Nucleotide Global Alignment
Description
- Query:
- ccsbBroadEn_12044
- Subject:
- NM_001256470.2
- Aligned Length:
- 3846
- Identities:
- 2622
- Gaps:
- 1224
Alignment
Query 1 -------------------------------------------------------------------------- 0
Sbjct 1 ATGGCGGCGGATCTGAACCTGGAGTGGATCTCCCTGCCCCGGTCCTGGACTTACGGGATCACCAGGGGCGGCCG 74
Query 1 -------------------------------------------------------------------------- 0
Sbjct 75 AGTCTTCTTCATCAACGAGGAGGCCAAGAGCACCACCTGGCTGCACCCCGTCACCGGCGAGGCGGTGGTCACCG 148
Query 1 -------------------------------------------------------------------------- 0
Sbjct 149 GACACCGGCGGCAGAGCACAGATTTGCCTACTGGCTGGGAAGAAGCATATACTTTTGAAGGTGCAAGATACTAT 222
Query 1 -------------------------------------------------------------------------- 0
Sbjct 223 ATAAACCATAATGAAAGGAAAGTGACCTGCAAACATCCAGTCACAGGACAACCATCACAGGACAATTGTATTTT 296
Query 1 -------------------------------------------------------------------------- 0
Sbjct 297 TGTAGTGAATGAACAGACTGTTGCAACCATGACATCTGAAGAAAAGAAGGAACGGCCAATAAGTATGATAAATG 370
Query 1 -------------------------------------------------------------------------- 0
Sbjct 371 AAGCTTCTAACTATAACGTGACTTCAGATTATGCAGTGCATCCAATGAGCCCTGTAGGCAGAACTTCACGAGCT 444
Query 1 -------------------------------------------------------------------------- 0
Sbjct 445 TCAAAAAAAGTTCATAATTTTGGAAAGAGGTCAAATTCAATTAAAAGGAATCCTAATGCACCGGTTGTCAGACG 518
Query 1 -------------------------------------------------------------------------- 0
Sbjct 519 AGGTTGGCTTTATAAACAGGACAGTACTGGCATGAAATTGTGGAAGAAACGCTGGTTTGTGCTTTCTGACCTTT 592
Query 1 -------------------------------------------------------------------------- 0
Sbjct 593 GCCTCTTTTATTATAGAGATGAGAAAGAAGAGGGTATCCTGGGAAGCATACTGTTACCTAGTTTTCAGATAGCT 666
Query 1 ------------------------------------------------------------ATGCGGACCTATTA 14
||||||||||||||
Sbjct 667 TTGCTTACCTCTGAAGATCACATTAATCGCAAATATGCTTTTAAGGCAGCCCATCCAAACATGCGGACCTATTA 740
Query 15 TTTCTGCACTGATACAGGAAAGGAAATGGAGTTGTGGATGAAAGCCATGTTAGATGCTGCCCTAGTACAGACAG 88
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 741 TTTCTGCACTGATACAGGAAAGGAAATGGAGTTGTGGATGAAAGCCATGTTAGATGCTGCCCTAGTACAGACAG 814
Query 89 AACCTGTGAAAA------------------GAGTGGACAAGATTACATCTGAAAATGCACCAACTAAAGAAACC 144
|||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 815 AACCTGTGAAAAGAATTACCTTTAATTTCCGAGTGGACAAGATTACATCTGAAAATGCACCAACTAAAGAAACC 888
Query 145 AATAACATTCCCAACCATAGAGTGCTAATTAAACCAGAGATCCAAAACAATCAAAAAAACAAGGAAATGAGCAA 218
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 889 AATAACATTCCCAACCATAGAGTGCTAATTAAACCAGAGATCCAAAACAATCAAAAAAACAAGGAAATGAGCAA 962
Query 219 AATTGAAGAAAAAAAGGCATTAGAAGCTGAAAAATATGGATTTCAGAAGGATGGTCAAGATAGACCCTTAACAA 292
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 963 AATTGAAGAAAAAAAGGCATTAGAAGCTGAAAAATATGGATTTCAGAAGGATGGTCAAGATAGACCCTTAACAA 1036
