Nucleotide Global Alignment

Description

• Query: ccsbBroadEn_11612
• Subject: NM_001351620.2
• Aligned Length: 2145
• Identities: 1437
• Gaps: 705

Alignment

Query    1  ATGGAACTGGCGGACGTGGGGGCGGCAGCCAGCTCGCAGGGAGTTCATGATCAAGTGTTGCCCACACCAAATGC  74
                                                                                      
Sbjct    1  --------------------------------------------------------------------------  0

Query   75  TTCATCCAGAGTCATAGTACATGTGGATCTGGATTGCTTTTATGCACAAGTAGAAATGATCTCAAATCCAGAGC  148
                                                                                      
Sbjct    1  --------------------------------------------------------------------------  0

Query  149  TAAAAGACAAACCTTTAGGGGTTCAACAGAAATATTTGGTGGTTACCTGCAACTATGAAGCTAGGAAACTTGGA  222
                                                                                      
Sbjct    1  --------------------------------------------------------------------------  0

Query  223  GTTAAGAAACTTATGAATGTCAGAGATGCAAAAGAAAAGTGTCCACAGTTGGTATTAGTTAATGGAGAAGACCT  296
                                                                                      
Sbjct    1  --------------------------------------------------------------------------  0

Query  297  GACCCGCTACAGAGAAATGTCTTATAAGGTTACAGAATTACTGGAAGAATTTAGTCCAGTTGTTGAGAGACTTG  370
                                                                                      
Sbjct    1  --------------------------------------------------------------------------  0

Query  371  GATTTGATGAAAATTTTGTGGATCTAACAGAAATGGTTGAGAAGAGACTACAGCAGCTGCAAAGTGATGAACTT  444
                                                                                      
Sbjct    1  --------------------------------------------------------------------------  0

Query  445  TCTGCGGTGACTGTGTCGGGTCATGTATACAATAATCAGTCTATAAACCTGCTTGACGTCTTGCACATCAGACT  518
                                                                                      
Sbjct    1  --------------------------------------------------------------------------  0

Query  519  ACTTGTTGGATCTCAGATTGCAGCAGAGATGCGGGAAGCCATGTATAATCAGTTGGGGCTCACTGGCTGTGCTG  592
                                                                                      
Sbjct    1  --------------------------------------------------------------------------  0

Query  593  GAGTGGCTTCTAATAAACTGTTGGCAAAATTAGTTTCTGGTGTCTTTAAACCAAATCAACAAACAGTCTTATTA  666
                                                                                      
Sbjct    1  --------------------------------------------------------------------------  0

Query  667  CCTGAAAGTTGTCAACATCTTATTCATAGTTTGAATCACATAAAGGAAATACCTGGTATTGGCTATAAAACTGC  740
                    .|||..|||    ||          |||||                 |||||||||||||||||||
Sbjct    1  --------ATGTATACA----AT----------AATCA-----------------GTATTGGCTATAAAACTGC  35

Query  741  CAAATGTCTTGAAGCACTGGGTATCAATAGTGTGCGTGATCTCCAAACCTTTTCACCCAAAATTTTAGAAAAAG  814
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct   36  CAAATGTCTTGAAGCACTGGGTATCAATAGTGTGCGTGATCTCCAAACCTTTTCACCCAAAATTTTAGAAAAAG  109

Query  815  AATTAGGAATTTCAGTTGCTCAGCGTATCCAAAAGCTCAGTTTTGGAGAGGATAACTCCCCTGTGATACTCTCA  888
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  110  AATTAGGAATTTCAGTTGCTCAGCGTATCCAAAAGCTCAGTTTTGGAGAGGATAACTCCCCTGTGATACTCTCA  183

Query  889  GGACCACCTCAGTCCTTTAGTGAAGAAGATTCATTTAAAAAATGTTCATCTGAAGTTGAAGCTAAAAATAAGAT  962
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  184  GGACCACCTCAGTCCTTTAGTGAAGAAGATTCATTTAAAAAATGTTCATCTGAAGTTGAAGCTAAAAATAAGAT  257

Query  963  TGAAGAACTACTTGCTAGTCTTTTAAACAGAGTATGCCAAGATGGAAGGAAGCCTCATACAGTGAGATTAATAA  1036
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  258  TGAAGAACTACTTGCTAGTCTTTTAAACAGAGTATGCCAAGATGGAAGGAAGCCTCATACAGTGAGATTAATAA  331

Query 1037  TCCGTCGGTATTCCTCTGAGAAGCACTATGGTCGTGAGAGTCGTCAGTGCCCTATTCCTTCACATGTAATTCAG  1110
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  332  TCCGTCGGTATTCCTCTGAGAAGCACTATGGTCGTGAGAGTCGTCAGTGCCCTATTCCTTCACATGTAATTCAG  405

