Nucleotide Global Alignment

Description

• Query: ccsbBroadEn_11710
• Subject: NM_001318327.1
• Aligned Length: 2595
• Identities: 2463
• Gaps: 126

Alignment

Query    1  --------------------------------------------------------------------------  0
                                                                                      
Sbjct    1  ATGCCGACCCTATTCAAAGGAGTTTGGGGGGTTGTGGAGCATTCCAGAGCTCTGGGAAGATTCTGTCCCGCCTG  74

Query    1  ----------------------------------------------------ATGACGCTCCTCTCCTCCCAGT  22
                                                                ||||||||||||||||||||||
Sbjct   75  CTTACCCTCAGGCCCACACCTCCACACACAGCCAGCTCTGGGCACTGCAGAAATGACGCTCCTCTCCTCCCAGT  148

Query   23  CTTCATCACTGGTGGCCCCTTCTGGGTCTGTGTCTGCCGAAAATCCAGAGCAGAGGATGCTGGAGAAGAGAGCC  96
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  149  CTTCATCACTGGTGGCCCCTTCTGGGTCTGTGTCTGCCGAAAATCCAGAGCAGAGGATGCTGGAGAAGAGAGCC  222

Query   97  AAGGTCATAGAAGAACTTCTTCAGACAGAAAGAGACTACATTCGGGATCTGGAAATGTGTATTGAGCGGATCAT  170
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  223  AAGGTCATAGAAGAACTTCTTCAGACAGAAAGAGACTACATTCGGGATCTGGAAATGTGTATTGAGCGGATCAT  296

Query  171  GGTACCCATGCAGCAGGCACAGGTACCAAACATTGATTTTGAGGGACTTTTTGGAAATACGCAGATGGTGATTA  244
            |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||.||||||||||||||
Sbjct  297  GGTACCCATGCAGCAGGCACAGGTACCAAACATTGATTTTGAGGGACTTTTTGGAAATATGCAGATGGTGATTA  370

Query  245  AGGTCTCAAAGCAATTATTGGCTGCTCTGGAAATCAGCGATGCTGTAGGACCTGTGTTTCTTGGTCACCGGGAT  318
            |||||||.||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  371  AGGTCTCGAAGCAATTATTGGCTGCTCTGGAAATCAGCGATGCTGTAGGACCTGTGTTTCTTGGTCACCGGGAT  444

Query  319  GAGCTTGAGGGAACATACAAGATTTACTGCCAGAATCATGATGAGGCCATTGCGCTGCTTGAAATCTACGAGAA  392
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  445  GAGCTTGAGGGAACATACAAGATTTACTGCCAGAATCATGATGAGGCCATTGCGCTGCTTGAAATCTACGAGAA  518

Query  393  GGATGAGAAGATCCAGAAGCATCTTCAGGACTCCTTGGCAGATCTGAAGAGCCTATACAACGAATGGGGATGCA  466
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  519  GGATGAGAAGATCCAGAAGCATCTTCAGGACTCCTTGGCAGATCTGAAGAGCCTATACAACGAATGGGGATGCA  592

Query  467  CAAATTATATTAACCTGGGCTCCTTCCTCATCAAACCAGTACAGAGAGTAATGCGTTACCCGCTGTTGCTAATG  540
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  593  CAAATTATATTAACCTGGGCTCCTTCCTCATCAAACCAGTACAGAGAGTAATGCGTTACCCGCTGTTGCTAATG  666

Query  541  GAGTTGCTGAATTCCACCCCAGAATCCCACCCAGATAAAGTGCCTTTAACCAATGCAGTCCTTGCGGTCAAGGA  614
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  667  GAGTTGCTGAATTCCACCCCAGAATCCCACCCAGATAAAGTGCCTTTAACCAATGCAGTCCTTGCGGTCAAGGA  740

Query  615  AATCAATGTTAACATTAATGAATATAAACGGCGAAAGGACCTGGTCCTCAAGTACCGTAAGGGTGATGAAGATA  688
            ||||||.|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  741  AATCAACGTTAACATTAATGAATATAAACGGCGAAAGGACCTGGTCCTCAAGTACCGTAAGGGTGATGAAGATA  814

Query  689  GCCTTATGGAGAAAATTTCCAAACTGAACATCCACTCCATCATCAAGAAATCCAACCGAGTTAGCAGTCACCTG  762
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  815  GCCTTATGGAGAAAATTTCCAAACTGAACATCCACTCCATCATCAAGAAATCCAACCGAGTTAGCAGTCACCTG  888