Query 293 AAATTAATAGTGTAAAGCTGAATTCTCTGCCATCTGAATATGAGAGTGGGTCAGCATGCCCTGCTCAGACTGTG 366
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1037 AAATTAATAGTGTAAAGCTGAATTCTCTGCCATCTGAATATGAGAGTGGGTCAGCATGCCCTGCTCAGACTGTG 1110
Query 367 CACTACAGACCAATCAACTTGAGCAGTTCAGAGAACAAAATAGTCAATGTTAGCCTGGCAGATCTTAGAGGTGG 440
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1111 CACTACAGACCAATCAACTTGAGCAGTTCAGAGAACAAAATAGTCAATGTTAGCCTGGCAGATCTTAGAGGTGG 1184
Query 441 AAATCGCCCCAATACAGGGCCCTTATACACAGAGGCCGATCGAGTCATACAGAGAACAAATTCAATGCAGCAGT 514
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1185 AAATCGCCCCAATACAGGGCCCTTATACACAGAGGCCGATCGAGTCATACAGAGAACAAATTCAATGCAGCAGT 1258
Query 515 TGGAACAGTGGATTAAAATCCAGAAGGGGAGGGGTCATGAAGAAGAAACCAGGGGAGTAATTTCTTACCAAACA 588
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1259 TGGAACAGTGGATTAAAATCCAGAAGGGGAGGGGTCATGAAGAAGAAACCAGGGGAGTAATTTCTTACCAAACA 1332
Query 589 TTACCAAGAAATATGCCAAGTCACAGAGCCCAGATTATGGCCCGCTACCCTGAAGGTTATAGAACACTCCCAAG 662
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1333 TTACCAAGAAATATGCCAAGTCACAGAGCCCAGATTATGGCCCGCTACCCTGAAGGTTATAGAACACTCCCAAG 1406
Query 663 AAACAGCAAGACAAGGCCTGAAAGTATCTGCAGTGTAACCCCTTCCACTCATGACAAGACATTAGGACCCGGAG 736
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1407 AAACAGCAAGACAAGGCCTGAAAGTATCTGCAGTGTAACCCCTTCCACTCATGACAAGACATTAGGACCCGGAG 1480
Query 737 CGGAGGAGAAACGGAGGTCCATGAGAGATGACACAATGTGGCAGCTCTACGAATGGCAGCAGCGTCAGTTTTAT 810
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1481 CGGAGGAGAAACGGAGGTCCATGAGAGATGACACAATGTGGCAGCTCTACGAATGGCAGCAGCGTCAGTTTTAT 1554
Query 811 AACAAACAGAGCACCCTCCCTCGACACAGTACTTTGAGTAGTCCCAAAACCATGGTAAATATTTCTGACCAGAC 884
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1555 AACAAACAGAGCACCCTCCCTCGACACAGTACTTTGAGTAGTCCCAAAACCATGGTAAATATTTCTGACCAGAC 1628
Query 885 AATGCACTCTATTCCCACATCACCTTCCCACGGGTCAATAGCTGCTTATCAGGGATACTCCCCTCAACGAACTT 958
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1629 AATGCACTCTATTCCCACATCACCTTCCCACGGGTCAATAGCTGCTTATCAGGGATACTCCCCTCAACGAACTT 1702
Query 959 ACAGATCGGAAGTGTCTTCACCAATTCAGAGAGGAGATGTGACAATAGACCGCAGACACAGGGCCCATCACCCT 1032
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1703 ACAGATCGGAAGTGTCTTCACCAATTCAGAGAGGAGATGTGACAATAGACCGCAGACACAGGGCCCATCACCCT 1776
Query 1033 AAGCATGTCTATGTGCCTGACAGAAGGTCAGTGCCAGCTGGCCTGACTTTACAGTCTGTTAGTCCCCAGAGCCT 1106
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1777 AAGCATGTCTATGTGCCTGACAGAAGGTCAGTGCCAGCTGGCCTGACTTTACAGTCTGTTAGTCCCCAGAGCCT 1850
Query 1107 CCAAGGGAAAACG------------------------------------------------------------- 1119
|||||||||||||
Sbjct 1851 CCAAGGGAAAACGCCAGAGGAGCTTACGCTGCTGCTAATAAAGCTGAGACGGCAGCAAGCCGAACTGAGTAGTA 1924
Query 1120 -------------------------------------------------------------------------- 1119