Query 1111  AAATTAGGGACAGGAAATTATGATGTGATGACCCCAATGGTTGATATACTTATGAAACTTTTTCGAAATATGGT  1184
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  406  AAATTAGGGACAGGAAATTATGATGTGATGACCCCAATGGTTGATATACTTATGAAACTTTTTCGAAATATGGT  479

Query 1185  GAATGTGAAGATGCCATTTCACCTTACCCTTCTAAGTGTGTGCTTCTGCAACCTTAAAGCACTAAATACTGCTA  1258
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  480  GAATGTGAAGATGCCATTTCACCTTACCCTTCTAAGTGTGTGCTTCTGCAACCTTAAAGCACTAAATACTGCTA  553

Query 1259  AGAAAGGGCTTATTGATTATTATTTAATGCCATCATTATCAACTACTTCACGCTCTGGCAAGCACAGTTTTAAA  1332
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  554  AGAAAGGGCTTATTGATTATTATTTAATGCCATCATTATCAACTACTTCACGCTCTGGCAAGCACAGTTTTAAA  627

Query 1333  ATGAAAGACACTCATATGGAAGATTTTCCCAAAGACAAAGAAACAAACCGGGATTTCCTACCAAGTGGAAGAAT  1406
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  628  ATGAAAGACACTCATATGGAAGATTTTCCCAAAGACAAAGAAACAAACCGGGATTTCCTACCAAGTGGAAGAAT  701

Query 1407  TGAAAGTACAAGAACTAGGGAGTCTCCACTAGATACCACAAATTTTTCTAAAGAAAAAGACATTAATGAATTCC  1480
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  702  TGAAAGTACAAGAACTAGGGAGTCTCCACTAGATACCACAAATTTTTCTAAAGAAAAAGACATTAATGAATTCC  775

Query 1481  CACTCTGTTCACTTCCTGAAGGTGTTGACCAAGAAGTCTTCAAGCAGCTTCCAGTAGATATTCAAGAAGAAATC  1554
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  776  CACTCTGTTCACTTCCTGAAGGTGTTGACCAAGAAGTCTTCAAGCAGCTTCCAGTAGATATTCAAGAAGAAATC  849

Query 1555  CTTTCTGGAAAATCTAGGGAAAAATTTCAAGGGAAAGGAAGTGTGAGTTGTCCATTACATGCCTCTAGAGGAGT  1628
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  850  CTTTCTGGAAAATCTAGGGAAAAATTTCAAGGGAAAGGAAGTGTGAGTTGTCCATTACATGCCTCTAGAGGAGT  923

Query 1629  ATTATCTTTCTTTTCTAAAAAACAAATGCAAGATATTCCCATAAATCCTAGAGATCATTTATCCAGTAGCAAAC  1702
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  924  ATTATCTTTCTTTTCTAAAAAACAAATGCAAGATATTCCCATAAATCCTAGAGATCATTTATCCAGTAGCAAAC  997

Query 1703  AGGTATCCTCTGTATCTCCTTGTGAACCGGGAACATCAGGCTTTAATAGCAGTAGTTCTTCTTACATGTCTAGC  1776
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  998  AGGTATCCTCTGTATCTCCTTGTGAACCGGGAACATCAGGCTTTAATAGCAGTAGTTCTTCTTACATGTCTAGC  1071

Query 1777  CAAAAGGATTATTCATATTATTTAGATAATAGATTAAAAGATGAACGAATAAGTCAAGGACCTAAAGAACCTCA  1850
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1072  CAAAAGGATTATTCATATTATTTAGATAATAGATTAAAAGATGAACGAATAAGTCAAGGACCTAAAGAACCTCA  1145

Query 1851  AGGATTCCACTTTACAAATTCAAACCCTGCTGTGTCTGCTTTTCATTCATTTCCAAACTTGCAGAGTGAGCAAC  1924
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1146  AGGATTCCACTTTACAAATTCAAACCCTGCTGTGTCTGCTTTTCATTCATTTCCAAACTTGCAGAGTGAGCAAC  1219

Query 1925  TTTTCTCCAGAAACCACACTACAGATAGCCATAAGCAAACAGTAGCAACAGACTCTCATGAAGGACTTACAGAA  1998
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1220  TTTTCTCCAGAAACCACACTACAGATAGCCATAAGCAAACAGTAGCAACAGACTCTCATGAAGGACTTACAGAA  1293

Query 1999  AATAGAGAGCCAGATTCTGTTGATGAGAAAATTACTTTCCCTTCTGACATTGATCCTCAAGTTTTCTATGAACT  2072
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1294  AATAGAGAGCCAGATTCTGTTGATGAGAAAATTACTTTCCCTTCTGACATTGATCCTCAAGTTTTCTATGAACT  1367

Query 2073  ACCAGAAGCAGTACAAAAGGAACTGCTGGCAGAGTGGAAGAGAGCAGGATCAGATTTCCACATTGGACATAAA  2145
            |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1368  ACCAGAAGCAGTACAAAAGGAACTGCTGGCAGAGTGGAAGAGAGCAGGATCAGATTTCCACATTGGACATAAA  1440