Nucleotide Global Alignment

Description

• Query: ccsbBroadEn_12052
• Subject: NM_001184965.2
• Aligned Length: 2739
• Identities: 1842
• Gaps: 894

Alignment

Query    1  --------------------------------------------------------------------------  0
                                                                                      
Sbjct    1  ATGGCGTCGGAAAGCGACACCGAGGAATTCTATGATGCCCCTGAAGATGTGCACCTAGGGGGCGGCTACCCCGT  74

Query    1  --------------------------------------------------------------------------  0
                                                                                      
Sbjct   75  GGGGTCTCCAGGAAAAGTTGGGCTTTCAACATTCAAGGAAACAGAGAACACTGCATACAAAGTTGGAAATGAGT  148

Query    1  --------------------------------------------------------------------------  0
                                                                                      
Sbjct  149  CCCCTGTACAAGAATTGAAACAAGATGTGTCTAAAAAGATTATTGAAAGTATTATTGAGGAGAGTCAGAAAGTA  222

Query    1  --------------------------------------------------------------------------  0
                                                                                      
Sbjct  223  CTACAGCTTGAAGATGACTCTTTGGATTCCAAAGGAAAAGAACTCTCTGATCAAGCTACTGCCAGTCCTATTGT  296

Query    1  --------------------------------------------------------------------------  0
                                                                                      
Sbjct  297  GGCTAGAACAGATCTGAGCAATATACCCGGACTGTTAGCCATAGATCAAGTACTACCGGAAGAATCCCAAAAGG  370

Query    1  --------------------------------------------------------------------------  0
                                                                                      
Sbjct  371  CAGAGAGTCAGAATACATTTGAAGAGACTGAATTAGAATTAAAAAAATGCTTTCCTTCTGATGAAACCTGTGAG  444

Query    1  --------------------------------------------------------------------------  0
                                                                                      
Sbjct  445  AAACCAGTAGATGAAACCACGAAGTTAACTCAAACAAGTTCAACTGAGCAGCTTAATGTGCTTGAAACTGAAAC  518

Query    1  --------------------------------------------------------------------------  0
                                                                                      
Sbjct  519  AGAAGTATTGAACAAGGAAGCAGTGGAAGTCAAAGGAGGTGGTGATGTTTTAGAGCCTGTGTCCTCAGACTCCT  592

Query    1  --------------------------------------------------------------------------  0
                                                                                      
Sbjct  593  TATCTACTAAAGATTTTGCCGCTGTGGAAGAAGTGGCCCCTGCCAAACCCCCAAGACACCTTACTCCAGAGCCT  666

Query    1  --------------------------------------------------------------------------  0
                                                                                      
Sbjct  667  GATATAGTGGCTAGTACAAAGAAGCCTGTTCCAGCACGCCCACCTCCTCCAACTAATTTCCCACCTCCTAGACC  740

Query    1  --------------------------------------------------------------------------  0
                                                                                      
Sbjct  741  CCCACCTCCTTCTCGACCTGCTCCACCACCAAGAAAAAGGAAAAGCGAATTGGAATTTGAGACTCTGAAAACTC  814

Query    1  --------------------------------------------------------ATGGCTTCAGAAAGTGCG  18
                                                                    |||||||||||||||.||
Sbjct  815  CTGATATAGATGTTCCCAAAGAGAATATTACGTCTGATTCTCTCCTAACCGCAAGCATGGCTTCAGAAAGTACG  888

Query   19  GTTAAGGATTCTCAGCCTTCTCTTGATTTGGCAAGTGCTACCAGTGGAGATAAAATAGTTACCGCCCAGGAAAA  92
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  889  GTTAAGGATTCTCAGCCTTCTCTTGATTTGGCAAGTGCTACCAGTGGAGATAAAATAGTTACCGCCCAGGAAAA  962

Query   93  TGGAAAAGCACCTGATGGGCAGACTGTAGCAGGTGAAGTGATGGGCCCTCAGAGACCTAGATCCAACTCTGGGA  166
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  963  TGGAAAAGCACCTGATGGGCAGACTGTAGCAGGTGAAGTGATGGGCCCTCAGAGACCTAGATCCAACTCTGGGA  1036

