Nucleotide Global Alignment

Description

• Query: ccsbBroadEn_11946
• Subject: XM_011513848.1
• Aligned Length: 1500
• Identities: 1323
• Gaps: 177

Alignment

Query    1  ATGCAGTGTGACGATCTCGGCTCACTGCAGCCTCCGCCTCCCGGGTTCACGCCATTCGCCTGCCTCAGCCTCCC  74
                                                                                      
Sbjct    1  --------------------------------------------------------------------------  0

Query   75  GAGTAGCTGGGACTACAGGCGCCCGCCACCACACCCGGGCAAGTGTCCAGAGAATGGCTGGGATGAAAGTACAC  148
                                                                                      
Sbjct    1  --------------------------------------------------------------------------  0

Query  149  TTGAACTCTTTTTACATGAACTTGCAATCATGGACAGCAACAATTTCTTAGGCAATTGTGGTGTGGGAGAAAGG  222
                                         |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct    1  -----------------------------ATGGACAGCAACAATTTCTTAGGCAATTGTGGTGTGGGAGAAAGG  45

Query  223  GAAGGGAGAGTGGCATCCGCACTGGTTGCTCGTCGTCATTACAGGTTCATTCATGGCATTGGACGATCCGGTGA  296
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct   46  GAAGGGAGAGTGGCATCCGCACTGGTTGCTCGTCGTCATTACAGGTTCATTCATGGCATTGGACGATCCGGTGA  119

Query  297  TATTTCTGCTGTGCAACCAAAAGCTGCAGGCTCTAGCCTTTTGAACAAAATTACCAATTCTTTGGTCCTGGACA  370
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  120  TATTTCTGCTGTGCAACCAAAAGCTGCAGGCTCTAGCCTTTTGAACAAAATTACCAATTCTTTGGTCCTGGACA  193

Query  371  TTATAAAGCTGGCTGGTGTCCATACAGTAGCCAACTGCTTTGTAGTTCCTATGGCAACTGGTATGAGTCTAACT  444
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  194  TTATAAAGCTGGCTGGTGTCCATACAGTAGCCAACTGCTTTGTAGTTCCTATGGCAACTGGTATGAGTCTAACT  267

Query  445  CTGTGTTTCTTAACATTACGACACAAAAGACCAAAGGCAAAGTATATTATATGGCCACGAATAGACCAGAAGTC  518
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  268  CTGTGTTTCTTAACATTACGACACAAAAGACCAAAGGCAAAGTATATTATATGGCCACGAATAGACCAGAAGTC  341

Query  519  CTGCTTTAAATCCATGATCACTGCAGGTTTTGAGCCTGTGGTGATAGAAAATGTTTTGGAAGGTGACGAGCTGC  592
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  342  CTGCTTTAAATCCATGATCACTGCAGGTTTTGAGCCTGTGGTGATAGAAAATGTTTTGGAAGGTGACGAGCTGC  415

Query  593  GTACAGACCTGAAAGCAGTGGAGGCTAAAGTCCAGGAACTTGGGCCTGATTGCATTCTGTGTATTCATTCTACT  666
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  416  GTACAGACCTGAAAGCAGTGGAGGCTAAAGTCCAGGAACTTGGGCCTGATTGCATTCTGTGTATTCATTCTACT  489

Query  667  ACATCCTGTTTTGCTCCAAGGGTGCCTGATAGATTAGAAGAACTGGCTGTGATTTGTGCTAATTATGACATTCC  740
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  490  ACATCCTGTTTTGCTCCAAGGGTGCCTGATAGATTAGAAGAACTGGCTGTGATTTGTGCTAATTATGACATTCC  563

Query  741  ACATATAGTTAATAATGCTTATGGAGTGCAGTCTTCAAAGTGTATGCATCTCATTCAGCAGGGGGCTCGAGTTG  814
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  564  ACATATAGTTAATAATGCTTATGGAGTGCAGTCTTCAAAGTGTATGCATCTCATTCAGCAGGGGGCTCGAGTTG  637

Query  815  GTAGAATAGATGCTTTTGTTCAGAGCTTGGACAAAAATTTTATGGTTCCAGTAGGTGGTGCTATAATTGCTGGC  888
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  638  GTAGAATAGATGCTTTTGTTCAGAGCTTGGACAAAAATTTTATGGTTCCAGTAGGTGGTGCTATAATTGCTGGC  711

Query  889  TTTAATGATTCATTCATTCAGGAAATCAGCAAGATGTATCCAGGAAGAGCTTCAGCTTCACCTTCTTTAGATGT  962
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  712  TTTAATGATTCATTCATTCAGGAAATCAGCAAGATGTATCCAGGAAGAGCTTCAGCTTCACCTTCTTTAGATGT  785

Query  963  CCTTATTACTTTATTGTCACTTGGATCAAATGGCTATAAGAAGCTACTAAAAGAAAGAAAGGAAATGTTTTCAT  1036
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  786  CCTTATTACTTTATTGTCACTTGGATCAAATGGCTATAAGAAGCTACTAAAAGAAAGAAAGGAAATGTTTTCAT  859

Query 1037  ATTTGTCCAACCAAATAAAGAAGTTGTCAGAAGCCTACAATGAAAGACTGTTGCATACACCTCACAATCCCATA  1110
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  860  ATTTGTCCAACCAAATAAAGAAGTTGTCAGAAGCCTACAATGAAAGACTGTTGCATACACCTCACAATCCCATA  933

Query 1111  TCTTTAGCTATGACACTTAAAACACTAGATGAACACCGTGACAAAGCTGTCACTCAGCTTGGCTCGATGCTTTT  1184
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  934  TCTTTAGCTATGACACTTAAAACACTAGATGAACACCGTGACAAAGCTGTCACTCAGCTTGGCTCGATGCTTTT  1007

Query 1185  TACCAGACAGGTTTCTGGAGCCAGGGTTGTGCCTCTTGGGTCCATGCAAACTGTGAGTGGCTATACTTTCAGAG  1258
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1008  TACCAGACAGGTTTCTGGAGCCAGGGTTGTGCCTCTTGGGTCCATGCAAACTGTGAGTGGCTATACTTTCAGAG  1081

Query 1259  GCTTTATGTCACATACAAATAATTACCCTTGTGCTTACCTCAATGCTGCATCAGCCATCGGAATGAAGATGCAG  1332
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1082  GCTTTATGTCACATACAAATAATTACCCTTGTGCTTACCTCAATGCTGCATCAGCCATCGGAATGAAGATGCAG  1155

Query 1333  GATGTGGACCTGTTCATAAAGAGACTTGACAGGTGTTTAAAGGCAGTAAGAAAAGAACGAAGTAAAGAGAGTGA  1406
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1156  GATGTGGACCTGTTCATAAAGAGACTTGACAGGTGTTTAAAGGCAGTAAGAAAAGAACGAAGTAAAGAGAGTGA  1229

Query 1407  TGACAATTATGACAAAACTGAAGATGTGGATATTGAAGAAATGGCTTTAAAACTAGATAATGTACTTCTTGACA  1480
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1230  TGACAATTATGACAAAACTGAAGATGTGGATATTGAAGAAATGGCTTTAAAACTAGATAATGTACTTCTTGACA  1303

Query 1481  CATACCAGGATGCTTCTTCA  1500
            ||||||||||||||||||||
Sbjct 1304  CATACCAGGATGCTTCTTCA  1323