Sbjct 1925 TCCGGGAGCATACGTTAGCACAGCTCATGCAGCTAAAGCTTGAGGCCCACAGCCCAAAGAATGAAATTCTTTCA 1998
Query 1120 -------------------------------------------------------------------------- 1119
Sbjct 1999 CATCATCTCCAAAGGAACACCATATATTTGGATCATCAGATGAAAGAAAATGAACCTATTATCACCATGGTTCA 2072
Query 1120 -------------------------------------------------------------------------- 1119
Sbjct 2073 CACAATGATTGAGAACTCGGCGCTAAGACCCCAACTGTACCAGCAATTCTTAAGACAGAAGAGCAAGATAAGTC 2146
Query 1120 --------CTGTCACAAGATGAAGGTAGAGGCACATTATACAAATACAGACCTGAAGAAGTAGATATTGATGCC 1185
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2147 TATATTGTCTGTCACAAGATGAAGGTAGAGGCACATTATACAAATACAGACCTGAAGAAGTAGATATTGATGCC 2220
Query 1186 AAGTTAAGCCGATTATGTGAACAAGATAAAGTGGTGCATGCTCTGGAAGAGAAACTTCAGCAACTCCACAAGGA 1259
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2221 AAGTTAAGCCGATTATGTGAACAAGATAAAGTGGTGCATGCTCTGGAAGAGAAACTTCAGCAACTCCACAAGGA 2294
Query 1260 GAAATACACGCTTGAGCAAGCTTTGCTATCAGCCAGCCAAGAGATAGAAATGCATGCAGATAACCCAGCAGCCA 1333
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2295 GAAATACACGCTTGAGCAAGCTTTGCTATCAGCCAGCCAAGAGATAGAAATGCATGCAGATAACCCAGCAGCCA 2368
Query 1334 TTCAGACAGTGGTGTTACAAAGGGATGATTTACAAAATGGACTGCTTAGTACGTGTCGAGAACTTTCTCGAGCC 1407
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2369 TTCAGACAGTGGTGTTACAAAGGGATGATTTACAAAATGGACTGCTTAGTACGTGTCGAGAACTTTCTCGAGCC 2442
Query 1408 ACTGCCGAATTGGAACGAGCATGGAGAGAATATGATAAGTTAGAATACGATGTAACTGTTACCAGGAACCAGAT 1481
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2443 ACTGCCGAATTGGAACGAGCATGGAGAGAATATGATAAGTTAGAATACGATGTAACTGTTACCAGGAACCAGAT 2516
Query 1482 GCAAGAGCAGCTGGATCACCTTGGTGAAGTTCAGACGGAATCAGCAGGAATTCAGCGTGCACAGATTCAGAAAG 1555
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2517 GCAAGAGCAGCTGGATCACCTTGGTGAAGTTCAGACGGAATCAGCAGGAATTCAGCGTGCACAGATTCAGAAAG 2590
Query 1556 AACTTTGGCGAATTCAGGATGTCATGGAAGGGCTGAGTAAACATAAGCAGCAAAGAGGTACTACAGAAATAGGT 1629
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2591 AACTTTGGCGAATTCAGGATGTCATGGAAGGGCTGAGTAAACATAAGCAGCAAAGAGGTACTACAGAAATAGGT 2664
Query 1630 ATGATAGGATCAAAGCCTTTCTCAACAGTTAAGTACAAAAATGAG----------------------------- 1674
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2665 ATGATAGGATCAAAGCCTTTCTCAACAGTTAAGTACAAAAATGAGGAAGAGGAAGTAGTCCCACCTCGTCCTCC 2738
Query 1675 -------------------------------------------------------------------------- 1674
Sbjct 2739 ACTTCCTCGGTCCTATGACTTTACAGAGCAGCCTCCCATAATCCCCCCTCTGCCCAGTGATAGCAGCTCCTTGC 2812
Query 1675 -------------------------------------------------------------------------- 1674
Sbjct 2813 TCTGTTATAGCAGGGGCCCAGTTCATCTGCCTGAAGAAAAGAAGATGTATCAAGTTCAAGGATATCCAAGAAAT 2886
Query 1675 ------------GGTCCAGATTATAGACTCTACAAGAGTGAACCAGAGTTAACAACAGTGGCAGAAGTTGATGA 1736
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2887 GGATCTCACTGTGGTCCAGATTATAGACTCTACAAGAGTGAACCAGAGTTAACAACAGTGGCAGAAGTTGATGA 2960