Query  167  GAGAGCTTACTGATGAGGAAATTTTAGCCAGTGTAATGATTAAGAACCTGGATACTGGAGAAGAAATACCTTTG  240
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1037  GAGAGCTTACTGATGAGGAAATTTTAGCCAGTGTAATGATTAAGAACCTGGATACTGGAGAAGAAATACCTTTG  1110

Query  241  AGTCTTGCAGAAGAGAAACTACCAACAGGCATTAATCCTCTCACTCTACACATCATGAGAAGGACAAAAGAATA  314
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1111  AGTCTTGCAGAAGAGAAACTACCAACAGGCATTAATCCTCTCACTCTACACATCATGAGAAGGACAAAAGAATA  1184

Query  315  TGTAAGTAATGACGCGGCACAGTCAGATGATGAAGAGAAGTTACAGTCTCAGCCAACAGATACTGATGGTGGAA  388
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1185  TGTAAGTAATGACGCGGCACAGTCAGATGATGAAGAGAAGTTACAGTCTCAGCCAACAGATACTGATGGTGGAA  1258

Query  389  GGTTAAAACAGAAAACGACTCAACTAAAGAAGTTTCTTGGAAAATCAGTAAAGAGAGCAAAGCACCTTGCTGAG  462
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1259  GGTTAAAACAGAAAACGACTCAACTAAAGAAGTTTCTTGGAAAATCAGTAAAGAGAGCAAAGCACCTTGCTGAG  1332

Query  463  GAATATGGTGAACGTGCTATAAATAAAGTTAAAAGTGTTAGAGATGAAGTGTTTCATACTGATCAAGATGATCC  536
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1333  GAATATGGTGAACGTGCTATAAATAAAGTTAAAAGTGTTAGAGATGAAGTGTTTCATACTGATCAAGATGATCC  1406

Query  537  TTCATCAAGTGATGATGAAGGAATGCCATACACAAGACCAGTTAAATTCAAAGCAGCACACGGTTTTAAAGGAC  610
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||.|||||||
Sbjct 1407  TTCATCAAGTGATGATGAAGGAATGCCATACACAAGACCAGTTAAATTCAAAGCAGCACACGGTTTCAAAGGAC  1480

Query  611  CTTATGATTTTGATCAGATCAAAGTGGTGCAAGATCTTAGTGGTGAACATATGGGAGCTGTTTGGACCATGAAA  684
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1481  CTTATGATTTTGATCAGATCAAAGTGGTGCAAGATCTTAGTGGTGAACATATGGGAGCTGTTTGGACCATGAAA  1554

Query  685  TTTTCTCACTGTGGCCGATTACTTGCCTCAGCTGGACAAGACAATGTAGTGAGAATATGGGCTTTAAAAAATGC  758
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1555  TTTTCTCACTGTGGCCGATTACTTGCCTCAGCTGGACAAGACAATGTAGTGAGAATATGGGCTTTAAAAAATGC  1628

Query  759  TTTTGACTATTTCAACAATATGCGAATGAAATACAATACTGAAGGACGTGTGTCCCCATCACCCTCTCAGGAAA  832
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1629  TTTTGACTATTTCAACAATATGCGAATGAAATACAATACTGAAGGACGTGTGTCCCCATCACCCTCTCAGGAAA  1702

Query  833  GTCTAAGTTCATCAAAATCGGATACAGATACAGGGGTATGCAGTGGAACTGATGAAGACCCTGATGATAAAAAC  906
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1703  GTCTAAGTTCATCAAAATCGGATACAGATACAGGGGTATGCAGTGGAACTGATGAAGACCCTGATGATAAAAAC  1776

Query  907  GCACCCTTTCGGCAACGGCCATTTTGCAAATATAAAGGACATACTGCTGATCTCCTTGATCTTTCATGGTCTAA  980
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1777  GCACCCTTTCGGCAACGGCCATTTTGCAAATATAAAGGACATACTGCTGATCTCCTTGATCTTTCATGGTCTAA  1850

Query  981  AAACTACTTTCTTCTTTCTTCTTCAATGGATAAAACAGTCAGATTATGGCACATTTCTCGAAGAGAATGCCTTT  1054
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1851  AAACTACTTTCTTCTTTCTTCTTCAATGGATAAAACAGTCAGATTATGGCACATTTCTCGAAGAGAATGCCTTT  1924