Query  763  AAGCATCTCACTGGCTTTGCTCCTCAGATAAAAGATGAAGTATTTGAAGAAACAGAAAAAAACTTCCGAATGCA  836
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  889  AAGCATCTCACTGGCTTTGCTCCTCAGATAAAAGATGAAGTATTTGAAGAAACAGAAAAAAACTTCCGAATGCA  962

Query  837  AGAAAGATTGATTAAGTCTTTTATCCGAGACCTGTCTCTCTACCTCCAGCACATCCGGGAGTCCGCATGTGTGA  910
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  963  AGAAAGATTGATTAAGTCTTTTATCCGAGACCTGTCTCTCTACCTCCAGCACATCCGGGAGTCCGCATGTGTGA  1036

Query  911  AAGTGGTGGCTGCTGTGAGCATGTGGGATGTGTGCATGGAGAGAGGACACCGGGACCTGGAGCAGTTTGAGAGG  984
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1037  AAGTGGTGGCTGCTGTGAGCATGTGGGATGTGTGCATGGAGAGAGGACACCGGGACCTGGAGCAGTTTGAGAGG  1110

Query  985  GTGCATCGCTACATCAGTGACCAGCTCTTCACAAACTTTAAGGAGAGGACAGAGCGGCTTGTCATCTCCCCCTT  1058
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1111  GTGCATCGCTACATCAGTGACCAGCTCTTCACAAACTTTAAGGAGAGGACAGAGCGGCTTGTCATCTCCCCCTT  1184

Query 1059  AAATCAGTTACTGAGCATGTTTACAGGGCCCCATAAGCTGGTACAGAAACGCTTTGACAAGCTCCTGGACTTCT  1132
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1185  AAATCAGTTACTGAGCATGTTTACAGGGCCCCATAAGCTGGTACAGAAACGCTTTGACAAGCTCCTGGACTTCT  1258

Query 1133  ATAACTGTACAGAACGGGCAGAAAAGCTAAAGGACAAGAAGACCCTGGAGGAGCTGCAGTCGGCCCGGAACAAC  1206
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1259  ATAACTGTACAGAACGGGCAGAAAAGCTAAAGGACAAGAAGACCCTGGAGGAGCTGCAGTCGGCCCGGAACAAC  1332

Query 1207  TATGAGGCCCTGAATGCACAGCTGCTGGATGAGCTGCCCAAGTTCCACCAGTACGCCCAGGGCCTCTTCACCAA  1280
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1333  TATGAGGCCCTGAATGCACAGCTGCTGGATGAGCTGCCCAAGTTCCACCAGTACGCCCAGGGCCTCTTCACCAA  1406

Query 1281  CTGTGTCCACGGCTATGCTGAAGCCCACTGTGACTTTGTGCACCAGGCTCTGGAGCAATTAAAGCCACTGCTTT  1354
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1407  CTGTGTCCACGGCTATGCTGAAGCCCACTGTGACTTTGTGCACCAGGCTCTGGAGCAATTAAAGCCACTGCTTT  1480

Query 1355  CGTTACTCAAAGTGGCTGGCAGAGAGGGAAACCTTATTGCCATCTTCCACGAAGAGCACAGCAGAGTTCTGCAG  1428
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1481  CGTTACTCAAAGTGGCTGGCAGAGAGGGAAACCTTATTGCCATCTTCCACGAAGAGCACAGCAGAGTTCTGCAG  1554

Query 1429  CAACTCCAGGTTTTTACCTTCTTCCCGGAGTCTCTTCCAGCTACCAAGAAGCCGTTTGAGAGGAAAACCATTGA  1502
            |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||.||||||||||||||||||||
Sbjct 1555  CAACTCCAGGTTTTTACCTTCTTCCCGGAGTCTCTTCCAGCTACCAAGAAGCCATTTGAGAGGAAAACCATTGA  1628

Query 1503  CCGCCAGTCTGCTCGAAAGCCACTCCTGGGCCTGCCAAGTTACATGCTACAGTCAGAAGAACTCCGGGCCTCCC  1576
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1629  CCGCCAGTCTGCTCGAAAGCCACTCCTGGGCCTGCCAAGTTACATGCTACAGTCAGAAGAACTCCGGGCCTCCC  1702

Query 1577  TCCTGGCCAGGTATCCCCCTGAAAAACTCTTCCAGGCAGAACGGAACTTCAATGCTGCTCAAGACTTGGATGTC  1650
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1703  TCCTGGCCAGGTATCCCCCTGAAAAACTCTTCCAGGCAGAACGGAACTTCAATGCTGCTCAAGACTTGGATGTC  1776

