Nucleotide Global Alignment

Description

Query:
ccsbBroadEn_11612
Subject:
NM_001351618.2
Aligned Length:
2145
Identities:
1677
Gaps:
468

Alignment

Query    1  ATGGAACTGGCGGACGTGGGGGCGGCAGCCAGCTCGCAGGGAGTTCATGATCAAGTGTTGCCCACACCAAATGC  74
                                                                                      
Sbjct    1  --------------------------------------------------------------------------  0

Query   75  TTCATCCAGAGTCATAGTACATGTGGATCTGGATTGCTTTTATGCACAAGTAGAAATGATCTCAAATCCAGAGC  148
                                                                                      
Sbjct    1  --------------------------------------------------------------------------  0

Query  149  TAAAAGACAAACCTTTAGGGGTTCAACAGAAATATTTGGTGGTTACCTGCAACTATGAAGCTAGGAAACTTGGA  222
                                                                                      
Sbjct    1  --------------------------------------------------------------------------  0

Query  223  GTTAAGAAACTTATGAATGTCAGAGATGCAAAAGAAAAGTGTCCACAGTTGGTATTAGTTAATGGAGAAGACCT  296
                                                                                      
Sbjct    1  --------------------------------------------------------------------------  0

Query  297  GACCCGCTACAGAGAAATGTCTTATAAGGTTACAGAATTACTGGAAGAATTTAGTCCAGTTGTTGAGAGACTTG  370
                                                                                      
Sbjct    1  --------------------------------------------------------------------------  0

Query  371  GATTTGATGAAAATTTTGTGGATCTAACAGAAATGGTTGAGAAGAGACTACAGCAGCTGCAAAGTGATGAACTT  444
                                                                                      
Sbjct    1  --------------------------------------------------------------------------  0

Query  445  TCTGCGGTGACTGTGTCGGGTCATGTATACAATAATCAGTCTATAAACCTGCTTGACGTCTTGCACATCAGACT  518
                                  ||||||||||||||||  ||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct    1  ----------------------ATGTATACAATAATCA--CTATAAACCTGCTTGACGTCTTGCACATCAGACT  50

Query  519  ACTTGTTGGATCTCAGATTGCAGCAGAGATGCGGGAAGCCATGTATAATCAGTTGGGGCTCACTGGCTGTGCTG  592
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct   51  ACTTGTTGGATCTCAGATTGCAGCAGAGATGCGGGAAGCCATGTATAATCAGTTGGGGCTCACTGGCTGTGCTG  124

Query  593  GAGTGGCTTCTAATAAACTGTTGGCAAAATTAGTTTCTGGTGTCTTTAAACCAAATCAACAAACAGTCTTATTA  666
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  125  GAGTGGCTTCTAATAAACTGTTGGCAAAATTAGTTTCTGGTGTCTTTAAACCAAATCAACAAACAGTCTTATTA  198

Query  667  CCTGAAAGTTGTCAACATCTTATTCATAGTTTGAATCACATAAAGGAAATACCTGGTATTGGCTATAAAACTGC  740
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  199  CCTGAAAGTTGTCAACATCTTATTCATAGTTTGAATCACATAAAGGAAATACCTGGTATTGGCTATAAAACTGC  272

Query  741  CAAATGTCTTGAAGCACTGGGTATCAATAGTGTGCGTGATCTCCAAACCTTTTCACCCAAAATTTTAGAAAAAG  814
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  273  CAAATGTCTTGAAGCACTGGGTATCAATAGTGTGCGTGATCTCCAAACCTTTTCACCCAAAATTTTAGAAAAAG  346

Query  815  AATTAGGAATTTCAGTTGCTCAGCGTATCCAAAAGCTCAGTTTTGGAGAGGATAACTCCCCTGTGATACTCTCA  888
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  347  AATTAGGAATTTCAGTTGCTCAGCGTATCCAAAAGCTCAGTTTTGGAGAGGATAACTCCCCTGTGATACTCTCA  420

Query  889  GGACCACCTCAGTCCTTTAGTGAAGAAGATTCATTTAAAAAATGTTCATCTGAAGTTGAAGCTAAAAATAAGAT  962
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  421  GGACCACCTCAGTCCTTTAGTGAAGAAGATTCATTTAAAAAATGTTCATCTGAAGTTGAAGCTAAAAATAAGAT  494

Query  963  TGAAGAACTACTTGCTAGTCTTTTAAACAGAGTATGCCAAGATGGAAGGAAGCCTCATACAGTGAGATTAATAA  1036
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  495  TGAAGAACTACTTGCTAGTCTTTTAAACAGAGTATGCCAAGATGGAAGGAAGCCTCATACAGTGAGATTAATAA  568

Query 1037  TCCGTCGGTATTCCTCTGAGAAGCACTATGGTCGTGAGAGTCGTCAGTGCCCTATTCCTTCACATGTAATTCAG  1110
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  569  TCCGTCGGTATTCCTCTGAGAAGCACTATGGTCGTGAGAGTCGTCAGTGCCCTATTCCTTCACATGTAATTCAG  642