Query 1055  GCTGTTTTCAACATATAGATTTTGTCACTGCCATAGCTTTTCATCCAAGAGATGACAGGTATTTTCTAAGTGGG  1128
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1925  GCTGTTTTCAACATATAGATTTTGTCACTGCCATAGCTTTTCATCCAAGAGATGACAGGTATTTTCTAAGTGGG  1998

Query 1129  TCTTTGGATGGAAAGCTCCGCCTTTGGAACATACCTGACAAAAAAGTGGCTTTGTGGAATGAAGTAGATGGTCA  1202
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1999  TCTTTGGATGGAAAGCTCCGCCTTTGGAACATACCTGACAAAAAAGTGGCTTTGTGGAATGAAGTAGATGGTCA  2072

Query 1203  GACAAAATTGATCACAGCTGCAAATTTCTGTCAGAATGGCAAATATGCAGTGATTGGGACATATGATGGCAGAT  1276
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2073  GACAAAATTGATCACAGCTGCAAATTTCTGTCAGAATGGCAAATATGCAGTGATTGGGACATATGATGGCAGAT  2146

Query 1277  GTATTTTCTATGATACAGAGCATTTGAAATACCATACACAAATACATGTCCGATCTACTAGAGGGCGCAACAAG  1350
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2147  GTATTTTCTATGATACAGAGCATTTGAAATACCATACACAAATACATGTCCGATCTACTAGAGGGCGCAACAAG  2220

Query 1351  GTTGGAAGAAAAATTACTGGCATTGAGCCTTTACCTGGAGAAAATAAGATATTGGTAACCTCAAATGACTCCAG  1424
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2221  GTTGGAAGAAAAATTACTGGCATTGAGCCTTTACCTGGAGAAAATAAGATATTGGTAACCTCAAATGACTCCAG  2294

Query 1425  AATCAGACTATATGATTTGAGAGATTTGTCACTATCCATGAAGTATAAGGGTTACGTCAATAGCAGCAGCCAGA  1498
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2295  AATCAGACTATATGATTTGAGAGATTTGTCACTATCCATGAAGTATAAGGGTTACGTCAATAGCAGCAGCCAGA  2368

Query 1499  TCAAAGCAAGTTTCAGCCATGATTTTACTTACCTCGTTAGTGGTTCAGAAGATAAGTATGTTTATATCTGGAGT  1572
            ||||||||||||||                        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2369  TCAAAGCAAGTTTC------------------------AGTGGTTCAGAAGATAAGTATGTTTATATCTGGAGT  2418

Query 1573  ACCTACCATGACCTAAGCAAGTTTACTTCAGTCAGGAGAGATCGTAATGACTTCTGGGAAGGTATTAAAGCCCA  1646
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2419  ACCTACCATGACCTAAGCAAGTTTACTTCAGTCAGGAGAGATCGTAATGACTTCTGGGAAGGTATTAAAGCCCA  2492

Query 1647  CAATGCAGTTGTTACATCAGCCATCTTTGCACCAAACCCAAGTTTGATGTTATCTTTGGATGTGCAATCTGAAA  1720
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2493  CAATGCAGTTGTTACATCAGCCATCTTTGCACCAAACCCAAGTTTGATGTTATCTTTGGATGTGCAATCTGAAA  2566

Query 1721  AATCAGAAGGGAACGAGAAAAGTGAAGATGCTGAAGTTTTGGATGCCACACCTTCTGGTATTATGAAGACAGAT  1794
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2567  AATCAGAAGGGAACGAGAAAAGTGAAGATGCTGAAGTTTTGGATGCCACACCTTCTGGTATTATGAAGACAGAT  2640

Query 1795  AACACAGAAGTTCTTCTCTCTGCTGACTTCACTGGAGCAATCAAAGTGTTTGTTAACAAAAGAAAAAATGTATC  1868
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||.|||||||||||||||||
Sbjct 2641  AACACAGAAGTTCTTCTCTCTGCTGACTTCACTGGAGCAATCAAAGTGTTTGTTAATAAAAGAAAAAATGTATC  2714

Query 1869  T  1869
            |
Sbjct 2715  T  2715