Query 1737 ATCTAATGGAGAAGAAAAATCAGAACCTGTTTCAGAGATAGAAACTTCAGTTGTTAAAGGTTCCCACTTTCCTG 1810
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2961 ATCTAATGGAGAAGAAAAATCAGAACCTGTTTCAGAGATAGAAACTTCAGTTGTTAAAGGTTCCCACTTTCCTG 3034
Query 1811 TTGGAGTAGTCCCTCCAAGAGCAAAATCACCAACACCCGAATCTTCGACAATAGCTTCCTATGTAACCTTGAGG 1884
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 3035 TTGGAGTAGTCCCTCCAAGAGCAAAATCACCAACACCCGAATCTTCGACAATAGCTTCCTATGTAACCTTGAGG 3108
Query 1885 AAAACTAAGAAGATGATGGATCTAAGAACGGAAAGACCAAGAAGTGCAGTGGAACAGCTCTGTTTGGCTGAAAG 1958
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 3109 AAAACTAAGAAGATGATGGATCTAAGAACGGAAAGACCAAGAAGTGCAGTGGAACAGCTCTGTTTGGCTGAAAG 3182
Query 1959 TACTCGACCAAGGATGACTGTGGAAGAGCAAATGGAAAGAATAAGAAGACATCAACAAGCGTGCCTGAGGGAGA 2032
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 3183 TACTCGACCAAGGATGACTGTGGAAGAGCAAATGGAAAGAATAAGAAGACATCAACAAGCGTGCCTGAGGGAGA 3256
Query 2033 AGAAAAAAGGGTTAAATGTTATCGGTGCTTCAGACCAGTCACCCTTACAAAGCCCTTCAAATTTAAGGGATAAT 2106
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 3257 AGAAAAAAGGGTTAAATGTTATCGGTGCTTCAGACCAGTCACCCTTACAAAGCCCTTCAAATTTAAGGGATAAT 3330
Query 2107 CCATTTAGGACTACTCAGACTCGAAGGAGGGATGATAAGGAACTGGACACTGCCATTAGAGAAAATGATGTAAA 2180
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 3331 CCATTTAGGACTACTCAGACTCGAAGGAGGGATGATAAGGAACTGGACACTGCCATTAGAGAAAATGATGTAAA 3404
Query 2181 GCCAGACCATGAAACTCCTGCAACAGAAATTGTTCAACTAAAAGAAACCGAACCCCAAAATGTGGACTTCAGCA 2254
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 3405 GCCAGACCATGAAACTCCTGCAACAGAAATTGTTCAACTAAAAGAAACCGAACCCCAAAATGTGGACTTCAGCA 3478
Query 2255 AAGAGTTAAAAAAAACTGAAAACATTTCATATGAAATGCTTTTTGAACCTGAGCCAAATGGAGTAAATTCTGTG 2328
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 3479 AAGAGTTAAAAAAAACTGAAAACATTTCATATGAAATGCTTTTTGAACCTGAGCCAAATGGAGTAAATTCTGTG 3552
Query 2329 GAAATGATGGATAAAGAAAGAAACAAAGACAAAATGCCTGAGGATGTTACATTCAGCCCTCAAGATGAAACACA 2402
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 3553 GAAATGATGGATAAAGAAAGAAACAAAGACAAAATGCCTGAGGATGTTACATTCAGCCCTCAAGATGAAACACA 3626
Query 2403 GACCGCAAATCATAAACCAGAAGAGCATCCTGAAGAAAATACAAAGAACAGTGTTGACGAACAGGAAGAAACTG 2476
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 3627 GACCGCAAATCATAAACCAGAAGAGCATCCTGAAGAAAATACAAAGAACAGTGTTGACGAACAGGAAGAAACTG 3700
Query 2477 TTATTTCTTACGAATCAACTCCTGAGGTTTCTAGAGGAAATCAAACAATGGCAGTGAAAAGTCTGTCCCCATCT 2550
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 3701 TTATTTCTTACGAATCAACTCCTGAGGTTTCTAGAGGAAATCAAACAATGGCAGTGAAAAGTCTGTCCCCATCT 3774
Query 2551 CCTGAGTCCTCGGCATCGCCAGTTCCATCCACTCAGCCGCAGCTCACAGAAGGATCACATTTCATGTGTGTG 2622
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 3775 CCTGAGTCCTCGGCATCGCCAGTTCCATCCACTCAGCCGCAGCTCACAGAAGGATCACATTTCATGTGTGTG 3846