Query 1111  AAATTAGGGACAGGAAATTATGATGTGATGACCCCAATGGTTGATATACTTATGAAACTTTTTCGAAATATGGT  1184
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  643  AAATTAGGGACAGGAAATTATGATGTGATGACCCCAATGGTTGATATACTTATGAAACTTTTTCGAAATATGGT  716

Query 1185  GAATGTGAAGATGCCATTTCACCTTACCCTTCTAAGTGTGTGCTTCTGCAACCTTAAAGCACTAAATACTGCTA  1258
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  717  GAATGTGAAGATGCCATTTCACCTTACCCTTCTAAGTGTGTGCTTCTGCAACCTTAAAGCACTAAATACTGCTA  790

Query 1259  AGAAAGGGCTTATTGATTATTATTTAATGCCATCATTATCAACTACTTCACGCTCTGGCAAGCACAGTTTTAAA  1332
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  791  AGAAAGGGCTTATTGATTATTATTTAATGCCATCATTATCAACTACTTCACGCTCTGGCAAGCACAGTTTTAAA  864

Query 1333  ATGAAAGACACTCATATGGAAGATTTTCCCAAAGACAAAGAAACAAACCGGGATTTCCTACCAAGTGGAAGAAT  1406
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  865  ATGAAAGACACTCATATGGAAGATTTTCCCAAAGACAAAGAAACAAACCGGGATTTCCTACCAAGTGGAAGAAT  938

Query 1407  TGAAAGTACAAGAACTAGGGAGTCTCCACTAGATACCACAAATTTTTCTAAAGAAAAAGACATTAATGAATTCC  1480
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  939  TGAAAGTACAAGAACTAGGGAGTCTCCACTAGATACCACAAATTTTTCTAAAGAAAAAGACATTAATGAATTCC  1012

Query 1481  CACTCTGTTCACTTCCTGAAGGTGTTGACCAAGAAGTCTTCAAGCAGCTTCCAGTAGATATTCAAGAAGAAATC  1554
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1013  CACTCTGTTCACTTCCTGAAGGTGTTGACCAAGAAGTCTTCAAGCAGCTTCCAGTAGATATTCAAGAAGAAATC  1086

Query 1555  CTTTCTGGAAAATCTAGGGAAAAATTTCAAGGGAAAGGAAGTGTGAGTTGTCCATTACATGCCTCTAGAGGAGT  1628
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1087  CTTTCTGGAAAATCTAGGGAAAAATTTCAAGGGAAAGGAAGTGTGAGTTGTCCATTACATGCCTCTAGAGGAGT  1160

Query 1629  ATTATCTTTCTTTTCTAAAAAACAAATGCAAGATATTCCCATAAATCCTAGAGATCATTTATCCAGTAGCAAAC  1702
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1161  ATTATCTTTCTTTTCTAAAAAACAAATGCAAGATATTCCCATAAATCCTAGAGATCATTTATCCAGTAGCAAAC  1234

Query 1703  AGGTATCCTCTGTATCTCCTTGTGAACCGGGAACATCAGGCTTTAATAGCAGTAGTTCTTCTTACATGTCTAGC  1776
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1235  AGGTATCCTCTGTATCTCCTTGTGAACCGGGAACATCAGGCTTTAATAGCAGTAGTTCTTCTTACATGTCTAGC  1308

Query 1777  CAAAAGGATTATTCATATTATTTAGATAATAGATTAAAAGATGAACGAATAAGTCAAGGACCTAAAGAACCTCA  1850
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1309  CAAAAGGATTATTCATATTATTTAGATAATAGATTAAAAGATGAACGAATAAGTCAAGGACCTAAAGAACCTCA  1382

Query 1851  AGGATTCCACTTTACAAATTCAAACCCTGCTGTGTCTGCTTTTCATTCATTTCCAAACTTGCAGAGTGAGCAAC  1924
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1383  AGGATTCCACTTTACAAATTCAAACCCTGCTGTGTCTGCTTTTCATTCATTTCCAAACTTGCAGAGTGAGCAAC  1456

Query 1925  TTTTCTCCAGAAACCACACTACAGATAGCCATAAGCAAACAGTAGCAACAGACTCTCATGAAGGACTTACAGAA  1998
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1457  TTTTCTCCAGAAACCACACTACAGATAGCCATAAGCAAACAGTAGCAACAGACTCTCATGAAGGACTTACAGAA  1530

Query 1999  AATAGAGAGCCAGATTCTGTTGATGAGAAAATTACTTTCCCTTCTGACATTGATCCTCAAGTTTTCTATGAACT  2072
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1531  AATAGAGAGCCAGATTCTGTTGATGAGAAAATTACTTTCCCTTCTGACATTGATCCTCAAGTTTTCTATGAACT  1604

Query 2073  ACCAGAAGCAGTACAAAAGGAACTGCTGGCAGAGTGGAAGAGAGCAGGATCAGATTTCCACATTGGACATAAA  2145
            |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1605  ACCAGAAGCAGTACAAAAGGAACTGCTGGCAGAGTGGAAGAGAGCAGGATCAGATTTCCACATTGGACATAAA  1677