAGAGCCAGATTCTGTTGATGAGAAAATTACTTTCCCTTCTGACATTGATCCTCAAGTTTTCTATGAAC 2071
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1710 AAATAGAGAGCCAGATTCTGTTGATGAGAAAATTACTTTCCCTTCTGACATTGATCCTCAAGTTTTCTATGAAC 1783
Query 2072 TACCAGAAGCAGTACAAAAGGAACTGCTGGCAGAGTGGAAGAGAGCAGGATCAGATTTCCACATTGGACATAAA 2145
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1784 TACCAGAAGCAGTACAAAAGGAACTGCTGGCAGAGTGGAAGAGAGCAGGATCAGATTTCCACATTGGACATAAA 1857