Query 1651  TCACTTTTGGAAGGTGACCTGGTGGGTGTGATTAAGAAAAAAGACCCCATGGGCAGCCAGAACCGCTGGCTGAT  1724
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1777  TCACTTTTGGAAGGTGACCTGGTGGGTGTGATTAAGAAAAAAGACCCCATGGGCAGCCAGAACCGCTGGCTGAT  1850

Query 1725  TGACAATGGAGTCACCAAAGGCTTCGTGTACAGCTCTTTCCTAAAGCCCTACAATCCTCGCCGCAGCCACTCCG  1798
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1851  TGACAATGGAGTCACCAAAGGCTTCGTGTACAGCTCTTTCCTAAAGCCCTACAATCCTCGCCGCAGCCACTCCG  1924

Query 1799  ATGCCTCCGTGGGTAGCCACTCCTCCACAGAGTCTGAGCACGGCAGCTCCTCCCCCAGGTTCCCACGCCAGAAC  1872
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1925  ATGCCTCCGTGGGTAGCCACTCCTCCACAGAGTCTGAGCACGGCAGCTCCTCCCCCAGGTTCCCACGCCAGAAC  1998

Query 1873  AGCGGCAGCACCCTGACCTTCAACCCCAGCAGCATGGCTGTATCCTTTACCTCGGGGTCTTGCCAGAAGCAGCC  1946
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1999  AGCGGCAGCACCCTGACCTTCAACCCCAGCAGCATGGCTGTATCCTTTACCTCGGGGTCTTGCCAGAAGCAGCC  2072

Query 1947  TCAAGATGCATCTCCTCCGCCAAAAGAATGGGACCAAGGAACTCTCAGTGCATCCCTAAATCCGAGTAATTCAG  2020
            ||||||||||||||||||||||||||||||.|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2073  TCAAGATGCATCTCCTCCGCCAAAAGAATGTGACCAAGGAACTCTCAGTGCATCCCTAAATCCGAGTAATTCAG  2146

Query 2021  AGAGTAGTCCTTCCAGATGCCCTTCAGACCCAGACTCTACCTCCCAGCCAAGGTCAGGGGACTCTGCAGATGTA  2094
            |||||||||||||||||||||||||||||||||||||.||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2147  AGAGTAGTCCTTCCAGATGCCCTTCAGACCCAGACTCCACCTCCCAGCCAAGGTCAGGGGACTCTGCAGATGTA  2220

Query 2095  GCTAGAGATGTAAAGCAACCCACTGCCACGCCGAGGAGCTACCGGAACTTCAGGCATCCAGAAATAGTTGGCTA  2168
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2221  GCTAGAGATGTAAAGCAACCCACTGCCACGCCGAGGAGCTACCGGAACTTCAGGCATCCAGAAATAGTTGGCTA  2294

Query 2169  CTCCGTACCAGGACGAAATGGGCAAAGTCAAGACCTCGTCAAAGGATGTGCAAGAACAGCCCAGGCTCCGGAAG  2242
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2295  CTCCGTACCAGGACGAAATGGGCAAAGTCAAGACCTCGTCAAAGGATGTGCAAGAACAGCCCAGGCTCCGGAAG  2368

Query 2243  ACAGAAGTACAGAGCCAGATGGCAGTGAGGCAGAAGGCAACCAGGTCTATTTTGCTGTCTACACCTTCAAGGCA  2316
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2369  ACAGAAGTACAGAGCCAGATGGCAGTGAGGCAGAAGGCAACCAGGTCTATTTTGCTGTCTACACCTTCAAGGCA  2442

Query 2317  CGAAACCCAAATGAGCTGAGCGTGTCAGCCAATCAGAAACTCAAGATCCTCGAGTTTAAAGATGTTACAGGAAA  2390
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2443  CGAAACCCAAATGAGCTGAGCGTGTCAGCCAATCAGAAACTCAAGATCCTCGAGTTTAAAGATGTTACAGGAAA  2516

Query 2391  TACAGAGTGGTGGTTAGCTGAGGTTAACGGGAAGAAGGGCTACGTTCCCTCCAATTATATCCGCAAAACCGAGT  2464
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2517  TACAGAGTGGTGGTTAGCTGAGGTTAACGGGAAGAAGGGCTACGTTCCCTCCAATTATATCCGCAAAACCGAGT  2590

Query 2465  ACACC  2469
            |||||
Sbjct 2591  ACACC  2595